确定远距离的DNA相互作用的相关染色体陷阱

摘要

相关的染色体陷阱（ACT）的分析是用于识别远射DNA相互作用的一种新的不带偏见的方法。远距离DNA相互作用的特性，将使我们在正常的生理和患病状态，以确定核架构的关系，基因的表达。

摘要

由DNA编码的遗传信息是在一个复杂和高度管制的染色质结构的组织。每个染色体上占据一个特定的领土，这可能会改变的发展阶段或细胞周期。基因表达可出现在专门的转录工厂染色段可能从不同的染色体领土循环，导致合作本地化的DNA片段上可能存在不同的染色体或同一染色体上相距甚远。相关的染色体陷阱（ACT）的检测提供了一种有效的方法来识别这些偏见地远射DNA协会通过扩展和修改的染色体构象捕获技术。 ACT检测使得我们有可能调查的反转录调控机制，可以帮助解释核架构的关系，在正常的生理和在疾病状态下基因表达。

研究方案

1。甲醛固定远距离的染色质相互作用

1. 文化人类细胞株与15％FBS和1个孵化器青霉素/链霉素80-90％汇合的RPMI1640培养基中的HL - 60提供_5％的CO 2在37 ° C。
2. 50毫升NUNC管，离心收集到的细胞在15分钟1200转，然后取出介质的吸
3. 添加5毫升培养液中悬浮细胞沉淀，使用血球计数细胞。到40毫升的RPMI1640 / 10％FBS量取约1 × 10 ⁷细胞，再加入1.7毫升37％的甲醛，修复淡化染色。
4. 在室温下孵育10分钟，轻轻摇动，然后用2.4毫升2M甘氨酸解渴。 15分钟1200转的离心机在4 ° C，并去除上清。用40 mL冰冷的PBS洗涤沉淀一次，然后降速沉淀和删除的PBS。

2。隔离细胞核的细胞裂解

1. 悬浮细胞40毫升冰冷的裂解液（10毫米的Tris - HCl，pH8.0，10 mM氯化钠，0.2％NP - 40）与刚加入的蛋白酶抑制剂（1:500稀释）和0.1 mm PMSF。在一个旋转的冷室孵育90分钟，15分钟2500转离心，去除上清。

3。 用 Bgl II限制性内切酶消化

1. 重悬在0.5毫升1 × NEB缓冲区3的原子核，并添加15μlof10％SDS。用颤抖的在37 ° C孵育1小时，然后加入45μl20％的Triton X - 100的的封存SDS。在37℃，1小时用颤抖的孵育。
2. 使用1 × 10 ⁶核酶切（约15微克，原始细胞的十分之一）等分。取出55μl核解决方案的步骤3.1和1个，NEB 缓冲的 Bgl II（50U/ul）3和12μL与433μL到500μL 。在37℃过夜孵育。

4。结扎相互作用的DNA片段

1. 限制性内切酶失活，加入95μL10％SDS和变性加热65 ° C时在水浴20分钟。
2. 添加7毫升1 ×连接缓冲液（30毫米的Tris - HCl，pH值8.0，MgCl _2的 10毫米，10毫米数码地面电视，1毫米ATP）和20％的Triton X - 100的360μL，在37 ° C，1小时。
3. 温度降低到16℃，添加400 U /μLT4 DNA连接酶50μL。样品在16℃孵育4小时，然后在室温下30分钟。

5。 DNA纯化

1. 添加300微克的蛋白酶K，65℃过夜孵育。
2. 添加一个，在37 ° C孵育30分钟的5微克的RNase
3. 净化酚/氯仿抽提，异丙醇沉淀DNA的DNA。在150μL无菌蒸馏水溶解的DNA。

6。 MSP我的消化和结扎寡核苷酸连接器

1. 纯化DNA与5个单位 MSP我为4-6小时，在37 ° C孵育2μg 。灭活MSP我在65 ° C 10分钟，然后在乙醇沉淀的DNA与1μL5 mg / ml的糖原。在50μL无菌水溶解DNA沉淀。
2. 混合2μL20微米的连接寡核苷酸大号50μLMSP我处理过的DNA（5' - gctgaccctgaattcgcacgtgcctgtcgttagcggacacagggcgattcac - 3'），1μl的20微米寡核苷酸S（5' - cggtgaatc - 3'），1 μL无菌蒸馏水和6 10 × T4 DNA连接酶缓冲液。盖蜡液的混合物。
3. 变性寡核苷酸在50℃，1分钟，并允许逐步降温至10℃，0.5℃/分钟的梯度在热循环仪。
4. 添加1 400 U /μLT4 DNA连接酶液，并在15℃过夜孵育。净化的连接器结扎DNA，使用QIAquick PCR纯化试剂盒，并在50μL无菌蒸馏水洗脱。

7。 PCR扩增和序列分析

1. 选择一个特定的DNA，要进行检查长程相互作用（即“诱饵”）地区的引物。在这个例子中，我们使用ABL - 1。
2. 取1μL纯化的DNA进行的第一轮PCR使用1μL20微米-1 ABL的具体底漆＃4656（5' - gttcaagcgattctcctgcctcga - 3'），1μL20微米的连接器的特异性引物＃2963（ 5' - gctgaccctgaattcgcacgtgcct - 3'），3μl3 × Klen的Taq DNA聚合酶我鸡尾酒会和3μL无菌蒸馏水。 ^32个P - dCTP液加入到100μL3 × Klen的Taq DNA聚合酶PCR扩增前我鸡尾酒。热启动PCR的热循环72 ° C为2分钟，95℃保温2分钟; 18周期为95 ° C，20秒，65 ° C下40秒，和72℃1分钟;最后延伸72℃5分钟。
3. 净化第一轮PCR产物使用无菌蒸馏水在30μL一个QIAquick PCR纯化试剂盒，和洗脱DNA。
4. 取1μL稀释后的第一次PCR产物加入1μl20微米的 ABL - 1＃4626特异性引物（5' - ggagaatttttatctgcctctgtga - 3'）（图1A），1μL，以执行第二轮的使用嵌套引物PCR的100 ×连接器的具体底漆＃2961（5' - gtcgttagcggacacagggcgattc - 3'），3 × Klen的Taq DNA聚合酶我鸡尾酒会和3μL无菌蒸馏水3μL20微米。热循环时间表是25个周期为95 ° C，20秒，67 ° C下40秒，和72℃1分钟，随后在72℃延伸5分钟。
5. 可视化运行5％的尿素- PAGE凝胶扫描暴露在PhosphoImager屏幕（图1b）的PCR产物。每个PCR波段可循环使用的凝胶的Eppendorf管含60μL无菌蒸馏水溶解的凝胶带，并培育在95℃5分钟。短暂离心收集的所有样本的10秒10,000 RPM。取出1μLDNA为模板进行PCR引物，在相同条件下，如上所述4626分之2961。可以使用QIAquick PCR纯化试剂盒纯化后进行序列分析。
6. DNA序列分析，使用了一个在线工具，以确定其染色体定位的网站：http://genome.ucsc.edu（图1c）。点击“BLAT”进入了一个新的窗口，它允许粘贴DNA序列，点击“提交”后，出现一个新窗口，并显示“BLAT”搜索结果。点击“浏览器”命中100％的身份进入下一个窗口，显示的DNA序列的位置。

8。代表性的成果

1。使检测ABL - 1区域为诱饵，以确定其远距离DNA的相互作用

正如图1a中，两个经Bgl II网站，并用BamH I网站所示的ACT检测选择。在第二轮的PCR引物2961分之4​​626是用来放大ABL - M1，二千九百六十一分之四千六百三十零是用于ABL - M2的，2961分之4​​636ABL - M3。一个典型的凝胶模式显示几个乐队之一（图1b）。每个片段从行为分析包括两个结合的DNA片段：一个部分是来自诱饵DNA区域，而第二部分是从相关的合作伙伴，这是第一限制性内切酶识别序列诱饵地区分部加入。第二种酶识别序列会出现在相关的合作伙伴序列（图1c）结束。 ABL - M1“克隆片段中包含ABL1的区域位于染色体9q32.4从+133,592,306-133,592,399的DNA，和相关的合作伙伴是位于染色体3p13从+71,869,882-71,870,107。相关的合作伙伴的身份，发现爆破使用序列UCSC基因组浏览器（GRCh7/hg19在2月份发布，2009年）。PROK2 chr3p13轨迹相关的合作伙伴。

同样，ABL - M2的相关合作伙伴的本地化，以chr5q21.1，而克隆ABL - M3附近ABL - 1位点的染色体内协会确定。

2。确定普遍的远距离交互使用的ACT检测

基于对3C的其他化验报告更互动，比我们在图1和IGF2 / ^H19轨迹12所示的许多合作伙伴。我们提出的方法，将选择最流行的长程相互作用。但是，通过增加PCR循环数，以及确定额外的，那么频繁协会（图2）。

3。与正常组织相比，在癌细胞中的长程相互作用的差异。

ACT的检测也可以被用来确定在核架构之间的差异和正常细胞和癌细胞（图3）长程相互作用。这些差异可能反映了核结构的变化，细胞转化过程中出现的，因此这个实验最终可能会被用于诊断目的。在正常和癌组织中出现类似凝胶的模式表明，该法的检测是可靠的和可重复的。虽然ACT检测可以识别长距离DNA的合作伙伴，进一步分析，如鱼和芯片检测，需要验证之间遥远的基因位点的确定协会的存在。遗传，生理生化研究，然后可以进行澄清这些远距离DNA协会的生物影响。

图1法检测使用ABL - 1区域在HL - 60细胞DNA为诱饵 。 A. DNA的结构茜在ABL - 1地区。第一限制性内切酶，使检测中使用的是经Bgl II。第二轮的PCR引物上，也有箭头和相应的引物号码。 B.凝胶格局在5％的尿素页的ACT检测。二千九百六十一分之四千六百三十零，对引物2961分之4​​626的巢式PCR扩增克隆ABL - M1“，是用于克隆ABL - M2的，2961分之4​​636克隆ABL - M3。 C. DNA序列的克隆ABL - M1。 ABL - 1诱饵DNA片段的DNA标记为红色，相关的DNA标记的合作伙伴是青色。，经 Bgl II网站（AGACTC）绿色标记， 和 MSP我的网站（CCGG）是在紫色的标记。

图2 PCR循环影响ACT检测结果。Igf2/H19为诱饵，在小鼠成纤维细胞的DNA位点的印记控制区（ICR），不同的循环方案被应用在PCR的第一和第二轮的ACT检测。 18日至20日在第一轮的PCR周期没有足够的信号进行可视化放大。二十五个周期在第二次PCR结果清晰的条带，而第二轮的PCR循环次数增加导致涂抹除了更多的波段模式。

图3核架构之间的差异使检测正常结肠组织和结肠癌组织的检测。 A. IGF2/H19轨迹和IGF2基因的DNA结构的ICR地区。DPN II ACT的检测网站的标记。在第二轮PCR引物标记由不同颜色的箭头和数字，对应于每个面板图的b巷。 B.凝胶格局在5％的尿素页的ACT检测。正常结肠组织MAD03 - 1423和结肠癌组织MAD04 - 149获得合作人体组织网络（CHTN）西部分部。每个结肠组织匀浆后，使测定按照本文所述的程序执行。巷1代表使用引物＃​​2961and＃4161（5' - tctgcgccatcagggcagtgagac - 3'）在粉红色标记面板的PCR结果;巷2表示使用引物＃​​2961和＃4163（5' - gccgcgcggccacttccgattcc - 3的PCR结果“）在面板上标有橙色的; 3巷代表的PCR结果用引物对＃2961和＃5145（5' - gccatgcaggtaggatttgagctg - 3”）在蓝色标记面板; 4巷代表的PCR结果用引物对＃2961 ＃5151（5' - gtctcaaataggggccagctagcttgg - 3'）在绿色标记面板A.黄色箭头标记出现在正常结肠组织中唯一的乐队，和那些只出现在结肠癌组织的乐队，是在红色箭头标记。 ICR的，印记控制区; DMR的，不同的甲基化区域。

讨论

德克尔等人发展的染色体构象捕获（3C）的方法来检测两个¹的基因位点之间的互动频率，并已广泛用于3C ^调查 2哺乳动物细胞中的两个已知的DNA区域内的染色体和染色体间协会^-9。虽然新开发的高- C的方法可用于对全基因组DNA协会的研究应用，使检测位点特异性^DNA相互作用10-11的研究仍然是一个有效的技术。我们已经修改了这种方法，识别未知的DNA，在培养的小鼠和人类细胞（图1）已知的DNA区域关联区域。我们命名这个方法相关的染色体陷阱（ACT）的检测，因为它为我们提供了一个可靠和可重复性的方法来识别的一种新的未知的DNA伙伴，与^已知的目标DNA区域的12副。一个成功的3C检测与适当的控制是在执行小说方面的ACT检测¹³之前执行。 tofind为了尽可能多的相关的DNA区域，它是需要使用的各种组合的第一个和第二个限制性内切酶。尤其重要的是使用限制性内切酶，CpG甲基化不敏感执行的第一个3C结扎步骤。蛋白结合和DNA甲基化也可以影响酶切效率，并可能导致对某些限制性内切酶消化相关的DNA区域结扎失败。发生染色体内或跨结扎取决于蛋白质- DNA交联和相关的DNA区域的适当的物理图谱。因此，一些初步的实验，都必须建立在ACT检测一个切实可行的有效的甲醛浓度和处理时间。终浓度的甲醛（from1.5％至2％）的范围已被用于在几个实验室在^实验 7,9 3C部分。另外，作为连接器所使用的寡核苷酸，可设计相匹配的第二个限制性内切酶切割的凝聚力结束。虽然我们发现，18日至20日在第一轮PCR和20-25周期，在第二轮的PCR循环，可以提供清晰的条带，它是要建立每个实验（图2）最佳的PCR条件，内部分子之间的5' -端和3' -末端的DNA链可能会发生在PCR的互补适配器序列退火，它能够抑制适配器特异性引物退火的DNA分子，扩增效率低得多，导致前几个周期。循环的扩增目标DNA后，其数额可能远远比这些非特异性反应，并可能有利于引物退火的目标DNA分子的竞争。这也是为什么我们可以看到背景放大，为何第一轮PCR产物进行稀释，以减少背景amplification.It重要的是从PCR反应中删除多余的引物，以减少在第二轮PCR的背景。在所有基于PCR的实验，这是至关重要的，设计引物中不重复序列的区域，这构成了大多数人类和小鼠的DNA位于。虽然新开发的高- C的方法可用于对全基因组DNA协会的研究应用，使检测位点特异性的DNA相互作用的研究仍然是一个有效的技术。

材料

Name	Company	Catalog Number	Comments
RPMI1640 medium	Invitrogen	22400-105
acrylamide	Invitrogen	15512-023
ATP solution, 10mM	Invitrogen	AM8110G
fetal bovine serum	Invitrogen	16000-044
penicillin-streptomycin	Invitrogen	15140-122
1M Tris pH8.0	Invitrogen	AM9856
RNase A	Invitrogen	12091-039
SDS	Invitrogen	15525-017
urea	Invitrogen	15505-035
BamH I	New England Biolabs	R0136T
Bgl II	New England Biolabs	R0144M
Dpn II	New England Biolabs	R0543T
Msp I	New England Biolabs	R0106S
dNTPs	New England Biolabs	N0447L
proteinase K	New England Biolabs	P8102S
T4 DNA ligase	New England Biolabs	M0202T
37% formaldehyde	Sigma-Aldrich	F8775
Bis-acrylamide	Sigma-Aldrich	146072
dithiothreitol	Sigma-Aldrich	43815
glycine	Sigma-Aldrich	50046
PMSF	Sigma-Aldrich	93482
proteinase inhibitor	Sigma-Aldrich	S8830
Nonidet P-40	Roche Group	11754599001
KlenTaq1	Ab peptides	1001
dCTP alpha P32	PerkinElmer, Inc.	BLU513H250UC
PTC-100 Thermal Cycler	MJ Research	mjptc100
Power Supply	Bio-Rad	164-5056
OmniPAGE Maxi	Aurogene Life Science	VS20D
Typhoon 9400	GE Healthcare	63-0055-78