细胞需要根据其状态的变化（例如环境刺激或其他代谢或发育变化）来调节其细胞内蛋白质的水平。

细胞内蛋白质浓度的这种调节或控制取决于它们的合成速率以及它们的降解速率。

在真核生物中，细胞内蛋白质降解主要由泛素-蛋白酶体系统介导。该系统在细胞内有两个主要功能 - 错误折叠或受损蛋白质的质量控制，以及重要细胞蛋白质水平的控制。

细胞中蛋白酶体降解的特异性通过各种机制进行调节。

真核细胞有一类称为 E3 连接酶的蛋白质 - 泛素连接酶的主要催化单元。这些独特的 E3 分子中的每一个在激活时只能泛素化特定的靶蛋白。

每种 E3 蛋白连接酶也只能通过特定信号激活，例如磷酸化、配体结合引起的变构转变或蛋白质亚基添加。这调节了靶蛋白的泛素化，导致其被蛋白酶体降解。

例如，APC 或后期促进复合物是一种多亚基 E3 连接酶，负责降解重要的细胞周期调节因子。然而，它仅在细胞周期的特定时间点通过添加共激活因子亚基而被激活。这些亚基在 APC 与其靶蛋白的选择性结合中起重要作用。

或者，在特定位点磷酸化、蛋白质亚基解离或肽键裂解时，靶蛋白本身的构象变化可以揭示通常隐藏的降解信号。然后，泛素连接酶可以识别该信号，从而导致蛋白质的泛素化。

例如，细胞周期蛋白包含一个内部降解信号，该信号只能被 APC 识别。然而，只有当细胞周期蛋白激酶磷酸化细胞周期蛋白中的特定位点时，该信号才会暴露。这导致蛋白质的构象变化，揭示了其降解信号 - 导致其多泛素化和蛋白酶体降解。