为了设置 RBPR2 和 STRA6 肽的动力学测定,请在电泳缓冲液中连续稀释小鼠 RBPR2、突变体 RBPR2 和 STRA6 肽。打开控制软件并选择 Kinetic SOAR Affinity 向导。在进样序列对话框中,选择流路 2.1,其中流通池 2 为激活项,流通池 1 为参考。
在设置对话框中,选中 run startup cycles 选项,将解决方案输入为 buffer,指定循环数,然后单击 Next。现在转到进样参数对话框,输入样品参数,例如接触时间 120 秒、流速 30 μL/min 和解离时间 300 秒。对于再生参数,将再生溶液设置为甘氨酸盐酸,接触时间为 30 秒,流速为每分钟 30 微升,然后单击下一步。
在样品对话框中,输入肽名称、分子量和浓度,然后单击下一步。在样品架位置对话框中,将稀释的肽作为单独的 120 μL 样品,浓度从 1 到 100 μmol 不等,分配到样品架上的指定位置。单击 eject rack(弹出架)并插入所有样品瓶。
然后,单击 Next(下一步),然后在 Prepare run protocol(准备运行协议)对话框中单击 start(开始)。输入文件名,然后单击 Save (保存)。现在在软件中,单击开始菜单并选择估值。
打开文件,然后从下拉选择菜单中选择 FC-2.1 以分析 msRBP4、突变型 msRBPR2 和 msSTRA6 肽的缔合和解离期的参考细胞空白减去活性传感图。接下来,单击下拉列表 Kinetics 或 Affinity 按钮,然后选择 surface bound。在 select curves 对话框中,选中 include column in the table(在表中包含列),然后单击 Next(下一步)。
现在转到 select data 对话框,查看空白的减去的 sensorgrams。单击 Kinetics 和 Affinity。保留默认参数,然后单击 fit 进行曲线拟合。
检查报告选项卡的平衡解离常数 Kd、缔合速率 Ka 或 Kon 以及解离速率 Kd 或 Koff。将 Kinetics data sensorgraph in text 选项卡保存为有限格式,并使用值绘制图形。