للبدء ، قم بتنزيل أحدث إصدار من فيجي وتثبيته على جهاز كمبيوتر. بعد تنزيل convert_to_TIFF. py script ، اسحب البرنامج النصي وأفلته في فيجي وقم بتشغيل الكود.
استعرض وصولا إلى المسار حيث يتم تخزين التجربة. يتم إنشاء الملفات المحولة TIFF داخل نفس المجلد التجريبي. انقر فوق المكونات الإضافية ، ثم 3D Suite ، وافتح خيارات مدير 3D.
ضمن نافذة مدير 3D ، حدد خانات الاختيار المقابلة لوحدة التخزين ، ومتوسط القيمة الرمادية ، والمربع المحيط بالبكسل ، والقيمة الرمادية للانحراف المعياري ، والنقطه الوسطى بالبكسل ، والنقطه الوسطى في الوحدة. حدد استبعاد الكائنات على الحواف XY، واستبعد الكائنات على الحواف Z.ثم انقر فوق موافق. افتح الصورة الفلورية للخلايا اللمفاوية التائية البشرية.
انقر فوق Control Shift D لمضاعفة قناة البروتين، بما في ذلك المكدس. حدد خانة الاختيار المكدس التشعبي. حدد رقم القناة المناسب داخل مربع القنوات وأعد تسميته وفقا لذلك.
لتشغيل مسجل ماكرو فيجي ، انتقل إلى المكونات الإضافية ، ثم وحدات الماكرو ، وحدد تسجيل. بعد ذلك ، لفتح المكون الإضافي FindFoci ، انقر بالتتابع على المكونات الإضافية GDSC و FindFoci و FindFoci GUI. من القائمة المنسدلة للصورة ، حدد الصورة المراد تحليلها.
اضبط التمويه الغاوسي على 1.5 ، وطريقة الخلفية على الانحراف المعياري فوق المتوسط ، ومعلمة الخلفية على تسعة ، وطريقة البحث على جزء من خلفية الذروة ، ومعلمة البحث على 0.7 ، وطريقة الذروة على النسبية فوق الخلفية ، ومعلمة الذروة على 0.2 ، والحد الأدنى للحجم إلى خمسة. اضبط القمم القصوى على أرقام عالية لتضمين كل البؤر في الصورة. لتحسين تحديد البؤر ، اضبط التمويه الغاوسي بالقرب من قطر البؤر ، وقم بزيادة قيم معلمة الخلفية لفرض عتبات أكثر صرامة.
بعد ذلك ، قم بتقليل قيم معلمة البحث لتضمين مناطق بعيدة عن ذروة التألق وتقليل قيم معلمة الذروة لفصل القمم. قم بتشغيل FindFoci وانسخ السلسلة التي تظهر في نافذة المسجل. تحتوي السلسلة على المعلمات المحددة، باستثناء علامتي الاقتباس.
بعد تنزيل البرنامج النصي nuclear_prod_q. py ، اسحب البرنامج النصي وأفلته في فيجي ، وانقر فوق تشغيل لتنفيذ الكود. في قناة النواة ، أدخل الرقم المقابل لقناة DAPI.
لطمس النواة الغاوسي ، أدخل قيمة سيجما اللازمة لطمس الصورة للتجزئة. ثم أدخل الرقم المقابل لقناة تلطيخ الفائدة لقناة البروتين. في المعلمة FindFoci ، الصق السلسلة التي تمثل تسجيل الماكرو للمعلمات المحددة.
حدد خانة الاختيار المرئية وانقر فوق استعراض لتحديد الدليل حيث يتم تخزين الصور. بمجرد تجميع جميع المربعات ، انقر فوق "موافق" لمتابعة التنفيذ. من قائمة عائد الاستثمار في نافذة مدير عائد الاستثمار 3D ، حدد قناة النواة ، وانقر فوق عائد الاستثمار المباشر للتشغيل.
حدد عائد الاستثمار الذي ينتمي إلى نفس النواة واضغط على دمج. وبالنسبة للنوى غير المرغوب فيها ، اضغط على حذف. مرة أخرى ، انقر فوق عائد الاستثمار المباشر للتشغيل ، وحدد الكل ، وتأكد من أن جميع النوى مجزأة بشكل صحيح.
من مجلد القياس الكمي ، افتح ملف TXT مع سجلات المعلمات المستخدمة للتحليل. افتح Google Colab في متصفح. ثم ، من الملف ، حدد فتح دفتر الملاحظات ، وقم بتحميل مقاييس البروتين النووي النهائية.
برنامج IPYNB النصي. قم بتحميل جميع المجلدات التي تحتوي على ملفات CSV لكل حقل صورة في مجلد تفضيلات في Google Drive. في دفتر الملاحظات ، أشر إلى مسار المجلد حيث يتم تخزين مجلدات النتائج الفرعية وقم بتشغيل جميع الخلايا.
عند الانتهاء من تجميع الكود ، افتح ملف جدول البيانات النهائي الذي يحتوي على جميع البيانات المجمعة.
