ووافقت اللجنة المؤسسية لرعاية الحيوانات واستخدامها في جامعة روتجرز على استخدام الحيوانات وإجراءاتها.
1- إعداد الحلول
- إعداد 1 لتر من الفوسفات المالحة المخزنة مؤقتا مع 0.1٪ تريتون-X-100 (PBST) وتعقيم تصفية. يمكن تخزين هذا الحل في درجة حرارة الغرفة (RT) لمدة عام على الأقل.
- إعداد 600 ميكرولتر من حظر عازلة تتكون من 10٪ من مصل الحمار العادي في PBST. اجعل هذا الحل طازجًا في كل مرة.
- إعداد 50 مل من الميثانول التالية (MeOH) التخفيفات في غطاء تدفق: 25٪ MeOH في المياه المنزوعة (dH2O)، 50٪ MeOH في dH2O، و 75٪ MeOH في dH2O. Vortex لخلط. تخزين في RT.
- إعداد 50 مل من البنزيل الكحول البنزيل التالية حلول بنزوات (باب) في أنابيب مخروطية 50 مل.
- ل100٪ باب، إضافة 32 مل من بنزوات البنزيل إلى 16 مل من الكحول البنزيل (2:1 حجم لكل نسبة حجم).
- ل50٪ باب، إضافة 16 مل من بنزوات البنزيل و 8 مل من الكحول البنزيل إلى 24 مل من MeOH.
- تغطية الأنابيب المخروطية في رقائق الألومنيوم للحماية من الضوء. يمكن تخزين هذه الحلول في RT لمدة تصل إلى عام.
تنبيه: باب سام ومسبب للتآكل. وينبغي التعامل معها والتخلص منها وفقا لMSDS.
2- تشريح الجنين والتثبيت
ملاحظة: هذا البروتوكول مناسب لأجنة الماوس E9.5 و E10.5 (ذكور أو إناث) معزولة عن أي سلالة فأرة. بالنسبة للأجنة الأصغر سناً والأكبر سناً، ينبغي تحديد أوقات الحضانة تجريبياً لزيادة نسبة الإشارة إلى الضوضاء لإشارة الفلورسينس.
- ملء واحد 35 ملم وواحد 60 ملم أطباق بيتري مع 1x PBS ومكان على الجليد حتى الحاجة.
- القتل الرحيم للفأرالحامل عن طريق استنشاق ثاني أكسيد الكربون2. إجراء خلع عنق الرحم كمقياس ثانوي للقتل الرحيم.
- تنظيف منطقة البطن من السد مع 70٪ الإيثانول. قرصة منطقة البطن باستخدام ملقط وجعل شق مثل V باستخدام مقص الجراحية بدءا من قاعدة جدار البطن في خط الوسط; الاستمرار في فتح تجويف الصدر. ارفع يُرفع الأنسجة البطنية وحرّك الأمعاء إلى الجانب ليعرض قرون الرحم.
- جعل قطع في قاعدة القناة المهبلية، ومع ملقط، وسحب الرحم بعيدا عن السد. قم بقص إضافي في كل مبيض لتحرير الرحم. نقل الرحم إلى واحدة من 60 ملم أطباق بيتري التي تحتوي على الباردة 1x PBS.
- باستخدام مقص مستقيم، وقطع جدار الرحم بين كل موقع زرع. التقاط النفضية مع أنبوب زجاجي ونقل إلى 35 ملم بيتري الطبق مع 1x PBS. تحت المجهر تشريح، أدخل مقص مستقيم في المسافة بين النفضية وجدار الرحم. قطع وإزالة جدار الرحم.
- مع ملقط غرامة، وإزالة الأغشية النفضية وReichert من الجنين عن طريق إجراء شقوق عرضية بعناية على طول الأنسجة وسحب الأنسجة بعيدا عن كيس صفار. إزالة كيس صفار وكيس السلوي عن طريق سحب بعناية الأنسجة بعيدا عن الجنين وجعل التخفيضات في الألانتوني والوريد السري.
ملاحظة: يمكن استخدام الحويصلات صفار لجينوب الأجنة.
- نقل كل جنين مع أنبوب زجاجي إلى أنابيب 2 مل الفردية مليئة 1 مل من 1x PBS. قم بتسمية كل أنبوب بمعرف فريد.
- لإصلاح الأجنة، قم بإزالة 1x PBS بعناية وإضافة محلول بارافورمالديهايد (PFA) بنسبة 4٪ في 1x PBS. احتضان في 4 °C مع الانفعالات لطيف بين عشية وضحاها.
ملاحظة: 4% تثبيت PFA مناسب للأجسام المضادة المذكورة في هذا البروتوكول. ومع ذلك، يجب تحسين إجراءات التثبيت للأجسام المضادة إضافية.
3. تلطيخ الجنين
ملاحظة: في هذا القسم، يتم permeabilized الأجنة وملطخة بالأجسام المضادة الأولية والثانوية. ولأن تطوير PAA يسير بسرعة، فإن الاختلافات في المرحلة الجنينية ستؤثر بشكل كبير على التحليل المصب. لذلك ، يجب أن تكون الأجنة متطابقة حسب العمر عن طريق العد الدقيق للسوميتات لمطابقة التحكم والأزواج المتحولة قبل المزيد من التلاعب.
- لغسل الجنين (الأجنة)، قم بإزالة 4% PFA بعناية وإضافة 1x PBS. عكس بلطف أنبوب (s) عدة مرات. ضع أنبوب (الأنابيب) الجانب الأيمن للأعلى والسماح للجنين (الأجنة) للغرق. كرر يغسل 3 مرات. ضع الأنبوب (الأجنة) مع الجنين (الأجنة) على الجليد.
ملاحظة: (نقطة التوقف الاختيارية) بعد النُهج، يمكن تجفيف الأجنة في سلسلة متدرجة من MeOH لمدة 30 دقيقة لكل تخفيف، كما هو الحال في القسم 1.3، وتخزينها عند -20 درجة مئوية في 100٪ MeOH لاستخدامها في وقت لاحق لمدة تصل إلى 6 أشهر.
- بالنسبة للأجنة E10.5، استخدم أنبوبزجاجي لنقل جنين واحد إلى طبق بتري 35 مم مملوء بـ 1x PBS المبرد. قرصة بعناية الجنين فقط فوق الطرف الخلفي مع ملقط غرامة وجعل قطع عرضية لإزالة النصف الخلفي من الجنين. وهذا يسمح للجنين بوضع مسطح في وضع مخطط للخطوة 4.2. ضع الجنين مرة أخرى في أنبوب 2 مل مع PBS 1x الطازجة.
ملاحظة: يمكن إقران عنصر التحكم والجنين المتحول وتلطيخه بنفس محلول الأجسام المضادة في أنبوب واحد، للخطوات من 3.3 إلى 3.8.
- إذا تلطيخ جنينين معا، وقطع رأس من جنين واحد فوق القوس البلعوم الأول عن طريق معسر مع ملقط غرامة لجعل قطع عرضية. وهذا سوف يميز الأجنة من نوعين من الأنماط الجينية المختلفة داخل كل أنبوب.
- لpermeabilize الجنين (ق)، pipet من 1x PBS من الأنبوب، والحرص على عدم لمس الجنين (ق). إضافة 1 مل من PBST. ضع الأنبوب عند درجة حرارة 4°C مع تهيج لطيف بين عشية وضحاها.
ملاحظة: (نقطة التوقف الاختيارية) يمكن الاحتفاظ بالأجنة في محلول PBST عند 4 درجات مئوية لعدة أيام.
- لمنع الربط غير المحدد للأجسام المضادة ، قم أولاً بإزالة PBST من الأنبوب ، مع الحرص على عدم لمس الجنين (الأجنة). أضف 600 ميكرولتر من محلول العازلة العازلة إلى الجنين (الأجنة). منع الجنين (الأجنة) في 4 درجة مئوية مع الانفعالات لطيف بين عشية وضحاها.
ملاحظة: يجب نسج حل الحجب بسرعة قصوى على جهاز طرد مركزي على قمة مقاعد البدلاء مباشرة قبل استخدامه لإزالة الحطام.
- لتلطيخ وقياس ECs، استخدم الأجسام المضادة ضد VEGFR2 و ERG. يتم إجراء حلول الأجسام المضادة في المخزن المؤقت الحظر. يتم تخفيف الأجسام المضادة لمكافحة VEGFR2 1:200 ويتم تخفيف الأجسام المضادة ERG 1:1000.
ملاحظة: يجب نسج حلول الأجسام المضادة بسرعة قصوى على جهاز طرد مركزي على أعلى مقاعد البدلاء مباشرة قبل استخدامها لإزالة الجسيمات.
- لاحتضان الجنين (الأجنة) بالأجسام المضادة الأولية، قم بإزالة محلول العازلة المانع من الأنبوب، مع الحرص على عدم لمس الجنين (الأجنة). أضف 600 ميكرولتر من محلول الأجسام المضادة الأولية إلى كل أنبوب. تضن الجنين (الأجنة) عند درجة حرارة 4 درجة مئوية مع تهيج لطيف لمدة 4-5 أيام.
- لغسل الجنين (الأجنة) من محلول الأجسام المضادة، قم أولاً بإزالة محلول الأجسام المضادة الأساسي من الأنبوب. غسل الجنين (الأجنة) كل ساعة مع 1 مل من PBST في درجة حرارة الغرفة (RT) مع الانفعالات لطيف. غسل الجنين (الأجنة) 4-5 مرات خلال النهار ثم احتضان في 4 °C مع الانفعالات لطيف بين عشية وضحاها. كرر النُهُس في اليوم التالي.
- جعل حلول الأجسام المضادة الثانوية عن طريق تخفيف المضادة للماعز اليكسا فلور 488 والمضادة للفأرة اليكسا فلور 555 1:300 في منع العازلة. تمييع الأسهم DAPI 1:1000 في حظر المخزن المؤقت.
ملاحظة: يجب نسج حلول الأجسام المضادة بسرعة قصوى على جهاز طرد مركزي على أعلى مقاعد البدلاء مباشرة قبل استخدامها لإزالة الجسيمات. بالإضافة إلى ذلك ، يمكن استخدام أصباغ Alexa Fluor الأخرى بدلاً من 488 أو 555.
- لاحتضان الجنين (الأجنة) بالأجسام المضادة الثانوية، قم بإزالة PBST من الأنبوب. أضف 600 ميكرولتر من محلول الأجسام المضادة الثانوية إلى كل أنبوب. تضن الجنين (الأجنة) عند درجة حرارة 4 درجة مئوية مع تهيج لطيف لمدة 4-5 أيام.
- لغسل الجنين (الأجنة) من محلول الأجسام المضادة، قم أولاً بإزالة محلول الأجسام المضادة الثانوي من الأنبوب. اغسل الجنين كل ساعة بـ 1 مل من PBST في RT مع الانفعالاللطيف. غسل الجنين (الأجنة) 4-5 مرات خلال النهار ثم احتضان في 4 °C مع الانفعالات لطيف بين عشية وضحاها. كرر النُهُس في اليوم التالي.
4. تضمين الأجنة في أغاروز
ملاحظة: في القسم 4، سيتم تضمين الجنين (الأجنة) في أغاروز. تخدم عملية التضمين هذه غرضين: توجيه الجنين بشكل صحيح قبل التصوير، والمساعدة في تحديد مكان الجنين بعد تطهيره في BABB (الخطوات 5.2.2 - 5.3.2).
- إعداد 200 مل من 1٪ محلول agarose عن طريق إضافة 2 غرام من agarose إلى 200 مل من dH2O. الميكروويف حتى يذوب كل agarose.
ملاحظة: يمكن تخزين agarose المتبقية في 4 درجة مئوية وإعادة تسخينها للاستخدامات اللاحقة.
- باستخدام قالب البارافين البلاستيكي والأنابيب الزجاجية ، نقل بلطف جنين واحد إلى القالب. إزالة بعناية PBST من الجنين. ضع الجنين في وضع ية. بسرعة، إضافة حوالي 0.5 مل من agarose الساخنة إلى القالب - فقط ما يكفي لتغطية الجنين وملء القالب. تأكد من عدم وجود فقاعات هوائية تحيط بالجنين.
- ضع القالب على الثلج وغطيه برقائق الألومنيوم حتى يتوطد الاغاروز.
ملاحظة: لا تسمح للجنين بالجفاف بعد إزالة PBST. يجب أن يكون محلول أغاروز دافئًا بما يكفي ليظل سائلًا عند إضافته إلى الجنين. إضافة فقط ما يكفي من agarose لتغطية الجنين، ولكن ليس كثيرا، وإلا سيكون من الصعب على الصورة. يتم تحديد عمق الصورة جزئيًا من خلال مسافة العمل للهدف.
5. الجفاف وتطهير الأنسجة
ملاحظة: في هذا القسم، يتم تجفيف الجنين (الأجنة) باستخدام سلسلة الميثانول، ثم مسحها في المذيبات العضوية، باب، وشنت بين اثنين من coverslips مفصولة من قبل فاصل المطاط؛ في هذا البروتوكول يتم استخدام الفواصل المطاطية بسرعة بئر. المصد سريع بئر لديه سطح لاصق على الوجهين. الفاصل مطلوب لإنشاء بئر ، حيث سيتم وضع الجنين والاحتفاظ به بين اثنين من التغطيات.
-
جفاف الميثانول
- تسمية جديدة 2 أنابيب مل، واحد لكل جنين. إضافة 1 مل من 25٪ MeOH لكل أنبوب.
- باستخدام مشرط نظيف ، قطع بلطف agarose حول الجنين ، وترك ما يكفي حول الجنين بحيث يمكن التقاطها عن طريق ملقط. استخدام ملقط غرامة للاستيلاء بلطف agarose مع الجنين جزءا لا يتجزأ ووضعه في أنبوب المسمى مع 25٪ MeOH. لا تسمح للملقط بلمس الجنين.
- احتضان الجنين (الأجنة) في RT مع هياج لطيف لمدة ساعة واحدة في الظلام.
- إزالة 25٪ MeOH من الأنبوب، مع الحرص على عدم لمس الجنين. إضافة 1 مل من 50٪ MeOH لكل أنبوب. احتضان في RT مع هياج لطيف لمدة 1 ساعة في الظلام.
- إزالة 50٪ MeOH من الأنبوب، مع الحرص على عدم لمس الجنين. إضافة 1 مل من 75٪ MeOH لكل أنبوب. احتضان في RT مع هياج لطيف لمدة 1 ساعة في الظلام.
- إزالة 75٪ MeOH من الأنبوب، مع الحرص على عدم لمس الجنين (ق). إضافة 1 مل من 100٪ MeOH لكل أنبوب. احتضان في RT مع هياج لطيف لمدة 1 ساعة في الظلام. كرر 100٪ MeOH يغسل مرتين.
-
المقاصة مع باب
- إزالة 100٪ MeOH من الأنبوب، مع الحرص على عدم لمس الجنين. أضف 1 مل من 50٪ باب لكل أنبوب. احتضان في RT مع هياج لطيف لمدة 1 ساعة في الظلام.
- إزالة 50٪ باب من الأنبوب، مع الحرص على عدم لمس الجنين. أضف 1 مل من 100٪ باب لكل أنبوب. احتضان في RT مع هياج لطيف لمدة 1 ساعة في الظلام. كرر 100٪ يغسل BABB مرتين.
ملاحظة: (نقطة التوقف الاختيارية) يمكن أن تبقى الأجنة في 100٪ باب في أنابيب لمدة أسبوع تقريبا. تخزين أطول سوف يسبب BABB لإذابة البلاستيك من الأنابيب.
-
تركيب الأجنة للتصوير
- ضع مصد Fast Well على قسيمة غطاء زجاجية مقاس 24 مم × 60 مم #1.5، عن طريق تقشير المادة اللاصقة البلاستيكية من جانب واحد. تأكد من عدم وجود فقاعات الهواء بين coverslip والمصد عن طريق تطبيق ضغط لطيف على لاصقة بلاستيكية فوق المصد المطاط. قم بتسمية قسيمة الغطاء وفقًا لعدد الجنين والنمط الجيني والأجسام المضادة المستخدمة للتلطيخ.
ملاحظة: يمكن وضع أي فاصل بين قسائم التغطية طالما أنها سميكة بما يكفي لمنع سحق أو سحق الجنين. نحن نستخدم الفواصل السريعة البئر بسبب سماكتها وراحتها ، والتي تشمل أسطحًا لاصقة على جانبي الفاصل لتأمينها على قسائم التغطية.
- أنبوب بعناية والتخلص من باب 100٪ من الأنبوب. بعد تصور الجنين المدمج في الأغاروز في الأنبوب ، استخدم ملقط ًا دقيقًا لالتقاط الأغاروز ونقل الجنين بعناية إلى قسيمة الغطاء داخل البئر السريع - لا تسمح للملقط بلمس الجنين.
- إزالة لاصقة بلاستيكية ثانية من المصد ووضع غطاء الثاني على القمة. إزالة فقاعات الهواء عن طريق الضغط بلطف على coverslip. كن حذرا ً لعدم كسر الزجاج.
ملاحظة: يمكن تخزين العينات مسطحة في حامل شريحة في الظلام في RT لمدة تصل إلى عام إذا كان الختم ضيقًا.
6 - الحصول على البيانات
ملاحظة: في الخطوات التالية، سيتم تصوير البطانة من الأقواس البلعوم ية 3 و 4 و 6 باستخدام المجهر confocal.
-
تحديد موضع الشرائح على خشبة المجهر
- لتصوير الأجنة، استخدم مجهر ًا بؤريًا مجهزًا بهدف غمر الماء 20 أضعاف، وفتحة رقمية 0.95، ومسافة العمل 0.95 مم، وبرنامج NIS-Elements AR 5.11.01 64 بت.
- باستخدام الفلورسينس واسعة المجال، وتحديد موقع بصريا الأقواس البلعومية. مركز عرض الحقل حول PAA4.
- إذا كان مجال رؤية الهدف لا يلتقط منطقة القوس البلعوم ية بأكملها ، فالتقط وغرزة لوحة كبيرة من الصور مع تداخل 1٪. لمنع حركة العينة أثناء الحصول على الصورة الكبيرة ، قم بتأمين تجميع زلة الغطاء برفق إلى المرحلة باستخدام طين الصب.
-
إعداد معلمات الاستحواذ
- تعيين حجم الثقب إلى 1.0.
- ضمن علامة التبويب ND Acquisition، قم بتعيين الحدود العلوية والسفلية للتصوير باستخدام التعديل الخشن. تعيين Z حجم الخطوة وفقا لمواصفات البرنامج. تحديد سمك التي يمكن أن تكون صورة من مسافة العمل من الهدف ووضوح العينة.
- بسبب سمك الجنين، وضبط المكاسب في جميع أنحاء Z-كومة. تعيين كثافة الليزر وكسب في منتصف المكدس Z لكل قناة (405 و 488 و 555) وتعيين القيم تحت علامة التبويب تصحيح كثافة Z. تعيين نفس القيم للشريحة السفلية.
- قم بالتمرير عبر الجنين حتى تبدأ إشارات الفلورسية في الظهور باهتًا. زيادة كسب كل قناة حتى تظهر كثافة الإشارة مشابهة للجزء السابق. تعيين القيمة الجديدة تحت علامة التبويب تصحيح كثافة Z. كرر حتى اكتمال z-مكدس. إعدادات الاستيراد مرة أخرى إلى الاستحواذ ND.
- تشغيل المسح الضوئي باستخدام خيار تصحيح تشغيل Z.
7. تحليل باستخدام برنامج Imaris
ملاحظة: في هذه الخطوات، سيتم تحليل الصور المحورية باستخدام برنامج تحليل الصور المجهرية، إصدار Imaris 9.2.0. خلال هذا التحليل، سوف نختار أولاً المناطق ذات الأهمية التي سيتم تحليلها من خلال إنشاء أسطح. بعد ذلك، سنستخدم وظيفة القناع لفصل هذه المناطق بصريًا. وأخيراً، سنستخدم وظيفة Spot لتحديد عدد ECs داخل كل منطقة ذات أهمية.
- اعتمادًا على برنامج التصوير المستخدم في الخطوة 6، قم بتحويل الصور إلى .ims باستخدام محول ملفات Imaris.
- افتح ملفات .ims. تعيين الصورة إلى Orthogonal تحت الكاميرا / التسميات | لوحة نوع الكاميرا.
- تحديد موقع PAAs وتوجيه الصورة لالظهور.
ملاحظة: عند فتح الملفات لأول مرة، ستظهر كتجميع ثلاثي الأبعاد لكافة الشرائح التي تم صورها. في هذه الخطوة ، سيتم تحديد PAAs من خلال جعل الصورة ثلاثية الأبعاد في صورة 2D. الصورة 2D ثم يسمح لPAAs لتكون موجهة بشكل صحيح للتحليل.
- ضمن لوحة الخصائص، قم بإيقاف تشغيل وحدة التخزين. ضمن لوحة الخصائص، انقر على إضافة شريحة تقويم العظام الجديدة. تعيين اتجاه الشريحة إلى مستوى XY. استخدم موضع الشريحة للتمرير خلال الصورة حتى العثور على PAAs.
- إذا لم تكن PAAs موازية لأعلى وأسفل الصورة، قم بتدوير الصورة بحرية باستخدام مؤشر الماوس بحيث تعمل PAAs من اليسار إلى اليمين عبر الشاشة. ضمن القائمة المنسدلة لمعالجة الصور، حدد التدوير المجاني وانقر فوق موافق.
- تطفو على السطح 3 القوس البلعوم الثالث (الشكل 2A، B - B")
ملاحظة: في هذه الخطوات، سيتم تتبع الأقواس البلعومية وPAAs باستخدام أداة Surface لإنشاء منطقة "سطحية" ذات أهمية. وهذا سيسمح لكل منطقة من الأهمية أن تكون معزولة بصريا من الأنسجة المحيطة بها. هنا نحن وصف الخطوات إلى السطح وتحليل المكونات الانهوفية للقوس البلعوم3 rd. يتم تحليل الأقواس البلعومية 4 و 6 بالمثل.
- لسطح البطانة في كامل قوس البلعوم3 rd، انقر على زر إضافة سطح جديد الموجود تحت لوحة الخصائص. انقر نقرا مزدوجا على سطح 1 وإعادة تسمية السطح الجديد إلى "3 قوس البلعومrd".
- حدد تخطي الإنشاء التلقائي، ثم قم بتحريره يدويًا. تعيين اتجاه السطح إلى مستوى YZ (الاتجاه التاجي). استخدام موقف شريحة لوضع 3rd البلعوم القوس السطح السطح إلى حيث 3RD PAA وDorsal أورتا الاتصال.
- تدوير الصورة بحيث 3rd البلعوم القوس السطح الطائرة في العرض. إيقاف تقطيع أورثو 1.
- تحت القرعة | كفاف | علامة التبويب الوضع، حدد وظيفة وضع الرسم عن بعد. ضبط إعدادات المعلمة إذا لزم الأمر. الحفاظ على معلمات تسطح متناسقة بين العينات. على سبيل المثال، تباعد فيرتس هو 10 ميكرومتر.
- لبدء الظهور، اضغط على مفتاح Esc ثم انقر على زر السحب. تتبع محيط القوس البلعوم3 rd مع مؤشر الماوس. استخدم موضع الشريحة لنقل 10-25 شريحة. تتبع محيط القوس البلعوم. كرر حتى يتم تتبع القوس البلعوم بالكامل.
- لإنشاء سطح المنطقة التي تم تتبعها، حدد الزر إنشاء Surface في لوحة الخصائص.
- الظهور في PAA 3 rd (الشكل 2C -C")
- لسطح بطانة PAA3 rd، أولا إيقاف المنطقة السطحية من الخطوة 7.4، عن طريق إلغاء اختيار 3rd مربع سطح القوس البلعوم. ثم انقر على زر إضافة سطح جديد مرة أخرى. انقر نقرا مزدوجا على سطح 1 وإعادة تسمية السطح الجديد إلى "3RD PAA".
- حدد تخطي الإنشاء التلقائي، ثم قم بتحريره يدويًا. تعيين اتجاه السطح إلى مستوى YZ (الاتجاه التاجي). استخدم موضع الشريحة لوضع مستوى سطح PAA3 إلى حيث يتصلPAA 3 rd و Dorsal Orta، ثم كرر الخطوات 7.4.
- إخفاء الهياكل السطحية
ملاحظة: في الخطوات التالية، سيتم ملثمين كل منطقة على السطح من الفائدة. يسمح الإخفاء للمنطقة ذات الاهتمام بأن تكون متميزة بصريًا عن بقية الأنسجة المصوّرة ويسمح بالقياس الكمي لهذه الهياكل المتميزة ذات الاهتمام. أدناه، ونحن نصف الخطوات في Imaris لتصور وتحليل بطانة PAA، فضلا عن الضفيرة - الأوعية الدموية أصغر المحيطة PAAs داخل أقواس البلعوم. في هذه الخطوات، سيتم ملثمين سطح PAA3 rd من أجل تصور وإجراء التحليل فقط على PAAs باستخدام وظيفة بقعة الموضحة في القسم 7.7.
- حدد وحدة التخزين من أجل تصور جميع القنوات الملثمين. اضغط على مفتاح Esc من أجل تدوير الصورة ووضع الصورة في موضع XY.
- ضمن علامة التبويب تحرير، حدد تحديد القناع لـ PAA3 rd. حدد قناة DAPI وانقر فوق موافق. كرر للقنوات المتبقية.
- على لوحة المفاتيح، اضغط على Ctrl + D لعرض لوحة تعديلات الشاشة. حدد كل قناة جديدة وإعادة تسميتها لتوضيح ما تظهره كل قناة. على سبيل المثال، سيؤدي ذلك إلى ثلاث قنوات جديدة: "3RD PAA DAPI"، "3RD PAA ERG"، و "3RD PAA VEGFR2".
ملاحظة: في الخطوات 7.6.4-7.6.7 سنقوم بإنشاء قنوات للضفيرة القوس البلعومية فقط.
- لتصور الضفيرة الانبوثيولية بشكل منفصل عن PAA ، سنقوم أولاً بتحديد اختيار القناع لسطح PAA3 rd. حدد قناة DAPI. إلغاء تحديد تحديد voxels خارج السطح إلى والتحقق من تحديد voxels داخل السطح إلى أزرار، تعيين حدد voxels داخل السطح إلى الصفر. انقر فوق موافق.
- كرر للقنوات المتبقية. وستستثنى هذه العملية المنطقة التي تحتوي على سلطة الحماية الفلسطينية من القنوات الملثمة الجديدة. إعادة تسمية القنوات لتوضيح ما تعرض كل قناة. فعلى سبيل المثال، سيؤدي ذلك إلى ثلاث قنوات جديدة: "غير PAA DAPI"، و "غير PAA ERG"، و "غير PAA VEGFR2".
- لتصور الضفيرة الانبوثلية داخل قوس البلعوم3 rd، حدد اختيار قناع تحت علامة التبويب تحرير، لسطح القوس البلعوم3. حدد قناة DAPI غير PAA. انقر فوق موافق.
- كرر للقنوات المتبقية غير PAA. إعادة تسمية القنوات لتوضيح ما تعرض كل قناة. على سبيل المثال، سيؤدي ذلك إلى ثلاث قنوات جديدة: "Plexus DAPI"، "Plexus ERG"، و "Plexus VEGFR2".
- القياس الكمي لأرقام المفوضية الأوروبية
ملاحظة: تعبير ERG علامات النوى الانبية مما يجعلها مريحة لقياس أرقام المفوضية الأوروبية. في هذه الخطوات، سيتم قياس عدد ECs باستخدام دالة Spot لإنشاء بقعة لكل EC تميزت بتعبير ERG في PAA وplexus. في القسم 7.7 ، سيتم إنشاء بقع لكل خلية إيجابية ERG في PAA الملثمين ، تليها إزالة البقع في خلايا EDG-positive إيجابية ، VEGFR2-negative.
- على لوحة المفاتيح، اضغط على Ctrl + D لعرض لوحة تعديلات الشاشة. إيقاف جميع القنوات باستثناء PAA ERG.
- ضمن علامة التبويب الخصائص، انقر على زر إضافة بقع جديدة. انقر على البقع 1 وإعادة تسميته إلى "عدد PAA الإجمالي من ECs". انقر على زر السهم الأزرق. بالنسبة للقناة المصدر،حدد قناة PAA ERG. ضبط القطر XY المقدر إلى 4 ميكرومتر. انتقل إلى اللوحة التالية بالنقر على زر السهم الأزرق.
- ضبط عدد البقع التي تم رؤيتها باستخدام المقياس المنزلق، لضمان تمثيل كل نواة EC (التي تم تمييزها بتعبير ERG) ببقعة واحدة. انقر على زر السهم المزدوج الأخضر.
- إيقاف تشغيل قناة PAA ERG في ضبط الشاشة. بدوره على قناة PAA VEGFR2 لتصور PAA endothelium.
- ولتحديد عدد الـ ECs بدقة، نضمن أن تعبر كل بقعة عن كل من علامات EC، ERG و VEGFR2. للقيام بذلك، حدد سطح الكائن تحت علامة التبويب تحرير | إضافة/حذف لوحة. اضغط على مفتاح Esc وحذف أي بقع ليست إيجابية VEGFR2، عن طريق الضغط باستمرار التحول واختيار المكان.
ملاحظة: في الخطوة التالية، سيتم إنشاء بقع لكل خلية إيجابية ERG في الضفيرة ملثمين، تليها deselection من البقع في ERG-إيجابية، VEGFR2-الخلايا السلبية.
- ضمن علامة التبويب الخصائص، انقر على زر إضافة بقع جديدة. حدد البقع 1 وإعادة تسمية إلى "عدد الإجمالي Plexus من ECs". انقر على زر السهم الأزرق. بالنسبة للقناة المصدر، حدد قناة Plexus ERG. ضبط القطر XY المقدر إلى 4 ميكرومتر. كرر الخطوات 7.7.1 - 7.7.5 للعدد الإجمالي للمراكز الإلكترونية للبلكسوس.
- انقر على علامة التبويب إحصائيات كل وظيفة بقعة لتحديد العدد الإجمالي للشركات الإلكترونية في الضفيرة القوس 3rd PAA والبلعوم.
- كرر الخطوات 7.7.1 - 7.7.6 للPAAs المتبقية والضفيرة القوس البلعومية.