埃尔文·查戈夫关于等效DNA的规则为发现DNA碱基对铺平了道路。 查戈夫规则表示，在双链 脱氧核糖核酸（DNA） 分子中，

1. 腺嘌呤 (A) 的数量等于胸腺嘧啶 (T) 的数量;
2. 鸟嘌呤数量 (G) 等于胞嘧啶数量 (C) ;和
3. 嘌呤的总和，A 和 G，等于嘧啶的总和， C 和 T (即 A+G = C+T)。

沃森和克里克后来的研究表明，在双绞合 脱氧核糖核酸（DNA） 中， A 总是形成两个含 T 的氢键， G 始终使用 C 形成三个氢键。该碱基配对保持 脱氧核糖核酸（DNA） 双螺旋的恒定宽度，因为 A-T 和 C-G 对的长度均为 10.85Å º C ，并整齐地安装在两个糖磷酸背骨之间。

碱对会导致其他分子无法接触氮化碱，直到氢化合物键分离。 但是，特定酶可以很容易地分解这些氢键，以执行必要的细胞过程，如 脱氧核糖核酸（DNA） 复制和转录。 由于 G-C 对的氢键多于A-T 对，高百分比 G-C 对的 脱氧核糖核酸（DNA） 将需要更高的能量来分离两股 脱氧核糖核酸（DNA） ，而不是一股使用类似百分比的 A-T 对。

碱将其比喻为医学

正确的碱基配对对于忠实复制 脱氧核糖核酸（DNA） 至关重要。 碱类比是可以在 脱氧核糖核酸（DNA） 复制过程中替代标准 脱氧核糖核酸（DNA） 碱的分子。 这些类比是有效的抗病毒和抗癌剂，可抵抗肝炎，疱疹和白血病等疾病。 阿昔洛韦 (也称为"环己烷") 是鸟嘌呤的碱模拟，通常用于疱疹单面病毒的治疗。 在 脱氧核糖核酸（DNA） 复制期间，阿昔洛韦的鸟嘌呤部分与腺素进行了照常配对;但是，由于它没有 3 英尺的核苷酸末端， 脱氧核糖核酸（DNA） 聚合酶无法继续形成碱对，复制也会终止。