阵列比较基因组杂交（CGH阵列），用于检测基因拷贝数变异的

摘要

阵列CGH为基因拷贝数变异的检测已经取代G-带状核型分析。本文介绍了技术及其在诊断服务实验室的应用。

摘要

Array CGH for the detection of genomic copy number variants has replaced G-banded karyotype analysis. This paper describes the technology and its application in a clinical diagnostic service laboratory. DNA extracted from a patient’s sample (blood, saliva or other tissue types) is labeled with a fluorochrome (either cyanine 5 or cyanine 3). A reference DNA sample is labeled with the opposite fluorochrome. There follows a cleanup step to remove unincorporated nucleotides before the labeled DNAs are mixed and resuspended in a hybridization buffer and applied to an array comprising ~60,000 oligonucleotide probes from loci across the genome, with high probe density in clinically important areas. Following hybridization, the arrays are washed, then scanned and the resulting images are analyzed to measure the red and green fluorescence for each probe. Software is used to assess the quality of each probe measurement, calculate the ratio of red to green fluorescence and detect potential copy number variants.

引言

它已被公知多年了缺失或染色体片段的额外拷贝会导致智力障碍，异形和congentical畸形，并在某些情况下会导致遗传综合征^1。不过，可用，直到2000年代中期的全基因组检测这些变化的唯一技术是G-带状染色体分析，其中有四周5-10Mb的分辨率，这取决于不平衡的地区和性质，并不能检测异常染色体其中材料已经被替换的区域，从一个不同的染色体具有相同的带型。如荧光原位杂交和多重连接特异性探针扩增辅助细胞遗传学技术已经可以为特定位点的审讯，在涉嫌的具体综合征失衡的情况下，但它不是直到引进阵列比较基因组杂交（CGH阵列）进入常规临床诊断service ^2-5的全基因组检测的拷贝数变异（CNV的），在大大提高分辨率（通常大约120KB）成为可能。临床服务工作一起研究的研究表明，CNV的某些区域是在正常人群^6-7普遍，而其他的CNV，先前不可检测的，与neurodisabilities如孤独症和癫痫^8-11相关联。

本文描述的协议，用于在我们的英国国民健康服务（NHS）临床诊断实验室;我们用新颖的杂交策略，批量测试和机器人，以减少在这个国家资助的服务成本。

之前下面详述的协议，高品质的DNA应该提取从适当的起始材料，通常血液，培养的细胞或组织样品。分光光度法，可用于测量浓度（应> 50纳克/ UL），并检查260:280比例的吸光度（应BË1.8-2.0）。凝胶电泳可用于检查该DNA是高分子量无显著降解。

此协议是专为那些每个标签使用自动化液体处理机器人运行96个样品更高的吞吐量实验室。但是，它也可以适用于低吞吐量的实验室没有自动化。

研究方案

1.标签反应

1. 在使用之前，预等分花青3和5标记dUTPs，未标记的核苷酸和随机引物根据制造商建议的浓度到96孔板中，并存储在-20℃以备使用。此协议，等分10.5微升适当标记的dUTP和10.5微升未标记的核苷酸和随机引物，以每个孔的目的。
2. 解冻的准备使用的96孔板核苷酸和引物，在4℃下进行约1小时，避光。
3. 一旦解冻，平衡该板在RT，至少30分钟，避光。
4. 平衡的DNA样品在60℃下至少15分钟。
5. 使用液体处理机器人，分配无核酸酶水到96孔板的每个孔中。
   注:水的体积将取决于每个输入DNA样品的浓度，并应足以导致在50ng /微升的最终浓度。
6. 使用液体汉危及周围机器人，吸管1微克的DNA进96孔板的孔中（见1.5），以使总体积至20微升。
   注意:也可以使用较小的DNA的量，虽然得到的数据的质量可能会受到影响（对珍贵的样品，输入DNA的数量下降到400纳克可以使用）。
7. 使用液体处理机器人，转移20微升平衡核苷酸和引物的成的稀释的DNA的板的各孔中。
8. 密封96孔板用条状盖（一个紧密的密封是至关重要的）。
9. 变性在99℃将DNA用于在PCR机器10分钟以加热盖，然后进行5分钟退火的引物捕捉在冰上冷却。
10. 使用液体处理机器人，加入10微升的克列诺外切DNA聚合酶到每个的DNA和吸管调匀。
    注:总量应为50微升。
11. 密封96孔板，孵育在37℃下16小时。
    注:4小时的潜伏期短足以但是一个O / N中cubation可以更方便。
12. 使用液体处理机器人，添加5微升的终止缓冲液到每个孔中。
    注意:用于标记反应的试剂的概述显示于表1中 。

2.去除未掺入的核苷酸

1. 除去使用基于硅胶膜离心柱和一个专用旋转柱处理机器人（自旋柱也可以被人工处理）未掺入的核苷酸。按照制造商的说明。
   1. 每个内容传送到井2毫升管;前期这些标签具有良好的ID。
      注意:此步骤可手工或优选使用液体处理机器人。
   2. 如果使用旋列处理机器人，然后装入2ml管，DNA的纯化离心柱和相关联的缓冲器的机器人。
   3. 加入250微升高盐，DNA结合缓冲液（缓冲液PB）的标记反应的标记的DNA结合到二氧化硅膜。
   4. 通过用500μl洗涤缓冲液（缓冲液PE）洗涤该膜两次除去杂质。
   5. 添加15微升的低盐洗脱缓冲液（缓冲液EB）至膜以回收纯化的，标记的DNA中的〜12微升的体积。

3.结合HYB双

1. 结合适当的成对花青3和5标记的DNA的，COT-1DNA，一个制造商提供的阻挡混合物和使用液体处理机器人的生产商提供的杂交缓冲液。
   注意:这些HYB对可以是一个样品和参考，或VS样品样品如果共享的CNV是不是一个问题（ 例如，我们经常配对的表型不匹配的试样，诸如肾发育不良患者VS一个颅患者，因为它们是非常不可能携带相同的临床显著CNV）。如果使用的是参照DNA，商用的DNA供给建议，它应该沿着样品进行处理。
   1. 用液体处理ロ机器人，添加COT-​​1DNA（3333毫微克/微升），将制造商提供的阻挡混合物和杂交缓冲液至96孔板的各孔中，使得每个孔含有1.1微升COT-1DNA，4.95微升阻断混合物和24.75微升杂交缓冲液。
   2. 添加9.35微升适当花青3标记的DNA的每个孔中。预湿每个尖端，以提高注精度。
   3. 添加9.35微升适当花青5标记的DNA的每个孔中。预湿每个尖端，以提高注精度。
   4. 密封96孔板和涡旋1分钟。旋96孔板收集内容在每个孔的底部。

4.杂交

1. 预热杂交烘箱以65℃和prewarm 1背衬滑动和一个杂交腔室为每个阵列的幻灯片。
   1. 被施加到所述阵列之前变性在预杂交孵育标记的DNA。在旋转炉中进行杂交24小时。
   2. 孵育96孔板在70℃下进行30分钟，然后在37℃下留至少5分钟。
   3. 工作的一个加热平台在42℃，加载每个备份滑入使用前一个杂交腔室。确保垫圈滑动的透明部分对准所述杂交腔室的"加窗"的一部分。
   4. 吸管42微升预先制备的杂交混合物（见第3节）到阵列支持滑上的适当位置。预湿每个尖端，以提高注精度。吸管慢慢走上中心每个位置，确保液体不接触橡胶圈的边界。
   5. 一旦在支持幻灯片所有的位置都填满，小心地在上面的阵列幻灯片和组装的杂交室。确保与写在其上的阵列的一侧朝向背衬滑动。一定要完全拧紧杂交室螺丝。
   6. 检查装配的杂交室。 Ë7.2.4有橡胶环边界之外无泄漏杂交混合物和每个气泡是〜4毫米的高度时，杂交室安置在其端部垂直。旋转杂交室，检查有没有被卡在位置不动气泡。如果有任何这些，给室内猛烈敲击板凳上。检查所有气泡移动。
   7. 将杂交室进入旋转炉中在65℃下放置24小时。确保烤箱转子平衡;如果需要，可以使用其他的空室。

5.洗涤和扫描幻灯片

1. 洗阵列以除去过量的标记的DNA，然后进行扫描，测定各探针的荧光。
   1. 就拿杂交室出来烤箱和拆卸的。该阵列和垫片幻灯片将粘在一起;在洗涤缓冲液1淹没这些和用一双塑料，边缘平坦钳撬开他们分开。
   2. 迪SCARD垫圈滑动件和放置在阵列滑入浸没在缓冲液1中的机架上。
   3. 洗〜700毫升新鲜的洗涤缓冲液1中的阵列载玻片5分钟，剧烈搅拌（使用跳蚤和磁力搅拌器）。
   4. 传输阵列滑动到〜700毫升洗涤缓冲液2和洗涤90秒，剧烈搅拌。轻轻提起阵列滑出的洗涤液2，他们应该出现干燥。
   5. 加载阵列滑入扫描的幻灯片固定器，采用了滑盖保护。加载滑入阵列扫描仪和扫描后的阵列制造商的说明。

结果

在杂交阵列，每个探针可视化为红色和绿色荧光染料的混合物（ 见图1）。红色到绿色荧光信号的每个探针的比值由扫描仪量化和关联的软件根据它们的基因组的位置绘出这些为log2比值，并确定区域的下降沿以外的预设边界。结果数组的痕迹让认定为基因组区域的不平衡解释。例如，从一个子带威廉斯综合征，反复出现微缺失综合征由低拷贝重复在7号染色体的近侧区介导的痕迹，示?...

讨论

阵列CGH不会检测平衡重排或倍体异常，如三倍体。此外，低水平的马赛克的不平衡可能不会被检测到。然而，阵列CGH对CNV检测比G-带状染色体分析，它已经取代了许多细胞遗传学实验室更高的分辨率。因此，目前的黄金标准的全基因组CNV检测。它可能是由下一代测序技术在未来被替换，但目前，它们的成本和技术复杂性与使用短相关读出用于检测CNV的意思，这还不是一个很好的适合临床使用。

...

材料

Name	Company	Catalog Number	Comments
CGH microarray 8 x 60K	Agilent	G4126
Array CGH wash buffers	Agilent	5188-5226
Array CGH hybridisation buffer	Agilent	5188-5380
Minelute purification kit	Qiagen	28006
Array CGH labelling kit	Enzo	ENZ-42672-0000