要访问用于定量自发荧光或 QAF 分析的开源插件,请在软件 Fiji.点击管理更新网站,将显示的广告素材计算更新网站添加到预先存在的更新网站。要安装 Spectralis 管道插件,请下载插件并重新启动 Fiji。
不同的 Spectralis 插件将位于 Spectralis 或 Spectralis 批处理中的插件下拉菜单下。以红色、绿色、蓝色或 RGB 格式存储的 Spectralis QAF XML 导出文件仅限于 0 到 255 的测量 AF 值刻度,并包括标准和黑色校准区域。要生成 QAF 映像,请打开插件下拉菜单。
单击 Spectralis,选择 QAF XML 读取器,然后放弃打开屏幕。将出现一个新窗口,显示提示,选择包含光谱 XML QAF 导出的目录。选择目录,然后单击选择。
在窗口中,QAF 参数输入图像信息中包含的参考校准因子或 RCF,以及拍摄图像时患者的年龄。单击确定后,当出现标记为 8 位映射的弹出窗口时,输入颜色编码的 QAF 图像的最小 QAF 或 QAF 最小值,以及最大 QAF 或 QAF 最大值。要在插件下一次添加一个图像,请选择 Spectralis,然后选择添加到标准retina_OCT,然后关闭打开屏幕。
当窗口显示时,选择包含 Spectralis OCT XML 导出的目录。选择文件夹,然后单击选择以打开 BScan。加载 OCT 卷并出现提示后,选择包含已注册的 en Face 图像的目录。
选择适当的文件夹,然后单击选择。在这个阶段,会弹出三个窗口。一个标记为 en Face stack,显示所选文件夹中的堆叠图像。
第二个标记为 BScan 堆栈,显示 OCTB 扫描,中间或第三个标记为选择模式。从 en Face 堆栈中选择一种模式。在提示符下,选择包含标准视网膜的目录会弹出,选择或创建包含标准视网膜的目录。
检查新的标准视网膜,滚动并移动光标以查看该特定位置的平均值和标准差。单击“接受”按钮,将最新照片添加到标准视网膜,或将其丢弃。要使用标准视网膜一次添加多张图像Batch_QAF_请先准备一份清单。
txt 文件与案例 ID 位于同一文件夹中。必须列出从 dot txt 文件位置到 OCT 和 enFace 堆栈的相对路径,并用制表符空格分隔,名称前后不得有任何额外的空格。要滚动浏览 BScan 堆栈,请向左或向右拖动底部的栏,或选择 BScan 框架,然后使用键盘上的左右箭头键。
当前 BScan 堆栈区域的概述由 enFace 堆栈窗口上的红线提供,并在 BScan 窗口的左上角显示 BScan 编号。要标记区域,请在 BScan 窗口中的绘制线段中选择标记,然后右键单击并将鼠标光标拖动到病变的末端。按加号键放大,按减号键缩小。
最后,单击“确定”以标记感兴趣区域。一名 84 岁中龄相关性黄斑变性患者的眼睛的 QAF 图像显示一个明显的软玻璃膜疣。该区域的特写镜头显示,棕色中心代表标记的玻璃膜疣,彩色条带代表周围的ISO孔。
输出文件包含案例 ID、文件的偏侧性和所选的成像方式。每一行都指向一个 ISO 孔,其与病变外边缘的距离在电子表格的下列和上列中指定。QAF 测量包含 ISO 孔中像素的最小中位数和最大值、像素数、平均像素值和平均值的标准偏差。
一名 80 岁早期年龄相关性黄斑变性患者的眼睛的 QAF 图像显示视网膜下玻璃膜样沉积物。在每个标记的病变周围,用颜色编码描绘了 ISO 孔。