使用 MetaboAnalyst 对 DeepOmicsAE 输出进行生物学解释

首先，打开 Web 浏览器并导航到链接以访问 MetaboAnalyst 网站上的联合通路分析功能。访问保存实现 DeepOmicsAE 的输出文件的文件夹，并为生成的每个信令模块打开名为 module_n. txt 的文本文件。

从文本文件中，找到蛋白质列表并复制它们。在 MetaboAnalyst 网页上，将复制的蛋白质列表粘贴到具有可选折叠变化窗口的基因蛋白质中。对代谢物重复上述步骤，将它们粘贴到同一网页上带有可选折叠变化窗口的化合物列表中。

选择相关生物体和 ID 类型。然后，通过单击页面底部的提交来提交信息。在下一页上，验证 ID 映射以确保正确识别标识符，然后单击“继续”。

在“参数设置”页面中，选择“整合代谢通路”或“集成所有通路”，以可视化输入对代谢通路或所有信号通路的贡献。在“算法选择”面板中，依次选择“富集分析”、“超几何测试”;拓扑度量，度中心性;和积分方法，结合 p 值路径级别。点击页面底部的提交。

最后一页“结果视图”将显示富集分析的结果。这包括基于其影响和重要性的富集通路图以及通路的表格列表。MetaboAnalyst 对 DeepOmicsAE 在健康或阿尔茨海默氏症患者脑样本数据集上获得的信号转导模块的解释显示，对于每个信号转导模块，不同的代谢和信号通路都得到了富集。

此外，临床特征和信号转导模块之间相互作用的表征表明，阿尔茨海默氏症患者甘油脂代谢的改变与他们的性别和死亡年龄有关。相反，突触和轴突功能的改变往往发生在阿尔茨海默氏症患者身上，无论他们的性别、教育水平和寿命如何。