首先，下载包含代谢物测量值的逗号分隔输入文件示例。双击下载的样本文件将其打开，并确保它在第一列中包含样本名称，在第二列中包含组分配。其余列包含代谢物，每行代表一个样品。
接下来，下载 Filigree Java 应用程序并双击下载的。jar 文件来启动应用程序。在“数据”选项卡上，单击“浏览”按钮以上传输入文件。
在“指定列或行”下，单击样本 ID 旁边的下拉箭头，从输入文件中选择相应的列或行名称。然后选择“示例”。接下来，单击“组”旁边的下拉箭头，从输入文件中选择相应的列或行，然后选择“组”。
在“指定样本组”下，单击每个组旁边的下拉箭头，从输入文件中选择相应的组列。在“要素分组”下，选中所需方法“计算要素组”旁边的框。单击查看热图以查看热图并确定所需的减少百分比。
接下来，使用特征缩减滑块，选择所需的特征缩减百分比并滑动小圆圈，直到缩减百分比显示特征样本比为 1.25。单击“下一步”按钮移动到“分析”选项卡。在“选择输出目录”下，单击“浏览”按钮，然后选择用于存储生成的输出文件的所需目录位置。
单击“运行分析”按钮。显示消息后，分析成功完成，单击弹出窗口中的“确定”按钮。接下来，在分析选项卡上，单击浏览网络按钮以在浏览器选项卡中打开交互式花丝子网。
在子网名称列下，单击子网 1 链接。然后，通过单击加号按钮浏览交互式子网，放大网络部分并单击减号按钮进行缩小。单击组节点并拖动该节点以将其重新定位到子网中。
然后单击“展开特征”按钮以展开所有组节点，并查看构成组节点的特定化合物。然后单击“折叠要素”按钮以折叠最近展开的组节点。接下来，单击按采样组按钮，将视图从单个子网更改为按组拆分的多个子网。
然后，使用子网的视图，浏览和比较组。单击所有样本按钮返回到单个子网视图，然后单击下一步按钮查看下一个子网。使用来自1型糖尿病和非糖尿病小鼠的血浆代谢物测量构建的差异网络揭示了非糖尿病组中更高程度的网络连接。
富集分析结果显示，鉴定出的12个代谢模块中，有9个在1型糖尿病和非糖尿病小鼠之间存在显著差异。
