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外显子跳跃目前是杜氏肌营养不良症(DMD)一个最有希望的治疗选择。扩大对DMD患者的适用性和优化所得截短的肌营养不良蛋白的稳定性/功能,一个多外显子用鸡尾酒的反义寡核苷酸跳过方法被开发,我们证实在狗模型全身肌营养不良蛋白救援。
杜氏肌营养不良症(DMD)是最常见的致命性遗传疾病全世界引起的肌营养不良 (DMD)基因的突变之一。外显子跳跃采用短DNA / RNA样分子,称为反义寡核苷酸(AON的)的恢复阅读框,并产生短,但功能性蛋白。然而,外显子跳跃治疗面临两大障碍:有限的适用性(最多只有13%的患者可以用单个AON药物进行治疗),和截短蛋白的不确定功能。这些问题与鸡尾酒AON的方法得到解决。而DMD患者的约70%可以由单一的外显子跳跃治疗的(所有外显子相结合),如果多个外显子用鸡尾酒反义药物跳绳可以实现人们可以潜在地治疗的90%以上的DMD患者。犬X连锁肌营养不良症(CXMD)狗模型,其表现型是更类似于人类的DMD患者中,用于测试全身efficACY和外显子6和8 CXMD狗模型的多外显子跳跃的安全窝藏在内含子6的剪接位点突变,导致肌营养不良蛋白 mRNA的缺乏外显子7。以恢复CXMD阅读框要求外显子6和8的多外显子跳跃;因此,CXMD为测试多外显子跳跃的有效性和安全性良好的中型动物模型。在目前的研究中,反义吗啉靶向外显子6和外显子8的鸡尾酒设计和它在全身性骨骼肌恢复肌养蛋白表达。鸡尾酒寡核苷酸转/注射的疗效,并在CXMD狗模型多外显子跳跃的安全性评价方法介绍。
假肥大型肌营养不良症(DMD)是X连锁隐性肌肉疾病,其特征为进行性肌无力,首先由纪尧姆-本杰明·阿芒博士杜兴(de Boulogne公园)1描述。 DMD是影响约1 3500世界各地的男孩,每年2,3出生约20,000受灾儿童常见的遗传性疾病。运动发育延迟和步态障碍被认为在幼儿4,其次是依赖轮椅在大约十几岁。死亡通常发生在20到30的由于呼吸或心脏衰竭5-8岁之间。目前还没有治愈DMD。用糖皮质激素治疗肌肉变性的进展可减缓到一定程度,但与显著的副作用,包括肥胖和糖尿病2,7,8相关联。 DMD由突变导致肌营养不良 (DMD)基因,导致功能性肌养protei的损失ñ。DMD是一个非常大的基因超过200万个碱基对,79个外显子9,10。删除,胡说八道,和重复的突变导致了帧的突变是DMD表型的最常见原因。图9和外显子45 - -外显子3的区域55被称为"突变热点",因为大多数病人有基因的这些部分内的缺失突变,导致非功能性肌养蛋白在DMD患者3,9,11-16。肌营养不良蛋白 - 糖蛋白复合物(DGC),其具有在肌膜稳定主要作用于抗肌萎缩蛋白的功能。 N-和C-末端是功能的最重要的结构域,而中央杆域起着同样重要的作用,3,9,17。与Becker型肌营养不良(BMD),其中大部分来自于帧中的DMD基因的突变内相关结果温和型的纪念活动,激发了外显子跳跃治疗DMD的应用。 BMD患者已经缩短,但泛函L,抗肌萎缩蛋白维持两端3,6,18。外显子跳跃,在理论上,可以恢复阅读框架,导致类似于在骨密度3,19看出缩短,但是,功能性肌养蛋白。
多种类型的反义寡核苷酸(AON的)已经在临床试验中,包括2'O甲基化磷酸酯(2'OMePS)和磷酰吗啉代寡聚物(PMOS)进行了测试。使用这些的AON跳过外显 子51和53已被检查,而结果是令人鼓舞的,单外显子跳跃具有有限的适用性,因为它是3,19,20,21,22-26特定突变。问题也仍然关于从单外显子跳跃22,23产生的所得缩短肌养蛋白的稳定性。此外,一些患者需要比单一的外显子多,以便恢复阅读框3被跳过。虽然在技术上比较难,多外显子跳跃是一个方法,可以解决这些问题3,19。多外显子跳跃先前已被证明在营养不良狗和体外人细胞系。此外,mdx52小鼠和犬X连锁肌营养不良症(CXMD)犬模型已被用于体内研究22,24-27。犬X连锁肌营养不良日本(CXMD J),比格犬在这里使用的,如CXMD 的J阅读框可通过外显 子6和8,或附加的外显子( 例如 ,外显子3 - 9)的多外显子跳跃恢复( 图1)。基于小猎犬-CXMD共用相同突变图案金毛肌营养不良症(GRMD)模式,但小猎犬由于他们的身体尺寸更小,更便宜的维护,从而提供了DMD 28,29的有用模型。 CXMD狗更紧密地模仿人类的DMD型小于动物模型,如啮齿动物,而且更可靠毒理学评估3,22,30,31 ( 图2)。 CXMD狗显示渐进性肌肉衰减,步态障碍,以及心脏和呼吸问题类似于DMD看到。具有单外显子跳跃相比,多外显子跳跃适用于患者更大的比重。其中最常见的三种突变类型(缺失,胡说八道,和重复),80 - 98%的患者可以通过多外显子跳跃14,32,33从具体跳绳外显子45治疗,而所有DMD患者中45%可受益- 55 3,19,22,34。
随着修改吗啉的发展,AON鸡尾酒便利外显子跳跃效率有所提高。精氨酸丰富的细胞穿透肽结合的项目管理办公室(PPMOs)和体内吗啉(vPMOs)是AON化学已显著改善细胞穿透能力和稳定性3,35-38。担忧仍然对长期AON毒性;然而,显著进步已经被造好。向吗啉制成化学修饰大大减少的脱靶效应和临床前研究已经报道没有显著毒性作用3,22,39,40。对于多外显子跳跃的剩余挑战是毒性单独测试每个单AON现行规定,作为单药治疗,而不是一起作为鸡尾酒3,19,22,41,42。在涉及单和多外显子跳跃针对性的心脏DMD的研究,出现了营养不良的心脏组织几乎没有改善。在心脏吗啉的功效被认为是由于较差的细胞渗透能力低。肽结合的PPMOs具有改善的AON穿透心肌细胞的能力,增加功能性肌养蛋白在心脏3,19,38获救的量。
在这里,我们的AON鸡尾酒方法详细讨论,其中包括使用ESEfinder软件43 AON序列的设计。 Protoc对于狗实验多外显子跳跃醇类也有所说明。 CXMDĴ只比格犬用于外显子6和8跳过实验。多外显子中的CXMD狗模型跳过示出有前景的结果,但挑战仍然存在它们在临床上适用之前需要被克服。
下面列出的所有协议都是按照由神经内科在日本的国家中心和精神病学(NCNP)规定的动物护理准则。所有的实验是由NCNP的机构动物护理和使用委员会批准。
1.反义寡聚物设计
2. 在体外实验(外显子6和8中的CXMD模型跳过)
3.肌内注射或Open肌活检
4.全身注射
注意:此过程可以重复每周或每两周数周的期望数量。
5.狗的临床分级
6.磁共振成像(MRI)
7.肌肉取样和准备(尸检)
注:应肌肉一两个星期的最后AON注射后进行采样。
8.免疫组化
9.免疫印迹
在体外 实验
成肌细胞,以比较各AON的效力与各种2'OMePS处理条件转染。每个Ex6A,Ex6B,Ex8A或EX8B的600纳米单AON的治疗做了,以及与所有每4 AON序列600nm的鸡尾酒疗法。 RNA样品转染四天后收集。的RT-PCR后,对于每一个处理的样品上的凝胶与未处理(NT)的样品一起运行。在凝胶上频带更高代表外的帧的DMD的产品;这些频段被认为在NT,Ex8A和EX8B处理成肌细胞。 Ex6A,Ex6B,Ex8A和鸡尾酒治疗的成肌细胞表现出帧的产品。鸡尾酒和Ex6A / B显示100%的符合读框的产品,而Ex8A表明只有30%在帧产物( 图7)。为了证实外显子跳跃和恢复阅读框,进行cDNA的测序;结果表明,外显子6 - 9确实被跳过( 图7)。免疫组化显示AON处理过的狗相比,NT样品( 图8)提高抗肌萎缩蛋白阳性纤维。
体内 实验
以比较各AON处理条件的效率,CXMD狗(0.5 - 5岁)用1.2毫克Ex6A或在不同剂量Ex6A,Ex6B和Ex8A的鸡尾酒一次注射。注射后两周,收集肌肉样品并用DYS-1染色以比较抗肌萎缩蛋白阳性纤维的数量。相比于NT样品所有鸡尾酒治疗的样品显示增加dystrophin的表达。肌营养不良蛋白阳性纤维增加了与AON剂量( 图9)。继系统集成电路注射,野生型(WT),NT和鸡尾酒治疗CXMD肌肉样品用DYS-1( 图10)染色。相比于NT CXMD狗鸡尾酒治疗CXMD狗显示增加抗肌萎缩蛋白的表达,心脏肌肉标本无论是在CT和。然而,AON处理骨骼肌(CT)表现出相比治疗心肌肌营养不良蛋白的高得多的表达。 WT相比,NT和各种鸡尾酒吗啉治疗肌肉免疫印迹导致了同样的结论。也有一个大的范围内,处理过的骨骼肌样品中肌营养不良蛋白的表达( 图10)。伊红(HE)染色显示治疗CXMD 狗表现出改进的组织病理学,以相比于NT CXMD犬( 图11)在中心的核纤维(CNF)一个显著下降。这表示有更变性/再生在NT狗发生,肌营养不良病理学的迹象。此外,治疗的狗有更快在临床分级量表运行时间和提高分数。治疗CXMD狗表现出比在所有类别NT CXMD狗( 图12)成绩更好。
图1. CXMD狗和6外显子突变模式- 8跳过策略使用反义鸡尾酒 CXMD狗在6号外显子的点突变导致外显子7的营养不良的狗基因的损失。这导致的mRNA被外的帧和抗肌萎缩蛋白的生产损失。短AON序列被设计成结合外显子6和8,这导致mRNA剪接有效跳过外显子6 - 8中的AON鸡尾酒治疗的狗的灰色条表示短AON序列。外显子9编码铰链结构域,有时自发地与的AON剪接掉针对外显子6和8所得的mRNA编码肌养属于短蛋白但功能人。 请点击此处查看该图的放大版本。
一个1岁的犬X连锁肌营养不良症(CXMD)动物的图2,主要临床症状。一个1岁的野生型小猎犬和CXMD狗所示。近端,四肢和颞肌的参与通常是从2月龄观察。关节挛缩和骨盆的转移是从4个月的年龄明显。 请点击此处查看该图的放大版本。
图3.全身麻醉的狗。A)Intramuscul芳注射和肌肉活检用异氟烷麻醉下进行。 B)保持动物全身注射。 请点击此处查看该图的放大版本。
野生型的图4的磁共振成像(MRI),未处理CXMD,和治疗CXMD。后肢的MRI扫描3个月,并在野生型和NT CXMD犬5个月。和AON的注射后(第一次注射前1周)处理CXMD后肢核磁共振预两个样本图像被示出。 2703MA后处理7倍每周用200毫克/公斤鸡尾酒吗啉。 2001MA用120毫克/千克的鸡尾酒吗啉每周5次静脉注射治疗。控制和治疗的狗是年龄匹配。治疗的狗秀降低T2信号。图像ADAP泰德与横田等人的许可。(版权2009年,约翰·威利父子)40 请点击此处查看该图的放大版本。
图5.肌活检程序一只狗。A)下肢固定肌肉活检。 B)用钳子的帮助下,下肢被保持。 C)中的CT肌肉露出。开放式活检技术被用来获得注射部位的肌肉样品。线程是用于保存活检标本。在解剖后,黄蓍胶D)肌肉样品。 请点击此处查看该图的放大版本。
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图6.半干传输方法。对于Western印迹半干转移法的代表性提出。浓缩阳极缓冲浸泡三篇论文在负极端子放下; 3篇论文在阳极缓冲浸泡堆积在此之上。 MB的PVDF纸张上的6篇论文的顶部被解雇之前,浸泡在甲醇中,然后阳极缓冲。凝胶,已浸泡在阴极缓冲,是在PVDF纸轻轻地敷设。最后,3篇在阴极缓冲浸泡被放置在凝胶的顶部。正极端子被设置在顶部。 1小时400毫安通过系统运行。 请点击此处查看该图的放大版本。
图7.外显子跳跃在CXMD成肌细胞。 CXMD成肌细胞与Ex6A,Ex6B,Ex8A,或单独EX8B,或所有四个鸡尾酒转。总共600纳米的被用于单独序列和用于鸡尾酒中使用的各序列的600纳米。 A)在CXMD狗成肌细胞2'OMePS治疗。 Ex6A,Ex6B和鸡尾酒治疗的样本显示在画面外显子跳过的成绩单预期位置强带。 Ex8A示出了中间波段,EX8B示出了弱带,和NT不会在框内位置显示的频带。 B)基因测序单从Ex6A,转染后4天。图像是从横田等人改编许可(版权2009年,约翰·威利父子)40。 请点击此处查看该图的放大版本。
图8.增加Dystrop在2'O甲基化硫代磷酸酯(2'OMePS)欣表达转染成肌细胞CXMD。CXMD成肌细胞单独Ex6A或鸡尾酒2'OMePS染。 DYS-2(红色)和DAPI(蓝色)染色被示出。处理过的成肌细胞进行比较,以野生型(WT)和未处理(NT)成肌细胞。图片适于与横田等人的许可。(2009年的版权,约翰·威利父子)40。酒吧= 50微米。 请点击此处查看该图的放大版本。
图9.救援与吗啉的肌内注射在单独CXMD狗。要么Ex6A或Ex6A,Ex6B和Ex8A的鸡尾酒肌营养不良蛋白表达的注入CXMD狗的CT肌肉。野生型肌营养不良蛋白(DSY-1)染色(WT),未处理的(NT),并且处理CXMD狗被示出。狗要么单独1.2毫克Ex6A或1.2毫克鸡尾酒治疗。图片适于与横田等人的许可。(2009年的版权,约翰·威利父子)40。酒吧= 100微米。 请点击此处查看该图的放大版本。
染色用图10.提高抗肌萎缩蛋白表达系统性鸡尾酒吗啉治疗CXMD狗。抗肌萎缩蛋白(DYS-1) 在野生型(WT)(阳性对照)比较抗肌萎缩蛋白的表达,未治疗(NT)(阴性对照)和CXMD犬120毫克/千克吗啉混合物(40毫克/千克每AON的)处理。啉混合物含有Ex6A,Ex6B和Ex8A。狗静脉注射5次,我们这种鸡尾酒ekly。 A)在WT,NT颅胫骨(CT)肌营养不良蛋白的表达,和治疗狗的比较。 B)dystrophin的表达NT和吗啉鸡尾酒治疗犬之间的心脏组织中的比较。 C)免疫印迹与结蛋白作为内参抗肌萎缩蛋白显示为WT,NT和吗啉鸡尾酒治疗犬。下面的肌肉示为治疗的狗:肱三头肌(TB),肱二头肌(BB),隔膜(DIA),食道(ESO),CT,内收肌(ADD),趾长伸肌(EDL),咬肌(MAS),和心脏。图片适于与横田等人的许可。(2009年的版权,约翰·威利父子)40。酒吧= 200微米。 请点击此处查看该图的放大版本。
数字11. CXMD狗改进组织病理治疗7周240毫克/千克吗啉鸡尾酒。CXMD狗从半年到五岁,用240毫克/千克吗啉鸡尾酒(Ex6A,Ex6B和Ex8A)静脉注射一次周7周。在最后一次注射后14天,取食道肌肉和苏木精和曙红(HE)染色已完成。来自未处理(NT)食管肌肉HE染色和吗啉鸡尾酒治疗(处理)CXMD狗(40X物镜)。 请点击此处查看该图的放大版本。
图12.临床分级改进成绩和15 m跑时间吗啉治疗。吗啉处理后的狗进行了比较,未处理(NT)同窝秒。图中的误差棒表示SEM。 A)在临床分级考试的总成绩获得了治疗前后计算处理的动物与NT同窝进行了比较。 B)的处理和NT的狗为15米运行时间比较。 C)到B类似;然而,使用了更加年轻的狗。图像是从横田等人改编许可(版权2009年,约翰·威利父子)40。 请点击此处查看该图的放大版本。
反义寡核苷酸 | 核苷酸序列 |
Ex6A | GTTGATTGTCGGACCCAGCTCAGG |
Ex6B | ACCTATGACTGTGGATGAGAGCGTT |
Ex8A | CTTCCTGGATGGCTTCAATGCTCAC |
表1.反义寡核苷酸设计。
外显子跳跃是DMD的治疗有希望的治疗方法。 在体外和体内实验表明多外显子跳跃是可行的。这里,使用了CXMD狗模型的讨论。 8.用于CXMD成肌细胞的转染和被选择用于体内实验啉AON骨干化学的2'OMePS AON化学-第一,的AON被使用Rescue-ESE和ESEfinder方案靶向肌营养不良蛋白外显子6的设计。 vPMOs比未修饰的办更有效,但由于其较高的毒性它们并不适于全身注射。 RNA提取,RT-PCR和cDNA测序对CXMD成肌细胞进行。与PMO鸡尾酒注入狗在临床分级评估临床症状的任何改善。狗被安乐死后,肌肉取样并用于冷冻切片制备。抗肌萎缩蛋白的半衰期由A诱导寡核苷酸被认为是约1 - 2月。年轻的成年犬在该研究中使用,虽然这些实验可与新生儿狗和老年犬(> 5岁)进行。准备肌肉切片用于组织病理学评估,并通过免疫印迹和免疫组化48评估抗肌萎缩蛋白抢救。
以确保PMO溶液的体积是打针之前正确是很重要的;不这样做会对结果显著的影响。期间肌内注射,需要足够的压力,进入肌肉纤维。狗的健康和手术部位的检查监督是重要的疑难解答。并监控动物健康,每周验血和称重应该执行。动物和制备肌肉样品的安乐死后,为了保证在检测肌养蛋白的灵敏度的一个关键步骤是同时使用Tris-乙酸盐凝胶和半干印迹方法Western印迹过程期间。
正如代表结果显示,成肌细胞与帧DMD产品生产Ex6A,Ex6B,Ex8A和鸡尾酒(含Ex6A,Ex6B,Ex8A和EX8B)处理。因为EX8B不产生外显子跳跃的制品,它没有在随后的体内实验使用。基因序列分析表明外显子6 - 9跳绳发生和免疫细胞化学与DYS-2染色显示恢复处理的样品中dystrophin的表达。 AON处理的狗表现出肌营养不良蛋白阳性纤维的显著增加。这表明,外显子6 - 8分别被跳过,并缩短蛋白质生产。当使用AON的鸡尾酒肌营养不良蛋白阳性纤维的量增加,是成正比的AON剂量。免疫印迹显示,全身吗啉,治疗的狗增加dystrophin的表达。骨骼肌有肌营养不良蛋白纤维的可变的水平;然而,吗啉治疗心脏组织不大提高抗肌萎缩蛋白的表达。由于肌营养不良蛋白具有高的分子量(427 kDa)的,低量的抗肌萎缩蛋白的检测是困难的。为获得最佳效果,Tris-乙酸凝胶和半干转印法中使用。 HE染色显示啉治疗犬提高组织病理学。中央成核的纤维(的CNFs)是不健康的肌肉的标志,代表肌肉变性和再生的循环。吗啉处理CXMD狗表现出相比于未处理CXMD狗的CNFs的百分比的降低。临床分级揭示症状,如增加行走和奔跑能力,在吗啉处理的动物的改善。肌肉的硬度被认为是反映肌肉萎缩,因此,它被列入评级制度59。大腿(后肢)肌肉的硬度进行评价;然而,我们排除颅缝匠肌,因为它们往往表现出在CXMD肥大而非萎缩。治疗的狗显示编较低分级分数,并在15米跑测试中的速度更快倍。在15米的测试改进的时间是指示性改善肌肉功能40。较高的整体分数等级表示健康状况不佳,增加肌肉萎缩。
虽然这些结果是有希望的,多外显子跳跃仍然存在,这将需要克服的技术具有临床适用性之前许多挑战。心脏组织仍显示减少的AON,可能摄取是由于心脏和骨骼组织的细胞运输的差异。无毒性作用下当前的给药方案动物身上观察到;然而,更多的工作需要做评估长期毒性前使用的AON鸡尾酒可以移动到临床试验。这是很难获得批准的AON鸡尾酒药物因为监管机构定义每个AON序列作为唯一的药物。这意味着,在一个鸡尾酒每个序列需要为萨费特单独测试Y,需要更多的时间和更多的钱。另一个障碍在临床环境中使用的多外显子跳跃的是大量的具有未知功能产生的中间的蛋白质产物。这些蛋白可以潜在导致不可预测的副作用,根据个体突变22。此外,目前的营养不良狗模型中可用的突变模式是有限的。很少有天然存在的突变,而不是所有的突变是用于研究多外显子跳跃是有用的。营养不良的动物模型有望成为未来DMD外显子跳跃的研究33,34一个很好的选择。
在DMD狗模型比其他模型DMD一定的优势。作为一个更大的动物模型,临床分级和MRI是可能的,允许更详细的分析。自狗是大型动物他们也更适合于毒理学研究和更紧密地代表相比于小鼠模型的人类疾病。狗米odels还具有更类似于人类23,34,45 DMD基因序列。
虽然技术上具有挑战性的,多外显子跳跃的方式可能最终受益的> 90%的患者DMD 24。这使得一个更好的选择为单外显子跳跃,如单外显子跳跃只适用于患者的一小部分。此外,多外显子跳跃将使我们能够选择优化缩短的dystrophin蛋白的功能缺失模式。例如,DMD的外显子缺失45 - 55与异常症状轻微或无症状个体14,19,60-63有关。外显子45的多外显子跳跃- 55已被证明在DMD的使用的vPMOs 22,26全身注射的外显子52缺失(mdx52)小鼠模型。使用鸡尾酒vPMOs也已经证实在其它形式的肌营养不良症,例如福山先天性肌营养不良症(FCMD)。 FCMD由外显子捕获,其中异常mRNA剪接是由逆转录转座子的插入引起的。 vPMOs已经显示营救拼接图案中既是FCMD小鼠模型和在人类细胞系64。下一代的AON化学呈现更高的功效和较低的毒性将有助于多外显子跳跃的方法投入临床应用的有效的翻译。此外,多外显子跳跃可能被应用到其他遗传疾病,如dysferlinopathies 24,65。
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This work was supported by The University of Alberta Faculty of Medicine and Dentistry, The Friends of Garrett Cumming Research Chair Fund, HM Toupin Neurological Science Research Chair Fund, Muscular Dystrophy Canada, Canada Foundation for Innovation (CFI), Alberta Advanced Education and Technology (AET), Canadian Institutes of Health Research (CIHR), Jesse's Journey - The Foundation for Gene and Cell Therapy, and the Women and Children's Health Research Institute (WCHRI).
Name | Company | Catalog Number | Comments |
2'OMePS Transfection of Dog Myoblasts | |||
3 ml 6-well plates | IWAKI | 5816-006 | |
Dulbecco’s modified Eagle’s medium (DMEM) | Gibco | 11965-092 | |
Fetal bovine serum (FBS) | HyClone | SH30071.01 | |
Penicillin | Sigma-Aldrich | P4333 | 200 U/ml |
Lipofectin | Invitrogen | 18292-011 | Total volume of 100 ml in opti-MEM media at a ratio of 2:1 for lipofectin. 10 ml lipofectin for 5 mg RNA. |
2’OMePS | Eurogentec | Ex6A (GUU GAUUGUCGGACCCAGCUCAGG), Ex6B (ACCUAUGA CUGUGGAUGAGAGCGUU), and Ex8A (CUUCCUGG AUGGCUUCAAUGCUCAC). | |
Horse Serum | Gibco | 16050-114 | 2% |
streptomycin | Sigma-Aldrich | P4333 | 200 μg/ml |
Bovine serum albumin (BSA) | Sigma-Aldrich | A9418 | |
Insulin | |||
Morpholino transfection of dog myoblasts All material from MePS Transfection of Dog Myoblasts for culturing | |||
Antisense morpholinos | Gene-tools | Ex6A(GTTGATTGTCGGACCCAGC TCAGG), Ex6B(ACCTATGACTGTGGATGAG AGCGTT), Ex8A(CTTCCTGGATGGCTTCAAT GCTCAC) Dilute to a final volume of 100 L in opti-MEM media. 120–200 mg/kg of morpholinos at 32 mg/ml in saline | |
Endo-Porter | Gene-tools | ||
guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform | Invitrogen | 15596-018 | 1 ml/plate |
RNA Extraction and Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) | |||
guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform | Invitrogen | 15596-018 | 1 ml/plate |
Chloroform | Sigma-Aldrich | P3803 | 200 μl |
1.5 ml Tubes | Eppendorf | 22363204 | |
Centrifuge | Beckman-Coulter | ||
75% Ethanol | Sigma-Aldrich | 34852 | |
UV Spectrometer | |||
Forward primer in exon 5 | Invitrogen | CTGACTCTTGGTTTGATTTGGA 1.5 μl 10 μM | |
Reverse primer in exon 10 | Invitrogen | TGCTTCGGTCTCTGTCAATG 1.5 μl 10 μM | |
dNTPs | Clontech | 3040 | |
One-Step RT-PCR kit | Qiagen | 210210 | |
Thermo-cycler | Scinco | ||
Complementary DNA (cDNA) Sequencing | |||
Gel extraction kit | Qiagen | 28704 | |
Centrifuge | |||
Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit | Applied Biosystems | 4337454 | |
Intramuscular injections or open muscle biopsy | |||
Surgical Tools | Scissors, scalpel, needle, surgical thread | ||
Vet Ointment | |||
Iodophors | webtextiles | 12190-71-5 | |
chlorohexidine | Peridex | 12134 | |
Surgical Drapes | |||
Scrubs | |||
Facial Mask | |||
Surgical Gloves | |||
Head Covering | |||
Thiopental sodium | Mitsubishi Tanabe Pharma | 20 mg/kg | |
Isoflurane | Abbott laboratories | 05260-05 | 2-3% |
Antisense morpholinos | Gene-tools | Ex6A(GTTGATTGTCGGACCCAGC TCAGG), Ex6B(ACCTATGACTGTGGATGAG AGCGTT), Ex8A(CTTCCTGGATGGCTTCAAT GCTCAC) Dilute to a final volume of 100 L in opti-MEM media. 120–200 mg/kg of morpholinos at 32 mg/ml in saline | |
27 G Needles | TERUMO | SG3-2325 | |
50 ml syringe | TERUMO | SG2-03L2225 | |
buprenorphine hydrochloride | |||
Tongue Depressor | |||
cephalexin | 15 to 30 mg/kg | ||
cefazolin | 15 to 30 mg/kg | ||
buprenorphine | 0.01 mg/kg | ||
buprenorphine hydrochloride | 0.02 mg/kg | ||
Systemic Injections | |||
Syringe infusion pump | Muromachi | ||
22 G Indwelling needles | TERUMO | SG3-2225 | |
27 G Needles | TERUMO | SG3-2325 | |
50 ml syringe | TERUMO | SG2-03L2225 | |
Saline | Ohtsuka-Pharmaceutical | 28372 | |
Clinical Grading of Dogs | |||
Video Camera | |||
Stop watch | |||
Magnetic resonance imaging (MRI) | |||
3 Tesla MRI l | |||
18 cm diameter/18 cm length human extremity coil | |||
Muscle sampling and preparation (necropsy) | |||
Thiopental sodium | Mitsubishi Tanabe Pharma | 20 mg/kg | |
Isoflurane | Abbott laboratories | 05260-05 | 2-3% |
Tragacanth gum | 10-20 ml | ||
Liquid Nitrogen | |||
Cork Discs | Iwai-kagaku | 101412-806 | |
Dry Ice | |||
Tweezers | |||
Poly-L-lysine–coated slides | Fisher | 22-037-216 | |
Cryostat Microsystem | Leica | cm1900 | |
Immunohistochemistry | |||
DYS1 | Novocastra | NCL-DYS1 | 1:150 dilutions |
DYS2 | Novocastra | NCL-DYS2 | 1:150 dilutions |
Alexa 594 goat antimouse IgG1 | Invitrogen | A-21125 | 1:2,500 dilutions |
Alexa 594 goat antimouse IgG2 | Invitrogen | A-11005 | 1:2,500 dilutions |
DAPI | Invitrogen | D1306 | Contains mounting agent |
Goat Serum | Invitrogen | 10000C | 15% |
PBS | |||
Moisture chamber | Scientific Devise Laboratory | 197-BL | |
Chamber slide | Lab-tek | 154453 | |
Cover Glasses | Fisher | 12-540A | |
Hydrophobic barrier pen | |||
Fluorescent microscope | 594 nm at 20X magnification. | ||
Western Blotting | |||
Distillied Water | |||
Hand Homogenizer | |||
2× Laemmli SDS-loading buffer | 0.1 M Tris–HCl (pH 6.6), 2% (w/v) SDS, 2% (0.28 M) beta-mercaptoethanol, 20% glycerol, 0.01% bromophenol blue | ||
SDS gels | Bio-Rad | 161-1210 | 5% resolving |
SDS gels | Invitrogen | Invitrogen, WG1601BOX | 3-8% |
PVDF membrane | GE | 10600021 | |
Methanol | |||
Running buffer (10×) | 250 mM of Tris-Base, 1,920 mM of Glycine | ||
Running buffer (1×) | 10% 10× buffer, 20% methanol | ||
0.05% PBS/Tween 20 (PBST) | 2,000 ml 3× 200 ml for washing | ||
PBST/5% milk powder | 100 ml | ||
Protein Assay Kit | BCA | T9650 | |
Tween 20 | Sigma | P5927 | |
Urea | Sigma | U5378 | |
Beta Mercaptoethanol | Millipore | ES-007-E | |
SDS | Sigma | L3771 | |
Tris-Acetate | Sigma | ||
Tris HCl | Sigma | T3253 | |
Glycerol | Sigma | G8773 | |
Loading/sample buffer for Western blotting | NuPage Invitrogen | NP007 | |
NaCl | Sigma | S3014 | |
PMSF | Sigma | P7626 | |
Protease cocktail inhibitor | Roche | 11836153001 | |
Cathode Buffer | 0.025 M Tris base + 40 mM 6-aminocaproic acid + 20% Methanol | ||
Anode Buffer | 0.03 M Tris Base + 20% Methanol | ||
Concentred Anode Buffer | 0.3 M Tris base + 20% Methanol | ||
desmin antibody | Abcam | ab8592 | |
DYS1 | Novocastra | NCL-DYS1 | 1:150 dilutions |
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