首先，在获得目标长链非编码 RNA 后，将杂交缓冲液在 37 摄氏度下孵育 2 小时。接下来，将四个光密度探头溶解在160微升焦碳酸二乙酯处理过的去离子水中，远离光线。为每个孔准备 200 微升的探针混合物，并设置每毫升 50、25、12.5 和 6 微克的系列。
在 73 摄氏度下使探针混合物变性 5 分钟。取含有 143B 细胞的 12 孔细胞培养板，放在无菌玻璃盖玻片上。取出培养基，用PBS洗涤两次，每次5分钟。
将细胞放在振荡器上。然后取出PBS，向每个孔中加入200微升100%乙醇，在室温下固定15分钟。然后除去乙醇，向每个孔中加入 200 微升 0.1% Triton X-100，并在室温下孵育 15 分钟。
取出 0.1%Triton X-100，用 PBS 洗涤两次，每次 5 分钟。接下来，除去 PBS，在每个孔中加入 200 微升两倍的柠檬酸钠盐水或 SSC 缓冲液，并在 37 摄氏度下孵育 30 分钟。取出 2 次 SSC 缓冲液，向每个孔中加入 200 微升 70% 乙醇，并在室温下孵育 3 分钟。
弃去 70% 乙醇，然后在每个孔中加入 200 微升 85% 乙醇，并在室温下孵育 3 分钟。接下来，弃去85%乙醇，向每个孔中加入200微升100%乙醇，并在室温下孵育三分钟。之后，吸收并丢弃100%乙醇，让孔干燥。
接下来，向每个孔中加入 200 微升变性探针混合物，然后在 37 摄氏度下孵育过夜。第二天，从37摄氏度中取出样品，丢弃探针混合物，向每个孔中加入200微升预热的0.4倍SSC 0.3%吐温20缓冲液，并在室温下洗涤两分钟。取出 0.4 倍 SSC 0.3%吐温 20 缓冲液。
向每个孔中加入 200 微升 SSC 0.1%吐温 20 缓冲液，并在室温下洗涤两分钟。接下来，丢弃两次SSC 0.1%吐温20缓冲液。加入 200 微升 DAPI 染色液，并在摇床上在黑暗中染色 20 分钟。
染色后，弃去DAPI溶液，在室温下用PBS洗涤两分钟。最后，在载玻片中加入 50 微升含有口香糖的封固剂，并放置玻璃盖玻片以固定载玻片。显示了人骨肉瘤细胞中的代表性SNHG6 FISH图像。
用Cy3标记的SNHG6探针发出红色荧光，表明SNHG6主要定位于细胞质中。使用高浓度探针时观察到背景颜色。
