CorrelationCalculator: A Bioinformatics Tool for Building Single Interaction Metabolites Network Based on Expression Data

للبدء ، قم بتنزيل نموذج ملف إدخال محدد بفواصل يحتوي على قائمة من المستقلبات مع قياسات تجريبية. انقر نقرا مزدوجا فوق نموذج الملف الذي تم تنزيله لفتحه والتحقق من أنه يحتوي على ملصقات لكل من العينات والمستقلبات. بعد ذلك ، قم بتنزيل تطبيق Java لحاسبة الارتباط ، وانقر نقرا مزدوجا فوق ملف JAR الذي تم تنزيله لتشغيل التطبيق.

في علامة التبويب الإدخال ، انقر فوق الزر استعراض لتحميل ملف الإدخال. ضمن تحديد تنسيق الملف، حدد العينات في الصفوف. انقر فوق الزر التالي من أسفل يمين النافذة للانتقال إلى علامة التبويب تطبيع البيانات.

ضمن تحديد الأساليب، حدد المربع بجوار السجل لتحويل البيانات وتغيير حجم البيانات تلقائيا. ضمن البيانات التي تمت تسويتها ، انقر فوق الزر تشغيل. بمجرد اكتمال التطبيع ، انقر فوق حفظ زر لحفظ ملف البيانات الجديد.

انقر فوق الزر التالي للانتقال إلى علامة التبويب تحليل البيانات وضمن حساب ارتباط بيرسون ، انقر فوق تشغيل لتحديد أفضل نطاق ارتباط لبيرسون للبيانات. انقر فوق الزر مدرج تكراري للعرض لمراجعة تكرار درجات ارتباط بيرسون القصوى لكل معلم في زر عرض الخريطة الحرارية لمراجعة تمثيل مصفوفة ارتباط بيرسون. ضمن تصفية حسب ارتباطات بيرسون، اترك الأرقام الافتراضية للتصفية حسب نطاق من 0.00 إلى 1.00.

ثم ضمن تحديد طريقة الارتباط الجزئي ، حدد الطريقة المطلوبة كطريقة DSPC. وضمن حساب الارتباطات الجزئية ، انقر فوق الزر تشغيل. انقر فوق عرض ملف CSV لعرض النتائج ، وانقر فوق الزر حفظ لحفظ النتائج.

تم عرض شبكة تمثيلية تم إنشاؤها من مجموعة فرعية من بيانات الأيض لدراسة سكان KORA تتكون من 151 مستقلبا عبر 240 شخصا. أدى تجميع الشبكة بتوافق الآراء إلى تحديد تسع شبكات فرعية أو وحدات أيضية.