首先启动显微镜操作软件。在设置选项卡下，选择正确的预定义板类型。按弹出键进入板载物台定位板，然后按加载键将板加载到显微镜中。
接下来，选择数值孔径为 20 倍的空气物镜 0.4。调整 20 倍空气物镜的校正环，以适应所选板类型的板厚度。将通道选择设置为 Hoechst 33342，并调整 Hoechst 通道的成像参数。
通过在板内选择一个代表孔来测试所选设置。在定义的布局上，选择所有板孔和字段。然后在在线作业下选择相应的文件夹，将数据传输到在线分析软件。
实验设置已保存。在运行实验选项卡下，将要成像的板命名，并开始成像过程。要开始图像分析，首先启动软件，选择要分析的图像，然后单击图像分析选项卡以开始图像分割。
接下来，单击输入图像选项卡中的加号以添加新的构建块。从列表中，单击查找原子核。检查图像上的分割对象后，选择最合适的分割方法。
在分割方法中调整检测参数。单击“定义结果”，然后选择“标准输出”作为方法。单击“将分析保存到数据库”以保存分析管道。
在“批量分析”选项卡下，单击已保存的管道，该管道将显示在“方法”选项下。然后选择要分析的数据。通过单击“开始分析”开始分析以生成细胞数数据集来开始分析。
所描述的基于细胞的测定依赖于间接反映 ATG4B 活性变化的报告基因读数，从而能够检测 ATG4B 活性的抑制剂和激活剂。每种化合物的ATG4B活性与其细胞活力的比率用作鉴定ATG4B抑制剂的临界值。大于 1 的比率表示可能的 ATG4B 激活剂，小于 1 的比率表示可能的 ATG4B 抑制剂。
