CIS - التسلسلات التنظيمية عبارة عن أجزاء قصيرة من الحمض النووي DNA غير المشفر والموجودة على نفس الكروموسومات مثل الجينات التي تنظمها. تعمل هذه الأجزاء كمواقع ربط لمنظمات النسخ، وللبروتينات المسؤولة عن التحكم في نسخ الجينات، وللتعبير الجيني التفاضلي عبر أنواع الخلايا في حقيقيات النوى. يمكن أن تكون التسلسلات التنظيمية في Cis - قريبة من الجين محل الاهتمام أو آلاف القواعد البعيدة في تسلسل الحمض النووي؛ ومع ذلك، فإن تلك التسلسلات الموجودة غالباً ما توجد أماكن أبعد بالقرب من الجين الذي ينظمه بسبب التغليف المحكم للحمض النووي في الكروموسوم.تنظم تلك القريبة في التسلسل بدء النسخ الجيني، بينما تلك البعيدة تعمل على تعزيز أو إسكات النسخ الجيني. التأثيرات ينظم النسخ من العديد من التسلسلات التنظيمية لرابطة الدول المستقلة معظم الجينات؛ ومع ذلك، في بعض الأحيان، ينظم تسلسل تنظيمي واحد cis- نسخ الجين.

ترتبط عوامل النسخ بالتسلسلات التنظيمية cis- عندما يكون الحمض النووي DNA في شكله الحلزوني المزدوج. تربط منظمات النسخ تسلسلات محددة ولكنها قادرة على ربط التسلسلات وثيقة الصلة أيضاً.  ؛ يحتوي اللولب المزدوج  ؛ على نوعين من التجويفات: & # 160 ؛ النوع الأصغر، التجويف الصغير والنوع الأكبر، التجويف الكبير.  ؛ من المرجح أن ترتبط العوامل التنظيمية بتجويفات الحمض النووي DNA الرئيسية بسبب حجمها. تتعرف منظمات النسخ على تسلسلات تنظيمية معينة من cis من خلال السمات الكيميائية المميزة الموجودة عند حواف أزواج القاعدة النيتروجينية.  ؛ على سبيل المثال، تحتوي القواعد على مختلف الروابط الهيدروجينية المانحة أو المستقبِلة مكشوفة على طول التجويف والتي يمكن أن تشكل روابط هيدروجينية مع منظمات النسخ. نظراً لأن العديد من التفاعلات غير التساهمية تشارك أيضاً في هذا الارتباط، فإن هذا الارتباط يكون مستقر للغاية.  ؛