ابدأ بتنزيل بنية مركب البروتين البروتيني. لهذا ، انتقل إلى الصفحة الرئيسية لبنك بيانات البروتين وأدخل معرف PDB في مربع البحث الرئيسي. في الصفحة الرئيسية للهيكل ، انقر فوق تنزيل الملفات ، ثم على التجميع البيولوجي 1 لتنزيل الملفات بتنسيق PDB-gz.
افتح البنية التي تم تنزيلها في UCSF Chimera. انتقل إلى الأدوات ، ثم الهيكل / التحرير ، وانقر فوق تغيير معرفات السلسلة. أعد تسمية السلسلة الثانية ، التي تم تسميتها في البداية على أنها A إلى B.ثم ، انقر فوق المفضلة ، متبوعة بلوحة النموذج.
حدد النموذج الذي يحتوي على السلسلتين ، وانقر فوق زر التجميع / فك التجميع لفصل كل سلسلة إلى نموذج مختلف. بعد ذلك ، حدد النموذجين وانقر على زر النسخ / الدمج. أدخل اسما جديدا للنموذج المدمج، وتحقق من نماذج قريبة المصدر، وانقر فوق موافق.
انقر فوق تحديد ، ثم سلسلة ، وتأكد من أن السلاسل في dimer تم تحديدها الآن على أنها A و B.انقر فوق الملف ، واحفظ PDB لحفظ البنية المحررة كملف PDB جديد. لتحديد الجزء المستهدف في بروتين الليجند ، انتقل إلى خادم BUDE Alanine Scan. انقر فوق الزر اختيار ملف ضمن الهيكل وتحميل وتحميل ملف PDB المحفوظ.
في الصفحة التالية ، تحقق من تحميل البنية بشكل صحيح وأدخل اسما للوظيفة في الخادم. قم بتعيين السلاسل A كمستقبل ، و B كرابط ، وانقر على زر بدء المسح لإرسال الوظيفة. بمجرد الانتهاء من المهمة ، انقر فوق إظهار النتائج لفتح صفحة النتائج.
من قائمة المخلفات ، حدد امتداد المخلفات المتوقع أن تتفاعل بشكل أفضل مع سطح الربط المستهدف. باستخدام هذا البروتوكول ، تم التنبؤ بجزء من الأحماض الأمينية يتفاعل مع سطح ربط IRF5. باستخدام طفرات مسح الألانين الحسابية ، تم توقع مقطع من الأحماض الأمينية من 13 من المواضع 424 إلى 436 ، مع بدء شكل PLXIS عند أرجينين 432.
