处理染色小鼠新生儿脑样本的显微CT扫描图像

首先，启动图像处理软件，选择文件，然后打开数据并选择先前生成的点BMP格式的显微CT扫描图像。当图像读取参数的窗口打开时，确认参数并接受正确。在主面板中，单击项目视图以找到使用 dot BMP 文件名称创建的新对象。

右键单击创建的对象并选择选项正射切片，然后单击创建。在属性下，选择要查看的方向平面和切片编号。要在主面板中获取完整头部的 3D 体积，请转到项目视图，右键单击图像对象，选择交互式阈值选项，然后单击创建。

在“属性”下，更改“最小阈值 RGB”和“最大阈值 RGB”的值，直到选择与动物头部对应的图像部分。然后选择应用。右键单击在项目视图下创建的阈值对象。

在属性中，选择等值面，选择一个阈值以可视化曲面，然后单击应用。要数字化地标，请右键单击项目视图，选择创建对象，然后选择点和线，然后是地标，然后单击创建。然后右键单击新对象地标。

选择地标视图，然后单击创建。在“大小”下，修改点大小。若要在属性中添加地标，请在编辑模式下选择“添加”。

将曲线周围五个均匀分布的点数字化，直到中脑皮层交叉点的下一个地标，然后数字化皮层周围的八个半地标。要保存数字化点，请右键单击对象地标，然后选择保存数据。要分割大脑，请右键单击项目视图，然后单击创建对象，选择图像和字段，然后标记字段。

点击创建。选择标签字段对象，然后按属性中的分段编辑器选项。在“材质”下，添加新材质并将其重命名为“大脑”。

在“选择”下，选择当前切片以分割每个切片中与大脑相对应的组织。在工具中，使用魔杖和刷子选择每个切片中的脑组织。然后在选择下，按添加。

现在返回到项目视图，右键单击标签字段并选择生成曲面，然后单击应用。获得表面后，应用提取表面将其导出。通过显微CT扫描，尽管新生小鼠的大脑体积较小，但可以区分嗅球、皮层、中脑、小脑和后脑等解剖结构。

对整个大脑进行手动分割导致了新生儿大脑的 3D 模型重建。