在 Mac OSX 平台上启动 SCRAP 安装之前，请在终端中执行 which git 命令以确认 Git 的存在。要验证 Miniconda 安装，请在终端中键入 which conda。要安装 Miniconda，请参阅 Meffert Lab GitHub 存储库上的平台设置 Markdown 文件，了解在 Windows、Mac OS 和 Ubuntu 上安装的说明 对于 Mac 系统，请使用 Home Brew Package Manager 使用命令 brew install miniconda 安装 Miniconda。
若要安装 Conda，请运行 conda init，指定正在使用的 shell，然后关闭并重新打开 shell。安装成功后，将显示终端会话中激活的基本环境。接下来，运行指示的 git clone 以获取 SCRAP 源代码的最新副本。
安装 Mamba，这是 Conda 的改进包求解器。使用以下命令，从 SCRAP_environment 安装 SCRAP 的所有依赖项。yml 复制到它自己的 Conda 环境中。
接下来，使用指定的 bash 脚本，该脚本特定于其 SNC RNA mRNA 相互作用被分析为 SCRAP 的生物体。提供 SCRAP 源文件夹的目录，并使用 FASTA 和 annotation 文件夹中的文件执行安装步骤。确保目录路径完整且以斜杠结尾。
请参阅自述文件中的表格。md 表示正确的 miRBase 物种缩写。如需更新参考基因组，请使用UCSC基因组浏览器或NCBI基因组数据中心。
检查相应的 species.annotation。床文件位于 SCRAP 源文件夹的注释目录中。如果需要分析不同的物种，请提供指定的文件。
安装依赖项和 SCRAP 后，使用指定的脚本通过指定的命令结构启动 SCRAP 分析。列出示例目录的完整路径（不带任何速记），并使用与示例名称匹配的文件夹名称设置示例目录的格式。强调列出的路径指向包含所有示例文件夹的目录，而不是指向单个示例文件夹或文件。
接下来，列出适配器文件的整个路径。验证适配器文件中的示例名称是否与前面提到的文件夹名称和文件名匹配。指定样品类型，成对端或单端，并说明用于前体 mRNA、tRNA 和可选 RNA 清洁的 RNA 过滤器的选择。
列出引用目录的整个路径。miRBase 缩写和参考基因组缩写。
