لتكوين بيئة تسريع GPU ، افتح الجهاز وأدخل الأمر nvidia-smi. تحقق من أن الأمر يعرض بنجاح جميع المعلومات حول بطاقة GPU وأن إصدار CUDA أعلى من 10.2. ثم قم بتنفيذ الأمر conda V لتأكيد تثبيت Conda.
أدخل الأمر التالي. لإعداد البيئة الظاهرية وانتظر بضع دقائق حتى يتم تكوين البيئة بنجاح. تنفيذ الأمر كوندا تنشيط CRYOSIEVE_ENV.
لتنشيط البيئة الافتراضية التي تم إنشاؤها حديثا. لتثبيت CryoSieve ، قم بتشغيل أمر pip install cryosieve. بعد التثبيت ، أدخل الأمر cryosieve h للتأكد من عرض معلومات المساعدة بشكل صحيح.
من EMPIAR ، قم بتنزيل مجموعة بيانات المكدس النهائي EMPIAR-10097. افتح GitHub ثم قم بتنزيل ملف النجمة والقناع. MRC والأولي.
نموذج MRC. ضع كل هذه الملفات في مجلد معا. افتح الجهاز واستخدم الأمر مسار ملف القرص المضغوط للانتقال إلى المجلد الذي يحتوي على مجموعة البيانات.
ثم أدخل أمر تنشيط CRYOSIEVE_ENV conda لتنشيط بيئة Conda. استخدم الأمر التالي. لبدء غربلة الجسيمات ، راقب العرض الطرفي لسجلات الإخراج لكل تكرار.
أدخل الأمر المشار إليه لطباعة نتائج الدقة ل 10 تكرارات للغربلة. كومة الجسيمات التي تمت تصفيتها في التكرار السابع لديها أعلى دقة مع أقل عدد من الجسيمات التي تظهر النتيجة المثلى. لاستيراد الجسيمات المنخلة، افتح واجهة الويب CryoSPARC.
أدخل مساحة عمل وانقر على زر المنشئ في أعلى يمين اللوحة. ثم حدد وانقر على خيار استيراد مكدس الجسيمات. من قسم المعلمات في لوحة استيراد مكدس الجسيمات، حدد مسار تعريف الجسيمات ك _.
nstar من مجلد الإخراج ومسار بيانات الجسيمات إلى المجلد الذي يحتوي على ملف MRCS. انقر فوق الزر "مهمة قائمة الانتظار" متبوعا بزر قائمة الانتظار لبدء العملية. في اللوحة العلوية اليمنى من CryoSPARC ، انقر فوق زر المنشئ ، ثم حدد وانقر فوق خيار استيراد وحدات تخزين 3D.
حدد مسار بيانات وحدة التخزين كمسار أولي. MRC. انقر فوق الزر "مهمة قائمة الانتظار" متبوعا بزر قائمة الانتظار لبدء العملية.
مرة أخرى ، انقر فوق زر المنشئ وحدد خيار التحسين المتجانس. في اللوحة الرئيسية على اليسار ، افتح المهمة لاستيراد مكدس الجسيمات للتكرار الرابع. اسحب وحدة الجسيمات المستوردة من الجانب الأيمن من اللوحة الرئيسية وقم بإفلاتها في قسم مكدسات الجسيمات في المنشئ.
انقر فوق علامة X الحمراء لإغلاق مهمة استيراد مكدس الجسيمات. افتح المهمة لاستيراد وحدات تخزين 3D. اسحب وحدة وحدات التخزين المستوردة من الجانب الأيمن من اللوحة الرئيسية وقم بإفلاتها في قسم وحدة التخزين الأولية للمنشئ.
ضمن مجلد المعلمات ، حدد موقع خيار التماثل واضبطه على C3. ابحث عن خيار فرض إعادة تقسيم GS وقم بتعطيله. انقر فوق الزر Queue JOb متبوعا بزر قائمة الانتظار لبدء التحسين المتجانس. بمجرد الانتهاء من جميع المهام ، راجع النتائج وتأكد من أن مكدس الجسيمات الذي تمت تصفيته في التكرار السادس قدم النتيجة المثلى.
يتم عرض نموذج لرسم خرائط ونصف خرائط منحنيات ارتباط قذيفة فورييه لخرائط الكثافة المعاد بناؤها لمجموعة بيانات تقليم الهيماجلوتينين للأنفلونزا قبل وبعد الطريقة. كما تمت مقارنة خرائط الكثافة الخام والحادة مع مستوى الكنتور المكافئ المطبق. يتضح تحسين خرائط الكثافة المعاد بناؤها من مقارنة السلاسل الجانبية في الخرائط الحادة.
بعد إزالة غالبية الجسيمات في المكدس النهائي ، ارتفع عامل روزنتال هندرسون B من 226.9 مربع أنجستروم إلى 146.2 أنجستروم مربع. أشارت معلمات مثل الدقة المحلية وعامل B المحلي و RESLOG إلى أن CryoSieve يعزز جودة خرائط الكثافة والجسيمات.
