دمج نهج المعلوماتية الحيوية والتحقق التجريبي لفهم دور الإشارات الدرجة في سرطان المبيض

Summary

المعلوماتية الحيوية هي طريقه مفيده لمعالجه مجموعات البيانات واسعه النطاق. ومن خلال تطبيق نهج المعلوماتية الحيوية ، يمكن للباحثين الحصول بسرعة وموثوقيه وكفاءه علي التطبيقات الثاقبة والاكتشافات العلمية. توضح هذه المقالة استخدام المعلوماتية الحيوية في أبحاث سرطان المبيض. كما نجح في التحقق من صحة نتائج المعلوماتية الحيوية من خلال التجريب.

Abstract

اشاره الشق هو مسار التنظيمية التي تم الحفاظ عليها للغاية المشاركة في العديد من العمليات الخلوية. Dysregulation هذا المسار الإشارات غالبا ما يؤدي إلى التدخل في التنمية السليمة وقد يؤدي حتى في بدء أو تطور السرطان في حالات معينه. لان هذا المسار يخدم وظائف معقده ومتعددة الاستخدامات ، ويمكن دراستها علي نطاق واسع من خلال العديد من النهج المختلفة. ومن بين هذه الوسائل ، توفر المعلوماتية الحيوية أسلوبا للدراسة يتسم بالفعالية من حيث التكلفة والسهولة وسهوله الاستعمال. المعلوماتية الحيوية هي وسيله مفيده لاستخراج أجزاء أصغر من المعلومات من مجموعات البيانات واسعه النطاق. ومن خلال تنفيذ مختلف نهج المعلوماتية الحيوية ، يمكن للباحثين ان يفسروا بسرعة وموثوقيه وكفاءه هذه البيانات الكبيرة ، وان ينتجوا تطبيقات ثاقبه واكتشافات علميه. هنا ، يتم تقديم بروتوكول لدمج نهج المعلوماتية الحيوية للتحقيق في دور الإشارات الشق في سرطان المبيض. وعلاوة علي ذلك ، يتم التحقق من صحة نتائج المعلوماتية الحيوية من خلال التجريب.

Introduction

ومسار الإشارات من الدرجة الاولي هو مسار مصان بدرجه كبيره ومهم للعديد من العمليات التنموية داخل الكائنات البيولوجية. وقد أظهرت الإشارات الشق للعب دورا هاما في انتشار الخلايا والتجديد الذاتي ، والعيوب في مسار الإشارات الشق يمكن ان يؤدي إلى أنواع كثيره من السرطانات^{1،2،3،4،5،6}. في بعض الحالات ، وقد تم ربط مسار الإشارات الشق إلى كل من نمو الانسجه والسرطان ، فضلا عن موت الخلايا وقمع الأورام⁷. مستقبلات الشق متعددة (الشق 1 − 4) و co\u2012activator منشط العقل المدبر (MAML 1 − 3) ، كل مع وظائف متنوعة ، أضافه مستوي إضافي من التعقيد. في حين ان الشق يشير المسار متطورة من حيث الوظائف ، مساره الأساسي بسيط علي أساس الجزيئية⁸. مستقبلات الشق بمثابه بروتينات الغشاء تتكون من المناطق خارج الخلية وداخل الخلايا⁹. والربط إلى المنطقة خارج الخلية من مستقبلات الشق يسهل الانقسام بروتينيه ، والذي يسمح المجال داخل الخلايا الشق (NICD) ليتم الإفراج عنهم في النواة. NICD ثم يربط إلى co\u2012activator منشط العقل المدبر لتنشيط التعبير الجينات المصب¹⁰.

في السنوات الاخيره ، وقد أظهرت الإشارات الشق للعب مجموعه متنوعة من الأدوار في بدء وتطور عده أنواع من السرطانات عبر الأنواع المختلفة^6،11. علي سبيل المثال ، وقد تم ربط الإشارات الشق إلى نشاه التي تنطوي علي الإنسان NOTCH1 الجينات¹². في الاونه الاخيره ، NOTCH2 ، NOTCH3 ، دلتا--مثل 3 (DLL3) ، Mastermind\u2012like البروتين 1 (MAML1)، وتحلل والمعادن التي تحتوي علي البروتين 17 (ADAM17) الجينات وقد ثبت ان ترتبط ارتباطا وثيقا مع سرطان المبيض ، وخاصه مع الفقراء البقاء الكلي للمرضي¹³.

ومع زيادة كميه البيانات التجريبية والمرتبطة بالمريض باستمرار ، يزداد أيضا الطلب علي تحليل البيانات المتاحة. وتنتشر البيانات المتاحة عبر المنشورات ، وقد تقدم نتائج متضاربة أو حتى متناقضة. ومع تطور التكنولوجيا الجديدة في العقود الاخيره ، مثل تسلسل الجيل التالي ، ازدادت كميه البيانات المتاحة باطراد. وعلي الرغم من ان هذا يمثل تقدما سريعا في العلوم وفرصا لمواصله البحوث البيولوجية ، فان تقييم معني البيانات المتاحة للعموم لحل المسائل البحثية يمثل تحديا كبيرا¹⁴. ونحن نعتقد ان المعلوماتية الحيوية هي طريقه مفيده لاستخراج قطع صغيره من المعلومات من مجموعات البيانات الواسعة النطاق. ومن خلال تنفيذ مختلف نهج المعلوماتية الحيوية ، يمكن للباحثين بسرعة وموثوقيه وكفاءه تفسير هذه البيانات الكبيرة ، مما يؤدي إلى اكتشافات ثاقبه. قد تتراوح هذه الاكتشافات من تحديد أهداف العلاج الدوائي الجديدة المحتملة أو الامراض الحيوية المرض ، لعلاج المريض شخصيه^15،16.

المعلوماتية الحيوية نفسها تتطور بسرعة ، والنهج تتغير باستمرار مع التقدم التكنولوجي اكتساح العلوم الطبية والبيولوجية. وتشمل نهج المعلوماتية الحيوية الشائعة حاليا استخدام قواعد البيانات والبرامج الحاسوبية المتاحة للجمهور لتحليل تسلسل الحمض النووي أو البروتين ، وتحديد الجينات ذات الصلة أو الاهميه الخاصة ، وتحديد اهميه الجينات والمنتجات الجينية من خلال الجينوم الوظيفي¹⁶. وعلي الرغم من ان مجال المعلوماتية الحيوية لا يقتصر بالتاكيد علي هذه النهج ، الا انها هامه في مساعده الأطباء والباحثين علي أداره البيانات البيولوجية لصالح المرضي ككل.

تهدف هذه الدراسة إلى تسليط الضوء علي العديد من قواعد البيانات الهامه واستخدامها للبحوث حول مسار الإشارات الشق. NOTCH2، NOTCH3، والمنشطة co\u2012activator واستخدمت كامثله للدراسة قاعده البيانات. وقد استخدمت هذه الجينات لأنه تم التحقق من اهميه المسار الإشارات الشق في سرطان المبيض. وأكدت التحليلات المنهجية للبيانات المستردة اهميه الإشارات الشق في سرطان المبيض. الاضافه إلى ذلك ، لان الإشارات الشق مصانة جيدا عبر الأنواع ، وأكد ان الإفراط في التعبير عن الورم الخبيث والعقل المدبر معا يمكن ان تحفز الأورام في دروفيا المبيضين ، ودعم نتائج قاعده البيانات والدور الهام والمحفوظ للاشاره الشق في سرطان المبيض.

Protocol

1. التنبؤ بالنتائج السريرية من الملامح الجينية (PRECOG)

ملاحظه: المدخل PRECOG (precog.stanford.edu) الوصول إلى البيانات المتاحة علنا من 165 مجموعات بيانات التعبير عن السرطان ، بما في ذلك مستويات التعبير الجيني والنتائج السريرية المريض¹⁷. وهو يوفر علي وجه التحديد تحليل Meta\u2012Z ، الذي يتضمن مجموعات بيانات كبيره لتوفير العشرات من الجينات المختلفة في 39 أنواع السرطان للاشاره إلى بقاء المريض عموما. ويشار إلى معدلات البقاء علي قيد الحياة الفقيرة والجيدة بقيم ايجابيه وسلبيه لنقاط Z\u2012score علي التوالي.

1. إنشاء حساب مع البريد الكتروني التابع لاكاديميه للوصول إلى قاعده البيانات هذه. ادخل عنوان البريد الكتروني وكلمه المرور المرتبطة بالحساب.
2. انقر علي زر عرض التفاصيل الموجود أسفل عنوان تحليل Meta-Z .
3. إدخال جين الفائدة في شريط البحث .
4. استخدام شريط التمرير الموجود في الجزء السفلي من الشاشة للحصول علي البقاء علي قيد الحياة Z-درجه لنوع السرطان محدده من الفائدة.

2. CSIOVDB

ملاحظه: CSIOVDB (csibio.nus.edu.sg/CSIOVDB/CSIOVDB.html) هو قاعده بيانات ميكروصفيف وضعت من قبل معهد علوم السرطان في سنغافورة لدراسة سرطان المبيض¹⁸. تحتوي قاعده البيانات هذه علي بيانات الأورام السرطانية من مواقع الأورام المختلفة بالاضافه إلى بيانات انسجه المبيض العادية. الاضافه إلى ذلك ، يوفر CSIOVDB خطط البقاء علي قيد الحياة Kaplan\u2012Meier لتقييم بقاء المريض مع مستويات التعبير الجيني التفاضلية. CSIOVDB يمكن تطبيقها للتحقيق في العلاقة بين مستويات التعبير الجيني وسرطان المبيض مراحل/الدرجات.

1. إدخال الجينات الفائدة ، ثم انقر فوق زر البحث .
2. انقر فوق علامة التبويب حاله المرض .
   ملاحظه: توفر علامة التبويب هذه إحصاءات موجزه عن التعبير الجيني عن الجينات المستهدفة التي تهم الدول المصابة بمرض سرطان المبيض.
3. انقر علي علامة التبويب الانسجه .
   ملاحظه: توفر علامة التبويب هذه إحصاءات موجزه عن التعبير الجيني للجينات المستهدفة للفائدة في النسيجيات الرئيسية لسرطان المبيض.
4. انقر علي كلينيكو-العلامات المرضية التبويب.
   ملاحظه: توفر علامة التبويب هذه مقارنه بين مستويات التعبير الجيني بين مراحل سرطان المبيض المختلفة ، والدرجات ، والاستجابات السريرية مع اختبارات مان-ويتني.
5. انقر علي علامة التبويب البقاء علي قيد الحياة .
   ملاحظه: هذه العلامة التبويب يوفر كابلان-ماير المؤامرات المرتبطة البقاء علي قيد الحياة الشامل والبقاء علي قيد الحياة خاليه من الامراض. لقاعده البيانات هذه ، ويعتبر البقاء علي قيد الحياة خاليه من المرض التقدم-وتكرار خاليه من البقاء علي قيد الحياة¹⁸. كما يتم العثور علي تحليلات متعددة المتغيرات للبقاء الشامل والبقاء علي قيد الحياة خاليه من الامراض تحت علامة التبويب هذه. التحليلات متعددة المتغيرات مقارنه الميزات التي تتعلق التكهنات سرطان المبيض (المرحلة ، الصف ، الجراحية debulking ، الانسجه ، العمر) والجينات من الفائدة.
6. انقر فوق علامة التبويب النوع الفرعي.
   ملاحظه: توفر علامة التبويب هذه إحصائيات موجزه واختبارات مان-ويتني لمستوي التعبير لجين الفائدة في الأنواع الفرعية الجزيئية لسرطان المبيض. هذه العلامة التبويب أيضا يوفر كابلان-ماير المؤامرات المرتبطة بالبقاء الشامل والبقاء علي قيد الحياة خاليه من المرض من الجينات الاهتمام في الأنواع الفرعية الجزيئية من سرطان المبيض.

3. التعبير الجيني عبر الانسجه الطبيعية والأورام (GENT)

ملاحظه: تم تطوير بوابه GENT (الطبية \ u2012genome/GENT) وصيانتها من قبل معهد كوريا للبحوث العلوم البيولوجية والتكنولوجيا الحيوية (KRIBB)¹⁹. ويجمع ال16,400 (U133A ؛ 241 مجموعات البيانات) و 24,300 (U133plus2 ؛ 306 مجموعات البيانات) العينات المتاحة للعموم. بعد التوحيد ، تقدم GENT بيانات التعبير الجيني عبر الانسجه المتنوعة ، والتي تنقسم أيضا إلى الورم والانسجه الطبيعية.

1. انقر علي علامة التبويب بحث في الأعلى من الشاشة.
2. في المقطع المسمي 1. الكلمة الرئيسية، حدد رمز الجينات للمصطلحات من القائمة المنسدلة ، وإدخال رمز الجينات من الجينات الفائدة في المنطقة الفارغة من قسم الكلمات الرئيسية ، وحدد الانسجه للخيار النوع .
3. انقر فوق زر البحث في الجزء السفلي من 1. قسم الكلمات الرئيسية . وهو يعرض الرسوم البيانية الموجزة للتعبير الجيني في الانسجه الطبيعية والأورام من أنواع مختلفه من السرطان استنادا إلى منصات U133A و U122Plus2.
   ملاحظه: انه اختياري لتحديد خيار تصفيه البيانات في الأعلى من الرسم البياني الموجز إلى واحد من قاعده بيانات معينه للدراسة.
4. انقر فوق الارتباط المجاور لنتيجة تحميل البيانات للوصول إلى المعلومات التفصيلية حول قيم التعبير الجيني وأنواع الانسجه ومصادر البيانات.

4-المعهد الواسع لموسوعة الخلايا السرطانية (CCLE)

ملاحظه: تم إنشاء CCLE (portals.broadinstitute.org/ccle) من قبل المعهد واسعه ويوفر ملامح الجينوم والطفرات من 947 الخلايا السرطانية البشرية خطوط²⁰.

1. إدخال الجينات المطلوبة في شريط البحث ثم انقر فوق زر البحث .
2. في المقطع المسمي تحديد Dataset، انقر فوق الخيار تعبير Mrna (rnaseq) من القائمة المنسدلة.
   ملاحظه: تشمل الخيارات الأخرى التعبير mrna (affy)، اخيل شرانا ضربه قاضيه، ورقم النسخة.
3. انقر علي زر تبديل كل الآثار . حدد نوع الانسجه من الفائدة من المربع الرمادي علي اليمين. مرر لأسفل إلى أسفل الشاشة وانقر علي زر تعبير mRNA التحميل .
4. افتح المستند النصي الذي تم تنزيله. انسخ النص وألصقه في الورقة 1. نسخ كافة النص في الورقة 1.
5. انقر علي الورقة في التبويب ورقه برنامج جدول البيانات 2 في الجزء السفلي من جدول البيانات. انقر بزر الماوس الأيمن علي عمود ، حدد لصق خاص، ثم حدد خيار تبديل في ورقه 2.
6. بمجرد نقل النص إلى عمودين علي الورقة 2، انقر فوق السهم المنسدل لعنوان خيار التصفية & الفرز ثم حدد خيار التصفية . سيظهر سهم في منطقه العنوان المسمية جين. انقر علي السهم واكتب في نوع الانسجه من الفائدة.
   ملاحظه: ستقوم هذه الخطوة بتصفية كافة البيانات وعرض مستويات التعبير الجيني فقط لنوع الانسجه من الفائدة.

5. كوبيوكورتال

ملاحظه: تم تطوير cbioportal (www.cioportal.org) في مركز سلون كيتيرنج التذكاري للسرطان (msk) ، ويقوم بالوصول إلى البيانات الجينية للسرطان الواسعة النطاق^21،22وتحليلها وتصورها. وعلي وجه التحديد ، تتيح هذه البوابة للباحثين البحث عن التعديلات الجينية وشبكات الإشارات.

1. باستخدام الاستعلام في الصفحة المقصودة ، انقر علي الاجهزه/الانسجه التي تهمك تحت القسم المسمي تحديد الدراسات. حدد دراسة معينه من الفائدة ، ثم ضرب الاستعلام بواسطة زر الجينات .
2. في القسم المسمي تحديد الملامح الجينية، حدد من بين الخيارات الثلاثة: الطفرات، التغييرات المفترضة لعدد النسخ من Gistic، أو تعبير mrna. حدد المزيد من البيانات المقابلة من القائمة المنسدلة لتحديد المريض/حاله مجموعه.
3. ادخل رمز (رموز) الجينات المستهدفة في مربع الاستعلام الخاص بإدخال الجينات. انقر فوق الزر " إرسال الاستعلام ".
4. انقر علي علامة التبويب الشبكة في اعلي الصفحة لاسترداد الشبكة الجينية المطلوبة.
   ملاحظه: الشبكة الإشارات مرمزه بألوان. يشار إلى الجينات التي يتم إدخالها بواسطة عقد البذور ذات الحد السميك. ويمثل كل جين من قبل دائره حمراء ، وكثافة اللون من الدائرة الحمراء يعكس تردد الطفرة. ترتبط الجينات بخطوط ملونه بشكل مختلف. وتعني الخطوط البنية "في نفس المكون" ، مما يشير إلى المشاركة في نفس المكون البيولوجي. الخطوط الزرقاء تعني "يتفاعل مع" ، مشيرا إلى ردود فعل الجينات. الخطوط الخضراء تعني "تغيير الدولة" ، مما يوحي بان أحد الجينات قد يتسبب في تغيير الدولة لجين آخر.
5. انقر علي علامة التبويب ملف في الأعلى من الصورة لاختيار حفظ كصوره (PNG) لتحميل صوره الشبكة.

6. تشريح دروفيا مع الأنماط الجينية المطلوبة وتلطيخ dapi

ملاحظه: جمع دروفيبيلا الإناث مع الأنماط الجينية المطلوبة ، ثم تشريح المبيضين يطير للخضوع لإجراءات تلطيخ dapi للتصوير.

1. اعداد ذبابه الأسهم tj-Gal4 ، Gal80ts/CyO ؛ UAS-NICD-GFP/TM6B, w *; UAS-mam. و w [1118] لإنشاء الذباب مع nicd-التعبير الفوقي (tj-Gal4 ، Gal80ts/+ ؛ UAS-NICD-GFP/+) و nicd و mam-التعبير الفوقي (TJ-Gal4, Gal80ts/uas-mam; UAS-NICD-GFP/+) القدرة.
2. تطبيق تقنيه استهداف التعبير الجيني الزماني والإقليمي (TARGET) للتحكم في التعبير الجيني المكاني²³. رفع الذباب في 18 درجه مئوية حتى سن الرشد ، ثم التحول إلى 29 درجه مئوية ل 48 h مع الخميرة قبل تشريح.
   ملاحظه: Gal4 يمكن ان تدفع فقط uas التعبير تحت درجات حرارة اعلي ، عندما يتم تخفيف تثبيط بواسطة Gal80ts . أضافه الخميرة قبل تشريح يوسع المبيضين للحصاد.
3. مكان 3 مل من 1x الفوسفات-مخزنه المالحة (تلفزيوني) (137 mM كلوريد الصوديوم ، 2.7 mM KCl ، 10 ملم Na₂hpo₄، 1.8 mm KH₂PO₄) في صحن جمع الاجنه. استخدام لوحه CO₂ لتخدير الذباب.
4. اختيار ذبابه الإناث ، ثم انتزاع بعناية الصدر السفلي من ذبابه باستخدام زوج من ملقط تشريح وغمرها في الحل 1x تلفزيوني في صحن جمع الاجنه. استخدمي زوجا ثانيا من الملقط لقرصه أسفل البطن واسحبيه برفق لتحرير الأعضاء الداخلية.
5. تحديد وفصل زوج من المبيضين من جسم الذبابة. كسر غمد العضلات الموجودة في الطرف الخلفي من المبيضين وفصل الاوفاريوليس.
   ملاحظه: يلزم فصل المتغيرات وكسر غمد العضلات من أجل تحقيق نتائج اعلي جوده تلطيخ.
6. وضع المبيضين في أنبوب الطرد المركزي 1.5 mL الذي يحتوي علي 500 μL من 1x تلفزيوني. يجب ان يبقي الأنبوب علي الجليد حتى يتم جمع جميع المبيضين.
7. أزاله 1x تلفزيوني ومكان 0.5 mL من حل الإصلاح (4 ٪ الفورمالديهايد) في الأنبوب. ضع الأنبوب علي البندق لمده 10 دقائق.
8. أزاله حل الإصلاح من الأنبوب والتخلص منه في حاويه نفايات مناسبه. استخدام 1 مل من PBT 1x (1x تلفزيوني تستكمل مع 0.4 ٪ تريتون™ X-100) لغسل المبيضين 3x لمده 15 دقيقه.
9. تجاهل النهائي غسل PBT وأضافه 1 مل من PBTG (0.2 ٪ الزلال المصل البقري ، 5 ٪ مصل الماعز الطبيعي في 1x PBT) لمنع ربط غير محدد.
   ملاحظه: يمكن تخطي هذه الخطوة لتلطيخ DAPI ، ولكن من الضروري لتلطيخ الأجسام المضادة. يمكن العثور علي تلوين مفصل مناعي في جيا et al.²⁴.
10. ضع 150 μL من DAPI (10 ميكروغرام/مل) في الأنبوب لمده 10 − 15 دقيقه. تجاهل DAPI وغسل المبيضين 1x لمده 10 دقيقه باستخدام 1 مل من PBT 1x. أزاله PBT وغسل 2x لمده 10 دقيقه باستخدام 1x تلفزيوني.
11. أزاله الزائدة التلفزيونية حتى ما يقرب من 300 μL من تلفزيوني يبقي في أنبوب مع المبيضين. Pipet المبيضين صعودا وهبوطا عده مرات باستخدام ماصه 200 μL ، من أجل تحرير غرف البيض.
12. تدور برفق أسفل الأنبوب وأزاله بعناية بقدر 1x الحل تلفزيوني ممكن دون أزاله المبيضين. مكان 120 μL من الحل المتصاعد (1 ز ن-بروبيل gallate ، 5 مل من 10X تلفزيوني ، 40 مل من الجلسرين و 5 مل من dH₂س) في الأنبوب.
    ملاحظه: الحل المتصاعد هو لزجه ، لذلك فمن الصعب نقل بالبالضبط 120 μL من الحل المتصاعد في أنبوب. للتخفيف من حده هذه المشكلة ، يمكن استخدام طرف ماصه 1,000 μL لأضافه ثلاث قطرات من المحلول المتصاعد إلى الأنبوب.
13. قم بازاله حوالي 0.33 مم من طرف ماصه 200 μL واستخدم طرف الماصة الذي تم قطعه حديثا لوضع الحل المتصاعد علي شريحة زجاجيه بالمجهر.
14. ضعي الكوب الزجاجي برفق علي المحلول المتصاعد واغلقي حواف زلة الغطاء مع طلاء الأظافر الشفاف.
    ملاحظه: هناك حاجه إلى ختم حواف الزجاج الغطاء لمنع غرف البيض من تتدفق داخل الحل المتصاعد عند أخذ الصور مبائره.
15. الحصول علي الصور مع المجهر البؤري باستخدام الإعدادات التالية: عدسه الهدف = 10x التكبير; الفتحة العددية = 0.8 ؛ الطول الموجي للانبعاثات DAPI = 410 − 513 نانومتر.

النتائج

باستخدام الاجراء المذكور في الخطوة 1 باستخدام بوابه PRECOG ، تم الحصول علي Z-العشرات من NOTCH2، NOTCH3، و MAML1 في سرطان المبيض (1.3 ، 2.32 ، 1.62 ، علي التوالي). تشير القيم السالبة لنقاط Z\u2012score البقاء العام الضعيف للمرضي الذين لديهم مستويات عاليه من التعبير عن الجينات الثلاثة. باستخدام ال?...

Discussion

وبما ان هناك عددا لا يحصي من النهج والأساليب لاستخدام المعلوماتية الحيوية ، هناك قواعد بيانات عديده متاحه علي الإنترنت لعامه الجمهور. ويمكن استخراج وفره من المعلومات من كل من قواعد البيانات هذه ، ولكن البعض منها هو الأنسب لأغراض معينه ، مثل تقييم بقاء المريض علي أساس بعض المدخلات. ويمكن ل?...

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
DAPI (4',6-Diamidino-2-Phenylindole, Dihydrochloride)	Invitrogen	D1306	1:1000 Dilution
PBS, Phosphate Buffered Saline, 10X Powder, pH 7.4	ThermoFisher	FLBP6651	Dissolved with ddH2O to make 1X PBS
Goat serum	Gibco	16210064	Serum
Embryo dish	Electron Microscopy Sciences	70543-45	Dissection Dish
Nutating mixers	Fisherbrand	88861041	Nutator
tj-Gal4, Gal80ts/ CyO; UAS-NICD-GFP/ TM6B	Dr. Wu-Min Deng at Florida State University	N/A	Fly stock
w*; UAS-mam.A	Bloomington Drosophila Stock Center	#27743	Fly stock
w[1118]	Bloomington Drosophila Stock Center	#5905	Fly stock
The PRECOG portal	Stanford University	precog.stanford.edu	Publicly accessible database of cancer expression datasets
CSIOVDB	Cancer Science Institute of Singapore	csibio.nus.edu.sg/CSIOVDB/CSIOVDB.html	Microarray database used to study ovarian cancer
The Gene Expression across Normal and Tumor tissue (GENT) Portal	Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB)	medical–genome.kribb.re.kr/GENT	Publicly accessible database of gene expression data across diverse tissues, divided into tumor and normal tissues.
Broad Institute Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)	Broad Institute and The Novartis Institutes for BioMedical Research	portals.broadinstitute.org/ccle	Provides genomic profiles and mutations of human cancer cell lines
cBioPortal	Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK)	cioportal.org	Portal that allows researchers to search for genetic alterations and signaling networks
Zeiss 710 Inverted confocal microscope	Carl Zeiss	ID #M 210491	Examination and image collection of fluorescently labeled specimens