في حقيقيات النوى،يوجد الكروماتين فى ثلاث أشكال رئيسية استنادًا إلى مستوى الدمج الكروماتين الحقيقى،الكروماتين المغاير التأسيسى و الكروماتين المغاير الإختيارى. الكروماتين الحقيقى يكون غني بالجينات, أقل دمجا،ومنطقة مستنسخة بنشاط, فى الكروماتين عند تثبيتها و رؤيتها تحت المجهر،تظهر فى شكل مناطق خفيفة الصبغة لأنها قادرة على الاحتفاظ بقليل من جزيئات الصبغة. أحماض ذيل الهيستون الأمينية فى الكروماتين الحقيقى يحدث لها أستلة على نطاق واسع.

الأستلة تزيد الشحنة السالبة على بروتينات الهيستون،وضعيا تقلل من تقارب هيستون دى إن إيه. هذا يؤدي إلى تقليل إنضغاط الكروماتين, مما يؤدى الى وصول أسهل لل دى إن إيه. الكروماتين المغاير التأسيسي هى منطقة غنية بالتكرار فقيرة فى الجين.

و شديدة الإنضغاط. تحت المجهر،الكروماتين المغاير التأسيسي يظهر داكن الصبغة حيث يتيح له الإنضغاط إمكانية إلتقاط المزيد من الصبغة المرتبطة بالدى إن إيه. ذيل الهيستون الذى به ميثيل يُميّز 00:01:07.350 00:01:09.870 الهيستون المغاير التأسيسي.

إضافة مجموعة ميثيل(المثيلة)تزيد من التقارب بين الهيستون وال دى إن أيه هذا يعني زيادة إنضغاط الكروماتين و يمنع الوصول إلى ال دى إن أيه. الهيستون المميثل أيضا مرتبط ببروتين غير هيستونى يسمى بروتين 1 الكروماتين المغاير الذى يسهل إنضغاط الكروماتين وانتشار الكروماتين المغاير التأسيسي. الكروماتين الإختيارى هو منطقة قليلة التكرار وصامتة الجين.

تحت المجهر،يظهر أيضًا داكن اللون. بسبب إنضغاطه الشديد. التمييز الرئيسي بين الكروماتين الإختياري والتأسيسي المغاير هو تلك الجينات الموجودة في منطقة الكروماتين المغاير الإختيارى.

تكون مرنة. على سبيل المثال،في خلية واحدة الجينات فى الكروماتين المغاير الإختيارى قد يتعرض للقمع. بينما في أخرى الجينات في فى نفس المكان ممكن ان يتم التعبير عنها ولن يتم تخزينها في الحالة الإختيارية.

منطقة الكروماتين المغاير الإختيارى غالبًا ما تكون مرتبطة ببروتين غير هيستونى يسمى مركب(بولى كم2)ويمكن أن يؤدي إلى إضافة ميثيلين اثنين أو ثلالثة لهيستونات(إتش3)و تساهم في تعطيل نسخى. تعطيل الكروموسومات في إناث الثدييات هو مثال على الكروماتين المغاير الإختيارى. لدى إناث الثدييات كروموسومان والذكور لديها واحد فقط.

أحد الكروموسومات في الإناث يكوّن كروماتين مغاير مكثف بشكل كبير مما يؤدى إلى القمع فى كل الجينات الموجودة على ذلك الكروموسوم. وهذا من شأنه أن يضمن أن الجينات على كروموسوم لكلا من الذكور و الإيناث يتم التعبير عنهم على نفس المستوى. تحت المجهر, هذا كروموسوم الغير نشط يظهر جسم بقعة مصبوغة بشكل داكن كثيفة في محيط النواة.