真核启动子区域是位于基因上游的 DNA 片段。它包含一个 RNA 聚合酶结合位点、一个转录起始位点和几个顺式调节序列。近端启动子区域位于基因附近，具有顺式调节序列和核心启动子。核心启动子是 RNA 聚合酶的结合位点，通常位于转录起始位点 -35 至 +35 个核苷酸之间。远端启动子区域是顺式调节序列，距离一个基因有数千个碱基对。启动子区域的长度可能因基因而异。

核心启动子包含特征基序，一般转录因子可以在其中结合和募集 RNA 聚合酶。TATA 盒是位于转录起始位点上游 25-30 个碱基对的基序。由于其高 A-T 含量，它比其他启动子基序更灵活且热力学稳定性更低，允许转录机制的有效结合。它存在于特定条件下需要高水平表达的基因中，例如参与细胞分化的基因。TATA 盒的两侧通常有一组短核苷酸基序，称为 B 识别元件。转录因子 II B 是参与 TATA 盒转录机制组装的重要组分，与这些 B 元件结合。

起始元件由简并序列 YYANWYY* 组成，包含转录起始位点。起始元件的下游是另一个特征基序，称为下游启动子元件 （DPE），由简并序列 RGWYVT 组成。TATA 盒和 DPE 调节相似类型的基因，真核启动子可以具有 TATA 盒或 DPE。起始元件可以与 TATA 盒或 DPE 协同作用以调节转录。

CpG 岛是另一种类型的核心启动子基序，可调节其他类型基因的表达，例如需要少量恒定表达的看家基因。它们被称为 CpG 岛，因为它们包含的序列中胞嘧啶含量高，然后是鸟嘌呤。"p"代表将 C 连接到 G 的磷酸二酯键。CpG 岛也已知出现在远端启动子区域。

*A 或 G 的 R 代码;A 或 T 的 W 代码;C 或 T 的 Y 代码;V 代码代表 A 或 G 或 C;N 代码代表四个碱基中的任意一个。