首先，从商业蛋白质富集试剂盒的离心柱上取下顶盖和底盖，并保留它们以备将来使用。将未加盖的离心柱置于两毫升微量离心管中。将装置在 1000 G 和室温下离心 30 至 60 秒，以取出并丢弃储存溶液。
将 200 μL 洗涤缓冲液加入离心柱中的富集珠中，并通过上下移液数次进行混合。如前所述离心离心柱后，丢弃收集的缓冲液。更换底盖，在更换顶盖之前，向离心柱中加入 200 微升水。
通过上下移液混合制备的水珠浆液，然后将其转移到预先制备的单克隆抗体药物产品样品中。通过在室温下旋转试管孵育两个小时。接下来，使用 16 号针在合适尺寸的熔块上打孔，并将其插入 200 微升尖端的尖端。
将带有珠子的样品转移到准备好的吸头中，并将其放入顶盖上有一个孔的两毫升微量离心管中。离心管中的尖端以除去溶液。通过向尖端添加 200 微升洗涤缓冲液来洗涤珠子。
通过在两毫升微量离心管中离心尖端来去除洗涤缓冲液。接下来，用 200 微升水清洗尖端中的珠子，并如前所述离心以除去水分。现在，向吸头中加入 10 微升洗脱缓冲液，并通过上下移液浆液 10 次将珠子彻底浸泡在其中。
将吸头转移到顶盖上有一个孔的新的0.5毫升微量离心管中，并离心管以收集逸出的蛋白质。在洗脱液中加入1.5微升胰蛋白酶溶液，使其在28度下消化过夜。然后，向样品中加入 1.5 微升每毫升 25 毫克的二硫苏糖醇，并在 90 度下孵育 20 分钟。
接下来，将样品与 1.5 微升 0.25 摩尔碘乙酰胺在室温下在黑暗中孵育 20 分钟。之后，加入 3.5 微升 10% 三氯乙酸或 TFA，涡旋样品两分钟。将样品在室温下以 14， 400 G 离心 10 分钟以沉淀 SDC 和 SLS。
收集酸化的上清液进行脱盐。向 GC 脱盐吸头中加入 50 微升缓冲液 B。然后将吸头放入支架中，并在室温下以 1000 G 离心三分钟。
如前所述，向吸头中加入 50 微升缓冲液 A 并旋转吸头。现在，将酸化的样品添加到尖端。在室温下以 500 G 离心支架中的吸头 6 分钟。
之后，通过向其中加入 50 微升缓冲液 A 并在室温下以 500 G 旋转 3 分钟来清洗尖端。通过加入 50 微升缓冲液 B 并在室温下以 500 G 离心新管中 3 分钟，从 GC 脱盐尖端洗脱肽。之后，使用真空浓缩器干燥收集的洗脱液。
将干燥的洗脱液重悬于30微升0.1%甲酸溶液中。使用分光光度计测量肽混合物在214纳米处的紫外吸光度。最后，将 10 微升消解的样品转移到液相色谱样品瓶中，并使用纳米 LC-MS/MS 分析 1 微克样品。
宿主细胞蛋白的总离子色谱图谱显示，与直接酶切相比，大多数主要的单克隆抗体肽在经过蛋白富集和有限的酶切方案后被减少或消除。
