Purification of Nuclei from Mouse Brain for Single-Cell Multiome Analysis

首先，用含有0.01%洋地黄素的两毫升冰冷的细胞核裂解缓冲液填充玻璃Dounce，然后将解剖的小鼠脑组织碎片加入其中。使用玻璃 Dounce 组织匀浆机，用研杵 A 和 B 将组织均质化 25 次，然后将所得匀浆转移到 15 毫升管中。向匀浆中加入两毫升含有0.01%洋地黄皂苷的冰冷细胞核裂解缓冲液，并在冰上孵育5分钟。

然后，在4摄氏度下以500G离心原子核五分钟。使用微量移液管，除去上清液并加入含有0.01%洋地黄苷的4毫升冰冷细胞核裂解缓冲液。通过40微米的细胞过滤器过滤细胞核悬浮液。

再次离心细胞核，除去上清液并加入4毫升染色缓冲液洗涤细胞核。通过40微米细胞过滤器过滤悬浮液后，通过离心沉淀细胞核，并将细胞核重悬于含有0.04%BSA和RNase抑制剂的一毫升PBS中。为了计数细胞，将 10 微升 0.4% 台盼蓝与 10 微升细胞核混合在 0.5 毫升管中。

使用自动细胞计数器对细胞核进行计数。将100μL的细胞核转移到FACS管中，用于未染色的对照。向剩余的细胞核中加入10微升7-AAD，并在4摄氏度下孵育5分钟，然后使用FACS进行细胞核分选。

然后，将 10 微升分选的细胞核转移到含有 90 微升 DPBS 和 2% 热灭活 FBS 的新 FACS 管中。离心分选的细胞核后，使用微量移液管除去上清液，并将细胞核重悬于100μL稀释的细胞核缓冲液中。在分选之前，样品中含有大量碎片，其中超过 99% 的单体细胞核染色呈阳性，表明细胞裂解有效。

分选后的脑核纯度从最初的36%提高到近100%