Identification of Protein Complexes in <em>Escherichia coli</em> using Sequential Peptide Affinity Purification in Combination with Tandem Mass Spectrometry

Since most cellular processes are mediated by macromolecular assemblies, the systematic identification of protein-protein interactions (PPI) and the ...

University of Toronto

IpaH &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x662F;&#x53D1;&#x8868;&#x4E09;&#x5206;&#x6CCC;&#x88C5;&#x7F6E;&#x7C7B;&#x578B;&#x8FDB;&#x5165;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x611F;&#x67D3;&#x540E;&#x7684;&#x9769;&#x5170;&#x9634;&#x6027;&#x75C5;&#x539F;&#x83CC;&#x75E2;&#x75BE;&#x7684; E3 &#x6CDB;&#x7D20;&#x8FDE;&#x63A5;&#x9176;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7531;&#x53D8;&#x5BCC;&#x4EAE;&#x6C28;&#x9178;&#x91CD;&#x590D;&#x5305;&#x542B; N &#x7EC8;&#x7AEF;&#x57DF;&#x548C;&#x7A9D;&#x85CF;&#x662F;&#x5173;&#x952E;&#x6D3B;&#x52A8;&#x7684;&#x56FA;&#x5B9A;&#x534A;&#x80F1;&#x6C28;&#x9178;&#x6B8B;&#x7559;&#x5B88;&#x6052;&#x7684; C &#x672B;&#x7AEF;&#x57DF;&#x7EC4;&#x6210;&#x3002;IpaH &#x540C;&#x7CFB;&#x7269;&#x7684;&#x7F16;&#x7801;&#x7531;&#x5404;&#x79CD;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x52A8;&#x7269;&#x548C;&#x690D;&#x7269;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C55;&#x793A; IpaH C &#x7EC8;&#x7AEF;&#x57DF;&#x8FDB;&#x884C;&#x6CDB;&#x7D20;&#x8F6C;&#x79FB;&#x7684;&#x50AC;&#x5316;&#x6D3B;&#x6027;&#x548C; N &#x672B;&#x7AEF;&#x57DF;&#x8FDB;&#x884C;&#x7684;&#x5E95;&#x7269;&#x4E13;&#x4E00;&#x6027;&#x3002;IpaH C &#x7EC8;&#x7AEF;&#x57DF;&#xFF0C;&#x5230; 2.65 A &#x53F7;&#x51B3;&#x8BAE;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x8868;&#x793A;&#x8F74;&#x627F;&#x6BEB;&#x65E0;&#x76F8;&#x4F3C;&#x5148;&#x524D;&#x5B9A;&#x4E49;&#x7684; E3 &#x6CDB;&#x7D20;&#x8FDE;&#x63A5;&#x9176;&#x5168;&#x87BA;&#x65CB;&#x6298;&#x3002;&#x5B88;&#x6052;&#x548C;&#x5FC5;&#x9700;&#x7684;&#x534A;&#x80F1;&#x6C28;&#x9178;&#x6B8B;&#x7559;&#x5728;&#x4E8E;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7075;&#x6D3B;&#x3001; &#x8868;&#x9762;&#x66B4;&#x9732;&#x7684;&#x73AF;&#x8DEF;&#xFF0C;&#x5305;&#x56F4;&#x5B88;&#x6052;&#x9178;&#x6027;&#x7684;&#x6B8B;&#x7559;&#x7269;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x4E24;&#x4E2A;&#x662F; IpaH &#x6D3B;&#x52A8;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;

&#x5FD7;&#x8D3A;&#x6C0F;&#x83CC; T3SS &#x6548;&#x5E94;&#x5668; IpaH &#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x5B9A;&#x4E49;&#x4E00;&#x4E2A;&#x65B0;&#x7C7B; E3 &#x6CDB;&#x7D20;&#x8FDE;&#x63A5;&#x9176;&#x3002;

IpaH proteins are E3 ubiquitin ligases delivered by the type III secretion apparatus into host cells upon infection of humans by the Gram-negative pathogen Shigella flexneri. These proteins comprise a variable leucine-rich repeat-containing N-terminal domain and a conserved C-terminal domain harboring an invariant cysteine residue that is crucial for activity. IpaH homologs are encoded by diverse animal and plant pathogens. Here we demonstrate that the IpaH C-terminal domain carries the catalytic activity for ubiquitin transfer and that the N-terminal domain carries the substrate specificity. The structure of the IpaH C-terminal domain, determined to 2.65-A resolution, represents an all-helical fold bearing no resemblance to previously defined E3 ubiquitin ligases. The conserved and essential cysteine residue lies on a flexible, surface-exposed loop surrounded by conserved acidic residues, two of which are crucial for IpaH activity.

Structure of the Shigella T3SS effector IpaH defines a new class of E3 ubiquitin ligases.

IpaH prot&eacute;ines sont E3 ubiquitine ligases envoy&eacute;es par le type III appareils de s&eacute;cr&eacute;tion dans les cellules de l&#39;h&ocirc;te &agrave; l&#39;infection humaine par le pathog&egrave;ne Gram Shigella flexneri. Ces prot&eacute;ines forment un domaine de N-terminal riche en leucine contenant r&eacute;p&eacute;tition variable et un domaine C-terminal conserv&eacute; contenant un r&eacute;sidu de cyst&eacute;ine invariant qui est crucial pour l&#39;activit&eacute;. IpaH homologues sont cod&eacute;es par divers animaux et agents pathog&egrave;nes des plantes. Nous d&eacute;montrons que le domaine C-terminal de IpaH exerce l&#39;activit&eacute; catalytique pour le transfert de l&#39;ubiquitine et que le domaine N-terminal porte la sp&eacute;cificit&eacute; de substrat. La structure du domaine C-terminal de IpaH, d&eacute;termin&eacute; &agrave; 2,65-r&eacute;solution, repr&eacute;sente un h&eacute;lice tout pli ne portant aucune ressemblance &agrave; d&eacute;fini pr&eacute;c&eacute;demment E3 ubiquitine ligases. Le r&eacute;sidu de cyst&eacute;ine conserv&eacute;s et essentielle se situe sur une boucle souple, surface expos&eacute;e, entour&eacute;e par les r&eacute;sidus acides conserv&eacute;s, dont deux sont essentiels pour l&#39;activit&eacute; IpaH.

Structure de l&#39;effecteur de Shigella T3SS IpaH d&eacute;finit une nouvelle classe de E3 ubiquitine ligases.

IpaH-Proteine sind E3-Ubiquitin-Verkn&uuml;pfung von der Typ-III-Sekretion-Apparat in Wirtszellen auf Infektion des Menschen durch das Gramnegative Erreger Shigella Flexneri geliefert. Diese Proteine bestehen aus einer Variable Leucin-reiche wiederholen-haltigen N-terminalen Dom&auml;ne und einer konservierten C-terminalen Dom&auml;ne beherbergen eine invariante Cystein-R&uuml;ckst&auml;nde, die f&uuml;r die T&auml;tigkeit von entscheidender Bedeutung ist. IpaH UCP1 kodiert werden vielf&auml;ltige Tier und Pflanze Krankheitserreger. Hier zeigen wir, dass die IpaH C-terminalen Dom&auml;ne die katalytische Aktivit&auml;t f&uuml;r Ubiquitin-Transfer f&uuml;hrt und die N-terminalen Dom&auml;ne der Substratspezifit&auml;t tr&auml;gt. Die Struktur der IpaH C-terminalen Dom&auml;ne, entschlossen, 2,65-A Aufl&ouml;sung, stellt eine All-Kegelrad Falte, die keine &Auml;hnlichkeit zu vorher definierten E3-Ubiquitin-Verkn&uuml;pfung. Der konservierten und wesentlichen Cystein-R&uuml;ckstand liegt auf einer flexiblen, Oberfl&auml;che exponierten Schleife umgeben von konservierten sauren R&uuml;ckst&auml;nde, zwei davon sind entscheidend f&uuml;r IpaH Aktivit&auml;t.

Struktur der Shigellen T3SS Effektor IpaH definiert eine neue Klasse von E3-Ubiquitin-Verkn&uuml;pfung.

IpaH proteine sono E3 ubiquitina ligasi consegnati dal tipo apparato di secrezione di III in cellule ospiti all&#39;infezione degli esseri umani dai patogeni gram-negativi Shigella flexneri. Queste proteine costituiscono un variabile ricca di leucina contenente ripetere dominio N-terminale e un dominio C-terminale conservato harboring un residuo di cisteina invarianti che &egrave; cruciale per l&#39;attivit&agrave;. IpaH omologhi sono codificati da diversi animali e agenti patogeni vegetali. Qui dimostriamo che il dominio C-terminale IpaH trasporta l&#39;attivit&agrave; catalitica di ubiquitin trasferimento e che il dominio N-terminale trasporta la specificit&agrave; di substrato. La struttura del dominio C-terminale IpaH, determinato a 2,65-A risoluzione, rappresenta una piega all-elicoidale non recanti alcuna somiglianza con precedentemente definiti E3 ubiquitina ligasi. I residui di cisteina conservata ed essenziale si trova su un anello flessibile, superficie esposta circondato da residui acidi conservati, due dei quali sono cruciali per l&#39;attivit&agrave; di IpaH.

Struttura della Shigella T3SS effettrici IpaH definisce una nuova classe di E3 ubiquitina ligasi.

IpaH &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7; III &#x5206;&#x6CCC;&#x88C5;&#x7F6E;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;&#x611F;&#x67D3;&#x6642;&#x306E;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x9670;&#x6027;&#x306E;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x306E;&#x8D64;&#x75E2;&#x83CC; flexneri &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x914D;&#x4FE1; E3 &#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30C1;&#x30F3;&#x30EA; &#x30AC;&#x30FC;&#x30BC;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x3001;&#x53EF;&#x5909;&#x30ED;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x7E70;&#x308A;&#x8FD4;&#x3057;&#x3092;&#x542B;&#x3080; N &#x672B;&#x7AEF;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x3068;&#x6D3B;&#x52D5;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3001;&#x4E0D;&#x5909;&#x306E;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30A4;&#x30F3;&#x6B8B;&#x57FA;&#x3092;&#x304B;&#x304F;&#x307E;&#x3063;&#x3066;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F; C &#x672B;&#x7AEF;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x3092;&#x69CB;&#x6210;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;IpaH &#x540C;&#x65CF;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;&#x591A;&#x69D8;&#x306A;&#x52D5;&#x7269;&#x3084;&#x690D;&#x7269;&#x306E;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6211;&#x3005; IpaH &#x306E; C &#x672B;&#x7AEF;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3; &#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30C1;&#x30F3;&#x8EE2;&#x9001;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x89E6;&#x5A92;&#x6D3B;&#x6027;&#x3092;&#x904B;&#x3076;&#x3057;&#x3001;N &#x672B;&#x7AEF;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x304C;&#x57FA;&#x8CEA;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3092;&#x904B;&#x3076;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;2.65 A &#x5206;&#x89E3;&#x80FD;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3001;IpaH C &#x672B;&#x7AEF;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x306F;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3057;&#x305F; E3 &#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30C1;&#x30F3;&#x30EA; &#x30AC;&#x30FC;&#x30BC;&#x306B;&#x4F3C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x8EF8;&#x53D7;&#x306A;&#x3044;&#x306F;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x30D8;&#x30EA;&#x30AB;&#x30EB; &#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30EB;&#x30C9;&#x3092;&#x8868;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3001;&#x5FC5;&#x8981;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x306A;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30A4;&#x30F3;&#x6B8B;&#x57FA;&#x306E; 2 &#x3064;&#x306E; IpaH &#x6D3B;&#x52D5;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x4FDD;&#x5B58;&#x306E;&#x9178;&#x6027;&#x6B8B;&#x57FA;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x56F2;&#x307E;&#x308C;&#x305F;&#x67D4;&#x8EDF;&#x306A;&#x8868;&#x9762;&#x9732;&#x51FA;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x8D64;&#x75E2;&#x83CC; T3SS &#x30A8;&#x30D5;&#x30A7;&#x30AF;&#x30BF;&#x30FC; IpaH &#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x306F;&#x3001;E3 &#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30C1;&#x30F3;&#x30EA; &#x30AC;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

IpaH &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC740; E3 &#xC720;&#xBE44;&#xD034;&#xD2F4; ligases &#xADF8;&#xB78C; &#xC74C;&#xC131; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xCCB4; Shigella flexneri&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xAC10;&#xC5FC; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC140;&#xC5D0; &#xD615;&#xC2DD; III &#xBD84; &#xBE44; &#xAE30;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC804;&#xB2EC;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBCC0;&#xC218; &#xC2E0; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xBC18;&#xBCF5;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; N &#xB9E8;&#xB05D; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xBC0F; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xACE0;&#xC815; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD14C;&#xC778; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C; &#xC740;&#xB2C9; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; C &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. IpaH homologs &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xB3D9;&#xBB3C;&#xACFC; &#xC2DD;&#xBB3C; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xADE0;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; IpaH C &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xC720;&#xBE44;&#xD034;&#xD2F4; &#xC804;&#xC1A1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCD09;&#xB9E4; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC744; &#xC218;&#xD589; &#xD558; &#xACE0; N &#xB9E8;&#xB05D; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xAE30;&#xC9C8; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131; &#xC6B4;&#xBC18; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. 2.65 A &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4;&#xB97C; &#xACB0;&#xC815; &#xD558;&#xB294; IpaH C &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xAD6C;&#xC870; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC815;&#xC758; &#xB41C; E3 &#xC720;&#xBE44;&#xD034;&#xD2F4; ligases &#xC544;&#xB2C8; &#xB2EE; &#xC558; &#xBCA0;&#xC5B4;&#xB9C1; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xD5EC;&#xB9AC;&#xCEEC; &#xBC30;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBCF4;&#xC874; &#xD558; &#xACE0; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC778; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD14C;&#xC778; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xC758; &#xC720;&#xC5F0; &#xD558; &#xACE0;, &#xD45C;&#xBA74;&#xC5D0; &#xB178;&#xCD9C; &#xB41C; &#xB8E8;&#xD504;&#xB294; &#xB450; &#xAC00;&#xC9C0; IpaH &#xD65C;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; &#xC0B0; &#xC131; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xB458;&#xB7EC;&#xC2F8;&#xC5EC; &#xAC70;&#xC9D3;&#xB9D0;.

Shigella T3SS &#xC774;&#xD399;&#xD130; Ipah&#xC758; &#xAD6C;&#xC870; E3 &#xC720;&#xBE44;&#xD034;&#xD2F4; ligases&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC815;&#xC758;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

HAPI prote&iacute;nas son E3 ubiquitina ligasas entregadas por el tipo de aparato de secreci&oacute;n III en las c&eacute;lulas del hu&eacute;sped a la infecci&oacute;n de seres humanos por los pat&oacute;genos gram-negativos Shigella flexneri. Estas prote&iacute;nas constituyen un variable ricas en leucina que contienen repetici&oacute;n dominio N-terminal y un dominio c-terminal conservado albergando un residuo de ciste&iacute;na invariante que es crucial para la actividad. HAPI hom&oacute;logos se codifican por pat&oacute;genos de plantas y animales diversos. Aqu&iacute; demostramos que el dominio C-terminal de HAPI lleva la actividad catal&iacute;tica para la transferencia de la ubiquitina y que el dominio N-terminal lleva la especificidad de sustrato. La estructura del dominio C-terminal de HAPI, decididos a 2,65-una resoluci&oacute;n, representa un pliegue helicoidal todo no teniendo ning&uacute;n parecido con definido anteriormente E3 ubiquitina ligasas. El residuo de ciste&iacute;na esencial y conservado se encuentra en un lazo flexible, superficie expuesta rodeado de residuos &aacute;cidos conservados, dos de los cuales son cruciales para la actividad de HAPI.

Estructura de la Shigella T3SS efectoras HAPI define una nueva clase de E3 ubiquitina ligasas.

&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4E8E; Isochorismatase &#x7684;&#x6C34;&#x89E3;&#x9176; &#xFF08;&#x56FD;&#x9645;&#x4EBA;&#x9053;&#x4E3B;&#x4E49;&#x6CD5;) &#x6784;&#x6210;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5927;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x7684;&#x9176;&#x5206;&#x4E3A;&#x4E94;&#x4E2A;&#x7ED3;&#x6784;&#x5BB6;&#x5EAD; &#xFF08;&#x7531; SCOP)&#x3002;&#x9AD8;&#x6821;&#x662F;&#x7531;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x55DC;&#x94C1;&#x7D20;&#x4E09;&#x4EF7;&#x94C1;&#x91C7;&#x96C6;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5206;&#x5B50;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x7279;&#x70B9;&#x7684;&#x77E5;&#x8BC6;&#x5C06;&#x63D0;&#x9AD8;&#x94C1;&#x8FD0;&#x8F93;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x57FA;&#x7840;&#x7684;&#x8BA4;&#x8BC6;&#x548C;&#x4E5F;&#x8BB8;&#x89E3;&#x51B3;&#x4EE5;&#x524D;&#x6587;&#x732E;&#x4E2D;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x7684;&#x673A;&#x5236;&#xFF0C;&#x662F;&#x6B63;&#x786E;&#x7684;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A;&#x5047;&#x5B9A; isochorismatase &#x6C34;&#x89E3;&#x9176; OaIHL &#x8F7D;&#x8102;&#x86CB;&#x767D;-&#x7A97;&#x4F53;&#x7684;&#x6676;&#x4F53;&#x7ED3;&#x6784; &#xFF08;PDB &#x4EE3;&#x7801;&#xFF1A; 3LQY&#xFF09; &#x4ECE;&#x5357;&#x6781; &gamma; proteobacterium Oleispira &#x5357;&#x6781;&#x6D32;&#xFF0C;&#x548C;&#x505A;&#x6BD4;&#x8F83;&#x7684;&#x987A;&#x5E8F;&#x548C;&#x7ED3;&#x6784;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x5176;&#x6700;&#x63A5;&#x8FD1;&#x7684;&#x540C;&#x7CFB;&#x7269;&#x3002;&#x786E;&#x5B9A;&#x5E76;&#x8BA8;&#x8BBA;&#x4E86;&#x6240;&#x6709;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x7ED3;&#x6784;&#x5316;&#x7684;&#x7279;&#x5F81;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4E5F;&#x505C;&#x9760;&#x5230;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x6676;&#x4F53;&#x7ED3;&#x6784;&#x7531;&#x7845;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x7A81;&#x51FA;&#x663E;&#x793A;&#x4E0E;&#x57FA;&#x677F;&#x7684;&#x6D3B;&#x6027;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E2D;&#x7684; isochorismate&#x3002;&#x5047;&#x5B9A; isochorismate &#x6C34;&#x89E3; OaIHL O.&#x5357;&#x6781;&#x6D32;&#x4ECE;&#x62E5;&#x6709;&#x56FD;&#x9645;&#x4EBA;&#x9053;&#x4E3B;&#x4E49;&#x6CD5;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x5178;&#x578B;&#x50AC;&#x5316;&#x9ED1;&#x793E;&#x4F1A;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x9AD8;&#x6821;&#x4E0E; D-K-C &#x50AC;&#x5316;&#x9ED1;&#x793E;&#x4F1A;&#xFF0C;&#x800C;&#x4E0D;&#x662F;&#x90A3;&#x4E9B;&#x4E0E; D-K-X &#x4E09;&#x5408;&#x4F1A;&#x7684;&#x53D8;&#x79CD;&#xFF0C;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4E8E;&#x5176;&#x6D3B;&#x52A8;&#x7684;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x3002;OaIHL &#x4E0E;&#x56FD;&#x9645;&#x4EBA;&#x9053;&#x4E3B;&#x4E49;&#x6CD5;&#x8D85;&#x5BB6;&#x65CF;&#x7684;&#x5176;&#x4ED6;&#x6210;&#x5458;&#x5171;&#x4EAB;&#x4E00;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x987A;&#x5E8F;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x5728;&#x5BF9;&#x63A5;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x5728;&#x6D3B;&#x52A8;&#x7F51;&#x7AD9;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x8F83;&#x5C0F;&#x7684;&#x7845;&#xFF0C;&#x5C06; isochorismate &#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230;&#x7684; OaIHL &#x5728;&#x5429;&#x55EA;&#x5408;&#x6210;&#x86CB;&#x767D; PhzD &#xFF08;PDB &#x4EE3;&#x7801; 1NF8) &#x5728;&#x5176;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x6A21;&#x5F0F;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x4E2D;&#x3002;

&#x5047;&#x5B9A; isochorismatase Oleispira &#x5357;&#x6781;&#x6D32;&#x6C34;&#x89E3;&#x9176;&#x7684;&#x6676;&#x4F53;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;

Isochorismatase-like hydrolases (IHL) constitute a large family of enzymes divided into five structural families (by SCOP). IHLs are crucial for siderophore-mediated ferric iron acquisition by cells. Knowledge of the structural characteristics of these molecules will enhance the understanding of the molecular basis of iron transport, and perhaps resolve which of the mechanisms previously proposed in the literature is the correct one. We determined the crystal structure of the apo-form of a putative isochorismatase hydrolase OaIHL (PDB code: 3LQY) from the antarctic Î³-proteobacterium Oleispira antarctica, and did comparative sequential and structural analysis of its closest homologs. The characteristic features of all analyzed structures were identified and discussed. We also docked isochorismate to the determined crystal structure by in silico methods, to highlight the interactions of the active center with the substrate. The putative isochorismate hydrolase OaIHL from O. antarctica possesses the typical catalytic triad for IHL proteins. Its active center resembles those IHLs with a D-K-C catalytic triad, rather than those variants with a D-K-X triad. OaIHL shares some structural and sequential features with other members of the IHL superfamily. In silico docking results showed that despite small differences in active site composition, isochorismate binds to in the structure of OaIHL in a similar mode to its binding in phenazine biosynthesis protein PhzD (PDB code 1NF8).

Crystal structure of a putative isochorismatase hydrolase from Oleispira antarctica.

Isochorismatase type hydrolases (IHL) constituent une grande famille d&#39;enzymes, divis&eacute; en cinq familles structurelles (par la SCOP). IEHL est indispensables &agrave; l&#39;acquisition du fer ferrique m&eacute;di&eacute;e par les sid&eacute;rophores par les cellules. Connaissance des caract&eacute;ristiques structurelles de ces mol&eacute;cules am&eacute;liorera la compr&eacute;hension des bases mol&eacute;culaires du transport du fer et peut-&ecirc;tre r&eacute;soudre lequel des m&eacute;canismes pr&eacute;c&eacute;demment propos&eacute;es dans la litt&eacute;rature est la bonne. Nous avons d&eacute;termin&eacute; la structure cristalline de l&#39;apo-forme d&#39;une hydrolase putatif isochorismatase OaIHL (code PDB : 3LQY) de l&#39;Antarctique &gamma;-prot&eacute;obact&eacute;rie Oleispira Antarctique, et fait l&#39;analyse comparative de s&eacute;quentiel et structurelle de ses homologues plus proche de vous. Les traits caract&eacute;ristiques de toutes les structures analys&eacute;es ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;es et discut&eacute;es. Nous avons &eacute;galement ancr&eacute; isochorismate dans la structure crystal d&eacute;termin&eacute;e par des m&eacute;thodes in silico, de mettre en &eacute;vidence les interactions entre le centre actif avec le substrat. L&#39;hydrolase putatif isochorismate OaIHL d&#39;o. Antarctique poss&egrave;de la triade catalytique typique pour les prot&eacute;ines du droit international humanitaire. Son centre actif ressemble &agrave; ces IEHL avec une triade catalytique D-K-C, plut&ocirc;t que ces variantes avec une triade D-K-X. OaIHL partage certaines caract&eacute;ristiques structurales et s&eacute;quentielles avec d&#39;autres membres de la superfamille du droit international humanitaire. In silico docking r&eacute;sultats ont montr&eacute; que, malgr&eacute; de l&eacute;g&egrave;res diff&eacute;rences dans la composition du site actif, isochorismate se lie &agrave; la structure de OaIHL en un mode similaire &agrave; sa liaison de ph&eacute;nazine biosynth&egrave;se des prot&eacute;ines PhzD (PDB code 1NF8).

Structure cristalline d&#39;une hydrolase isochorismatase putatif de l&#39;Antarctique Oleispira.

Isochorismatase-wie-Hydrolasen (IHL) bilden eine gro&szlig;e Familie von Enzymen, aufgeteilt in f&uuml;nf strukturelle Familien (SCOOP). IHLs sind entscheidend f&uuml;r Eisen Eisen Siderophore-vermittelter Erwerb von Zellen. Wissen &uuml;ber die strukturellen Merkmale dieser Molek&uuml;le wird verbessern das Verst&auml;ndnis f&uuml;r die molekulare Basis der Eisen-Transport und vielleicht beheben, die zuvor in der Literatur vorgeschlagenen Mechanismen die richtige ist. Wir entschlossen die Kristallstruktur von Apo-Form ein mutma&szlig;liches Isochorismatase Hydrolase OaIHL (PDB-Code: 3LQY) aus der Antarktis &gamma;-Proteobacterium-Oleispira-Antarktis, und vergleichende sequentielle und strukturelle Analyse von seinen engsten UCP1 Tat. Die charakteristischen Merkmale aller untersuchten Strukturen wurden identifiziert und diskutiert. Wir angedockt auch Isochorismate, die zielstrebig Kristallstruktur von in Silico-Methoden, um die Interaktionen des aktiven Zentrums mit dem Substrat zu markieren. Die vermeintliche Isochorismate-Hydrolase OaIHL O. Antarktis besitzt die typische Katalytische Triade f&uuml;r IHL Proteine. Das aktive Zentrum &auml;hnelt diese IHLs mit einer D-K-C Katalytische Triade, anstatt diese Varianten mit einem D-Kx-Dreiklang. OaIHL teilt einige strukturellen und sequenziellen Funktionen mit anderen Mitgliedern der IHL-Superfamilie. In Silico Andocken Ergebnisse zeigten, dass trotz kleine Unterschiede in der Zusammensetzung der aktiven Site bindet Isochorismate an, in der Struktur der OaIHL in einem &auml;hnlichen Modus auf seine Bindung in Phenazin Biosynthese Protein PhzD (PDB Code 1NF8).

Kristallstruktur von einem vermeintlichen Isochorismatase-Hydrolase Oleispira Antarktis.

Isochorismatase-come idrolasi (IHL) costituiscono una grande famiglia di enzimi diviso in cinque famiglie strutturali (SCOP). IHLs sono di importanza cruciale per l&#39;acquisizione di ferro ferrico sideroforo-mediata da cellule. Conoscenza delle caratteristiche strutturali di queste molecole di migliorare la comprensione delle basi molecolari di trasporto del ferro e forse risolvere quale dei meccanismi precedentemente proposti in letteratura &egrave; quella corretta. Abbiamo determinato la struttura cristallina dell&#39;apo-forma di un isochorismatase putative idrolasi OaIHL (PDB code: 3LQY) dall&#39;Antartide Antartico &gamma;-proteobacterium Oleispira, e ha fatto analisi comparativa sequenziale e strutturale dei suoi omologhi pi&ugrave; vicine. I tratti caratteristici di tutte le strutture analizzate sono stati identificati e discussi. Abbiamo ancorato anche isochorismate la struttura cristallina determinata da in silico metodi, per evidenziare le interazioni del centro attivo con il substrato. L&#39;idrolasi putativo isochorismate OaIHL dall&#39;Antartide o. possiede la tipica triade catalitica per le proteine del diritto internazionale umanitario. Il suo centro attivo assomiglia a quelle IHLs con una triade catalitica di D-K-C, piuttosto che quelle varianti con una triade di D-K-X. OaIHL condivide alcune caratteristiche strutturali e sequenziale con altri membri della superfamiglia IHL. In silico docking risultati hanno mostrato che nonostante piccole differenze nella composizione del sito attivo, isochorismate si associa nella struttura del OaIHL in una modalit&agrave; simile alla sua associazione di proteine di biosintesi fenazina PhzD (PDB code 1NF8).

Struttura cristallina di un isochorismatase putative idrolasi dall&#39;Antartide Oleispira.

Isochorismatase &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x52A0;&#x6C34;&#x5206;&#x89E3;&#x9175;&#x7D20; (IHL) 5 &#x3064;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x5BB6;&#x65CF;&#x306B; &#xFF08;&#x30B9;&#x30B3;&#x30C3;&#x30D7;&#xFF09; &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5206;&#x3051;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x5927;&#x5BB6;&#x65CF;&#x3092;&#x69CB;&#x6210;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;IHLs &#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x9244;&#x62C5;&#x9244;&#x7D30;&#x80DE;&#x3092;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x7372;&#x5F97;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x7279;&#x6027;&#x306B;&#x95A2;&#x3059;&#x308B;&#x77E5;&#x8B58;&#x306F;&#x9244;&#x8F38;&#x9001;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x57FA;&#x76E4;&#x306E;&#x7406;&#x89E3;&#x3092;&#x9AD8;&#x3081;&#x308B;&#x3057;&#x3001;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x6587;&#x5B66;&#x3067;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x305F;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306E;&#x6B63;&#x3057;&#x3044; 1 &#x3064;&#x306F;&#x89E3;&#x6C7A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x63A8;&#x5B9A; isochorismatase &#x52A0;&#x6C34;&#x5206;&#x89E3;&#x9175;&#x7D20; OaIHL &#x306E; apo &#x5F62;&#x306E;&#x7D50;&#x6676;&#x69CB;&#x9020;&#x6C7A;&#x5B9A; (PDB &#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#xFF1A; 3LQY) &#x5357;&#x6975; &gamma; proteobacterium Oleispira &#x5357;&#x6975;&#x304B;&#x3089;&#x3068;&#x6700;&#x3082;&#x8FD1;&#x3044;&#x540C;&#x65CF;&#x4F53;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30E3;&#x30EB;&#x3068;&#x69CB;&#x9020;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x884C;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x7279;&#x5FB4;&#x304C;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x8B70;&#x8AD6;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x3082;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x7D50;&#x6676;&#x69CB;&#x9020;&#x57FA;&#x677F;&#x3068;&#x6D3B;&#x6027;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x5F37;&#x8ABF;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E; silico &#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3067;&#x306F; isochorismate &#x3092;&#x30C9;&#x30C3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x63A8;&#x5B9A; isochorismate &#x52A0;&#x6C34;&#x5206;&#x89E3;&#x9175;&#x7D20; OaIHL O. &#x5357;&#x6975;&#x304B;&#x3089;&#x5178;&#x578B;&#x7684;&#x306A;&#x89E6;&#x5A92;&#x4E09;&#x30C4;&#x7D44;&#x6B8B;&#x57FA; IHL &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3092;&#x6240;&#x6709;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x6D3B;&#x6027;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089; IHLs D K C &#x306E;&#x89E6;&#x5A92;&#x30C8;&#x30E9;&#x30A4;&#x30A2;&#x30C9;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x4E9C;&#x7A2E; D K X &#x30C8;&#x30E9;&#x30A4;&#x30A2;&#x30C9;&#x306B;&#x4F3C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;OaIHL &#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x9806;&#x6B21;&#x6A5F;&#x80FD; IHL &#x30B9;&#x30FC;&#x30D1;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x3068;&#x5171;&#x6709;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B7;&#x30EA;&#x30B3; &#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x69CB;&#x6210;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x9055;&#x3044;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x30C9;&#x30C3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x306E; OaIHL &#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x30E2;&#x30FC;&#x30C9;&#x3068;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x3067;&#x30D5;&#x30A7;&#x30CA;&#x30B8;&#x30F3;&#x751F;&#x5408;&#x6210;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; PhzD (PDB &#x30B3;&#x30FC;&#x30C9; 1NF8&#xFF09; &#x3067; isochorismate &#x304C;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Oleispira &#x5357;&#x6975;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A; isochorismatase &#x52A0;&#x6C34;&#x5206;&#x89E3;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x7D50;&#x6676;&#x69CB;&#x9020;&#x3002;

Isochorismatase &#xAC19;&#xC740; hydrolases (IHL) (SCOP) &#xD558; &#xC5EC; 5 &#xAC1C;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xAC00;&#xC871;&#xC73C;&#xB85C; &#xB098;&#xB204;&#xC5B4; &#xD558;&#xB294; &#xD6A8;&#xC18C;&#xC758; &#xB300; &#xAC00;&#xC871;&#xC744; &#xAD6C;&#xC131; &#xD55C;&#xB2E4;. Ihls&#xC740; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xCCA0; &#xCCA0; siderophore &#xC911;&#xC7AC; &#xC218;&#xC9D1;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xD2B9;&#xC131;&#xC758; &#xC9C0;&#xC2DD; &#xCCA0; &#xC804;&#xC1A1;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xAE30;&#xC900;&#xC758; &#xC774;&#xD574;&#xB97C; &#xAC15;&#xD654; &#xD558; &#xACE0; &#xC544;&#xB9C8;&#xB3C4; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xBB38;&#xD559;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC81C;&#xC548; &#xB41C; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; &#xC911; &#xC62C;&#xBC14;&#xB978; &#xAC83;&#xC740; &#xD574;&#xACB0;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC0C1; isochorismatase &#xAC00;&#xC218;&#xBD84;&#xD574; &#xD6A8;&#xC18C; Oaihl&#xC758; apo &#xD615;&#xD0DC;&#xC758; &#xACB0;&#xC815; &#xAD6C;&#xC870;&#xB294; &#xACB0;&#xC815; (PDB &#xCF54;&#xB4DC;: 3LQY) &#xB0A8;&#xADF9; &gamma;-proteobacterium Oleispira &#xB0A8;&#xADF9;&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF8;&#xAC83;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xAC00;&#xAE4C;&#xC6B4; homologs&#xC758; &#xBE44;&#xAD50; &#xC21C;&#xCC28; &#xBC0F; &#xAD6C;&#xC870; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xD588; &#xC5B4;. &#xBAA8;&#xB4E0; &#xBD84;&#xC11D; &#xB41C; &#xAD6C;&#xC870;&#xC758; &#xD2B9;&#xC131; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD655;&#xC778; &#xB418;&#xC5C8;&#xACE0; &#xC124;&#xBA85;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; &#xAE30;&#xD310;&#xC73C;&#xB85C; &#xD65C;&#xC131; &#xC13C;&#xD130;&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xAC15;&#xC870; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574;, silico &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACB0;&#xC815;&#xB41C; &#xACB0;&#xC815; &#xAD6C;&#xC870; isochorismate &#xACE0;&#xC815;. &#xC0C1; isochorismate &#xAC00;&#xC218;&#xBD84;&#xD574; &#xD6A8;&#xC18C; &#xC624; &#xB0A8;&#xADF9;&#xC5D0;&#xC11C; OaIHL IHL &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xCD09;&#xB9E4; &#xD2B8;&#xB77C;&#xC774; &#xC5B4; &#xB4DC;&#xB97C;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0; &#xC788;&#xB2E4;. &#xD65C;&#xC131; &#xC911;&#xC2EC; D K C &#xCD09;&#xB9E4; &#xAE61;&#xD328;&#xC640; &#xADF8; IHLs &#xBCF4;&#xB2E4;&#xB294; D K X 3 &#xC778;&#xC870;&#xC640; &#xADF8; &#xBCC0;&#xC885; &#xC720;&#xC0AC;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. OaIHL IHL superfamily&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xD68C;&#xC6D0; &#xB4E4;&#xACFC; &#xC77C;&#xBD80; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xBC0F; &#xC21C;&#xCC28; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xACF5;&#xC720;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Silico &#xB3C4;&#xD0B9; &#xC561;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xAD6C;&#xC131;&#xC758; &#xC791;&#xC740; &#xCC28;&#xC774;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900; &#xACB0;&#xACFC;, isochorismate phenazine &#xC0DD; &#xD569;&#xC131; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; PhzD (PDB &#xCF54;&#xB4DC; 1NF8)&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xACFC; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xBAA8;&#xB4DC;&#xC5D0;&#xC11C; OaIHL &#xAD6C;&#xC870;&#xC5D0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Oleispira &#xB0A8;&#xADF9;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0C1; isochorismatase &#xAC00;&#xC218;&#xBD84;&#xD574; &#xD6A8;&#xC18C;&#xC758; &#xACB0;&#xC815; &#xAD6C;&#xC870;.

Isochorismatase-como hidrolasas (DHI) constituyen una gran familia de enzimas que se divide en cinco familias estructurales (por SCOP). IES son cruciales para la adquisici&oacute;n de hierro f&eacute;rrico sider&oacute;foro-mediada por c&eacute;lulas. Conocimiento de las caracter&iacute;sticas estructurales de estas mol&eacute;culas se mejorar la comprensi&oacute;n de las bases moleculares del transporte del hierro y tal vez resolver cu&aacute;l de los mecanismos propuestos previamente en la literatura es la correcta. Determinamos la estructura cristalina de la forma de una supuesta isochorismatase hidrolasa OaIHL apo (c&oacute;digo PDB: 3LQY) desde la Ant&aacute;rtida Ant&aacute;rtica &gamma;-proteobacterium de Oleispira, y lo hizo an&aacute;lisis comparativo secuencial y estructural de sus hom&oacute;logos m&aacute;s cercanos. Los rasgos caracter&iacute;sticos de todas las estructuras analizadas se identificaron y discutidos. Nosotros tambi&eacute;n atrac&oacute; isochorismate a la estructura de cristal determinado por m&eacute;todos de silico, para resaltar las interacciones del centro activo con el sustrato. La hidrolasa de supuesta isochorismate OaIHL de la Ant&aacute;rtida o. posee la t&iacute;pica tr&iacute;ada catal&iacute;tica para las prote&iacute;nas del DIH. Su centro activo se asemeja a las IES con una tr&iacute;ada catal&iacute;tica de D-K-C, en lugar de esas variantes con una tr&iacute;ada de D-K-X. OaIHL comparte algunas de las caracter&iacute;sticas estructurales y secuenciales con otros miembros de la Superfamilia del DIH. In silico docking resultados mostraron a pesar de peque&ntilde;as diferencias en la composici&oacute;n del sitio activo, isochorismate se une a en la estructura del OaIHL en un modo similar a su uni&oacute;n en prote&iacute;na de bios&iacute;ntesis de Fenazina PhzD (PDB c&oacute;digo 1NF8).

Olga Kagan

Banting and Best Department of Medical Research,
Donnelly Centre,
Banting and Best Department of Medical Research, Donnelly Centre

University of Toronto

Identification of Protein Complexes in Escherichia coli using Sequential Peptide Affinity Purification in Combination with Tandem Mass Spectrometry

Olga Kagan

.css-o250i3{font-size:18px;font-family:Open Sans,sans-serif;line-height:21.6px;}Banting and Best Department of Medical Research,Donnelly Centre,Banting and Best Department of Medical Research, Donnelly Centre

University of Toronto

Identification of Protein Complexes in Escherichia coli using Sequential Peptide Affinity Purification in Combination with Tandem Mass Spectrometry

Banting and Best Department of Medical Research,
Donnelly Centre,
Banting and Best Department of Medical Research, Donnelly Centre