通过运行 Python 脚本extract_frame.py来识别包含 L4 阶段蠕虫的 PA14 板的尺寸。然后在 ImageJ 中打开 JPEG 文件。从菜单中,选择分析,然后选择设置测量。
确保选中显示标签框并关闭窗口。使用直线工具,通过在板上画一条线来测量板的直径。然后从菜单中选择分析,然后选择测量。
如果视频为 1080 像素,则每个板的宽度约为 480 像素。在记事本中输入此信息以供稍后使用,然后关闭结果窗口。使用多点工具,在每个板块的左上角标记点,这些点将成为裁剪视频的左上角。
按板启动时间的顺序标记它。为所有板创建一个点后,从菜单中选择分析,然后选择测量。包括点的 X 和 Y 坐标在内的测量值将显示在结果窗口中。
要处理多个视频,请在 ImageJ 中对其他 JPEG 文件重复此过程。所有 X 和 Y 坐标将列在同一结果窗口中。将结果窗口保存到 CSV 文件中。
该文件应保存到与影片文件相同的目录中。要查找每个印版的开始时间,请在计算机或手机上播放电影,并记下放置在相机下方的每组印版的开始时间。打开结果。
CSV 文件,并添加起始列。对于与各个板对应的每行,在开始列下输入适当的开始时间(以秒为单位)。保存文件。
要裁剪和修剪视频,请运行crop_n_trim。py 脚本。选择结果。
CSV 文件。输入板尺寸和前面记下的像素值。脚本现在将读取结果的每一行。
CSV 文件,以便在脚本完成运行后查找正确的影片文件。将出现一个与电影同名的文件夹,后跟保存与测定相对应的视频的开始时间。要进行手动计数,请在 ImageJ 中打开每个 AVI 文件。
计算草坪外可见的蠕虫,然后计算每个时间点的占用率。野生N2型蠕虫逐渐离开细菌草坪并留在室外,如随时间推移的占用率所示。将直接从平板进行的计数与成像蠕虫的计数进行比较。
事实证明,由成像蠕虫进行的计数非常准确。当每种菌株的三项试验平均在一起时,N2和NPR1菌株的准确率分别为99.5%和96.2%。