使用 Tile/SED/Array 接口在多路复用离子束成像显微镜上快速构建组织微阵列和平铺面积成像

摘要

多重离子束成像 （MIBI） 通常用于对组织微阵列和平铺的连续组织区域进行成像，但当前用于设置这些实验的软件很繁琐。tile/SED/array 界面是一种直观的交互式图形工具，旨在显著简化和加速 MIBI 运行设置。

摘要

多重离子束成像 （MIBI） 是新一代基于质谱的显微镜技术，可生成组织学组织中蛋白质表达的 40+ 重图像，从而能够详细剖析细胞表型和组织结构组织。当用户选择组织上的物理位置进行成像时，会出现操作中的一个关键瓶颈。随着 MIBI 实验的规模和复杂性的增加，制造商提供的界面和第三方工具在对大型组织微阵列和平铺组织区域进行成像时变得越来越笨拙。因此，开发了一个基于 Web 的交互式、所见即所得 （WYSIWYG） 图形界面层 - 平铺/SED/阵列界面 （TSAI） - 供用户使用熟悉且直观的鼠标手势（如拖放、单击和拖动和多边形绘制）设置成像位置。它根据现代 Web 浏览器中已经内置的 Web 标准编写，不需要安装外部程序、扩展或编译器。当前数百名 MIBI 用户感兴趣的是，该接口极大地简化和加速了大型复杂 MIBI 运行的设置。

引言

多重离子束成像 （MIBI） 是一种以高达 250 nm 的分辨率在组织学组织切片上同时对 40+ 蛋白质进行成像的技术 ^1,2,3。使用标有同位素纯元素金属的抗体对组织学组织切片进行染色后，MIBI 仪器执行二次离子质谱分析，以同时定量组织各个点的所有同位素，从而定量所有 40+ 抗原的表达。在数百万个点的网格中执行，生成的 40+ 重蛋白质表达图像能够描绘细胞边界和识别特定细胞类型，同时保留空间背景 1,2,3,4。该技术已被大约 20 个站点的数百名用户用于研究数十种组织类型的细胞组成、代谢特征和/或结构，作为检查对肿瘤的免疫反应、感染因子引起的组织炎症、痴呆的神经病理学和怀孕期间的免疫耐受的一部分 5,6,7,8,9

研究方案

1. TSAI 的加载

1. 通过在 MIBI 用户控制计算机的 Web 浏览器中打开 https://tsai.stanford.edu/research/mibi_tsai 来运行 TSAI。
   1. 此 TSAI 实例包含不适用于所有乐器的自定义预设。使用时，仅从模板 FOV 构建瓦片，如下面的步骤 2.6 中生成。TSAI 在 Web 浏览器中本地运行，不会将图像、.json或文件名数据发送到服务器或存储在服务器上。
2. 或者，在任何网站上为任何乐器设置自定义预设 TSAI。
   1. 转到 https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai 并下载 mibi_tsai_standalone 目录。或者，下载 Supplementary Coding File 1 .zip 文件，并将内容解压缩到名为 mibi_tsai_standalone 的目录中。
   2. 在任何文本编辑器中打开 mibi_tsai_standalone/_resources/index.js。
   3. 如有必要，请在 index.js 中编辑 FOV 大小、停留时间/定时选择、光栅大小、FOV JSON 和建议的预设设置，以匹配仪器的设置。这主要适用于定制仪器，但无论如何都应检查 dage time/t....

讨论

多重离子束成像 （MIBI） 是一种用于剖析详细细胞表型和组织组织结构的强大技术 5,6,7,8,9,10,11。围绕 MIBI 的计算工作主要集中在成像后的数据处理上，但很少提高仪器软件在常见应用（如大型 TMA .......

材料

Name	Company	Catalog Number	Comments
MIBI computer	Ionpath
MIBIcontrol (software)	Ionpath
MIBIscope	Ionpath		Multiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) microscope
MIBIslide	Ionpath	567001	Conductive slide for MIBI
Tile/SED/Array Interface (TSAI) (software)		https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/