使用madSTORM进行高分辨率，超分辨率的T细胞成像

摘要

我们展示了使用荧光标记抗体的顺序结合和洗脱以单分子精确度在异质纳米结构内成像多个分子的方法。

摘要

使用单分子定位显微镜的成像异质细胞结构受到定位精度和复用能力不足的阻碍。使用荧光纳米金刚石基准标记，我们描述了在单分子定位显微镜中获得高精度所需的漂移校正和校准程序。另外，描述了新的复用策略madSTORM，其中使用荧光抗体的顺序结合和洗脱将多个分子靶向相同的细胞。在活化的T细胞上证明了madSTORM可视化在称为T细胞受体微团簇的膜结合的多蛋白结构内的不同组分的位置。另外，讨论了madSTORM作为多蛋白结构可视化的一般工具的应用。

引言

已经开发了各种超分辨率显微技术来克服光学显微镜（〜200nm）的衍射极限。其中包括一类称为单分子定位显微术（SMLM）的技术，包括光激活定位显微镜（PALM）和随机光学重建显微镜（STORM）。 SMLM技术共享使用可在on（荧光）和off（暗/光切换）状态之间切换的荧光团，允许来自单分子^1,2,3的荧光的顺序定位。

由于其与商业上可获得的染料和显微镜的兼容性，STORM（dSTORM）直接成为广泛采用的SMLM技术。 dSTORM可以定期实现〜10 nm的定位精度，定义为计算衍射中心的不确定度离子限制点扩散函数（PSF）。然而，尽管使用本地化算法估计的高精度^5,6,7 ，单个分子的实际位置的准确确定受到一些问题的阻碍。首先，在图像采集期间显微镜平台的机械运动增加了定位精度的显着不确定性。由于SMLM图像通过数千个延时帧获得，显微镜平台的纳米尺度运动可能会显着损害最终超分辨率图像⁸的精度。为了补偿图像采集期间的阶段移动，通常基于来自图像本身（互相关）或来自基准标记（基准校正）的顺序定位的基于回归的拟合来估计阶段漂移。 Howev呃，这些方法需要优化每个图像堆叠的多个参数，并且不能在诸如机械振动的短时间尺度上考虑阶段运动。金纳米颗粒和多色荧光珠已经用作SMLM中的基准标记，但它们不是光稳定的，并且在漂移校正后比使用的氮空位中心荧光纳米钻石（FND）显着降低精度在madSTORM ¹⁰ 。

除了衍射极限外，光学显微镜进一步受光谱限制。多个目标的同时可视化需要具有非重叠光谱特征的荧光探针，通常将基于荧光的光学显微镜限制为6种颜色，并将SMLM限制为2-3色4,11,12。此外，非线性色差导致多色图像的偏移，w需要使用多色基准标记8,13的广泛对准程序。为了克服这些限制，先前的研究已经使用重复光漂白或连续结合的荧光团^{14,15,16,17,18,19的}化学淬灭成像了多个靶。虽然这些方法可以克服显微镜的光谱极限，但是已知荧光漂白是有毒的方法²⁰ ，而延长的漂白或猝灭可能引起不期望的副作用，例如交联失去。此外，荧光探针的积累可导致样品中结合位点的空间阻断，防止表位的大规模复用和强大的靶向。为了避免这种空间干扰，最近的一个小编使用随机交换自由扩散的蛋白质片段²¹实现多路复用。尽管这种方法允许细胞结构的密集标记，但是它需要广泛的生物化学制备以分离肽片段，不能定位单分子位置，并且不容易利用市售的探针进行大规模复制。我们提供一个详细的视频协议，描述荧光抗体的顺序结合和洗脱，用于复用，抗体大小限制的dSTORM（madSTORM）成像，以及使用荧光纳米金刚石来实现精确的漂移校正和对准。

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研究方案

注意:使用前请咨询所有相关材料安全数据表（MSDS）。本议定书中使用的几种化学物质是有毒和致癌的。执行协议时，请使用所有适当的安全措施，包括使用工程控制（通风橱，手套箱）和个人防护装备（安全眼镜，手套，实验室外套，全长裤，闭式脚趾鞋）。

1.活化T细胞复制成像

1. 使用Alexa 647抗体标记试剂盒与Alexa-647（A647）染料直接缀合抗体。遵循制造商提供的标签协议。
   注意:在此步骤之前，建议在1x PBS中透析抗体溶液以提高抗体标记效率。
2. 在20,800 rcf下旋转标记抗体5 min，收集上清液以除去聚集的抗体。
3. 荧光纳米金刚石涂层盖玻片的制备
   1. 用250μL的0.01％聚-L-赖氨酸（PLL）涂覆8孔盖玻片室（参见试剂/材料清单）15分钟，抽出并在65℃下干燥30分钟。 （干燥前不要冲洗）
   2. 在1x PBS中准备100 nm FND的稀释液。测试各种稀释液以确保在步骤1.2.7（我们使用制造商提供的FND的1:200稀释度）的每个视野中有足够的FNDs。
   3. 涡旋稀释的FNDs 1分钟。
   4. 在高功率设置下将FND上清液超声处理30秒。
   5. 将超声处理的FND上清液在室温下在PLL涂覆的8孔盖玻片室中孵育30分钟。
   6. 用1x PBS洗5次，并在TIRF显微镜上使用647nm激光激发可视化FND涂层室。理想情况下，如果在步骤1.2.2中对FND进行了适当的稀释，我们可以在视场中看到4-10个单独的FND（我们使用的是具有256 x 256个相机像素设置的100X物镜，以获得61 x 61μm的视野）与在在成像领域的每个象限中存在至少一个FND。如果FND似乎是聚类的（ 即 ，具有比周围FND显着更高的信号的FND和大于200nm的点扩散函数），则以6,800 rcf离心FNDs 1分钟，并使用FND上清液重复涂覆程序。
   7. 在每个孔中加入250μl抗CD3抗体（10μg/ mL），并在37℃下孵育1小时，或在4℃下孵育过夜。
   8. 取出溶液并加入1x PBS 30秒。重复此洗涤步骤5次（洗5次）。
4. 激活Jurkat T细胞
   1. 将1 ml Jurkat T细胞以800 rcf转染6 min，并重悬于300μl1x HBS溶液中。理想情况下，Jurkat T细胞在纺丝前的浓度应为0.5-1.0×10 ^6个细胞/ ml。 1 HBS溶液由前述²²所述的HEPES缓冲盐水与1％牛血清白蛋白组成。
   2. 加入150μL的每个孔中的1 HBS溶液，并在37℃孵育15分钟。
   3. 向每个孔中加入50μL重悬浮的Jurkat T细胞，37℃孵育3分钟。
   4. 向每个孔中加入300μL的4％对甲醛并在37℃下孵育30分钟。
   5. 用1x PBS洗3次。
   6. 通过在室温下加入250μL0.1％Triton-X溶液5分钟使细胞渗透。
   7. 用1x PBS洗3次。
   8. 在室温下向每个孔中加入250μL1％的在PBS中的1％鱼明胶溶液30分钟。
   9. 用1x PBS洗3次。
5. 使用madSTORM成像激活Jurkat T细胞
   1. 在室温下向固定细胞中加入200μL0.1〜0.5μg/ mL的标记抗体1小时。
   2. 用1x PBS洗5次。
   3. 加入1ml的STORM缓冲液，并用玻璃盖玻片覆盖室，以限制暴露在空气中。之前已经描述了STORM缓冲区¹⁰ 。我们建议马King新的STORM缓冲液，用于每轮成像，并将STORM缓冲液以20,800 rcf旋转2分钟以除去沉淀物。
   4. 在TIRF模式下使用低647 nm激光功率，在视野中定位至少有3个FND的染色细胞。为了帮助定位FND，可以使用568 nm激光的伴随激励来提高FND信号的亮度。
      注意:2.1节中描述的平均基准校正的性能随着更多的FND的增加而改善。
   5. 增加647 nm激光功率并获取图像。我们通常以200 ms曝光，125 mW 647 nm激光，100X TIRF物镜（1.49 NA），100X EM增益（16位5 MHz，转换增益1））获取10,000帧。以前已经描述了我们的成像设置的细节¹⁰ 。
   6. 用1x TBS洗5次。
   7. 加1 ml of洗脱缓冲液（3.5M MgCl 2，20mM PIPES，0.1％Tween-20，pH6.5），并在室温下孵育1分钟。
   8. 重复洗脱3次。 （必须检查每种使用的抗体的精确洗脱条件和去除信号所需的洗脱漂洗次数）。
   9. 用1x TBS洗3次，加入1ml 1x PBS。
   10. 光漂白剂使用高功率（125mW）的647nm激光器，在405mW的405nm激光下以黑暗状态光活化A647染料。等待直到来自未洗脱的抗体的所有剩余信号被光漂白。通常这需要2-5秒的激光曝光。在洗脱和漂白后，使用1.3.5中的STORM设置获取样品图像（〜100帧），以确认信号的去除。
       我们通常使用这种方法去除99.8％的信号。我们建议在madSTORM使用前测试每种抗体的洗脱效率，如前所述。
   11. 加入250μL4％的多聚甲醛15 min。这个事件在细胞中固定分子的反向交联。
   12. 用1x PBS洗3次。
   13. 重复步骤1.3.1-1.3.12以顺序标记多个目标。 图1显示了使用madSTORM获得的激活的Jurkat T细胞中的多个分子的合成图像。

2.多路复用图像堆栈的漂移校正和对准

1. 漂移校正的madSTORM图像堆栈
   1. 使用ImageJ打开图像。我们建议在ImageJ打开之前将图像文件转换为TIFF格式。使用矩形ROI来选择单个FND。播放时间流逝以确保FND在图像堆栈的每个帧中都可见。在ThunderSTORM插件中使用运行分析来定位FND。对于2.1.5中描述的平均基准校正方法，重要的是将单个FND定位在每个图像帧中（ 即确定的峰值数应为e等于帧数）。
   2. 如果在每个帧中未识别到FND，请选择另一个FND。如果多个峰位于单个帧中，请删除偏离最早峰的峰。
   3. 对图像堆叠中的每个FND重复2.1.2。请记住，漂移校正过程中不应包含一些FND，因此它们可以作为步骤2.1.7中所述的漂移校正精度的独立量规。
   4. 为了更快，更精确的漂移校正，请使用ThunderSTORM中包含的互相关或基准校正算法来校正FND图像。通常，我们使用100个箱，5个放大倍率和0.1个轨迹平滑因子进行互相关，10个最大距离，0.1分钟标记可见度比和0.01个轨迹平滑因子进行基准校正。交叉相关和基准校正将产生一个可应用于其他FND的校正文件，以测试漂移校正精度。
   5. 对于更严格，更精确的漂移校正，使用如前所述的平均基准校正（AFC）算法¹⁰ 。该过程不需要优化参数，并且产生比SMLM定位算法预测的更高的定位精度。然而，平均漂移校正需要至少4个FND，并且将FND定位在图像堆栈的每个帧中。包含更多的FND，AFC漂移校正表现更好，因为大量的局部FND将减少给定帧中异常值峰值的失真效应。
   6. 如前所述，使用ThunderSTORM对图像堆栈内的所有点扩散函数进行本地化。我们通常使用100nm的像素尺寸，每A / D计数为4.28的光电子，基准电平A / D计数为100，EM增益为100，PSF:集成高斯定位，5像素拟合半径，最大似然拟合方法和1.3像素初始西格玛
   7. 将从FND获取的漂移校正因子应用于整个图像堆栈的本地化。目视检查最终图像以确保正确的漂移校正（ 图2 ）。所产生的漂移校正因子应在AFC程序中未包含的FND上独立测试，以测量漂移校正精度的水平。漂移校正的独立FND的精度应接近从步骤2.1.6中使用的定位算法计算的平均精度/不确定度值。
   8. 对于顺序标记的抗体的madSTORM图像堆叠重复步骤2.1.1-2.1.7。请记住，在每个madSTORM映像堆栈中对同一组FND进行本地化对于以下对齐过程至关重要。
2. 对齐madSTORM图像
   1. 计算每个madSTORM图像中漂移校正的FND的质心位置。要做到这一点，找到平均x和y轴po每个本地化FND的情景，并平均每个madSTORM图像中所有FND的平均x和y位置。以前已经描述了该步骤的详细算法¹⁰ 。使用FND基准标记的质心位置对齐顺序的madSTORM图像。要执行对齐，通过从第一个madSTORM图像中减去第二个madSTORM图像中的FND的重心位置来计算两个本地化的madSTORM图像之间的偏移量。然后从第二个madSTORM映像中的所有本地化中减去偏移量。
   2. 我们建议使用第一个madSTORM图像作为参考图像，并在第一和第三，第一和第四等之间重复此对齐步骤。通过测量未包括在对齐过程中的FND之间的偏移来测试对准精度。大的偏移可能表示在计算顺序的madSTORM图像的质心位置时使用不同的FND组。
   3. 如果是这样，步骤2.2.1-2.2.2 shou使用同一组FND重复进行对齐。
      注意:提供了AFC漂移校正和校准程序的自定义代码。

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结果

使用顺序洗脱和染色方法在活化的Jurkat T细胞中产生微团簇和其他结构的多重madSTORM图像（ 图1 ，检查图对齐）。每个伪彩色图像表示在步骤1.1.1至1.3.13中获取的一轮madSTORM成像。如前所述¹⁰ ，应该对来自先前的非洗脱抗体的残留信号进行监视，以避免复用目标之间的串扰。此外，随着洗脱效率可以在抗体之间变化，顺序复用的顺序?...

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讨论

madSTORM中的顺序多路复用，漂移校正和校准程序允许在单元格中精确，高度多路复用异构结构的可视化。 ¹⁰此外，madSTORM避免了多色STORM的局限性，如非远红色染料^9,12的色差和次优照相切换/发射性能。由于洗脱步骤显着降低了来自顺序结合的抗体的空间干扰，所以可以使用madSTORM进行细胞样品的重复成像，超过先前技术9,15,21所达到的6-10轮复用成像。此外，顺序...

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材料

Name	Company	Catalog Number	Comments
8 well coverslip chamber	Lab-tek	155409
0.1% Poly-L-Lysine solution	Sigma-Aldrich	P8920
NV-100 nm Fluorescent Nano-diamond	Adamas	Red FND
anti-CD3ε antibody	BD Biosciences	555329
Bovine serum albumin, Fraction V	KSE Scientific	98-100P
Triton-X	Sigma-Aldrich	T9284
10% Paraformaldehyde	EMS	15712	Carcinogen
Gelatin from fresh water fish skin	Sigma-Aldrich	G7041
Alexa 647 antibody labeling kit	Thermo Fisher	A20186
Magnesium Chloride hexahydrate	Sigma-Aldrich	138924
PIPES	Sigma-Aldrich	P6757
Tween-20	Fisher Scientific	BP337-500
2-Mercaptoethanol	Sigma-Aldrich	M7154	Highly toxic, air sensitive
Cysteamine	Sigma-Aldrich	30070	Highly toxic
Cyclooctatetraene 98%	Sigma-Aldrich	138924	Highly toxic, air sensitive
10x PBS	KD Medical	RGF-3210
10x TBS	KD Medical	RGF-3385