تطبيق الترميز الشريطي للحمض النووي لتحديد النباتات الطبية

Summary

يصف البروتوكول الحالي استخدام تقنية الترميز الشريطي للحمض النووي لمصادقة المواد الطبية النباتية ، والنبات الطبي Angelica sinensis (Oliv.) تم تحديد Diels كمثال.

Abstract

تعتبر النباتات الطبية موارد قيمة على مستوى العالم وتستخدم في جميع أنحاء العالم للحفاظ على الصحة وعلاج الأمراض. ومع ذلك ، فإن وجود الغش يعيق تطورها. يسهل الترميز الشريطي للحمض النووي ، وهو تقنية لتحديد الأنواع من خلال مناطق الحمض النووي القياسية ، التعرف الفوري والدقيق على النباتات الطبية التقليدية. تستلزم عملية الترميز الشريطي للحمض النووي ست خطوات أساسية: 1) معالجة النباتات الطبية ، 2) استخراج الحمض النووي الكلي عالي الجودة من النباتات الطبية باستخدام طريقة عمود الطرد المركزي ، 3) تضخيم فاصل الحمض النووي الداخلي المنسوخ لمنطقة الحمض النووي المستهدفة 2 (ITS2) باستخدام بادئات عالمية للنباتات وإجراء تسلسل سانجر ، 4) الربط والمحاذاة للحصول على التسلسل المستهدف ، 5) مطابقة تسلسل الباركود مع مكتبة الباركود لتحديد الهوية ، 6) محاذاة التسلسل ، ومقارنة التباين غير المحدد وبين الأنواع ، وبناء شجرة الانضمام إلى الجيران النشوء والتطور. كما هو موضح في النتائج ، يمكن للبرايمر العالمي تضخيم المنطقة المستهدفة. توضح أداة البحث عن المحاذاة المحلية الأساسية (BLAST) أن النسبة المئوية المحددة كانت 100٪، وتوضح الشجرة المنضمة إلى الجار أن تسلسلات الربط تم تجميعها مع A. sinensis OR879715.1 clade، وقيمة دعم الكليد هي 100. يوفر هذا البروتوكول مرجعا لتطبيق تقنية الترميز الشريطي للحمض النووي كطريقة فعالة لتحديد النباتات الطبية والمواد المغلفة.

Introduction

للنباتات الطبية مجموعة واسعة من التأثيرات الدوائية وهي مواد مهمة لعلاج الأمراض والوقاية منها. طلب السوق على النباتات الطبية في الأدوية العشبية والمنتجات الصيدلانية ضخم ولا يزال في ازدياد. مع تزايد سوق النباتات الطبية ، أعاقت مشكلة الغش نمو النباتات الطبية. حاليا ، يعاني غش النباتات الطبية من هذه الأسباب: 1) التشكل المماثل للنباتات الطبية يجعل من الصعب التعرف عليها واستخدامها بشكل صحيح^{1،2،3،4،5} ، 2) أدى الطلب المتزايد على النباتات الطبية إلى عدم كفاية العرض في السوق

Protocol

1. تحضير العينة

1. استخدمت الدراسة الحالية A . sinensis البالغ من العمر عامين مع درجة حرارة منخفضة وأشعة الشمس الطويلة على ارتفاع 2800 متر من مقاطعة مين بمقاطعة قانسو كمواد تجريبية. تم اختيار ثلاثة نباتات تم اختيار أكثر من ثلاثة جذور منها للتجريب. اشطف الجذور أولا بالماء المعقم ثم نظفها باستخدام بخاخ الكحول أو مسحات الكحول لمنع التلوث الذي قد يؤثر على دقة النتائج التجريبية. قطع الجذور إلى قطع أصغر من 5 مم باستخدام مشرط معقم وتخلط لمزيد من التحليل. (الشكل 2).
   ملاحظة: بدلا من ذلك ، ضع الجذور في النيتروجين السائل حتى تنضج ، مما يسهل كسرها اعتمادا على شكل النباتات الطبية وص....

النتائج

عينة من جودة الحمض النووي

كان نطاق نسب امتصاص OD260 / OD280 1.80-1.84. كانت كمية الحمض النووي المقاسة بواسطة مقياس الطيف الضوئي لكل عينة أكبر من 100 نانوغرام / ميكرولتر (الجدول 3) ، مما يشير إلى جودة جيدة لاستخراج الحمض النووي للعينة. يشير هذا إلى أن ا?.......

Discussion

تقنية التحديد الجزيئي أسهل في التعلم والإتقان من طرق تحديد الهوية التقليدية. يتغلب على قيود تحديد الأعشاب الطبية التقليدية ، حيث لا يتأثر بمرحلة نمو النبات ولا يعتمد على الحكم الذاتي أو تراكم الخبرات المتخصصة³⁵. يتم الخلط بين الأنواع الأخرى و A. sinensis بسب.......

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
CTAB Rapid Plant Genomic DNA Extraction Kit	Shanghai Huiling Biotechnology Co.	NG411M	Suitable for rapid extraction of high quality genomic DNA from different tissues of a wide range of plants
DL5000 DNA Marker	Nanjing vazyme Bio-technology Co.	MD102-02	Ready-to-use product, take an appropriate amount of this product directly for electrophoresis when running the gel.
Electrophoresis	Beijing Liuyi Biotechnology Co.	DYY-6C	Adopt touch screen design, can display set voltage, set current at the same time, parallel output
Ethylenediaminetetraacetic acid	BeijingpsaitongBiotechnologyCo.,Ltd	E70015-100G	Nuclear Isolation Buffer formulation reagents.
Goldview Nucleic Acid Gel Stain(10,000×)	Yisheng Biotechnology (Shanghai) Co., Ltd	10201ES03	When using agarose gel electrophoresis to detect DNA, it binds to DNA and produces a strong fluorescent signal.
High-Speed Tabletop Centrifuge	Changsha High-tech Industrial Development Zone Xiangyi Centrifuge Instrument Co.	H1650	For fast and efficient separation of samples, this compact and lightweight centrifuge offers reliable safety
High-Throughput Tissue Grinder	Shanghai Jingxin Industrial Development Co.	Tiss-48	A high-frequency vibration instrument for grinding samples
http://www.gpgenome.com/	Institute of Chinese Materia Medica, China Academy of Chinese Medical Sciences	-	HerbGenomics database includes genome sequences, gene sets, organelle genomes, low coverage genome data and DNA barcode sequences.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/	U.S. National Library of Medicine	-	The National Center for Biotechnology Information advances science and health by providing access to biomedical and genomic information.
Kylin-Bell	Haimen Qilinbel Instrument Manufacturing Co.	VORTEX-5	Rapid mixing in the form of a high-speed vortex, mixing speed, uniformity, thoroughness
LifeTouch	Hangzhou BORI Technology Co.	TC-96/G/H(b)B	Adoption of advanced thermoelectric refrigeration technology and newly created TAS technology to enhance its overall performance
Multi-functional Gel Image Analysis System	Southwest Operation Center of Shanghai Tianneng Life Science Co.	Tanon-Mini Space 2000	Performs rapid gene amplification experiments with a gradient function for mapping amplification conditions and a gradient temperature range of up to 30°C
NaCl	Beijing Solarbio Science&Technology Co.,Ltd.	S8210-100	Nuclear Isolation Buffer formulation reagents.
Nanodrop One	Genes Ltd.	ND ONE	Quantify DNA, RNA and protein samples in seconds with just 1-2 µL of sample
Polyvinyl pyrrolidone	Shanghai yuanye Bio-Technology Co., Ltd	S30268-500g	Nuclear Isolation Buffer formulation reagents.
Snowflake Ice Maker	Shanghai Zhixin Experimental Instrument Technology Co.	ZX-60X	Adopting rotary extrusion ice making method, fast ice making speed and high efficiency of ice production
Stainless Steel Beads for Tissue Homogenizer	Beyotime Biotechnology.	F6623	Equipment for grinding and mixing of tissue and other samples by vibration
Tris Acetate-EDTA buffer	Beyotime Biotech Inc	ST716	TAE is a commonly used buffer for DNA electrophoresis, frequently employed in agarose gel electrophoresis.
Tris-HCl	Beijing Solarbio Science&Technology Co.,Ltd.	T8230	Nuclear Isolation Buffer formulation reagents.
Water bath Kettle	Shanghai Senxin Experimental Instrument Co.	DK-8D	Precise thermostat and temperature regulation, accurate and reliable temperature control
β-mercaptoethanol	Shanghai Eon Chemical Technology Co.	R054186-100ml	Nuclear Isolation Buffer formulation reagents.