<em>In vitro</em> Transcription and Capping of <em>Gaussia</em> Luciferase mRNA Followed by HeLa Cell Transfection

In vitro transcription is the synthesis of RNA transcripts by RNA polymerase from a linear DNA template containing the corresponding promoter sequence ...

New England BioLabs

&#x65B0;&#x9AD8;&#x901F;&#x9AD8;&#x91CD;&#x590D;&#x7387; x &#x5C04;&#x7EBF;&#x675F;&#x5FEB;&#x95E8;&#x65F6;&#x95F4;&#x5206;&#x8FA8; photocrystallography &#x5728;&#x540C;&#x6B65;&#x8F90;&#x5C04;&#x6765;&#x6E90;&#x7684;&#x5DF2;&#x5F00;&#x53D1;&#x548C;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x3002;&#x65B0;&#x7684;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5546;&#x4E1A;&#x4E0A;&#x73B0;&#x6709;&#x7684;&#x76F4;&#x6D41;&#x4F3A;&#x670D;&#x7535;&#x673A;&#x548C;&#x9891;&#x7387;&#x9501;&#x63A7;&#x5236;&#x80FD;&#x591F;&#x7EBF;&#x6027;&#x653E;&#x5927;&#x5668;&#x3002;&#x51C6;&#x786E;&#x7684;&#x901F;&#x5EA6;&#x63A7;&#x5236;&#xFF0C;&#x7ED3;&#x5408;&#x7A7A;&#x6C14;&#x4E2D;&#x6781;&#x4F4E;&#x6296;&#x52A8;&#x7684;&#x7535;&#x673A;&#x7684;&#x8F6C;&#x52A8;&#x8F74;&#x627F;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x3002;12000 &#x5230; 30000 r min-1 &#x7684;&#x65CB;&#x8F6C;&#x901F;&#x5EA6;&#x6D4B;&#x91CF;&#x7684;&#x6296;&#x52A8;&#x662F;&#x5C0F;&#x4E8E; 2 ns 6sigma &#x4FE1;&#x5FC3;&#x4E00;&#x7EA7;&#x3002;&#x65A9;&#x6CE2;&#x5668;&#x5149;&#x76D8;&#x662F;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4E92;&#x6362;&#x7684;&#x5141;&#x8BB8;&#x6700;&#x5927;&#x7684;&#x7075;&#x6D3B;&#x6027;&#x3002;&#x5F53;&#x524D;&#x5B89;&#x88C5;&#x7684;&#x65A9;&#x6CE2;&#x5668;&#x5149;&#x76D8;&#x6709; 45 &#x5F84;&#x5411;&#x63D2;&#x69FD;&#xFF0C;&#x5141;&#x8BB8;&#x4ECE; 12 &#x5230; 20 subfrequencies 13.6 &#x5230; 22.6 kHz &#x7684; x &#x5C04;&#x7EBF;&#x8109;&#x51B2;&#x9891;&#x7387;&#x5BF9;&#x5E94;&#x7684;&#x5148;&#x8FDB;&#x5149;&#x5B50;&#x6E90;&#x50A8;&#x5B58;&#x73AF;&#x8F68;&#x9053;&#x9891;&#x7387;&#x7684;&#x540C;&#x6B65;&#x3002;&#x5728; 30000 r min-1 350 microm &#x63D2;&#x69FD;&#x5927;&#x5C0F;&#x7684;&#x5F00;&#x5E55;&#x65F6;&#x95F4;&#x7A97;&#x53E3;&#x662F; 2.11 micro&#xFF0C;&#x548C;&#x76F8;&#x5BF9;&#x8F83;&#x5C0F;&#x7684;&#x5F00;&#x53E3;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x4E0E;&#x5148;&#x8FDB;&#x5149;&#x5B50;&#x6E90;&#x7684; 3.68 micro &#x8F68;&#x9053;&#x65F6;&#x95F4;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5C11;&#x3002;&#x6309;&#x4E0B;&#x5FEB;&#x95E8;&#x63D0;&#x4F9B;&#x9AD8;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x548C;&#x6709;&#x6548;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684; x &#x5149;&#x7247;&#x4EE5;&#x9002;&#x5F53;&#x7684;&#x6210;&#x672C;&#x3002;

&#x5FEB;&#x901F;&#x5FEB;&#x95E8;&#x901F;&#x5EA6;&#x95EA;&#x7535;&#x65F6;&#x95F4;&#x5206;&#x8FA8;&#x540C;&#x6B65;&#x8F90;&#x5C04;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x3002;

A new high-speed high-repetition-rate X-ray beam shutter for time-resolved photocrystallography at synchrotron sources has been developed and tested. The new design is based on a commercially existing DC servomotor and a frequency-lock control capable linear amplifier. Accurate speed control combined with an air bearing results in extremely low jitter in the motor rotation. Measured jitter at rotation speeds of 12000 to 30000 r min-1 is less than 2 ns at a 6sigma confidence level. The chopper disc is interchangeable, allowing maximum flexibility. The chopper disc currently installed has 45 radial slots which allows synchronization from the 12th to the 20th subfrequencies of the orbit frequency of the Advanced Photon Source storage ring, corresponding to X-ray pulse frequencies of 13.6 to 22.6 kHz. At 30000 r min-1 the opening time window with a 350 microm slot size is 2.11 micros, and correspondingly less with smaller openings, which may be compared with the 3.68 micros orbit time of the Advanced Photon Source. The shutter provides high accuracy and efficient use of X-rays at a modest cost.

A fast mechanical shutter for submicrosecond time-resolved synchrotron experiments.

Un nouveau volet haut d&#xE9;bit de haute-r&#xE9;p&#xE9;tition des taux faisceau de rayons X r&#xE9;solue en temps pour photocrystallography au sources de rayonnement synchrotron a &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;velopp&#xE9; et test&#xE9;. La nouvelle conception est bas&#xE9;e sur un servomoteur &#xE0; courant continu dans le commerce existant et une fr&#xE9;quence de commande de verrouillage-amplificateur capable lin&#xE9;aire. Le contr&#xF4;le pr&#xE9;cis de la vitesse combin&#xE9;e avec un coussin d&#x26;#39;air dans les r&#xE9;sultats de gigue extr&#xEA;mement faible dans la rotation du moteur. Gigue mesur&#xE9;es &#xE0; des vitesses de rotation de 12000 &#xE0; 30000 r min-1 est inf&#xE9;rieur &#xE0; 2 ns &#xE0; un niveau de confiance 6sigma. Le disque hacheur est interchangeable, permettant une souplesse maximale. Le disque hacheur actuellement install&#xE9; dispose de 45 fentes radiales qui permet la synchronisation de la 12e &#xE0; la 20e subfrequencies de la fr&#xE9;quence orbite de l&#x26;#39;anneau de stockage Photon Source avanc&#xE9;e, correspondant &#xE0; des fr&#xE9;quences d&#x26;#39;impulsions de rayons X de 13,6 &#xE0; 22,6 kHz. &#xC0; 30000 r min-1 de la fen&#xEA;tre de temps d&#x26;#39;ouverture avec une taille de 350 microm emplacement est de 2,11 micros, et d&#x26;#39;autant moins avec des ouvertures plus petites, qui peuvent &#xEA;tre compar&#xE9;s avec le temps 3,68 orbite micros de l&#x26;#39;Advanced Photon Source. L&#x26;#39;obturateur offre une grande pr&#xE9;cision et une utilisation efficace des rayons X &#xE0; un co&#xFB;t modeste.

Une vitesse rapide m&#xE9;canique pour inf&#xE9;rieure &#xE0; la microseconde exp&#xE9;riences synchrotron r&#xE9;solues en temps

Eine schnelle mechanische Ausl&#xF6;ser f&#xFC;r Mikrosekundenbereichs zeitaufgel&#xF6;ste Experimente Synchrotronstrahlung.

Un otturatore fascio raggi x ad alto tasso di ripetizione ad alta velocit&agrave; nuovo per photocrystallography time-resolved presso fonti di sincrotrone &egrave; stato sviluppato e testato. Il nuovo design si basa su un servomotore DC commercialmente esistente e un amplificatore lineare capace di frequenza-blocco controllo. Controllo di velocit&agrave; preciso combinato con un&#39;aria tenendo risultati estremamente basso jitter nella rotazione del motore. Jitter misurato ad una velocit&agrave; di rotazione di 12000 a 30000 r min-1 &egrave; minore di 2 ns a un livello di fiducia 6sigma. Il disco di chopper &egrave; intercambiabile, permettendo la massima flessibilit&agrave;. Il disco di chopper attualmente installato ha 45 slot radiale che permette la sincronizzazione dal XII al XX subfrequencies della frequenza orbita dell&#39;anello archiviazione avanzata fonte Photon, corrispondenti alle frequenze di impulso dei raggi x di 13,6 a 22,6 kHz. A 30000 r min-1 la finestra di tempo di apertura con una dimensione di slot 350 microm &egrave; 2,11 micros e corrispondentemente meno con aperture pi&ugrave; piccole, che possono essere confrontate con il tempo di orbita 3,68 micros della fonte Photon avanzata. L&#39;otturatore fornisce un&#39;elevata precisione e uso efficiente dei raggi x a un costo modesto.

Un otturatore meccanico veloce per sincrotrone time-resolved submicrosecond esperimenti.

&#x30B7;&#x30F3;&#x30AF;&#x30ED;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x5149;&#x6E90;&#x3067;&#x306E;&#x6642;&#x9593;&#x5206;&#x89E3;photocrystallography&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x9AD8;&#x901F;&#xB7;&#x9AD8;&#x7E70;&#x308A;&#x8FD4;&#x3057;&#x5468;&#x6CE2;&#x6570;&#x306E;X&#x7DDA;&#x30D3;&#x30FC;&#x30E0;&#x30B7;&#x30E3;&#x30C3;&#x30BF;&#x30FC;&#x304C;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30C7;&#x30B6;&#x30A4;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x5546;&#x696D;&#x7684;&#x306B;&#x65E2;&#x5B58;&#x306E;DC&#x30B5;&#x30FC;&#x30DC;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x3068;&#x5468;&#x6CE2;&#x6570;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x5236;&#x5FA1;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x30EA;&#x30CB;&#x30A2;&#x30A2;&#x30F3;&#x30D7;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x56DE;&#x8EE2;&#x3067;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x4F4E;&#x30B8;&#x30C3;&#x30BF;&#x306E;&#x7A7A;&#x6C17;&#x8EF8;&#x53D7;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3068;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x3066;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x901F;&#x5EA6;&#x5236;&#x5FA1;&#x3002; 12000&#x304B;&#x3089;30000 R min-1&#x306E;&#x56DE;&#x8EE2;&#x901F;&#x5EA6;&#x3067;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x30B8;&#x30C3;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;6sigma&#x306E;&#x4FE1;&#x983C;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;2&#x672A;&#x6E80;ns&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30C1;&#x30E7;&#x30C3;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30B9;&#x30AF;&#x306F;&#x6700;&#x5927;&#x9650;&#x306E;&#x67D4;&#x8EDF;&#x6027;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x4EA4;&#x63DB;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x73FE;&#x5728;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30FC;&#x30EB;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30C1;&#x30E7;&#x30C3;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30B9;&#x30AF;&#x306F;13.6&#x304B;&#x3089;22.6 kHz&#x306E;X&#x7DDA;&#x30D1;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x5468;&#x6CE2;&#x6570;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;12&#x65E5;&#x304B;&#x3089;&#x5149;&#x91CF;&#x5B50;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x84C4;&#x7A4D;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x8ECC;&#x9053;&#x5468;&#x6CE2;&#x6570;20 subfrequencies&#x306B;&#x540C;&#x671F;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;45&#x30E9;&#x30B8;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B9;&#x30ED;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; 3&#x4E07;&#x3067;r min-1&#x306E;350&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30E2;&#x30EB;&#x30B9;&#x30ED;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x306E;&#x30AA;&#x30FC;&#x30D7;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x30BF;&#x30A4;&#x30E0;&#x30A6;&#x30A3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30A6;&#x306F;2.11&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5149;&#x91CF;&#x5B50;&#x6E90;&#x306E;3.68&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x8ECC;&#x9053;&#x306E;&#x6642;&#x9593;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x958B;&#x53E3;&#x90E8;&#x3068;&#x305D;&#x308C;&#x306B;&#x5FDC;&#x3058;&#x3066;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B7;&#x30E3;&#x30C3;&#x30BF;&#x30FC;&#x306F;&#x9AD8;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x3068;&#x9069;&#x5EA6;&#x306A;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x3067;X&#x7DDA;&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x4F7F;&#x7528;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x3002;

&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x79D2;&#x6642;&#x9593;&#x5206;&#x89E3;&#x653E;&#x5C04;&#x5149;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7528;&#x9AD8;&#x901F;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30AB;&#x30EB;&#x30B7;&#x30E3;&#x30C3;&#x30BF;&#x30FC;

Synchrotron &#xC18C;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; photocrystallography &#xC2DC;&#xAC04;&#xC774; &#xD574;&#xACB0;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xACE0;&#xC18D; &#xBC18;&#xBCF5; &#xC18D;&#xB3C4;&#xAC00; x-&#xC120; &#xBE54; &#xC154;&#xD130; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD558; &#xACE0; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xB514;&#xC790;&#xC778;&#xC740; &#xC0C1;&#xC5C5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAE30;&#xC874;&#xC758; &#xC9C1;&#xB958; &#xC804;&#xB3D9;&#xAE30;&#xC640; &#xC81C;&#xC5B4; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218; &#xC7A0;&#xAE08; &#xC120;&#xD615; &#xC99D;&#xD3ED;&#xAE30;&#xB97C; &#xAE30;&#xBC18;&#xC73C;&#xB85C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xC18D;&#xB3C4; &#xC81C;&#xC5B4; &#xBAA8;&#xD130; &#xD68C;&#xC804;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xB0AE;&#xC740; &#xC9C0;&#xD130; &#xACB0;&#xACFC; &#xBCA0;&#xC5B4;&#xB9C1; &#xACF5;&#xAE30;&#xC640; &#xACB0;&#xD569;. 30000 12000 R n-1&#xC758; &#xD68C;&#xC804; &#xC18D;&#xB3C4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCE21;&#xC815; &#xB41C; &#xC9C0;&#xD130;&#xB294; 2 &#xBBF8;&#xB9CC; 6sigma &#xC2E0;&#xB8B0; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; ns. &#xD5EC;&#xAE30; &#xB514;&#xC2A4;&#xD06C;&#xB294; &#xC0C1;&#xD638; &#xAD50;&#xD658;, &#xCD5C;&#xB300;&#xC758; &#xC720;&#xC5F0;&#xC131;&#xC744; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD604;&#xC7AC; &#xC124;&#xCE58; &#xB41C; &#xD5EC;&#xAE30; &#xB514;&#xC2A4;&#xD06C; &#xC2AC;&#xB86F;&#xC774; 45 &#xBC29;&#xC0AC;&#xD615; 13.6 22.6 k h Z&#xC758; x-&#xC120; &#xD384;&#xC2A4; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218;&#xC5D0; &#xD574;&#xB2F9; &#xD558;&#xB294; &#xAD11;&#xC790; &#xC18C;&#xC2A4; &#xACE0;&#xAE09; &#xC2A4;&#xD1A0;&#xB9AC;&#xC9C0; &#xB9C1;&#xC758; &#xADA4;&#xB3C4; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218;&#xC758; 20 subfrequencies 12&#xC5D0;&#xC11C; &#xB3D9;&#xAE30;&#xD654;&#xB97C; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xD558;. 30000 R n-1&#xC5D0;&#xC11C; 350 microm &#xC2AC;&#xB86F; &#xD06C;&#xAE30;&#xC640; &#xC624;&#xD504;&#xB2DD; &#xC2DC;&#xAC04; &#xCC3D; 2.11 &#xB9C8;&#xC774;&#xD06C;&#xB85C; &#xD558; &#xACE0; &#xB300;&#xC751; &#xD558; &#xAC8C; &#xC801;&#xC740; &#xACE0;&#xAE09; &#xAD11;&#xC790; &#xC18C;&#xC2A4;&#xC758; 3.68 &#xB9C8;&#xC774;&#xD06C;&#xB85C; &#xADA4;&#xB3C4; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC791;&#xC740; &#xAD6C;&#xBA4D;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC154;&#xD130;&#xB294; &#xB192;&#xC740; &#xC815;&#xD655;&#xB3C4; &#xACB8;&#xC190; &#xD55C; &#xBE44;&#xC6A9; x-&#xB808;&#xC774; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xBE60;&#xB978; &#xAE30;&#xACC4; &#xC154;&#xD130; &#xC2DC;&#xAC04; &#xD574;&#xACB0; synchrotron submicrosecond&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC2E4;&#xD5D8;.

Una nueva de alta velocidad de alta velocidad de repetici&#xF3;n de rayos-X de obturaci&#xF3;n del haz de tiempo de resolverse la photocrystallography a fuentes de radiaci&#xF3;n sincrotr&#xF3;n ha sido desarrollado y probado. El nuevo dise&#xF1;o se basa en un servomotor de CC comercialmente existente y una frecuencia de bloqueo de control lineal amplificador capaz. El control preciso de la velocidad combinado con un cojinete de aire en los resultados de fluctuaci&#xF3;n extremadamente baja en la rotaci&#xF3;n del motor. Fluctuaci&#xF3;n Medido a velocidades de rotaci&#xF3;n de 12000 a 30000 r min-1 es menos de 2 ns a un nivel de confianza 6sigma. El disco interruptor es intercambiable, lo que permite la m&#xE1;xima flexibilidad. El disco interruptor instalado en la actualidad cuenta con 45 ranuras radiales que permite la sincronizaci&#xF3;n entre el 12 y los 20 subfrequencies de la frecuencia de la &#xF3;rbita del anillo de almacenamiento Advanced Photon Source, que corresponde a las frecuencias de pulsos de rayos-X de 13,6 a 22,6 kHz. En 30.000 min-1 r la ventana de tiempo de apertura con un tama&#xF1;o de micras 350 de la ranura es 2,11 micros, y en consecuencia menos con aberturas m&#xE1;s peque&#xF1;as, que pueden ser comparados con el tiempo de la &#xF3;rbita de 3,68 micros de la Advanced Photon Source. El obturador ofrece una alta precisi&#xF3;n y el uso eficiente de los rayos X a un costo modesto.

Un disparo r&#xE1;pido mec&#xE1;nico para resolver debajo del microsegundo tiempo Experimentos sincrotr&#xF3;n

&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C6;&#x30ED;&#x30B3;&#x30C3;&#x30AB;&#x30B9;&#x3001;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30D7;&#x30C8;&#x30B3;&#x30C3;&#x30AB;&#x30B9;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30E9;&#x30AF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30C3;&#x30AB;&#x30B9;&#x7A2E;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x4E73;&#x9178;&#x83CC;&#x306E;metK&#xFF08;SAM&#x5408;&#x6210;&#x9175;&#x7D20;&#xFF09;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;5 &#x26;#39;&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C0;&#x30FC;&#x9818;&#x57DF;&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;RNA&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3068;&#x3057;&#x3066;S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;RNA&#x8981;&#x7D20;&#x306E;in vitro&#x3067;SAM&#x3092;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3001;SAM&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306F;&#x30B7;&#x30E3;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C0;&#x30EB;&#x30AC;&#x30FC;&#x30CE;&#xFF08;SD&#xFF09;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x9694;&#x96E2;&#x3092;&#x3082;&#x305F;&#x3089;&#x3057;&#x305F;RNA&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x8EE2;&#x4F4D;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3057;&#x305F;&#x3002; SD&#x9818;&#x57DF;&#x3068;SD&#x306B;&#x76F8;&#x88DC;&#x7684;&#x306A;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x30DA;&#x30A2;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x304C;&#x7834;&#x58CA;&#x5909;&#x7570;&#x306F;SAM&#x7D50;&#x5408;&#x3092;&#x5FA9;&#x5143;&#x3057;&#x305F;&#x30DA;&#x30A2;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x5FA9;&#x5143;&#x88DC;&#x511F;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;SAM&#x7D50;&#x5408;&#x3092;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7D30;&#x80DE;&#x306F;&#x3001;SAM&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x304C;&#x4E0A;&#x6607;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x3067;&#x683D;&#x57F9;&#x3057;&#x305F;&#x3068;&#x304D;&#x306B;&#x8178;&#x7403;&#x83CC;S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306B;&#x306F;&#x3001;lacZ&#x30EC;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x6291;&#x5236;&#x3092;&#x6388;&#x4E0E;&#x3057;&#x3001;SAM&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x3092;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5909;&#x7570;&#x306F;S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x304C;&#x3067;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x5B9F;&#x8A3C;&#x3057;&#x3001;&#x5F3E;&#x5727;&#x306E;&#x640D;&#x5931;&#x3092;&#x3082;&#x305F;&#x3089;&#x3057;in vivo&#x3067;&#x3002; S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3086;&#x3048;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;S&#x8B58;&#x5225;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;RNA&#x3068;&#x306F;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;SAM-&#x7D50;&#x5408;&#x6027;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x3092;&#x8868;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;SAM&#x5408;&#x6210;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;SAM-RNA&#x7D50;&#x5408;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC720;&#xC0B0; &#xADE0;, Enterococcus, &#xC5F0;&#xC1C4; &#xC0C1; &#xAD6C; &#xADE0; &#xBC0F; Lactococcus &#xC885; &#xB4F1;&#xC5D0;&#xC11C; metK (SAM &#xD569;&#xC131;) &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; 5&#39; &#xB9DE;&#xC774; &#xC9C0;&#xB3C4;&#xC790; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; RNA &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xB85C; S(MK) &#xC0C1;&#xC790;&#xB97C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774; RNA &#xC694;&#xC18C; &#xC0D8; &#xCCB4; &#xC678;, &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xB418;&#xBA70; &#xC0D8;&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xC190;&#xC9C8;-Dalgarno (SD) &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xACA9;&#xB9AC; &#xC2DC;&#xD0A8; RNA &#xAD6C;&#xC870; &#xC7AC;&#xD3B8;. SD &#xC9C0;&#xC5ED; &#xBC0F; SD &#xBCF4;&#xC644; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC0AC;&#xC774; &#xD398;&#xC5B4;&#xB9C1; &#xC911;&#xB2E8; &#xBCC0;&#xC774; &#xCC28;&#xB2E8; &#xC0D8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;, &#xBC18;&#xBA74; &#xBCF4;&#xC0C1; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xD398;&#xC5B4;&#xB9C1; &#xBCF5;&#xC6D0; &#xBCF5;&#xC6D0; &#xC0D8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;. Enterococcus faecalis S(MK) &#xC0C1;&#xC790; lacZ &#xAE30;&#xC790; conferred &#xBCC0;&#xD658; &#xC5B5;&#xC81C; &#xC138;&#xD3EC; &#xC0D8; &#xD480;&#xC740; &#xC0C1;&#xC2B9; &#xB41C; &#xC870;&#xAC74;&#xACFC; &#xC0D8; &#xC5B5;&#xC555;&#xC758; &#xC190;&#xC2E4;&#xC5D0; &#xACB0;&#xACFC; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; S(MK) &#xC0C1;&#xC790;&#xB294; vivo &#xAE30;&#xB2A5; &#xC2DC;&#xC5F0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCC28;&#xB2E8;&#xD55C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC131;&#xC7A5; &#xD588;&#xB2E4;. S(MK) &#xC0C1;&#xC790;&#xB97C; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC0D8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; riboswitch&#xB97C; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xD655;&#xC778; &#xB41C; S &#xC0C1;&#xC790; RNAs &#xB2E4;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

S(MK) &#xC0C1;&#xC790; SAM &#xD569;&#xC131;&#xC758; &#xBCC0;&#xD658; &#xADDC;&#xCE59;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC0D8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; RNA &#xC774;&#xB2E4;.

&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A; S(MK) &#x6846;&#x4E2D;&#x4E3A;&#x8BE5;&#x5730;&#x533A; 5&#39; &#x672A;&#x7ECF;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x7684;&#x9886;&#x5BFC;&#x8005; metK (SAM &#x5408;&#x6210;&#x9176;&#xFF09; &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x4E73;&#x9178;&#x83CC;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x80A0;&#x7403;&#x83CC;&#x3001; &#x94FE;&#x7403;&#x83CC;&#x548C;&#x4E73;&#x9178;&#x4E73;&#x7403;&#x83CC;&#x7269;&#x79CD;&#x5B88;&#x6052; RNA &#x6BCD;&#x9898;&#x3002;&#x6B64; RNA &#x5143;&#x7D20;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5728;&#x8BD5;&#x7BA1;&#x91CC;&#xFF0C;SAM&#xFF0C;SAM &#x7684;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x9020;&#x6210; RNA &#x7ED3;&#x6784;&#x91CD;&#x6392;&#xFF0C;&#x5BFC;&#x81F4;&#x87AF;&#x5408;&#x7684;&#x95EA;&#x8000;-&#x8FBE;&#x5C14;&#x52A0;&#x8BFA; (SD) &#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x6253;&#x4E71;&#x4E86;&#x914D;&#x5BF9; SD &#x533A;&#x57DF;&#x548C;&#x8865;&#x5145;&#x5230; SD &#x5E8F;&#x5217;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x963B;&#x6B62; SAM &#x5177;&#x6709;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#xFF0C;&#x800C;&#x6062;&#x590D;&#x914D;&#x5BF9;&#x7684;&#x8865;&#x507F;&#x6027;&#x7A81;&#x53D8;&#x8FD8;&#x539F; SAM &#x7ED1;&#x5B9A;&#x3002;&#x7CAA;&#x80A0;&#x7403;&#x83CC; S(MK) &#x6846;&#x8D4B;&#x4E88;&#x5E73;&#x79FB;&#x9547;&#x538B;&#x7684; lacZ &#x8BB0;&#x8005;&#x65F6;&#x963B;&#x6B62; SAM &#x7ED1;&#x5B9A;&#x5BFC;&#x81F4;&#x635F;&#x5931;&#x7684;&#x9547;&#x538B;&#xFF0C;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA; S(MK) &#x6846;&#x4F53;&#x5185;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x548C;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x90FD;&#x5347;&#x9AD8;&#x4E09;&#x6C60;&#xFF0C;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x79CD;&#x690D;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x3002;S(MK) &#x6846;&#x4E2D;&#x56E0;&#x6B64;&#x8868;&#x793A;&#x6709;&#x522B;&#x4E8E;&#x4EE5;&#x524D;&#x786E;&#x5B9A; S &#x6846; RNAs &#x65B0; SAM &#x7ED1;&#x5B9A;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x3002;

S(MK) &#x6846;&#x662F; SAM &#x5408;&#x6210;&#x9176;&#x5E73;&#x79FB;&#x89C4;&#x7BA1;&#x65B0; SAM &#x7ED1;&#x5B9A; RNA&#x3002;

We have identified the S(MK) box as a conserved RNA motif in the 5' untranslated leader region of metK (SAM synthetase) genes in lactic acid bacteria, including Enterococcus, Streptococcus and Lactococcus species. This RNA element bound SAM in vitro, and binding of SAM caused an RNA structural rearrangement that resulted in sequestration of the Shine-Dalgarno (SD) sequence. Mutations that disrupted pairing between the SD region and a sequence complementary to the SD blocked SAM binding, whereas compensatory mutations that restored pairing restored SAM binding. The Enterococcus faecalis S(MK) box conferred translational repression of a lacZ reporter when cells were grown under conditions where SAM pools are elevated, and mutations that blocked SAM binding resulted in loss of repression, demonstrating that the S(MK) box is functional in vivo. The S(MK) box therefore represents a new SAM-binding riboswitch distinct from the previously identified S box RNAs.

The S(MK) box is a new SAM-binding RNA for translational regulation of SAM synthetase.

Nous avons identifi&#xE9; le S (MK) bo&#xEE;te comme un motif conserv&#xE9; l&#x26;#39;ARN dans la r&#xE9;gion 5 &#x26;#39;non traduite de chef de file metK (synth&#xE9;tase SAM) des g&#xE8;nes chez les bact&#xE9;ries lactiques, y compris Enterococcus, Streptococcus et Lactococcus esp&#xE8;ces. Cet &#xE9;l&#xE9;ment d&#x26;#39;ARN li&#xE9; SAM in vitro, et la liaison de SAM a provoqu&#xE9; une ARN r&#xE9;arrangement structural qui a abouti &#xE0; la s&#xE9;questration du Shine-Dalgarno (SD) de s&#xE9;quence. Les mutations qui ont boulevers&#xE9; le jumelage entre la r&#xE9;gion SD et une s&#xE9;quence compl&#xE9;mentaire &#xE0; la carte SD bloqu&#xE9;e SAM contraignant, alors que les mutations compensatoires qui ont r&#xE9;tabli la liaison a restaur&#xE9; SAM contraignant. Le Enterococcus faecalis S (MK) bo&#xEE;te conf&#xE9;r&#xE9; r&#xE9;pression traductionnelle d&#x26;#39;un rapporteur lacZ lorsque les cellules ont &#xE9;t&#xE9; cultiv&#xE9;es dans des conditions o&#xF9; les piscines SAM sont &#xE9;lev&#xE9;s, et les mutations qui ont bloqu&#xE9; SAM liaison a entra&#xEE;n&#xE9; la perte de la r&#xE9;pression, ce qui d&#xE9;montre que le S (MK) est fonctionnel dans la bo&#xEE;te vivo. Le S (MK) case repr&#xE9;sente donc une nouvelle SAM contraignant riboswitch distinct des ARN identifi&#xE9;s pr&#xE9;c&#xE9;demment bo&#xEE;te S.

Le S (MK) est une bo&#xEE;te de New-SAM contraignantes ARN pour le r&#xE8;glement translationnelle de la synth&#xE9;tase de SAM

Wir haben das S(MK)-Feld als konservierte RNA Motiv der Region 5&#39; un&uuml;bersetzte F&uuml;hrer MetK (SAM-Synthase) Gene in Milchs&auml;ure-Bakterien, inklusive der Enterokokken, Streptokokken und Lactococcus Arten identifiziert. Diese RNA-Element gebunden SAM in-vitro- und Bindung von SAM verursacht eine strukturelle RNA-Umlagerung, die Sequestrierung der Shine-Dalgarno (SD)-Sequenz gef&uuml;hrt haben. Mutationen, die gest&ouml;rt, Paarung zwischen einer Sequenz komplement&auml;r zu der SD und der SD-Region blockiert SAM binden, w&auml;hrend die kompensatorische Mutationen, die Paarung wiederhergestellt SAM restauriert Bindung. Die Enterococcus Faecalis S(MK) box &uuml;bertragen translational Unterdr&uuml;ckung des LacZ Reporter, wenn Zellen, unter Bedingungen gewachsen waren, wo SAM Becken erh&ouml;ht werden, und Mutationen, die blockiert SAM binden gebrachten Verlust der Repression, demonstrieren, dass das S(MK)-Feld in Vivo funktionsf&auml;hig ist. Das S(MK)-Feld stellt somit eine neue SAM-Bindung Riboswitch die zuvor identifizierten S-Box RNAs unterscheiden.

Die S(MK)-Box ist eine neue SAM-Bindung-RNA f&uuml;r translational Regelung der SAM-Synthase.

Abbiamo individuato la casella di S(MK) come un motivo di RNA conservato della regione 5&#39; non tradotta leader della metK (sintetasi SAM) geni in batteri dell&#39;acido lattico, comprese le specie Enterococcus, Streptococcus e Lactococcus. Questo elemento di RNA legato SAM in vitro, e associazione di SAM ha causato un riarrangiamento strutturale di RNA che hanno determinato il sequestro della sequenza di Shine-Dalgarno (SD). Le mutazioni che perturbato abbinamento tra una sequenza complementare per la SD e SD regione bloccata SAM vincolante, mentre mutazioni compensatorie che restaurato abbinamento restaurato SAM associazione. Enterococcus faecalis S(MK) casella conferita repressione traslazionale di un reporter lacZ quando le cellule sono state coltivate in condizioni dove piscine SAM sono elevate e le mutazioni che bloccato SAM associazione ha portato in perdita di repressione, dimostrando che la casella di S(MK) &egrave; funzionale in vivo. La casella di S(MK) rappresenta quindi un nuovo SAM-associazione riboswitch distinti dalla casella S precedentemente identificata RNAs.

La casella di S(MK) &egrave; un nuovo RNA SAM-associazione traslazionale regolamento della sintetasi di SAM.

Hemos identificado el S (MK) caja como un motivo conservado de RNA en la regi&#xF3;n 5 &#x26;#39;no traducida del l&#xED;der metK sintetasa (SAM) de los genes en las bacterias &#xE1;cido-l&#xE1;cticas, incluyendo Enterococcus, Streptococcus y especies de Lactococcus. Este elemento de ARN unido SAM in vitro, y la uni&#xF3;n de la malnutrici&#xF3;n aguda causada reordenamiento del ARN estructural que dio como resultado el secuestro de la Shine-Dalgarno (SD). Las mutaciones que interrumpieron el apareamiento entre la regi&#xF3;n SD y una secuencia complementaria a la SD bloqueada SAM uni&#xF3;n, mientras que las mutaciones compensatorias que restauradas emparejamiento restaurado SAM uni&#xF3;n. El Enterococcus faecalis S (MK) en la casilla confiere la represi&#xF3;n de traducci&#xF3;n de un reportero lacZ cuando las c&#xE9;lulas se cultivaron en condiciones en las piscinas de SAM se elevan, y las mutaciones que bloquearon SAM vinculante como resultado la p&#xE9;rdida de la represi&#xF3;n, lo que demuestra que la S (MK) es funcional en el cuadro in vivo. El S (MK) en la casilla por lo tanto, representa una nueva SAM vinculante riboswitch distinto de los ARN de caja previamente identificados S.

El S (MK) es una nueva caja de uni&#xF3;n a ARN SAM para la regulaci&#xF3;n de la traducci&#xF3;n de la sintetasa del SAM

S(MK) &#x6846;&#x4E2D;&#x4E73;&#x9178;&#x83CC;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x80A0;&#x7403;&#x83CC;&#x3001; &#x94FE;&#x7403;&#x83CC;&#x548C;&#x4E73;&#x9178;&#x4E73;&#x7403;&#x83CC; sp &#x5728; [&#x7F16;&#x7801; (SAM) S &#x817A;&#x82F7;&#x86CB;&#x6C28;&#x9178;&#x5408;&#x6210;&#x9176;] metK &#x57FA;&#x56E0; 5&#39; &#x975E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x533A;&#x4E2D;&#x627E;&#x5230;&#x5B88;&#x6052;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x6BCD;&#x9898;&#x3002;&#x4EE5;&#x524D;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x8868;&#x660E;&#x6B64; RNA &#x5143;&#x7D20;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x4F53;&#x5916;&#xFF0C;SAM &#x548C; SAM &#x7ED1;&#x5B9A;&#x539F;&#x56E0;&#x56FA;&#x95EA;&#x8000;-&#x8FBE;&#x5C14;&#x52A0;&#x8BFA; (SD) &#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x91CD;&#x6392;&#x7684;&#x914D;&#x5BF9;&#x4E0E;&#x53CD;-SD (ASD) &#x5143;&#x7D20;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x6A21;&#x578B;&#x63D0;&#x51FA;&#x4E86;&#x54EA;&#x4E9B; SAM &#x4E2D;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x6291;&#x5236; metK &#x7FFB;&#x8BD1;&#x7684; mRNA SD &#x5730;&#x533A;&#x9632;&#x6B62;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x7684;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x3002;&#x5728;&#x5F53;&#x524D;&#x7684;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x4E2D;&#xFF0C;SAM &#x589E;&#x52A0;&#x663E;&#x793A;&#x6291;&#x5236;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230; S(MK) &#x6846; RNA &#xFF1B; 30S &#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x4E9A;&#x57FA;&#x76F8;&#x6BD4;&#x4E4B;&#x4E0B;&#xFF0C;S-adenosylhomocysteine (&#x86DB;&#x7F51;) &#x589E;&#x52A0;&#x4E86;&#x6CA1;&#x6709;&#x6548;&#x679C;&#x3002;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7A81;&#x53D8; RNA&#xFF0C;&#x5177;&#x6709;&#x4E2D;&#x65AD; SD ASD &#x914D;&#x5BF9;&#xFF0C;&#x662F; SAM &#x7ED1;&#x5B9A;&#x5E76;&#x663E;&#x793A;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B; SAM&#xFF0C;&#x5728;&#x573A;&#x7684;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#x4E0D;&#x4F1A;&#x51CF;&#x5C11;&#xFF0C;&#x800C;&#x6062;&#x590D; SD ASD &#x914D;&#x5BF9;&#x7684;&#x8865;&#x507F;&#x6027;&#x7A81;&#x53D8;&#x8FD8;&#x539F; SAM &#x54CD;&#x5E94;&#x4E2D;&#x6709;&#x7F3A;&#x9677;&#x7684;&#x3002;&#x5E95;&#x6F06;&#x5EF6;&#x957F;&#x6291;&#x5236;&#x68C0;&#x6D4B;&#x63D0;&#x4F9B; SD ASD &#x914D;&#x5BF9;&#x5B58;&#x5728; SAM &#x7684;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x8BC1;&#x636E;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x5F3A;&#x70C8;&#x652F;&#x6301;&#x7684;&#x6A21;&#x578B;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x963B;&#x585E;&#x8FD0;&#x4F5C; S(MK) &#x6846;&#x5E73;&#x79FB;&#x9547;&#x538B;&#x7684;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x548C;&#x90A3;&#x4E2A; SAM &#x7ED1;&#x5B9A;&#x9700;&#x8981; SD ASD &#x914D;&#x5BF9;&#x3002;

S-&#x817A;&#x82F7;&#x76F4;&#x63A5;&#x6291;&#x5236; SMK &#x6846;&#x5E73;&#x79FB;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173; RNA &#x5230; 30S &#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x4E9A;&#x57FA;&#x7684;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x3002;

The S(MK) box is a conserved riboswitch motif found in the 5' untranslated region of metK genes [encoding S-adenosylmethionine (SAM) synthetase] in lactic acid bacteria, including Enterococcus, Streptococcus, and Lactococcus sp. Previous studies showed that this RNA element binds SAM in vitro, and SAM binding causes a structural rearrangement that sequesters the Shine-Dalgarno (SD) sequence by pairing with an anti-SD (ASD) element. A model was proposed in which SAM binding inhibits metK translation by preventing binding of the ribosome to the SD region of the mRNA. In the current work, the addition of SAM was shown to inhibit binding of 30S ribosomal subunits to S(MK) box RNA; in contrast, the addition of S-adenosylhomocysteine (SAH) had no effect. A mutant RNA, which has a disrupted SD-ASD pairing, was defective in SAM binding and showed no reduction of ribosome binding in the presence of SAM, whereas a compensatory mutation that restored SD-ASD pairing restored the response to SAM. Primer extension inhibition assays provided further evidence for SD-ASD pairing in the presence of SAM. These results strongly support the model that S(MK) box translational repression operates through occlusion of the ribosome binding site and that SAM binding requires the SD-ASD pairing.

S-adenosylmethionine directly inhibits binding of 30S ribosomal subunits to the SMK box translational riboswitch RNA.

Le S (MK) est une bo&#xEE;te de motif conserv&#xE9; riboswitch trouve dans la r&#xE9;gion 5 &#x26;#39;non traduite des g&#xE8;nes metK [encodage S-ad&#xE9;nosylm&#xE9;thionine (SAM) synth&#xE9;tase] chez les bact&#xE9;ries lactiques, y compris Enterococcus, Streptococcus et Lactococcus sp. Des &#xE9;tudes ant&#xE9;rieures ont montr&#xE9; que cet &#xE9;l&#xE9;ment d&#x26;#39;ARN se lie SAM in vitro, et SAM liaison provoque un r&#xE9;arrangement structural qui s&#xE9;questre le Shine-Dalgarno (SD) de s&#xE9;quence en associant avec un anti-SD (TSA) &#xE9;l&#xE9;ment. Un mod&#xE8;le a &#xE9;t&#xE9; propos&#xE9; dans lequel SAM liaison inhibe la traduction metK par emp&#xEA;chant la liaison du ribosome de la r&#xE9;gion de l&#x26;#39;ARNm SD. Dans le travail actuel, l&#x26;#39;addition de SAM a &#xE9;t&#xE9; montr&#xE9; &#xE0; inhiber la liaison de sous-unit&#xE9;s ribosomiques 30S &#xE0; S case (MK) ARN, en revanche, l&#x26;#39;ajout de S-ad&#xE9;nosylhomocyst&#xE9;ine (SAH) n&#x26;#39;a eu aucun effet. Un ARN mutant, qui a un perturb&#xE9; SD-TSA appariement, &#xE9;tait d&#xE9;fectueux dans SAM contraignant et n&#x26;#39;a montr&#xE9; aucune r&#xE9;duction de la liaison au ribosome, en pr&#xE9;sence de SAM, tandis qu&#x26;#39;une mutation compensatoire qui a restaur&#xE9; SD-TSA appariement restaur&#xE9; la r&#xE9;ponse &#xE0; la SAM. Dosages d&#x26;#39;extension d&#x26;#39;amorce d&#x26;#39;inhibition fourni des preuves suppl&#xE9;mentaires pour SD-TSA appariement, en pr&#xE9;sence de SAM. Ces r&#xE9;sultats appuient fortement le mod&#xE8;le que la r&#xE9;pression S (MK) bo&#xEE;te de translation op&#xE8;re par le biais d&#x26;#39;occlusion du site de liaison au ribosome et que SAM contraignant requiert l&#x26;#39;appariement SD-TSA.

S-ad&#xE9;nosylm&#xE9;thionine inhibe directement reliure des sous-unit&#xE9;s ribosomiques 30S &#xE0; la SMK Bo&#xEE;te translationnelle ARN Riboswitch

Das S(MK)-Feld ist ein konservierten Riboswitch-Motiv gefunden in der 5&#39; un&uuml;bersetzte Region MetK Genen [S-Adenosylmethionine (SAM)-Synthase] Milchs&auml;urebakterien, einschlie&szlig;lich Enterokokken, Streptokokken und Lactococcus sp. Fr&uuml;here Studien zeigten, dass diese RNA-Element gebunden, in-vitro-SAM und SAM Bindung Ursachen eine strukturelle Neuordnung, die die Shine-Dalgarno (SD) Sequester Sequenzieren Paarung mit einem Anti-SD (ASD) Element. Ein Modell wurde vorgeschlagen, in denen SAM Bindung MetK &Uuml;bersetzung hemmt durch Bindung des Ribosoms auf der SD-Region des mRNA verhindern. Bei den laufenden Arbeiten wurde der Zusatz von SAM gezeigt, die Bindung der 30S ribosomal Untereinheiten S(MK) Feld RNA zu hemmen; im Gegensatz dazu hatte die Zugabe von S-Adenosylhomocystein (SAH) keine Auswirkungen. Eine mutierte RNA, die eine gest&ouml;rte SD-ASD-Paarung, war defekt in SAM binden und zeigte keine Verringerung der Ribosom Bindung in Anwesenheit von SAM, w&auml;hrend eine kompensatorische Mutation, die SD-ASD Paarung restauriert die Antwort auf SAM wiederhergestellt. Grundierung Erweiterung Hemmung Proben zur Verf&uuml;gung, ein weiterer Beweis f&uuml;r die SD-ASD Paarung in Anwesenheit von SAM. Diese Ergebnisse unterst&uuml;tzen das Modell, das S(MK) Feld translational Repression durch Okklusion betreibt die Ribosom Bindungsstelle und dass SAM Bindung erfordert die SD-ASD-Paarung.

S-Adenosylmethionine hemmt direkt Bindung 30S ribosomal Untereinheiten, die SMK Feld translational Riboswitch RNA.

La casella di S(MK) &egrave; un motivo conservato riboswitch trovato nella regione 5&#39; non tradotta di geni metK [codifica S-adenosilmetionina (SAM) sintetasi] in batteri dell&#39;acido lattico, compreso Enterococcus, Streptococcus e Lactococcus sp. Studi precedenti hanno mostrato che questo elemento di RNA si lega in vitro SAM e SAM associazione cause una riorganizzazione strutturale che sequestra la Shine-Dalgarno (SD) sequenza di abbinamento con un elemento di anti-SD (ASD). Un modello &egrave; stato proposto in cui SAM associazione inibisce la traduzione metK impedendone il legame del ribosoma nella regione di SD del mRNA. Nel lavoro attuale, l&#39;aggiunta di SAM &egrave; stato indicato per inibire l&#39;associazione della subunit&agrave; ribosomiale 30S alla casella S(MK) RNA; al contrario, l&#39;aggiunta di S-adenosilomocisteina (SAH) ha avuto alcun effetto. Un mutante RNA, che ha un accoppiamento di SD-ASD turbativa, era difettoso in SAM vincolanti e hanno mostrato alcuna riduzione del ribosoma binding in presenza di SAM, considerando che una mutazione compensativa che restaurato SD-ASD Associazione restaurata la risposta di SAM. Primer extension inibizione dosaggi fornito ulteriori prove per SD-ASD Associazione alla presenza di SAM. Questi risultati supportano fortemente il modello di repressione traslazionale S(MK) casella opera attraverso occlusione di che SAM e il sito di legame del ribosoma associazione richiede l&#39;abbinamento di SD-ASD.

S-adenosilmetionina direttamente inibisce il legame della subunit&agrave; ribosomiale 30S per la scatola SMK traslazionale riboswitch RNA.

S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306B;&#x306F;&#x3001;metK&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;5 &#x26;#39;&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x9818;&#x57DF;[&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;S-&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30B7;&#x30EB;&#x30E1;&#x30C1;&#x30AA;&#x30CB;&#x30F3;&#xFF08;SAM&#xFF09;&#x5408;&#x6210;&#x9175;&#x7D20;]&#x4E73;&#x9178;&#x83CC;&#x306F;&#x3001;&#x8178;&#x7403;&#x83CC;&#x3001;&#x9023;&#x9396;&#x7403;&#x83CC;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30E9;&#x30AF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30C3;&#x30AB;&#x30B9;&#x5C5E;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3067;&#x898B;&#x3064;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;RNA&#x8981;&#x7D20;&#x304C;in vitro&#x3067;SAM&#x3092;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3057;&#x3066;&#x3001;SAM&#x7D50;&#x5408;&#x306F;&#x3001;&#x6297;-SD&#xFF08;ASD&#xFF09;&#x8981;&#x7D20;&#x3068;&#x30DA;&#x30A2;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x30B7;&#x30E3;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C0;&#x30EB;&#x30AC;&#x30FC;&#x30CE;&#xFF08;SD&#xFF09;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x9694;&#x96E2;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x518D;&#x7DE8;&#x6210;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x306F;SAM&#x7D50;&#x5408;&#x304C;mRNA&#x306E;SD&#x9818;&#x57DF;&#x3078;&#x306E;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x9632;&#x6B62;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;metK&#x306E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x3092;&#x963B;&#x5BB3;&#x3059;&#x308B;&#x3067;&#x63D0;&#x6848;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x4ED5;&#x4E8B;&#x3067;&#x306F;&#x3001;SAM&#x306E;&#x6DFB;&#x52A0;&#x306F;S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;RNA&#x306E;30S&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x3092;&#x963B;&#x5BB3;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x306B;&#x3001;S-&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30B7;&#x30EB;&#x30DB;&#x30E2;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30A4;&#x30F3;&#xFF08;SAH&#xFF09;&#x306E;&#x6DFB;&#x52A0;&#x306F;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53CA;&#x307C;&#x3055;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x4E2D;&#x65AD;SD-ASD&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;RNA&#x306F;&#x3001;SAM&#x7D50;&#x5408;&#x306B;&#x6B20;&#x9665;&#x304C;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3068;SAM&#x3078;&#x306E;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3092;&#x5FA9;&#x5143;&#x3055;&#x308C;&#x305F;SD-ASD&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x3092;&#x5FA9;&#x5143;&#x88DC;&#x511F;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;SAM&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x3067;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x306A;&#x3044;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3092;&#x793A;&#x3055;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x4F38;&#x9577;&#x963B;&#x5BB3;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306F;&#x3001;SAM&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x3067;SD-ASD&#x30DA;&#x30A2;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x3055;&#x3089;&#x306A;&#x308B;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x7FFB;&#x8A33;&#x6291;&#x5236;&#x306F;&#x3001;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x9589;&#x585E;&#x3092;&#x901A;&#x3057;&#x3066;&#x3001;SAM&#x7D50;&#x5408;&#x306F;SD-ASD&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x3092;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x52D5;&#x4F5C;&#x3059;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

S-&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30B7;&#x30EB;&#x30E1;&#x30C1;&#x30AA;&#x30CB;&#x30F3;&#x306F;&#x76F4;&#x63A5;SMK&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30CA;&#x30EB;RNA&#x3092;30S&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x3092;&#x963B;&#x5BB3;&#x3059;&#x308B;

S(MK) &#xC0C1;&#xC790; &#xC816; &#xC0B0; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;, &#xC5F0;&#xC1C4; &#xC0C1; &#xAD6C; &#xADE0;, Enterococcus, Lactococcus sp&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; [S-adenosylmethionine (SAM) &#xD569;&#xC131; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;] metK &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; 5&#39; &#xB9DE;&#xC774; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; riboswitch &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xB294;. &#xC774;&#xC804; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB294;&#xC774; RNA &#xC694;&#xC18C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC2DC;&#xD5D8;&#xAD00;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0D8;&#xACFC; &#xC0D8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC6D0;&#xC778; sequesters &#xC190;&#xC9C8;-Dalgarno (SD) &#xAD6C;&#xC870; &#xC7AC;&#xBC30;&#xCE58;&#xB97C; &#xC548;&#xD2F0;-SD (ASD) &#xC694;&#xC18C;&#xC640; &#xD398;&#xC5B4;&#xB9C1; &#xD558; &#xC5EC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. &#xBAA8;&#xB378; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC740; Mrna&#xC758; SD &#xC601;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xB294; &#xB9AC;&#xBCF4;&#xC19C;&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBC29;&#xC9C0; &#xD558; &#xC5EC; metK &#xBC88;&#xC5ED;&#xC744; &#xC5B5;&#xC81C;&#xB294; &#xC0D8;&#xC5D0; &#xC81C;&#xC548; &#xD588;&#xB2E4;. &#xD604;&#xC7AC; &#xC791;&#xC5C5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0D8;&#xC758; &#xCD94;&#xAC00; S(MK) &#xC0C1;&#xC790; RNA; 30 &#xB300; ribosomal subunits&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC744; &#xC5B5;&#xC81C; &#xC92C;&#xB358; &#xBC18;&#xBA74;, S-adenosylhomocysteine (SAH) &#xB610;&#xD55C; &#xC544;&#xBB34; &#xD6A8;&#xACFC;&#xAC00; &#xC5C6;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAD50;&#xB780; SD ASD &#xD398;&#xC5B4;&#xB9C1;&#xC740; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; RNA&#xB294; &#xACB0;&#xD568;&#xC774; &#xC0D8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBC0F; SD ASD &#xD398;&#xC5B4;&#xB9C1; &#xBCF5;&#xC6D0; &#xBCF4;&#xC0C1; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xBCF5;&#xC6D0; &#xC0D8; &#xC751;&#xB2F5; &#xBC18;&#xBA74; &#xB9AC;&#xBCF4;&#xC19C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0D8;, &#xC874;&#xC7AC;&#xC758; &#xAC10;&#xC18C;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. SD-ASD &#xC30D; &#xC0D8;&#xC758; &#xC874;&#xC7AC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCD94;&#xAC00; &#xC99D;&#xAC70;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xC785;&#xBB38;&#xC11C; &#xD655;&#xC7A5; &#xC5B5;&#xC81C; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; &#xAC15;&#xB825; &#xD558; &#xAC8C; S(MK) &#xC0C1;&#xC790; &#xBCC0;&#xD658; &#xC5B5;&#xC555; &#xD3D0;&#xC0C9;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC791;&#xB3D9; &#xD558;&#xB294; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xC9C0; &#xC6D0;&#xD558;&#xB294; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB9AC;&#xBCF4;&#xC19C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC640; &#xC0D8;&#xC758; SD ASD &#xD398;&#xC5B4;&#xB9C1; &#xD544;&#xC694;.

S adenosylmethionine&#xB294; &#xC9C1;&#xC811; SMK &#xC0C1;&#xC790; &#xBCC0;&#xD658; riboswitch RNA 30 &#xB300; ribosomal subunits&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC744; &#xC5B5;&#xC81C; &#xD55C;&#xB2E4;.

El S (MK) en la casilla es un motivo conservado riboswitch encuentra en la regi&#xF3;n 5 &#x26;#39;no traducida de los genes metK [codificaci&#xF3;n de S-adenosilmetionina (SAM) sintetasa] en bacterias del &#xE1;cido l&#xE1;ctico, incluyendo Enterococcus, Streptococcus y Lactococcus sp. Estudios anteriores mostraron que este elemento de ARN se une SAM in vitro, y SAM vinculante provoca un reordenamiento estructural que secuestra el Shine-Dalgarno (SD) por el emparejamiento con un anti-SD (TEA) elemento. Un modelo fue propuesto en el que SAM uni&#xF3;n inhibe la traducci&#xF3;n metK al impedir la uni&#xF3;n del ribosoma a la regi&#xF3;n SD del ARNm. En el trabajo actual, la adici&#xF3;n de SAM fue demostrado para inhibir la uni&#xF3;n de subunidades 30S ribosomal a S cuadro ARN (MK), en contraste, la adici&#xF3;n de S-adenosil (HSA) no tuvo ning&#xFA;n efecto. Un ARN mutante, que tiene un perturbado SD-TEA emparejamiento, era defectuoso en SAM uni&#xF3;n y no mostraron una reducci&#xF3;n de uni&#xF3;n al ribosoma en la presencia de SAM, mientras que una mutaci&#xF3;n compensatoria que restaur&#xF3; SD-TEA emparejamiento restaur&#xF3; la respuesta a la SAM. Primer ensayos de inhibici&#xF3;n de extensi&#xF3;n proporcionan una prueba m&#xE1;s para SD-TEA emparejamiento en la presencia de SAM. Estos resultados apoyan firmemente el modelo que la represi&#xF3;n S (MK) en la casilla de traslaci&#xF3;n opera a trav&#xE9;s de la oclusi&#xF3;n del sitio de uni&#xF3;n al ribosoma y que SAM vinculante requiere que el emparejamiento SD-TEA.

S-adenosilmetionina directamente inhibe la uni&#xF3;n de las subunidades ribos&#xF3;micas 30S a la SMK Caja traslacional riboswitch ARN

&#x4E09;&#x4E2A;&#x4E0D;&#x540C;&#x7C7B;&#x7684; S-&#x817A;&#x82F7;-L-&#x86CB;&#x6C28;&#x9178; (SAM)-&#x54CD;&#x5E94; riboswitches &#x5DF2;&#x7ECF;&#x786E;&#x5B9A;&#xFF0C;&#x5728;&#x5404;&#x7EA7;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8870;&#x51CF;&#x6216;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x6291;&#x5236;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x8C03;&#x8282;&#x3002;S(MK) (SAM-III) &#x6846;&#x5E73;&#x79FB;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x5DF2;&#x5728; SAM &#x5408;&#x6210;&#x9176;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684; Lactobacillales &#x6210;&#x5458;&#x4E2D;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x80A0;&#x7403;&#x83CC;&#x7CAA; S(MK) &#x6846;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x7684; 2.2 A &#x6676;&#x4F53;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;Y &#x5F62;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x53CA;&#x5176;&#x5468;&#x56F4;&#x7684; SAM &#x8BC6;&#x522B;&#x4E09;&#x8DEF;&#x4EA4;&#x754C;&#x5904;&#x7684;&#x5B88;&#x6052;&#x7684;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x3002;&#x64E6;-&#x8FBE;&#x5C14;&#x52A0;&#x8BFA;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x7531;&#x57FA;&#x5730;&#x914D;&#x5BF9;&#x87AF;&#x5408;&#x8FBE;&#x5C14;&#x52A0;&#x53CD;-Shine-&#x8BFA;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E2D; SAM &#x7684;&#x56DE;&#x5E94;&#x4E0E;&#x7ED1;&#x5B9A;&#xFF0C;&#x8FD8;&#x76F4;&#x63A5;&#x53C2;&#x4E0E; SAM &#x8BC6;&#x522B;&#x3002;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x4F7F; SAM &#x817A;&#x82F7;&#x548C;&#x786B;&#x9393;&#x5076;&#x4E0E;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x4E92;&#x52A8;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x6CA1;&#x6709;&#x8BA4;&#x8BC6;&#x5230;&#x5C3E;&#x7684;&#x86CB;&#x6C28;&#x9178;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x6355;&#x83B7;&#x91C7;&#x6837;&#x540C;&#x6E90;&#x9644;&#x8FD1;&#x914D;&#x540C;&#x578B;&#x534A; S-&#x817A;&#x82F7;-L-&#x80F1;&#x6C28;&#x9178; (&#x86DB;&#x7F51;) &#x7684;&#x86DB;&#x7F51;&#x88AB;&#x53D1;&#x73B0;&#x91C7;&#x53D6;&#x66FF;&#x4EE3;&#x7684;&#x6784;&#x8C61;&#xFF0C;&#x672A;&#x80FD;&#x4F7F;&#x51E0;&#x4E2A;&#x5173;&#x952E;&#x7684;&#x4E92;&#x52A8; S(MK) &#x6846;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x5FEB;&#x7167;&#x3002;

SAM-III/S(MK) &#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x6676;&#x4F53;&#x7ED3;&#x6784;&#x663E;&#x793A;&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E8E; SAM &#x7684;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x6291;&#x5236;&#x673A;&#x5236;&#x3002;

Three distinct classes of S-adenosyl-L-methionine (SAM)-responsive riboswitches have been identified that regulate bacterial gene expression at the levels of transcription attenuation or translation inhibition. The S(MK) box (SAM-III) translational riboswitch has been identified in the SAM synthetase gene in members of the Lactobacillales. Here we report the 2.2-A crystal structure of the Enterococcus faecalis S(MK) box riboswitch. The Y-shaped riboswitch organizes its conserved nucleotides around a three-way junction for SAM recognition. The Shine-Dalgarno sequence, which is sequestered by base-pairing with the anti-Shine-Dalgarno sequence in response to SAM binding, also directly participates in SAM recognition. The riboswitch makes extensive interactions with the adenosine and sulfonium moieties of SAM but does not appear to recognize the tail of the methionine moiety. We captured a structural snapshot of the S(MK) box riboswitch sampling the near-cognate ligand S-adenosyl-L-homocysteine (SAH) in which SAH was found to adopt an alternative conformation and fails to make several key interactions.

Crystal structures of the SAM-III/S(MK) riboswitch reveal the SAM-dependent translation inhibition mechanism.

Trois classes distinctes de S-ad&#xE9;nosyl-L-m&#xE9;thionine (SAM) r&#xE9;agissant &#xE0; la riboswitchs ont &#xE9;t&#xE9; identifi&#xE9;s qui r&#xE9;gulent l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes des bact&#xE9;ries aux niveaux d&#x26;#39;att&#xE9;nuation de la transcription ou l&#x26;#39;inhibition de la traduction. Le S (MK) bo&#xEE;te (SAM-III) de translation riboswitch a &#xE9;t&#xE9; identifi&#xE9;e dans le g&#xE8;ne synth&#xE9;tase SAM dans les membres des Lactobacillales. Nous rapportons ici la 2.2-Une structure cristalline de l&#x26;#39;Enterococcus faecalis S riboswitch (MK) bo&#xEE;te. Le riboswitch en forme de Y organise ses nucl&#xE9;otides conserv&#xE9;s dans une jonction &#xE0; trois voies pour la reconnaissance SAM. La s&#xE9;quence de Shine-Dalgarno qui est s&#xE9;questr&#xE9;e par appariement de bases avec la s&#xE9;quence anti-Shine-Dalgarno en r&#xE9;ponse &#xE0; SAM liaison, participe &#xE9;galement directement dans la reconnaissance SAM. Le riboswitch rend les interactions pouss&#xE9;es avec les fragments de l&#x26;#39;ad&#xE9;nosine et de sulfonium de SAM, mais ne semble pas reconna&#xEE;tre la queue de la fraction la m&#xE9;thionine. Nous avons captur&#xE9; un instantan&#xE9; structurelle de la riboswitch S (MK) bo&#xEE;te de l&#x26;#39;&#xE9;chantillonnage de la quasi-ligand apparent&#xE9; S-ad&#xE9;nosyl-L-homocyst&#xE9;ine (SAH), dans lequel HSA a &#xE9;t&#xE9; trouv&#xE9; &#xE0; adopter une conformation alternative et ne parvient pas &#xE0; faire plusieurs interactions cl&#xE9;s.

Ouvrages d&#x26;#39;art en cristal de la SAM-III / S (MK) Riboswitch r&#xE9;v&#xE9;ler le m&#xE9;canisme SAM-d&#xE9;pendante Traduction inhibition

Drei unterschiedliche Klassen von S-Adenosyl-L-Methionin (SAM)-reagieren Riboswitches wurden identifiziert, die bakterielle Genexpression auf Ebene der Transkription D&auml;mpfung oder &Uuml;bersetzung Hemmung zu regulieren. Das S(MK) Feld (SAM-III) translational Riboswitch wurde in der SAM-Synthase-Gen bei Mitgliedern der Milchs&auml;urebakterien identifiziert. Hier berichten wir die 2.2-A Kristallstruktur von der Enterococcus Faecalis S(MK) Feld Riboswitch. Die y-f&ouml;rmigen Riboswitch organisiert seine konservierte Nukleotide um eine drei-Wege-Kreuzung SAM Anerkennung. Die Shine-Dalgarno-Sequenz, die von Base-Paarung Kohlenstoff ist mit der anti-Shine-Dalgarno-Sequenz als Reaktion auf SAM Bindung beteiligt sich auch direkt an SAM Anerkennung. Die Riboswitch macht umfangreiche Wechselwirkungen mit den Adsorptionseigenschaften Adenosin und Sulfoniumverbindungen von SAM aber scheint nicht zu erkennen, den Schwanz der Methionin-Gruppe. Wir erfasst eine strukturelle Momentaufnahme der S(MK) Feld Riboswitch Probenahme in der N&auml;he von Cognate Liganden S-Adenosyl-L-Homocystein (SAH) in dem SAH wurde festgestellt, dass eine alternative Konformation annehmen und nicht mehrere wichtige Interaktionen zu machen.

Kristallstrukturen von der SAM-III/S(MK)-Riboswitch zeigen die SAM-abh&auml;ngige &Uuml;bersetzung Hemmung Mechanismus.

Tre classi distinte di S-adenosil-L-metionina (SAM)-sono stati identificati riboswitches reattivo che regolano l&#39;espressione genica batterica a livelli di inibizione di attenuazione o traduzione di trascrizione. Il riboswitch traslazionale di S(MK) scatola (SAM-III) &egrave; stato identificato nel gene della sintetasi SAM in membri della Lactobacillales. Qui riportiamo la struttura di cristallo 2.2-A dell&#39;Enterococcus faecalis S(MK) casella riboswitch. Il riboswitch a forma di Y organizza i suoi nucleotidi conservati intorno a un incrocio a tre vie per il riconoscimento di SAM. La sequenza di Shine-Dalgarno, che viene sequestrata dalla base-pairing con la sequenza anti-Shine-Dalgarno in risposta a SAM associazione, partecipa anche direttamente nel riconoscimento di SAM. Il riboswitch fa ampie interazioni con l&#39;adenosina e solfonio moiety di SAM, ma non sembra riconoscere la coda della moiety della metionina. Abbiamo catturato uno snapshot strutturale del riboswitch casella S(MK) il ligando vicino cognate S-adenosil-L-omocisteina (SAH) in cui SAH &egrave; stato trovato ad per adottare una conformazione alternativa e non riesce a fare diverse interazioni chiave di campionamento.

Strutture cristalline del riboswitch SAM-III/S(MK) rivelano il meccanismo di inibizione traduzione SAM-dipendente.

S-&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30B7;&#x30EB;-L-&#x30E1;&#x30C1;&#x30AA;&#x30CB;&#x30F3;&#x306E;3&#x3064;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#xFF08;SAM&#xFF09;&#x5FDC;&#x7B54;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306F;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x6E1B;&#x8870;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x7FFB;&#x8A33;&#x963B;&#x5BB3;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002; S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#xFF08;SAM-III&#xFF09;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30CA;&#x30EB;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306F;&#x3001;Lactobacillales&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306E;SAM&#x5408;&#x6210;&#x9175;&#x7D20;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3067;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C6;&#x30ED;&#x30B3;&#x30C3;&#x30AB;&#x30B9;&#xB7;&#x30D5;&#x30A7;&#x30AB;&#x30EA;&#x30B9;S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306E;2.2&#x7D50;&#x6676;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002; Y&#x5B57;&#x578B;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306F;SAM&#x8A8D;&#x8B58;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x4E09;&#x53C9;&#x8DEF;&#x306E;&#x5468;&#x308A;&#x306B;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x3092;&#x200B;&#x200B;&#x958B;&#x50AC;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; SAM&#x7D50;&#x5408;&#x306B;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3057;&#x3066;&#x6297;&#x30B7;&#x30E3;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C0;&#x30EB;&#x30AC;&#x30FC;&#x30CE;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x5869;&#x57FA;&#x5BFE;&#x5F62;&#x6210;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x9694;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30B7;&#x30E3;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C0;&#x30EB;&#x30AC;&#x30FC;&#x30CE;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;&#x76F4;&#x63A5;SAM&#x306E;&#x8A8D;&#x8B58;&#x306B;&#x53C2;&#x52A0;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306F;SAM&#x306E;&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30B7;&#x30F3;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B9;&#x30EB;&#x30DB;&#x30CB;&#x30A6;&#x30E0;&#x90E8;&#x5206;&#x3068;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x884C;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x30E1;&#x30C1;&#x30AA;&#x30CB;&#x30F3;&#x6B8B;&#x57FA;&#x306E;&#x5C3E;&#x3092;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3059;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x8FD1;&#x3044;&#x540C;&#x65CF;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;SAH&#x306F;&#x3001;&#x4EE3;&#x66FF;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x63A1;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x884C;&#x3046;&#x306B;&#x5931;&#x6557;&#x3055;&#x308C;&#x305F;S-&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30B7;&#x30EB;-L-&#x30DB;&#x30E2;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30A4;&#x30F3;&#xFF08;SAH&#xFF09;&#x3092;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x30B9;&#x30CA;&#x30C3;&#x30D7;&#x30B7;&#x30E7;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x6355;&#x7372;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

SAM-III / S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306E;&#x7D50;&#x6676;&#x69CB;&#x9020;&#x306F;&#x3001;SAM-&#x4F9D;&#x5B58;&#x6027;&#x306E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x963B;&#x5BB3;&#x6A5F;&#x69CB;&#x306E;&#x89E3;&#x660E;

S-adenosyl-L-&#xBA54;&#xD2F0;&#xC624;&#xB2CC; (SAM)&#xC758; &#xC138; &#xAC00;&#xC9C0; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;-&#xBC18;&#xC751; riboswitches &#xC804;&#xC0AC; &#xAC10;&#xC1E0; &#xB610;&#xB294; &#xBC88;&#xC5ED; &#xC5B5;&#xC81C; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC138;&#xADE0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC744; &#xC870;&#xC808; &#xD558;&#xB294; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. S(MK) &#xC0C1;&#xC790; (&#xC0D8;-III) &#xBCC0;&#xD658; riboswitch&#xB294; Lactobacillales&#xC758; &#xBA64;&#xBC84;&#xC5D0;&#xC11C; SAM &#xD569;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; Enterococcus faecalis S(MK) &#xC0C1;&#xC790; riboswitch 2.2 A &#xD06C;&#xB9AC;&#xC2A4;&#xD0C8; &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xBCF4;&#xACE0;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Y &#xC790; &#xBAA8;&#xC591;&#xC758; riboswitch &#xC0D8; &#xC778;&#xC2DD; &#xC704;&#xD55C; 3 &#xBC29;&#xD5A5; &#xC811;&#xD569; &#xC8FC;&#xBCC0; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131;. &#xC790;&#xB8CC; &#xD398;&#xC5B4;&#xB9C1; &#xD558; &#xC5EC; &#xC555;&#xC218; &#xC190;&#xC9C8; Dalgarno &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC0D8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC548;&#xD2F0; Shine Dalgarno &#xC21C;&#xC11C; &#xB610;&#xD55C; &#xC9C1;&#xC811; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;, &#xC0D8; &#xC778;&#xC2DD;&#xC5D0; &#xCC38;&#xC5EC;. Riboswitch &#xC544;&#xB370;&#xB178;&#xC2E0;&#xACFC; sulfonium moieties &#xC0D8;&#xC758; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC0C1;&#xD638; &#xB9CC;&#xB4E4;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xBA54;&#xD2F0;&#xC624;&#xB2CC; moiety &#xAF2C;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC778;&#xC2DD; &#xD558;&#xB3C4;&#xB85D; &#xB098;&#xD0C0;&#xB098;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xADFC;&#xCC98; &#xB3D9;&#xACC4;&#xC5B4; &#xB9AC;&#xAC04;&#xB4DC; &#xD638;&#xBAA8; S-adenosyl-L-&#xC2DC;&#xC2A4;&#xD14C;&#xC778; (SAH) SAH &#xB300;&#xCCB4; &#xB098; &#xB780; &#xCC44;&#xD0DD; &#xBC1C;&#xACAC; &#xBC0F; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC8FC;&#xC694; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC2E4;&#xD328;&#xB97C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; S(MK) &#xC0C1;&#xC790; riboswitch&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xC2A4;&#xB0C5;&#xC0F7;&#xC744; &#xCEA1;&#xCC98;.

SAM-III/S(MK) riboswitch&#xC758; &#xD06C;&#xB9AC;&#xC2A4;&#xD0C8; &#xAD6C;&#xC870; &#xACF5;&#xAC1C; &#xC0D8; &#xC885;&#xC18D; &#xBC88;&#xC5ED; &#xC5B5;&#xC81C; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;.

Tres tipos distintos de-S-adenosil-L-metionina (SAM) que responden al riboswitches han sido identificados que regulan la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica bacteriana en los niveles de atenuaci&#xF3;n de la transcripci&#xF3;n o la inhibici&#xF3;n de la traducci&#xF3;n. El S (MK) caja (SAM-III) de traslaci&#xF3;n riboswitch ha sido identificada en el gen de la sintetasa de SAM en los miembros de las Lactobacillales. Aqu&#xED; mostramos el 2,2-Una estructura cristalina de la Enterococcus faecalis S riboswitch (MK) en la casilla. El riboswitch en forma de Y organiza sus nucle&#xF3;tidos conservados en torno a una uni&#xF3;n de tres v&#xED;as para SAM reconocimiento. La secuencia de Shine-Dalgarno, que es secuestrado por el apareamiento de bases con la secuencia anti-Shine-Dalgarno en respuesta a SAM uni&#xF3;n, tambi&#xE9;n participa directamente en el reconocimiento SAM. El riboswitch hace amplias interacciones con los restos de adenosina y sulfonio de SAM, pero no parece reconocer la cola del resto metionina. Hemos capturado una imagen estructural de la S riboswitch (MK) caja de muestra del ligando casi af&#xED;n S-adenosil-L-homociste&#xED;na (SAH) en el que la HSA se encontr&#xF3; a adoptar una conformaci&#xF3;n alternativa y no puede hacer varias interacciones clave.

Estructuras cristalinas de los SAM-III / S (MK) riboswitch revelar el mecanismo de traducci&#xF3;n de SAM-dependiente de la inhibici&#xF3;n

Riboswitches sono elementi codificati in cis, cis-acting di RNA che senso direttamente un segnale fisiologico. Risposta di segnale provoca un cambiamento nella struttura di RNA che gli impatti di espressione genica. Gli elementi di questo tipo svolgono un ruolo importante nei batteri, dove si regola una variet&agrave; di percorsi cellulari fondamentali. Regolamento Riboswitch-mediata del gene si presenta pi&ugrave; comunemente dagli effetti sull&#39;attenuazione della trascrizione, per controllare se una trascrizione integrale &egrave; sintetizzata, o sull&#39;inizio di traduzione, nel qual caso la trascrizione &egrave; costitutivamente sintetizzata ma associazione di inizio di traduzione complesso &egrave; modulata. Sar&agrave; fornita una panoramica del ruolo del riboswitch RNAs nell&#39;espressione del gene batterico, e alcuni esempi sono descritti in dettaglio per illustrare i tipi di meccanismi che sono stati scoperti.

Riboswitch RNAs: regolazione dell&#39;espressione genica di monitoraggio diretto di un segnale fisiologico.

&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306F;&#x3001;&#x76F4;&#x63A5;&#x751F;&#x7406;&#x7684;&#x4FE1;&#x53F7;&#x3092;&#x611F;&#x77E5;&#x30B7;&#x30B9; - &#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x30B7;&#x30B9;&#x4F5C;&#x7528;&#x6027;RNA&#x8981;&#x7D20;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x200B;&#x200B;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;RNA&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x306E;&#x5FDC;&#x7B54;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x901A;&#x77E5;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x306E;&#x8981;&#x7D20;&#x306F;&#x3001;&#x57FA;&#x672C;&#x7684;&#x306A;&#x7D30;&#x80DE;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x69D8;&#x3005;&#x306A;&#x898F;&#x5236;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306F;&#x3001;&#x6700;&#x3082;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x5B8C;&#x5168;&#x9577;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x304C;&#x5408;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304B;&#x3069;&#x3046;&#x304B;&#x3092;&#x5236;&#x5FA1;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x6E1B;&#x8870;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x767A;&#x751F;&#x3057;&#x305F;&#x5834;&#x5408;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x7FFB;&#x8A33;&#x958B;&#x59CB;&#x306B;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306F;&#x6052;&#x5E38;&#x7684;&#x306B;&#x5408;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x304C;&#x7FFB;&#x8A33;&#x958B;&#x59CB;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x5834;&#x5408;&#x306B;&#x306F;&#x5909;&#x8ABF;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;RNA&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x306E;&#x6982;&#x8981;&#x304C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x4F8B;&#x304C;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306E;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x3092;&#x8AAC;&#x660E;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x8A73;&#x7D30;&#x306B;&#x8A18;&#x8F09;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306E;RNA&#xFF1A;&#x751F;&#x7406;&#x5B66;&#x7684;&#x4FE1;&#x53F7;&#x306E;&#x30C0;&#x30A4;&#x30EC;&#x30AF;&#x30C8;&#xB7;&#x30E2;&#x30CB;&#x30BF;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;

Riboswitches&#xB294; &#xC9C1;&#xC811; &#xC0DD;&#xB9AC; &#xC2E0;&#xD638;&#xB97C; &#xAC10;&#xC9C0; &#xD558;&#xB294; cis &#xC778;&#xCF54;&#xB529;, cis &#xC5F0;&#xAE30; RNA &#xC694;&#xC18C;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2E0;&#xD638; &#xC751;&#xB2F5; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xC8FC;&#xB294; RNA &#xAD6C;&#xC870;&#xC5D0; &#xBCC0;&#xD654;&#xAC00; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC720;&#xD615;&#xC758; &#xC694;&#xC18C; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;, &#xADF8;&#xB4E4;&#xC740; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xADFC;&#xBCF8;&#xC801;&#xC778; &#xC138;&#xD3EC; &#xACBD;&#xB85C; &#xC870;&#xC808;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xD55C;&#xB2E4;. Riboswitch &#xC911;&#xC7AC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xC808; &#xC5EC;&#xBD80; &#xC804;&#xCCB4; &#xAE38;&#xC774; &#xB300; &#xBCF8; &#xD569;&#xC131; &#xB610;&#xB294; &#xBC88;&#xC5ED; &#xAC1C;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xC5B4;&#xB5A4; &#xACBD;&#xC6B0;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xBCF8;&#xC744; constitutively &#xD569;&#xC131; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xBC88;&#xC5ED; &#xAC1C;&#xC2DC;&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBCC0;&#xC870; &#xC804;&#xC0AC; &#xAC10;&#xC1E0;&#xB97C; &#xC81C;&#xC5B4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD6A8;&#xACFC; &#xC758;&#xD574; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBC1C;&#xC0DD;. Riboswitch RNAs &#xC138;&#xADE0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xC5ED;&#xD560;&#xC5D0; &#xAC04;&#xB7B5;&#xD558;&#xAC8C; &#xC81C;&#xACF5; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC608; &#xB36E;&#xC5EC; &#xC788;&#xB2E4; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC758; &#xC885;&#xB958;&#xB97C; &#xC124;&#xBA85; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC880; &#xB354; &#xC790;&#xC138;&#xD558;&#xAC8C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC124;&#xBA85; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC0DD;&#xB9AC; &#xC801; &#xC2E0;&#xD638;&#xB97C; &#xC9C1;&#xC811; &#xBAA8;&#xB2C8;&#xD130;&#xB9C1; &#xD558; &#xC5EC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC758; Riboswitch RNAs: &#xADDC;&#xC815;.

Riboswitches &#x662F;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x7F16;&#x7801;&#x3001; &#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x4EE3;&#x7406;&#x76F4;&#x63A5;&#x611F;&#x89C9;&#x5230;&#x751F;&#x7406;&#x4FE1;&#x53F7;&#x7684; RNA &#x5143;&#x7D20;&#x3002;RNA &#x7ED3;&#x6784;&#x5F71;&#x54CD;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x4EA7;&#x751F;&#x4FE1;&#x53F7;&#x7684;&#x54CD;&#x5E94;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x5143;&#x7D20;&#x5728;&#x7EC6;&#x83CC;&#xFF0C;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x90A3;&#x91CC;&#x8C03;&#x8282;&#x57FA;&#x672C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x901A;&#x8DEF;&#x7684;&#x5404;&#x79CD;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x8C03;&#x63A7;&#x6700;&#x5E38;&#x89C1;&#x7684;&#x53D1;&#x751F;&#x5BF9;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8870;&#x51CF;&#xFF0C;&#x5230;&#x63A7;&#x5236;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x662F;&#x5426;&#x5168;&#x957F;&#x8A8A;&#x672C;&#x5408;&#x6210;&#x7684;&#x6216;&#x5BF9;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x8D77;&#x59CB;&#xFF0C;&#x5728;&#x8FD9;&#x79CD;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x4E00;&#x5408;&#x6210;&#x4F46;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x8D77;&#x59CB;&#x7684;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x8C03;&#x5236;&#x3002;&#x5C06;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173; RNAs &#x5728;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x6982;&#x8FF0;&#xFF0C;&#x548C;&#x51E0;&#x4E2A;&#x4F8B;&#x5B50;&#x63CF;&#x8FF0;&#x7684;&#x66F4;&#x591A;&#x7EC6;&#x8282;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x8BF4;&#x660E;&#x7684;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x673A;&#x5236;&#xFF0C;&#x5DF2;&#x88AB;&#x63ED;&#x9732;&#x3002;

Rna &#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#xFF1A; &#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C03;&#x63A7;&#x7684;&#x76F4;&#x63A5;&#x76D1;&#x6D4B;&#x7684;&#x751F;&#x7406;&#x4FE1;&#x53F7;&#x3002;

Riboswitches are cis-encoded, cis-acting RNA elements that directly sense a physiological signal. Signal response results in a change in RNA structure that impacts gene expression. Elements of this type play an important role in bacteria, where they regulate a variety of fundamental cellular pathways. Riboswitch-mediated gene regulation most commonly occurs by effects on transcription attenuation, to control whether a full-length transcript is synthesized, or on translation initiation, in which case the transcript is constitutively synthesized but binding of the translation initiation complex is modulated. An overview of the role of riboswitch RNAs in bacterial gene expression will be provided, and a few examples are described in more detail to illustrate the types of mechanisms that have been uncovered.

Riboswitch RNAs: regulation of gene expression by direct monitoring of a physiological signal.

Riboswitchs sont en position cis-cod&#xE9;es, les &#xE9;l&#xE9;ments agissant en cis d&#x26;#39;ARN qui d&#xE9;tectent directement un signal physiologique. Signal r&#xE9;sultats r&#xE9;ponse &#xE0; un changement dans la structure de l&#x26;#39;ARN qui a un impact expression des g&#xE8;nes. &#xC9;l&#xE9;ments de ce type jouent un r&#xF4;le important dans les bact&#xE9;ries, o&#xF9; ils r&#xE9;gulent une vari&#xE9;t&#xE9; de voies cellulaires fondamentales. La r&#xE9;gulation des g&#xE8;nes &#xE0; m&#xE9;diation Riboswitch survient le plus souvent par des effets de l&#x26;#39;att&#xE9;nuation sur la transcription, pour contr&#xF4;ler si un transcrit de pleine longueur est synth&#xE9;tis&#xE9;, ou sur d&#x26;#39;initiation de traduction, auquel cas la transcription est constitutivement synth&#xE9;tis&#xE9; mais liaison du complexe d&#x26;#39;initiation de traduction est modul&#xE9;e. Un aper&#xE7;u du r&#xF4;le de l&#x26;#39;ARN dans l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes riboswitch bact&#xE9;rienne sera fourni, et quelques exemples sont d&#xE9;crits plus en d&#xE9;tail pour illustrer les types de m&#xE9;canismes qui ont &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;couverts.

ARN Riboswitch: R&#xE8;glement de l&#x26;#39;expression g&#xE9;nique par le monitoring direct d&#x26;#39;un signal physiologique

Riboswitches sind Cis-codierten, Cis wirkende RNA-Elemente, die eine physiologische Signal direkt zu sp&uuml;ren. Signal-Reaktion f&uuml;hrt zu einer &Auml;nderung in RNA-Struktur, die Genexpression auswirkt. Elemente dieser Art spielen eine wichtige Rolle in Bakterien, wo sie eine Vielzahl von grundlegenden zellul&auml;ren Wege Regeln. Riboswitch-vermittelte Genregulation tritt am h&auml;ufigsten von Auswirkungen auf die Transkription D&auml;mpfung, zu kontrollieren, ob eine in Abschrift synthetisiert wird, oder auf &Uuml;bersetzung Einleitung, die Abschrift wird in diesem Fall konstitutiv synthetisiert, aber Bindung der &Uuml;bersetzung Einleitung komplexer wird moduliert. Ein &Uuml;berblick &uuml;ber die Rolle der Riboswitch RNAs in bakterielle Genexpression wird zur Verf&uuml;gung gestellt, und ein paar Beispiele genauer erl&auml;utern Sie die Arten von Mechanismen, die aufgedeckt wurden beschrieben.

Riboswitch RNAs: Regulation der Genexpression durch direkte &Uuml;berwachung der physiologischen Signal.

Riboswitches son codificados, cis-cis-elementos que act&#xFA;an directamente en ARN que detecta una se&#xF1;al fisiol&#xF3;gica. Se&#xF1;al resultados de respuesta en un cambio en la estructura del ARN que afecta la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica. Elementos de este tipo juegan un papel importante en las bacterias, donde regulan una variedad de v&#xED;as celulares fundamentales. Riboswitch mediada por la regulaci&#xF3;n de genes m&#xE1;s com&#xFA;nmente se produce por los efectos sobre la atenuaci&#xF3;n de la transcripci&#xF3;n, para controlar si una transcripci&#xF3;n de longitud completa se sintetiza, o en iniciaci&#xF3;n de la traducci&#xF3;n, en cuyo caso la transcripci&#xF3;n es constitutivamente sintetizada pero la uni&#xF3;n del complejo de iniciaci&#xF3;n de traducci&#xF3;n es modulada. Una visi&#xF3;n general del papel de los RNAs riboswitch en la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica bacteriana se proporcionan, y algunos ejemplos se describen con m&#xE1;s detalle para ilustrar los tipos de mecanismos que se han descubierto.

Riboswitch ARN: Regulaci&#xF3;n de la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica mediante la supervisi&#xF3;n directa de una se&#xF1;al fisiol&#xF3;gica

S(MK) &#x6846;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#xFF0C;&#x5B83;&#x8868;&#x793A;&#x7684;&#x4E09;&#x4E2A;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7C7B; S &#x817A;&#x82F7;&#x86CB;&#x6C28;&#x9178; (SAM) &#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;-&#x54CD;&#x5E94; riboswitches&#xFF0C;&#x89C4;&#x5B9A;&#x4E86;&#x4E00;&#x7EA7;&#x7684;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x8D77;&#x59CB;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;&#x4E0E;&#x5927;&#x591A;&#x6570; riboswitches&#xFF0C;&#x5305;&#x542B;&#x8D1F;&#x8D23;&#x914D;&#x4F53;&#x8BC6;&#x522B;&#x4E0E;&#x57FA;&#x56E0;&#x8C03;&#x63A7;&#x7684;&#x5355;&#x72EC;&#x7684;&#x57DF;&#xFF0C;S(MK) &#x6846;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x7684;&#x914D;&#x4F53;&#x7ED3;&#x5408;&#x548C;&#x7BA1;&#x7406;&#x57DF;&#x662F;&#x91CD;&#x5408;&#x7684;&#x3002;&#x6B64;&#x5C5E;&#x6027;&#x88AB;&#x6F0F;&#x6D1E;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x7B2C;&#x4E00;&#x6B21;&#x539F;&#x5B50;&#x7EA7;&#x8868;&#x5F81;&#x529F;&#x80FD;&#x5B8C;&#x597D;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x914D;&#x4F53;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x72B6;&#x6001;&#x548C;&#x914D;&#x4F53;&#x7684;&#x65E0;&#x72B6;&#x6001;&#x4E2D;&#x3002;&#x6838;&#x78C1;&#x5171;&#x632F;&#x5149;&#x8C31;&#x663E;&#x793A;&#x4E0D;&#x540C;&#x4E92;&#x65A5;&#x7684; RNA &#x6784;&#x8C61;&#x5DEE;&#x5F02;&#x586B;&#x5145;&#x6216;&#x7F3A;&#x5E2D;&#x6548;&#x5E94;&#x4EE3;&#x8C22;&#x4EA7;&#x7269;&#x4E2D;&#x5B58;&#x5728;&#x3002;&#x7B49;&#x6E29;&#x6EF4;&#x5B9A;&#x91CF;&#x70ED;&#x548C;&#x4F53;&#x5185;&#x8BB0;&#x8005;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x8FD9;&#x79CD;&#x6784;&#x8C61;&#x5E73;&#x8861;&#x70ED;&#x529B;&#x5B66;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x3001; &#x70ED;&#x529B;&#x5B66;&#x3001; &#x7EFC;&#x5408;&#x8BC4;&#x4EF7;&#x6A21;&#x578B;&#x53CA;&#x6B64;&#x7D27;&#x51D1;&#x7684; RNA &#x8C03;&#x8282;&#x5143;&#x4EF6;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x7279;&#x6027;&#x3002;

&#x6784;&#x8C61;&#x9009;&#x62E9;&#x901A;&#x8FC7;&#x4F18;&#x5316;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x8C03;&#x8282;&#x3002;

The S(MK) box riboswitch, which represents one of three known classes of S-adenosylmethionine (SAM)-responsive riboswitches, regulates gene expression in bacteria at the level of translation initiation. In contrast to most riboswitches, which contain separate domains responsible for ligand recognition and gene regulation, the ligand-binding and regulatory domains of the S(MK) box riboswitch are coincident. This property was exploited to allow the first atomic-level characterization of a functionally intact riboswitch in both the ligand-bound state and the ligand-free state. NMR spectroscopy revealed distinct mutually exclusive RNA conformations that are differentially populated in the presence or in the absence of the effector metabolite. Isothermal titration calorimetry and in vivo reporter assay results revealed the thermodynamic and functional consequences of this conformational equilibrium. We present a comprehensive model of the structural, thermodynamic, and functional properties of this compact RNA regulatory element.

Tuning riboswitch regulation through conformational selection.

Le S (MK) bo&#xEE;te de riboswitch, qui repr&#xE9;sente l&#x26;#39;une des trois classes connues de la S-ad&#xE9;nosylm&#xE9;thionine (SAM) r&#xE9;agissant &#xE0; la riboswitchs, r&#xE9;gule l&#x26;#39;expression g&#xE9;nique chez les bact&#xE9;ries au niveau de l&#x26;#39;initiation de la traduction. Contrairement &#xE0; la plupart riboswitchs, qui contiennent des domaines distincts responsables de reconnaissance du ligand et la r&#xE9;gulation des g&#xE8;nes, les domaines de liaison de ligand et r&#xE9;glementaire de la bo&#xEE;te de S (MK) riboswitch co&#xEF;ncident. Cette propri&#xE9;t&#xE9; a &#xE9;t&#xE9; exploit&#xE9;e afin de permettre le premier au niveau atomique la caract&#xE9;risation d&#x26;#39;un fonctionnellement riboswitch intacte dans l&#x26;#39;&#xE9;tat &#xE0; la fois ligand li&#xE9; et l&#x26;#39;&#xE9;tat-ligand libre. Spectroscopie RMN r&#xE9;v&#xE8;le distinctes qui s&#x26;#39;excluent mutuellement conformations d&#x26;#39;ARN qui sont diff&#xE9;rentiellement peupl&#xE9;es en pr&#xE9;sence ou en l&#x26;#39;absence de l&#x26;#39;effecteur m&#xE9;tabolite. Calorim&#xE9;trie de titration isotherme et les r&#xE9;sultats in vivo journaliste de dosage a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; les cons&#xE9;quences thermodynamiques et fonctionnelles de cet &#xE9;quilibre conformationnel. Nous pr&#xE9;sentons un mod&#xE8;le complet des propri&#xE9;t&#xE9;s structurales, thermodynamiques et fonctionnelle de cet &#xE9;l&#xE9;ment ARN pacte r&#xE9;glementaire.

Tuning Riboswitch r&#xE8;glement par la s&#xE9;lection conformationnelle

Das S(MK) Feld Riboswitch, die eine der drei bekannten Klassen von S-Adenosylmethionine (SAM) darstellt-reagierende Riboswitches, regelt die Genexpression in Bakterien auf der Ebene der &Uuml;bersetzung Einleitung. Im Gegensatz zu den meisten Riboswitches, die verantwortlich f&uuml;r Ligand-Verordnung f&uuml;r Anerkennung und gen separate Dom&auml;nen enthalten, sind die Ligand-Bindung und regulatorischen Bereiche der S(MK) Feld Riboswitch zusammenfallen. Diese Eigenschaft wurde genutzt, um die erste atomarer Ebene Charakterisierung der eine funktionell intakt Riboswitch sowohl in der Ligand-gebundenen Zustand als auch in der Ligand-freien Zustand zu erm&ouml;glichen. NMR-Spektroskopie ergab unterschiedliche gegenseitig RNA-Konformationen, die differentiell in das Vorhandensein oder das Fehlen der Effektor-Metabolit aufgef&uuml;llt werden. Isothermischer Titrierung Kalorimetrie und in-vivo-Reporter Untersuchungsergebnisse offenbart die thermodynamischen und funktionellen Konsequenzen dieses Konformations&auml;nderungen Gleichgewicht. Wir pr&auml;sentieren ein umfassendes Modell der Strukturfonds, thermodynamische, und funktionellen Eigenschaften dieses kompakte regulatorische RNA-Elements.

Riboswitch-Verordnung durch Konformations&auml;nderungen Auswahl optimieren.

Il riboswitch casella S(MK), che rappresenta una delle tre classi conosciute di S-adenosilmetionina (SAM)-riboswitches reattivo, regola l&#39;espressione di gene in batteri a livello di inizio di traduzione. In contrasto con la maggior parte dei riboswitches, che contengono domini separati responsabile regolamento riconoscimento e gene ligando, i domini ligand-legantesi e regolamentazione del riboswitch box S(MK) sono coincidenti. Questa propriet&agrave; &egrave; stata sfruttata per consentire la caratterizzazione di prima livello atomico di una riboswitch funzionalmente intatto nello stato privo di ligando e stato associato a ligandi. Spettroscopia RMN ha rivelato distinte conformazioni RNA escludono differenzialmente popolati in presenza o in assenza di un metabolita effettrici. Calorimetria isotermica di titolazione e risultati di test in vivo reporter ha rivelato le conseguenze funzionali e termodinamiche di questo equilibrio conformazionale. Vi presentiamo un modello globale di strutturale, termodinamici e propriet&agrave; funzionali di questo compatto elemento normativo di RNA.

Tuning riboswitch regolamento attraverso selezione conformazionale.

S-&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30B7;&#x30EB;&#x30E1;&#x30C1;&#x30AA;&#x30CB;&#x30F3;&#x306E;3&#x3064;&#x306E;&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#xFF08;SAM&#xFF09;&#x5FDC;&#x7B54;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x3092;&#x8868;&#x3059;S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306F;&#x3001;&#x7FFB;&#x8A33;&#x958B;&#x59CB;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3068;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3092;&#x62C5;&#x5F53;&#x3057;&#x3001;&#x5225;&#x306E;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x3068;&#x306F;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x306B;&#x3001;S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306E;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x7D50;&#x5408;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x304C;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D1;&#x30C6;&#x30A3;&#x306F;&#x3001;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x3068;&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x305F;&#x72B6;&#x614B;&#x3068;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x30D5;&#x30EA;&#x30FC;&#x72B6;&#x614B;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3067;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306B;&#x7121;&#x50B7;&#x306E;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306E;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x539F;&#x5B50;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x30AD;&#x30E3;&#x30E9;&#x30AF;&#x30BF;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x60AA;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002; NMR&#x5206;&#x5149;&#x6CD5;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x5DEE;&#x52D5;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x30A8;&#x30D5;&#x30A7;&#x30AF;&#x30BF;&#x30FC;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x6709;&#x7121;&#x3067;&#x79FB;&#x5165;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x5225;&#x500B;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x306B;&#x6392;&#x4ED6;&#x7684;&#x306A;RNA&#x306E;&#x7ACB;&#x4F53;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7B49;&#x6E29;&#x6EF4;&#x5B9A;&#x71B1;&#x91CF;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x304A;&#x3088;&#x3073;in vivo&#x30EC;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x5E73;&#x8861;&#x306E;&#x71B1;&#x529B;&#x5B66;&#x7684;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x30C8;&#x306A;RNA&#x8ABF;&#x7BC0;&#x8981;&#x7D20;&#x306E;&#x3001;&#x69CB;&#x9020;&#x529B;&#x5B66;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x7279;&#x6027;&#x306E;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B3;&#x30F3;&#x30DB;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x9078;&#x629E;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3067;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x898F;&#x5247;&#x306E;&#x30C1;&#x30E5;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;

S-adenosylmethionine (SAM)&#xC758; &#xC138; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4; &#xC911; &#xD558;&#xB098;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xB294; S(MK) &#xC0C1;&#xC790; riboswitch-&#xBC18;&#xC751; riboswitches &#xBC88;&#xC5ED; &#xAC1C;&#xC2DC;&#xC758; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC744; &#xC870;&#xC808; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBCC4;&#xB3C4; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xB9AC;&#xAC04;&#xB4DC; &#xC778;&#xC2DD; &#xBC0F; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xC808;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCC45;&#xC784;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568;, &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; riboswitches&#xB294; &#xB2EC;&#xB9AC; S(MK) &#xC0C1;&#xC790; riboswitch ligand &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBC0F; &#xADDC;&#xC81C; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xC77C;&#xCE58; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC18D;&#xC131;&#xC740; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xADF8;&#xB300;&#xB85C; riboswitch ligand &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC640; &#xB9AC;&#xAC04;&#xB4DC; &#xC5C6;&#xB294; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xC6D0;&#xC790; &#xC218;&#xC900; &#xD2B9;&#xC131;&#xC744; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xD558;&#xB3C4;&#xB85D; &#xC545;&#xC6A9; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. NMR &#xBD84;&#xAD11;&#xD559; &#xC774;&#xD399;&#xD130; &#xB300;&#xC0AC; &#xC0B0;&#xBB3C;&#xC758; &#xBD80;&#xC7AC; &#xB610;&#xB294; &#xC874;&#xC7AC;&#xC5D0; &#xCC44;&#xC6CC;&#xC9C4; &#xCC28;&#xB3D9; &#xB69C;&#xB837;&#xD55C; &#xC0C1;&#xD638; &#xBC30;&#xD0C0;&#xC801;&#xC778; RNA conformations&#xB97C; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB4F1;&#xC628; &#xC801;&#xC815; &#xC5F4; &#xB7C9; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xAE30;&#xC790; &#xC2DC;&#xD5D8; &#xACB0;&#xACFC;&#xC774; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xD3C9;&#xD615; &#xC5F4;&#xC5ED;&#xD559; &#xBC0F; &#xAE30;&#xB2A5; &#xACB0;&#xACFC;&#xB97C; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xAD6C;&#xC870;, &#xC5F4;&#xC5ED;&#xD559;&#xC758; &#xD3EC;&#xAD04;&#xC801;&#xC778; &#xBAA8;&#xB378;&#xACFC; &#xC18C;&#xD615;&#xC774; RNA &#xADDC;&#xC81C; &#xC694;&#xC18C;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD2B9;&#xC131; &#xC81C;&#xC2DC;.

&#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xC120;&#xD0DD;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; riboswitch &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xC158;&#xC744; &#xD29C;&#xB2DD;.

El S (MK) en la casilla riboswitch, lo que representa una de las tres clases conocidas de la S-adenosilmetionina (SAM) que responden al riboswitches, regula la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica en bacterias a nivel de iniciaci&#xF3;n de la traducci&#xF3;n. En contraste con la mayor&#xED;a de los riboswitches, que contienen dominios distintos, responsables de reconocimiento de ligando y la regulaci&#xF3;n de genes, los dominios de uni&#xF3;n al ligando y reglamentarios de la caja S riboswitch (MK) son coincidentes. Esta propiedad fue explotada para permitir que el primero a nivel at&#xF3;mico caracterizaci&#xF3;n de un funcionalmente riboswitch intacta tanto en el estado ligando enlazado y el estado ligando libre. Espectroscop&#xED;a de RMN revel&#xF3; distintas conformaciones ARN mutuamente exclusivos que se diferencialmente pobladas en presencia o en ausencia del efector metabolito. Calorimetr&#xED;a de titulaci&#xF3;n isot&#xE9;rmica y en los resultados in vivo reportero de ensayo revel&#xF3; las consecuencias termodin&#xE1;micas y funcionales de este equilibrio conformacional. Se presenta un modelo integral de las propiedades estructurales, termodin&#xE1;micas, y funcionales de este compacto elemento de ARN regulador.

Ajuste riboswitch Reglamento Trav&#xE9;s de la Selecci&#xF3;n conformacional

S(MK) (SAM-III) &#x6846;&#x662F; S &#x817A;&#x82F7;&#x86CB;&#x6C28;&#x9178; (SAM)-&#x54CD;&#x5E94;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x53D1;&#x73B0; metK &#x57FA;&#x56E0; 5&#39; &#x975E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x533A;&#x7F16;&#x7801; SAM &#x5408;&#x6210;&#x9176;&#xFF0C;&#x5728; Lactobacillales &#x7684;&#x8BB8;&#x591A;&#x6210;&#x5458;&#x3002;SAM &#x7ED1;&#x5B9A;&#x539F;&#x56E0;&#x56FA;&#x95EA;&#x8000;-&#x8FBE;&#x5C14;&#x52A0;&#x8BFA; (SD) &#x7684; RNA &#x7ED3;&#x6784;&#x91CD;&#x6392;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x5BF9;&#x63A5;&#x4E0E;&#x4E92;&#x8865;&#x6297;-SD (ASD) &#x5E8F;&#x5217; &#xFF1B;&#x87AF;&#x5408;&#x7684; SD &#x5E8F;&#x5217;&#x6291;&#x5236; 30S &#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x4E9A;&#x57FA;&#x7684;&#x7ED1;&#x5B9A;&#xFF0C;&#x5E76;&#x9632;&#x6B62;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x8D77;&#x59CB;&#x3002;&#x7CAA;&#x80A0;&#x7403;&#x83CC;&#x7EC6;&#x80DE;&#x90FD;&#x6D88;&#x8017;&#x4E3A; SAM&#xFF0C;&#x4F46;&#x662F;&#x6CA1;&#x6709;&#x5927;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x5728;&#x6574;&#x4F53;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x4E30;&#x5BCC;&#xFF0C;&#x7B26;&#x5408;&#x6B64;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x8C03;&#x8282;&#x7684;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x8D77;&#x59CB;&#x7EA7;&#x522B;&#x7684;&#x6A21;&#x578B;&#x65F6;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C06;&#x9075;&#x5B88; metK &#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x7684;&#x534A;&#x8870;&#x671F;&#x7565;&#x6709;&#x589E;&#x52A0;&#x4F53;&#x5185;&#x3002;SAM-S(MK) &#x6846; RNA &#x590D;&#x5408;&#x7269;&#x4F53;&#x5916;&#x7684;&#x534A;&#x8870;&#x671F;&#x5C0F;&#x4E8E; metK &#x8A8A;&#x672C;&#x4F53;&#x5185;&#xFF0C;SAM &#x7684;&#x53EF;&#x9006;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7684;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E00;&#x79CD;&#x8367;&#x5149;&#x68C0;&#x6D4B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x76F4;&#x63A5;&#x53EF;&#x89C6;&#x5316;&#x53EF;&#x9006;&#x5F00;&#x5173;&#x4E4B;&#x95F4;&#x65E0; SAM &#x548C; SAM &#x7ED1;&#x5B9A;&#x6784;&#x8C61;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x8BAE; S(MK) &#x6846;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4F7F;&#x591A;&#x4E2A;&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E8E; SAM &#x7684;&#x76D1;&#x7BA1;&#x51B3;&#x7B56;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x7684;&#x751F;&#x5B58;&#x671F;&#x671F;&#x95F4;&#x4F53;&#x5185;&#xFF0C;&#x5145;&#x5F53;&#x53EF;&#x9006;&#x5F00;&#x5173;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x8BE5;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x4EE5; SAM &#x6C60;&#x7684;&#x6CE2;&#x52A8;&#x4F5C;&#x51FA;&#x5FEB;&#x901F;&#x53CD;&#x5E94;&#xFF0C;&#x8C03;&#x5236;&#x7684; SAM &#x8868;&#x8FBE;&#x5408;&#x6210;&#x9176;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;

SAM &#x54CD;&#x5E94; S(MK) &#x6846;&#x662F;&#x53EF;&#x9006;&#x7684;&#x6838;&#x7CD6;&#x5F00;&#x5173;&#x3002;

The S(MK) (SAM-III) box is an S-adenosylmethionine (SAM)-responsive riboswitch found in the 5' untranslated region of metK genes, encoding SAM synthetase, in many members of the Lactobacillales. SAM binding causes a structural rearrangement in the RNA that sequesters the Shine-Dalgarno (SD) sequence by pairing with a complementary anti-SD (ASD) sequence; sequestration of the SD sequence inhibits binding of the 30S ribosomal subunit and prevents translation initiation. We observed a slight increase in the half-life of the metK transcript in vivo when Enterococcus faecalis cells were depleted for SAM, but no significant change in overall transcript abundance, consistent with the model that this riboswitch regulates at the level of translation initiation. The half-life of the SAM-S(MK) box RNA complex in vitro is shorter than that of the metK transcript in vivo, raising the possibility of reversible binding of SAM. We used a fluorescence assay to directly visualize reversible switching between the SAM-free and SAM-bound conformations. We propose that the S(MK) box riboswitch can make multiple SAM-dependent regulatory decisions during the lifetime of the transcript in vivo, acting as a reversible switch that allows the cell to respond rapidly to fluctuations in SAM pools by modulating expression of the SAM synthetase gene.

The SAM-responsive S(MK) box is a reversible riboswitch.

Le S (MK) (SAM-III) est une bo&#xEE;te de S-ad&#xE9;nosylm&#xE9;thionine (SAM) sensible riboswitch trouve dans la r&#xE9;gion 5 &#x26;#39;non traduite des g&#xE8;nes metK, codant synth&#xE9;tase SAM, dans de nombreux membres des Lactobacillales. SAM liaison provoque un r&#xE9;arrangement structurel dans l&#x26;#39;ARN qui s&#xE9;questre le Shine-Dalgarno (SD) en couplant s&#xE9;quence compl&#xE9;mentaire avec un anti-SD (TSA) s&#xE9;quence; s&#xE9;questration de la s&#xE9;quence SD inhibe la liaison de la sous-unit&#xE9; ribosomique 30S et emp&#xEA;che initiation de la traduction. Nous avons observ&#xE9; une l&#xE9;g&#xE8;re augmentation de la demi-vie de la transcription in vivo lors metK Enterococcus faecalis ont &#xE9;t&#xE9; &#xE9;puis&#xE9;s cellules pour le SAM, mais aucun changement significatif dans l&#x26;#39;abondance globale de transcription, compatible avec le mod&#xE8;le que ce riboswitch r&#xE9;glemente au niveau de l&#x26;#39;initiation de la traduction. La demi-vie de la SAM-S (MK) case ARN complexe in vitro est plus courte que celle de la transcription in vivo metK, soulevant la possibilit&#xE9; de liaison r&#xE9;versible de SAM. Nous avons utilis&#xE9; un dosage par fluorescence de visualiser directement commutation r&#xE9;versible entre la SAM-SAM libre et assortis de conformations. Nous proposons que le S (MK) bo&#xEE;te de riboswitch peut faire plusieurs SAM-d&#xE9;pendantes des d&#xE9;cisions r&#xE9;glementaires au cours de la dur&#xE9;e de vie de la transcription in vivo, agissant comme un interrupteur r&#xE9;versible qui permet &#xE0; la cellule de r&#xE9;agir rapidement aux fluctuations de piscines SAM en modulant l&#x26;#39;expression de la SAM g&#xE8;ne synth&#xE9;tase.

Le SAM sensible S (MK) est une bo&#xEE;te r&#xE9;versible Riboswitch

Die S(MK) (SAM-III)-Box ist ein S-Adenosylmethionine (SAM)-reagieren Riboswitch gefunden in der 5&#39; un&uuml;bersetzte Region MetK Gene, SAM-Synthetase, in vielen Mitgliedern der Milchs&auml;urebakterien Codierung. SAM Bindung Ursachen eine strukturelle Neuordnung in der RNA, die die Shine-Dalgarno (SD) Sequester Sequenz durch Kopplung mit einer erg&auml;nzenden Anti-SD (ASD)-Sequenz; Beschlagnahme von der SD-Sequenz hemmt die Bindung von der 30S ribosomal Untereinheit und verhindert &Uuml;bersetzung Einleitung. Wir beobachteten einen leichten Anstieg der Halbwertszeit der Niederschrift MetK in-vivo bei Enterococcus Faecalis Zellen f&uuml;r SAM, aber keine bedeutenden Ver&auml;nderungen im gesamten Abschrift &Uuml;berfluss, konsistent mit dem Modell ersch&ouml;pft waren, das diese Riboswitch auf der Ebene der &Uuml;bersetzung Einleitung reguliert. Die Halbwertszeit von in-vitro-SAM-S(MK) Feld RNA Komplex ist k&uuml;rzer als die MetK Abschrift in vivo erh&ouml;hen die M&ouml;glichkeit, reversible Bindung von SAM. Wir verwendeten eine Fluoreszenz-Assay, um direkt zu visualisieren, reversible Umschalten zwischen SAM-frei und SAM gebundene Konformationen. Schlagen wir die S(MK) Feld Riboswitch machen kann mehrere SAM-abh&auml;ngige regulatorische Entscheidungen w&auml;hrend der Lebensdauer der Niederschrift in vivo als eine reversible Schalter, der die Zelle schnell auf Schwankungen in SAM-Pools zu reagieren, durch Modulation der Expression von SAM Synthase-Gen erm&ouml;glicht.

Die SAM-responsive S(MK)-Box ist eine reversible Riboswitch.

La casella S(MK) (SAM-III) &egrave; un S-adenosilmetionina (SAM)-reattiva riboswitch trovato nella regione 5&#39; non tradotta di geni metK, codifica sintetasi di SAM, in molti membri del Lactobacillales. Cause di associazione SAM un riarrangiamento strutturale nel RNA che sequestra la Shine-Dalgarno (SD) sequenza di abbinamento con una sequenza complementare anti-SD (ASD); sequestro della sequenza SD inibisce il legame della subunit&agrave; ribosomiale 30S e impedisce l&#39;inizio di traduzione. Abbiamo osservato un leggero aumento dell&#39;emivita della trascrizione metK in vivo, quando le cellule di Enterococcus faecalis erano esaurite per SAM, ma nessun cambiamento significativo in abbondanza trascrizione globale, coerenza con il modello che questo riboswitch regola il livello di inizio di traduzione. L&#39;emivita del complesso SAM-S(MK) casella RNA in vitro &egrave; inferiore a quella della trascrizione metK in vivo, aumentare la possibilit&agrave; di legame reversibile di SAM. Abbiamo usato un dosaggio di fluorescenza per visualizzare direttamente reversibile di commutazione tra il libero SAM e SAM-bound conformazioni. Proponiamo che il riboswitch casella S(MK) possono decisioni pi&ugrave; SAM-dipendente normativo per tutta la durata della trascrizione in vivo, che agisce come un interruttore reversibile che permette alla cellula di rispondere rapidamente alle fluttuazioni nelle piscine SAM modulando l&#39;espressione del SAM gene sintetasi.

La casella S(MK) SAM-reattiva &egrave; un riboswitch reversibile.

S&#xFF08;MK&#xFF09;&#xFF08;SAM-III&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;S-&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30B7;&#x30EB;&#x30E1;&#x30C1;&#x30AA;&#x30CB;&#x30F3;&#xFF08;SAM&#xFF09;&#x5FDC;&#x7B54;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306F;&#x3001;Lactobacillales&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306B;&#x306F;&#x3001;SAM&#x5408;&#x6210;&#x9175;&#x7D20;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3057;&#x3001;metK&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;5 &#x26;#39;&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x9818;&#x57DF;&#x306B;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; SAM&#x7D50;&#x5408;&#x306F;&#x3001;&#x76F8;&#x88DC;&#x7684;&#x306A;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C1;SD&#xFF08;ASD&#xFF09;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3067;&#x30DA;&#x30A2;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x30B7;&#x30E3;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C0;&#x30EB;&#x30AC;&#x30FC;&#x30CE;&#xFF08;SD&#xFF09;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x9694;&#x96E2;RNA&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x8EE2;&#x4F4D;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3059;&#x3002;SD&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x9694;&#x96E2;&#x306F;&#x3001;30S&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x3092;&#x963B;&#x5BB3;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x7FFB;&#x8A33;&#x958B;&#x59CB;&#x3092;&#x9632;&#x3050;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306F;&#x3001;&#x7FFB;&#x8A33;&#x958B;&#x59CB;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3068;&#x4E00;&#x8CAB;&#x6027;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x8178;&#x7403;&#x83CC;&#x7D30;&#x80DE;&#x304C;SAM&#x306B;&#x67AF;&#x6E07;&#x3057;&#x305F;in vivo&#x3067;&#x306E;metK&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x534A;&#x6E1B;&#x671F;&#x306E;&#x308F;&#x305A;&#x304B;&#x306A;&#x5897;&#x52A0;&#x304C;&#x3001;&#x5168;&#x4F53;&#x7684;&#x306A;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x91CF;&#x306B;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x5909;&#x5316;&#x304C;&#x306A;&#x3044;&#x304C;&#x3001;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3057;&#x305F;&#x3002; in vitro&#x3067;&#x306E;SAM-S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;RNA&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x534A;&#x6E1B;&#x671F;&#x306F;&#x3001;SAM&#x306E;&#x53EF;&#x9006;&#x7684;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x9AD8;&#x3081;&#x3001;&#x751F;&#x4F53;&#x5185;&#x3067;&#x306E;metK&#x8EE2;&#x5199;&#x7269;&#x306E;&#x305D;&#x308C;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x77ED;&#x304F;&#x306A;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x76F4;&#x63A5;SAM-&#x7121;&#x6599;&#x304A;&#x3088;&#x3073;SAM-&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x305F;&#x30B3;&#x200B;&#x200B;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x53EF;&#x9006;&#x7684;&#x306A;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x53EF;&#x8996;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x86CD;&#x5149;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306F;&#x3001;&#x30BB;&#x30EB;&#x304C;SAM&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;SAM&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x5909;&#x52D5;&#x306B;&#x8FC5;&#x901F;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x53EF;&#x9006;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x52D5;&#x4F5C;&#x3057;&#x3001;in vivo&#x3067;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x5B58;&#x7D9A;&#x671F;&#x9593;&#x4E2D;&#x306B;&#x8907;&#x6570;&#x306E;SAM-&#x4F9D;&#x5B58;&#x6027;&#x306E;&#x898F;&#x5236;&#x5F53;&#x5C40;&#x306E;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3092;&#x884C;&#x3046;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3059;&#x308B;&#x5408;&#x6210;&#x9175;&#x7D20;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3002;

SAM-&#x5FDC;&#x7B54;S&#xFF08;MK&#xFF09;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306F;&#x30EA;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B7;&#x30D6;&#x30EB;&#x30EA;&#x30DC;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

S(MK) (&#xC0D8;-III) &#xC0C1;&#xC790;&#xB294; S-adenosylmethionine (SAM)-&#xC0D8; &#xD569;&#xC131; &#xB41C; Lactobacillales&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xD68C;&#xC6D0;&#xC5D0; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xC751;&#xB2F5; riboswitch metK &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; 5&#39; &#xB9DE;&#xC774; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xC0D8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC6D0;&#xC778; sequesters &#xC190;&#xC9C8;-Dalgarno (SD) RNA&#xC758; &#xAD6C;&#xC870; &#xC7AC;&#xD3B8;&#xC744; &#xC0C1;&#xD638; &#xBCF4;&#xC644;&#xC801;&#xC778; &#xC548;&#xD2F0;-SD (ASD) &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;;&#xC640; &#xD398;&#xC5B4;&#xB9C1; &#xD558; &#xC5EC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; SD &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xACA9;&#xB9AC; 30 &#xB300; ribosomal &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704;&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC744; &#xC5B5;&#xC81C; &#xD558; &#xACE0; &#xBC88;&#xC5ED; &#xAC1C;&#xC2DC;&#xB97C; &#xBC29;&#xC9C0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Enterococcus faecalis &#xC140; &#xC804;&#xCCB4; &#xC0AC;&#xBCF8; &#xD48D;&#xBD80;,&#xC774; riboswitch &#xBC88;&#xC5ED; &#xAC1C;&#xC2DC;&#xC758; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC870;&#xC808; &#xBAA8;&#xB378;&#xC5D0; &#xC77C;&#xAD00; &#xB41C; &#xC0D8;, &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xBCC0;&#xD654;&#xAC00; &#xACE0;&#xAC08; &#xB410;&#xB2E4; &#xB54C; &#xC6B0;&#xB9AC; metK &#xB300; &#xBCF8;&#xC758; &#xC808;&#xBC18;&#xC5D0; &#xC57D;&#xAC04;&#xC758; &#xC99D;&#xAC00; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD00;&#xCC30;. SAM-S(MK) &#xC0C1;&#xC790; RNA &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC678;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xBC18;&#xAC10;&#xAE30;&#xB294; in vivo, &#xC0D8;&#xC758; &#xAC00;&#xC5ED; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131; &#xC81C;&#xAE30; metK &#xC0AC;&#xBCF8; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xC9E7;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC9C1;&#xC811; &#xC2DC;&#xAC01;&#xD654; &#xC0D8; &#xBB34;&#xB8CC; &#xC0D8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xB41C; conformations &#xC0AC;&#xC774; &#xAC00;&#xC5ED; &#xC2A4;&#xC704;&#xCE6D; &#xD615;&#xAD11; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; S(MK) &#xC0C1;&#xC790; riboswitch &#xACB0;&#xC815;&#xC744; &#xB0B4;&#xB9B4; &#xC218; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC0D8; &#xC885;&#xC18D; &#xADDC;&#xC815; &#xC0AC;&#xBCF8; &#xC218;&#xBA85; &#xB3D9;&#xC548; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xD569;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC140; &#xC2DD; SAM&#xC758; &#xBCC0;&#xC870; &#xD558; &#xC5EC; &#xBCC0;&#xB3D9; &#xC0D8; &#xD480;&#xC5D0; &#xBE60;&#xB974;&#xAC8C; &#xC751;&#xB2F5;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB3C4;&#xB85D; &#xAC00;&#xC5ED; &#xC2A4;&#xC704;&#xCE58;&#xB85C; &#xD589;&#xB3D9; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC0D8; &#xBC18;&#xC751; S(MK) &#xC0C1;&#xC790;&#xB294; &#xB418;&#xB3CC;&#xB9B4; &#xC218; riboswitch.

El S (MK) (SAM-III) es un cuadro de la S-adenosilmetionina (SAM), que responde a riboswitch encuentra en la regi&#xF3;n 5 &#x26;#39;no traducida de los genes metK, que codifica para la sintetasa SAM, en muchos miembros de las Lactobacillales. SAM uni&#xF3;n provoca un reordenamiento estructural en el ARN que secuestra el de Shine-Dalgarno (SD) de secuencia por el emparejamiento con un complementario anti-SD (TEA) secuencia; secuestro de la secuencia SD inhibe la uni&#xF3;n de la subunidad 30S del ribosoma y evita iniciaci&#xF3;n de la traducci&#xF3;n. Se observ&#xF3; un ligero aumento en la vida media de la transcripci&#xF3;n metK in vivo cuando Enterococcus faecalis c&#xE9;lulas fueron agotados para SAM, pero ning&#xFA;n cambio significativo en la abundancia de transcripci&#xF3;n general, consistente con el modelo que esta riboswitch regula en el nivel de iniciaci&#xF3;n de la traducci&#xF3;n. La vida media de la SAM-S (MK) cuadro de ARN complejo in vitro es m&#xE1;s corta que la de la transcripci&#xF3;n metK in vivo, aumentando la posibilidad de uni&#xF3;n reversible de SAM. Se utiliz&#xF3; un ensayo de fluorescencia para visualizar directamente el cambio reversible entre el SAM y sin conformaciones SAM-consolidados. Proponemos que la S (MK) en la casilla riboswitch puede hacer m&#xFA;ltiples SAM-dependientes de las decisiones regulatorias durante la vida &#xFA;til de la transcripci&#xF3;n in vivo, que act&#xFA;a como un interruptor reversible que permite a la c&#xE9;lula para responder r&#xE1;pidamente a las fluctuaciones en las piscinas SAM por modulaci&#xF3;n de la expresi&#xF3;n de la SAM sintetasa gen.

El SAM-responde S (MK) es un cuadro reversible riboswitch

T4 RNA&#x30EA;&#x30AC;&#x30FC;&#x30BC;1&#x3068;2&#x306F;RNA&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x4FBF;&#x5229;&#x306A;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x4E0A;&#x6D41;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30CF;&#x30A4;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;RNA&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;RNA&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x5229;&#x7528;&#x306F;&#x6700;&#x8FD1;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x304C;&#x5897;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;1&#x304B;&#x3089;249&#xFF08;T4 Rnl2tr&#xFF09;&#x3092;&#x542B;&#x3080;T4 RNA&#x30EA;&#x30AC;&#x30FC;&#x30BC;2&#x306E;&#x5207;&#x308A;&#x6368;&#x3066;&#x5F62;&#x5F0F;&#x306F;&#x3001;3 &#x26;#39;&#x672B;&#x7AEF;&#x3092;RNA&#x306B;&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x30E9;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x6DFB;&#x4ED8;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x9B45;&#x529B;&#x7684;&#x306A;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3067;&#x3059;&#x3002; T4 RNA&#x30EA;&#x30AC;&#x30FC;&#x30BC;1&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3001;T4 Rnl2tr&#x306F;&#x4E00;&#x672C;&#x9396;RNA&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;5&#x26;#39;-PO4&#x4E21;&#x7AEF;&#x3092;&#x9023;&#x7D50;&#x3059;&#x308B;&#x80FD;&#x529B;&#x304C;&#x4F4E;&#x4E0B;&#x3057;&#x3066;&#x304A;&#x308A;&#x3001;&#x30D5;&#x30EB;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B0;&#x30B9;T4 Rnl2&#x306B;&#x6BD4;&#x3079;&#x3001;T4 Rnl2tr&#x306F;&#x3001;5&#x26;#39;-&#x30DD;&#x30EA;&#x30A2;&#x30C7;&#x30CB;&#x30EB;&#x5316;&#x3092;&#x7D50;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x305F;&#x6D3B;&#x6027;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;3&#x26;#39;-&#x672B;&#x7AEF;&#x3092;RNA&#x306B;&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D1;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;&#x306E;&#x6DFB;&#x4ED8;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x304C;&#x57FA;&#x8CEA;RNA&#x306E;&#x6E1B;&#x5C11;&#x74B0;&#x72B6;&#x3068;concatemerization&#x3068;3 &#x26;#39;&#x672B;&#x7AEF;&#x306E;RNA&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

T4 RNA&#x30EA;&#x30AC;&#x30FC;&#x30BC;2&#x5207;&#x308A;&#x6368;&#x3066;&#x6D3B;&#x6027;&#x90E8;&#x4F4D;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#xFF1A;RNA&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6539;&#x5584;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;

T4 RNA &#x8FDE;&#x63A5;&#x9176; 1 &#x548C; 2 &#x662F; RNA &#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x6709;&#x7528;&#x5DE5;&#x5177;&#x3002;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x5229;&#x7528;&#x4E0A;&#x6E38; RNA &#x7B49;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF; RNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x5206;&#x6790;&#x548C;&#x82AF;&#x7247;&#x6700;&#x8FD1;&#x589E;&#x52A0;&#x4E86;&#x5B83;&#x4EEC;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3002;T4 RNA &#x8FDE;&#x63A5;&#x9176; 2&#xFF0C;&#x7EC4;&#x6210;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178; 1-249 (T4 Rnl2tr&#xFF09;&#xFF0C;&#x622A;&#x65AD;&#x7684;&#x5F62;&#x5F0F;&#x662F;&#x6709;&#x5438;&#x5F15;&#x529B;&#x7684; RNA 3&#39; &#x7AEF;&#x9002;&#x914D;&#x5668;&#x6216;&#x6807;&#x7B7E;&#x7684;&#x9644;&#x4EF6;&#x5DE5;&#x5177;&#x3002;&#x76F8;&#x6BD4; T4 RNA &#x8FDE;&#x63A5;&#x9176; 1&#xFF0C;T4 Rnl2tr &#x5177;&#x6709;&#x51CF;&#x5C11;&#x7684;&#x80FD;&#x529B; ligate &#x5355;&#x94FE; RNA &#x7ED3;&#x624E;&#x624B;&#x672F;&#xFF0C;5&#39;-PO4 &#x76EE;&#x7684;&#x548C; T4 Rnl2tr &#x4E0E;&#x5168;&#x957F; T4 Rnl2 &#x76F8;&#x6BD4;&#xFF0C;&#x5177;&#x6709;&#x6D3B;&#x52A8;&#x589E;&#x52A0;&#x52A0;&#x5165;&#x5230; RNA 3 5&#39;-adenylated &#x9002;&#x914D;&#x5668; &#39;-&#x7ED3;&#x675F;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5C5E;&#x6027;&#x7684;&#x7EC4;&#x5408;&#x5141;&#x8BB8;&#x5411;&#x4E0E;&#x51CF;&#x5C11;&#x7684; circularization &#x548C; concatemerization &#x7684;&#x57FA;&#x677F; RNA RNA 3&#39; &#x7AEF;-&#x9002;&#x914D;&#x5668;&#x9644;&#x4EF6;&#x3002;

T4 RNA &#x8FDE;&#x63A5;&#x9176; 2 &#x622A;&#x65AD;&#x6D3B;&#x52A8;&#x7F51;&#x7AD9;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#xFF1A; &#x6539;&#x8FDB;&#x7684; RNA &#x5206;&#x6790;&#x5DE5;&#x5177;&#x3002;

T4 RNA ligases 1 and 2 are useful tools for RNA analysis. Their use upstream of RNA analyses such as high-throughput RNA sequencing and microarrays has recently increased their importance. The truncated form of T4 RNA ligase 2, comprising amino acids 1-249 (T4 Rnl2tr), is an attractive tool for attachment of adapters or labels to RNA 3'-ends. Compared to T4 RNA ligase 1, T4 Rnl2tr has a decreased ability to ligate 5'-PO4 ends in single-stranded RNA ligations, and compared to the full-length T4 Rnl2, the T4 Rnl2tr has an increased activity for joining 5'-adenylated adapters to RNA 3'-ends. The combination of these properties allows adapter attachment to RNA 3'-ends with reduced circularization and concatemerization of substrate RNA.

T4 RNA ligase 2 truncated active site mutants: improved tools for RNA analysis.

T4 ligases ARN 1 et 2 sont des outils utiles pour l&#x26;#39;analyse des ARN. Leur utilisation en amont des analyses d&#x26;#39;ARN comme &#xE0; haut d&#xE9;bit s&#xE9;quen&#xE7;age de l&#x26;#39;ARN et les micror&#xE9;seaux a r&#xE9;cemment augment&#xE9; leur importance. La forme tronqu&#xE9;e de la T4 ARN ligase 2, comprenant les acides amin&#xE9;s 1-249 (Rnl2tr T4), est un outil int&#xE9;ressant pour la fixation des adaptateurs ou des &#xE9;tiquettes &#xE0; l&#x26;#39;ARN 3&#x26;#39;-ends. Par rapport &#xE0; T4 ARN ligase 1, Rnl2tr T4 a une diminution de la capacit&#xE9; de ligaturer 5&#x26;#39;-PO4 se termine en une ligature d&#x26;#39;ARN simple brin, et par rapport &#xE0; la Rnl2 pleine longueur T4, le Rnl2tr T4 a une activit&#xE9; accrue pour rejoindre 5&#x26;#39;-adenylated adaptateurs &#xE0; l&#x26;#39;ARN 3&#x26;#39;-ends. La combinaison de ces propri&#xE9;t&#xE9;s permet de fixer l&#x26;#39;adaptateur &#xE0; l&#x26;#39;ARN 3&#x26;#39;-ends avec la circularisation r&#xE9;duite et concatemerization des ARN substrat.

T4 ARN ligase 2 tronqu&#xE9;es Mutants site active: des outils am&#xE9;lior&#xE9;s pour l&#x26;#39;analyse des ARN

T4 RNA Verkn&uuml;pfung 1 und 2 sind n&uuml;tzliche Werkzeuge f&uuml;r die RNA-Analyse. Ihre Verwendung stromaufw&auml;rts von RNS analysiert wie Hochdurchsatz-RNA-Sequenzierung und Microarrays hat vor kurzem ihre Bedeutung zugenommen. Verk&uuml;rzte Form von T4 RNA Ligase 2, bestehend aus Aminos&auml;uren 1-249 (T4 Rnl2tr), ist ein attraktives Tool zur Befestigung der Adapter oder Etiketten an RNA 3&#39;-enden. Im Vergleich zu T4 RNA Ligase 1, T4 Rnl2tr hat eine verringerte F&auml;higkeit, 5&#39;-PO4 endet in einzelstr&auml;ngige RNA Verbindungen zu verbinden, und im Vergleich zu den in T4-Rnl2, die T4-Rnl2tr hat eine erh&ouml;hte Aktivit&auml;t f&uuml;r die Teilnahme an 5&#39;-Adenylated-Adapter auf RNA-3&#39;-enden. Die Kombination dieser Eigenschaften erm&ouml;glicht Adapter Befestigung an RNA 3&#39;-enden mit reduzierten Circularization und Concatemerization Substrat RNA.

T4 RNA Ligase 2 abgeschnitten aktive Website Mutanten: verbesserte Werkzeuge f&uuml;r die RNA-Analyse.

Ligasi T4 RNA 1 e 2 sono strumenti utili per l&#39;analisi di RNA. Analizza il loro uso a monte del RNA come il sequenziamento di RNA di alto-rendimento e microarrays ha recentemente aumentato la loro importanza. Forma troncata di ligasi T4 RNA 2, composto da aminoacidi 1-249 (T4 Rnl2tr), &egrave; uno strumento interessante per il collegamento di schede o etichette di RNA 3&#39;-estremit&agrave;. Rispetto a ligasi T4 RNA 1, Rnl2tr T4 ha una ridotta capacit&agrave; di legare 5&#39;--PO4 finisce con legature di single-stranded RNA, e rispetto per il full-length Rnl2 T4, il Rnl2tr T4 ha una maggiore attivit&agrave; per entrare in 5&#39; adenylated adattatori per RNA 3&#39;-termina. La combinazione di queste propriet&agrave; permette di fissaggio adattatore a RNA 3&#39;-si conclude con ridotta circularization e concatemerization di RNA substrato.

Ligasi T4 RNA 2 troncato mutanti sito attivo: strumenti per l&#39;analisi di RNA migliorati.

T4 RNA ligases 1&#xACFC; 2&#xC5D0; RNA &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC720;&#xC6A9;&#xD55C; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; RNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB4F1; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC0C1;&#xB958; RNA&#xC758; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC640; microarrays &#xCD5C;&#xADFC; &#xC790;&#xC2E0;&#xC758; &#xC911;&#xC694;&#xC131;&#xC744; &#xC99D;&#xAC00; &#xD588;&#xB2E4;. T4 RNA &#xB9AC;&#xAC00; 2, &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; 1-249 (T4 Rnl2tr)&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB41C; &#xC798;&#xB9B0;&#xB41C; &#xD615;&#xD0DC;&#xB294; RNA 3&#39;-&#xB05D;&#xC5D0; &#xC5B4;&#xB311;&#xD130; &#xB610;&#xB294; &#xB808;&#xC774;&#xBE14; &#xCCA8;&#xBD80; &#xD30C;&#xC77C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB9E4;&#xB825;&#xC801;&#xC778; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. T4 RNA &#xB9AC;&#xAC00; 1&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; T4 rnl2tr&#xB294; &#xB2E8;&#xC77C; &#xAC00;&#xB2E5; RNA ligations&#xC5D0; 5&#39;-PO4 &#xB05D; &#xC120; &#xAC10;&#xC18C; &#xB2A5;&#xB825;&#xC774; &#xACE0; &#xC804;&#xCCB4; &#xAE38;&#xC774; T4 rnl2&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; T4 rnl2tr&#xB294; RNA 3 5&#39;-adenylated &#xC5B4;&#xB311;&#xD130;&#xC5D0; &#xD569;&#xB958; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xD65C;&#xB3D9; &#xC99D;&#xAC00; &#39;-&#xB05D;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC18D;&#xC131;&#xC758; &#xC870;&#xD569;&#xC744; &#xAC10;&#xC18C; &#xB41C; circularization&#xC640; concatemerization &#xAE30;&#xC9C8; RNA&#xC758; RNA 3&#39;-&#xB05D;&#xC744; &#xC5B4;&#xB311;&#xD130; &#xCCA8;&#xBD80; &#xD30C;&#xC77C;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

T4 RNA &#xB9AC;&#xAC00; 2 &#xC798;&#xB9B0; &#xD65C;&#xC131; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;: &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; RNA &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xB3C4;&#xAD6C;.

T4 ligasas de ARN 1 y 2 son herramientas &#xFA;tiles para el an&#xE1;lisis de ARN. Su uso aguas arriba de los an&#xE1;lisis de ARN como de alto rendimiento de secuenciaci&#xF3;n de ARN y microarrays ha aumentado recientemente su importancia. La forma truncada de RNA ligasa de T4 2, que comprende los amino&#xE1;cidos 1-249 (Rnl2tr T4), es una herramienta atractiva para la uni&#xF3;n de los adaptadores o etiquetas al ARN 3&#x26;#39;-extremos. En comparaci&#xF3;n con RNA ligasa de T4 1, Rnl2tr T4 tiene una disminuci&#xF3;n de la capacidad para ligar los extremos 5&#x26;#39;-PO4 en un solo hundidos ligadura de ARN, y en comparaci&#xF3;n con el Rnl2 T4 de larga duraci&#xF3;n, el Rnl2tr T4 tiene una mayor actividad para la uni&#xF3;n 5&#x26;#39;-adenilado adaptadores de ARN 3 &#x26;#39;extremos. La combinaci&#xF3;n de estas propiedades que permite un montaje adaptador al ARN 3&#x26;#39;-termina con circularizaci&#xF3;n reducido y concatemerization de RNA substrato.

T4 ARN ligasa 2 mutantes truncados informaci&#xF3;n visite: Herramientas mejoradas para el an&#xE1;lisis de ARN

&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x5408;&#x6210;&#x8D85;&#x8FC7; 60 &#x77E5;&#x4E4B;&#x751A;&#x5C11;&#x5C0F;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x5C11;&#x4E8E; 50&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x663E;&#x8457;&#x7279;&#x70B9;&#x662F; 65%&#x5305;&#x542B;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684; &alpha; &#x87BA;&#x65CB;&#x819C; &#xFF08;TM&#xFF09; &#x57DF;&#x3002;&#x8FD9;&#x4FC3;&#x4F7F;&#x6211;&#x4EEC;&#x68C0;&#x67E5;&#x5B9A;&#x4F4D;&#x3001; &#x62D3;&#x6251;&#x548C;&#x819C;&#x63D2;&#x5165;&#x7684;&#x5C0F;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x751F;&#x5316;&#x5206;&#x998F;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x7B26;&#x5408;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684; TM &#x87BA;&#x65CB;&#xFF0C;&#x5C0F;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x901A;&#x5E38;&#x5728;&#x5185;&#x90E8;&#x819C;&#x5206;&#x6570;&#x4E2D;&#x6700;&#x4E3A;&#x4E30;&#x5BCC;&#x3002;N(in)-C(out) &#x548C; N(out)-C(in) &#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x65B9;&#x5411;&#x7684;&#x4F8B;&#x5B50;&#x4E2D;&#x7684;&#x62D3;&#x6251;&#x8BB0;&#x8005;&#x878D;&#x5408;&#x5230;&#x4EE3;&#x8868;&#x5C0F; TM &#x86CB;&#x767D;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x3002;&#x6709;&#x8DA3;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x4E5D;&#x4E2A;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x4E09;&#x4E2A;&#x663E;&#x793A;&#x53CC;&#x62D3;&#x6251;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;&#x79EF;&#x6781;&#x6B8B;&#x7559;&#x91CF;&#x63A5;&#x8FD1;&#x7684;&#x8DE8;&#x819C;&#x57DF;&#x662F;&#x5B88;&#x6052;&#xFF0C;&#x548C;&#x7A81;&#x53D8;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x4E00;&#x79CD;&#x5C0F;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#xFF0C;YohP&#xFF0C;&#x663E;&#x793A;&#x5185;&#x90E8;&#x89C4;&#x5219;&#x79EF;&#x6781;&#x9002;&#x7528;&#x4E8E;&#x5355;&#x4E2A;&#x8DE8;&#x819C;&#x57DF;&#x86CB;&#x767D;&#xFF0C;&#x6B63;&#x5982;&#x5DF2;&#x6307;&#x51FA;&#x7684;&#x8F83;&#x5927;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;&#x5C0F;&#x86CB;&#x767D;&#x5B9A;&#x4F4D;&#x5728; Sec &#x6216; YidC &#x819C;&#x63D2;&#x5165;&#x8DEF;&#x5F84;&#x53D1;&#x73B0;&#x5DEE;&#x8981;&#x6C42;&#x7684;&#x8D2B;&#x5316;&#x7684;&#x83CC;&#x682A;&#x4E2D;&#x7684;&#x5206;&#x998F;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x4E00;&#x4E9B;&#x5C0F;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x53D7;&#x7F8E;&#x56FD;&#x8BC1;&#x4EA4;&#x4F1A;&#x548C; YidC &#x7684;&#x67AF;&#x7AED;&#xFF0C;&#x5176;&#x4ED6;&#x8868;&#x660E;&#x66F4;&#x591A;&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6216;&#x5176;&#x4ED6;&#x63D2;&#x5165;&#x8DEF;&#x5F84;&#xFF0C;&#x800C;&#x4E00;&#x79CD;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x5E76;&#x4E0D;&#x53D7; Sec &#x6216; YidC &#x7684;&#x67AF;&#x7AED;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x5176;&#x9762;&#x79EF;&#x5C0F;&#xFF0C;&#x5C0F;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x62D3;&#x6251;&#x7ED3;&#x6784;&#x3001; &#x751F;&#x5316;&#x529F;&#x80FD;&#x548C;&#x63D2;&#x5165;&#x8DEF;&#x5F84;&#x663E;&#x793A;&#x76F8;&#x5F53;&#x5927;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x3002;

&#x819C;&#x5C0F;&#x86CB;&#x767D;&#x5728;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x4E2D;&#x7684;&#x672C;&#x5730;&#x5316;&#x3002;

Escherichia coli synthesize over 60 poorly understood small proteins of less than 50 amino acids. A striking feature of these proteins is that 65% contain a predicted Î±-helical transmembrane (TM) domain. This prompted us to examine the localization, topology, and membrane insertion of the small proteins. Biochemical fractionation showed that, consistent with the predicted TM helix, the small proteins generally are most abundant in the inner membrane fraction. Examples of both N(in)-C(out) and N(out)-C(in) orientations were found in assays of topology-reporter fusions to representative small TM proteins. Interestingly, however, three of nine tested proteins display dual topology. Positive residues close to the transmembrane domains are conserved, and mutational analysis of one small protein, YohP, showed that the positive inside rule applies for single transmembrane domain proteins as has been observed for larger proteins. Finally, fractionation analysis of small protein localization in strains depleted of the Sec or YidC membrane insertion pathways uncovered differential requirements. Some small proteins appear to be affected by both Sec and YidC depletion, others showed more dependence on one or the other insertion pathway, whereas one protein was not affected by depletion of either Sec or YidC. Thus, despite their diminutive size, small proteins display considerable diversity in topology, biochemical features, and insertion pathways.

Membrane localization of small proteins in Escherichia coli.

Escherichia coli synth&#xE9;tiser plus de 60 mal compris de petites prot&#xE9;ines de moins de 50 acides amin&#xE9;s. Une caract&#xE9;ristique frappante de ces prot&#xE9;ines est que 65% contiennent une &#x3B1;-h&#xE9;lico&#xEF;dale pr&#xE9;dit transmembranaire (TM) de domaine. Cela nous a incit&#xE9;s &#xE0; examiner la localisation, la topologie et l&#x26;#39;insertion membranaire des prot&#xE9;ines de petite taille. Fractionnement biochimique a montr&#xE9; que, conform&#xE9;ment &#xE0; l&#x26;#39;h&#xE9;lice pr&#xE9;dit TM, les petites prot&#xE9;ines sont g&#xE9;n&#xE9;ralement plus abondants dans la fraction membrane interne. Exemples de deux N (en)-C (out) et N (out)-C (en) orientations ont &#xE9;t&#xE9; trouv&#xE9;s dans des dosages de la topologie-journaliste fusions &#xE0; repr&#xE9;sentatives des petites prot&#xE9;ines TM. Fait int&#xE9;ressant, toutefois, trois des neuf prot&#xE9;ines test&#xE9;es afficher topologie double. R&#xE9;sidus positifs proches des domaines transmembranaires sont conserv&#xE9;es, et l&#x26;#39;analyse mutationnelle d&#x26;#39;une petite prot&#xE9;ine, YohP, a montr&#xE9; que la r&#xE8;gle s&#x26;#39;applique pour l&#x26;#39;int&#xE9;rieur positif simples prot&#xE9;ines transmembranaires de domaine comme cela a &#xE9;t&#xE9; observ&#xE9; pour les grandes prot&#xE9;ines. Enfin, l&#x26;#39;analyse de fractionnement de la localisation petite prot&#xE9;ine dans des souches de l&#x26;#39;&#xE9;puisement de la SEC ou l&#x26;#39;insertion membranaire YidC voies diff&#xE9;rentielles exigences d&#xE9;couverts. Certains de petites prot&#xE9;ines semblent &#xEA;tre affect&#xE9;s par les deux Sec et l&#x26;#39;&#xE9;puisement YidC, d&#x26;#39;autres ont montr&#xE9; une plus grande d&#xE9;pendance sur l&#x26;#39;un ou l&#x26;#39;autre voie d&#x26;#39;insertion, alors que une prot&#xE9;ine n&#x26;#39;a pas &#xE9;t&#xE9; affect&#xE9;e par l&#x26;#39;&#xE9;puisement des deux Sec ou YidC. Ainsi, en d&#xE9;pit de leur petite taille, de petites prot&#xE9;ines afficher une diversit&#xE9; consid&#xE9;rable dans la topologie, les caract&#xE9;ristiques biochimiques, et les voies d&#x26;#39;insertion.

Localisation membranaire de petites prot&#xE9;ines dans Escherichia Coli

Escherichia coli synthetisieren &uuml;ber 60 Verst&auml;ndnism&auml;ngel kleine Proteine von weniger als 50 Aminos&auml;uren. Ein auff&auml;lliges Merkmal dieser Proteine ist, dass 65 % eine vorhergesagte &alpha;-Kegelrad-transmembrane-Dom&auml;ne (TM) enthalten. Dies veranlasste uns, die Lokalisierung, Topologie und Membran Einf&uuml;gung der kleinen Proteine zu pr&uuml;fen. Biochemische Fraktionierung ergab, dass sind in &Uuml;bereinstimmung mit den vorhergesagten TM-Helix, die kleine Proteine im allgemeinen h&auml;ufigste in der inneren Membrane Bruch. Beispiele f&uuml;r N(in)-C(out) und N(out)-C(in) Orientierungen wurden in Proben von Topologie-Reporter Fusionen zu repr&auml;sentativen kleine TM-Proteine gefunden. Interessanterweise zeigen drei der neun getesteten Proteine jedoch dual-Topologie. Positive R&uuml;ckst&auml;nde in der N&auml;he die Transmembran-Dom&auml;nen sind konservierte und teilhabende Analyse der ein kleines Protein, YohP, zeigte, dass das Positive in der Regel f&uuml;r einzelne Transmembranegebiet Proteine gilt, wie f&uuml;r gr&ouml;&szlig;ere Proteine beobachtet worden ist. Schlie&szlig;lich Fraktionierung Analyse der kleinen Proteinlokalisation in St&auml;mme ersch&ouml;pft Sec oder YidC Membran Einf&uuml;gung Wege freigelegt differenzielle Anforderungen. Einige kleine Proteine scheinen Sec und YidC Ersch&ouml;pfung betroffen sind andere zeigten weitere Abh&auml;ngigkeit der eine oder die andere Einf&uuml;gung Pathway, ein Protein durch Ersch&ouml;pfung der Sec oder YidC nicht ber&uuml;hrt wurde. So, trotz ihrer winzigen Gr&ouml;&szlig;e anzeigen kleine Proteine betr&auml;chtliche Unterschiede in der Topologie, biochemische Funktionen und Einf&uuml;gung Wege.

Membrane Lokalisation und der kleinen Proteine in Escherichia coli.

Escherichia coli sintetizzano oltre 60 piccole proteine mal capitale di meno di 50 amminoacidi. Una caratteristica sorprendente di queste proteine &egrave; che 65% contengono un dominio (TM) transmembrana &alpha;-elica previsto. Questo ci ha spinti a esaminare la localizzazione, la topologia e la membrana inserimento delle piccole proteine. Frazionamento biochimica ha dimostrato che, coerentemente con il predetto helix TM, piccole proteine generalmente sono pi&ugrave; abbondanti nella frazione di membrana interna. Esempi di orientamenti sia N(in)-C(out) e N(out)-C(in) sono stati trovati in dosaggi di fusioni di topologia-reporter al rappresentante piccole proteine TM. &Egrave; interessante notare che, tuttavia, tre dei nove proteine testate display dual topologia. Residui positivi vicino i domini transmembrana sono conservato e l&#39;analisi di una piccola proteina, YohP, ha mostrata che il positivo all&#39;interno di regola si applica per le proteine singolo dominio transmembrana come &egrave; stato osservato per le proteine pi&ugrave; grandi. Infine, analisi di frazionamento di localizzazione della proteina piccola in ceppi impoverito di Sec o YidC membrana inserimento percorsi scoperti differenziali requisiti. Alcune piccole proteine sembrano essere influenzati da deplezione sia Sec e YidC, altri hanno mostrato pi&ugrave; dipendenza da uno o l&#39;altro percorso inserimento, considerando che una proteina non &egrave; stata influenzata dalla deplezione di Sec o YidC. Cos&igrave;, nonostante la loro dimensione diminutivo, piccole proteine visualizzare una notevole diversit&agrave; nella topologia, caratteristiche biochimiche e percorsi di inserimento.

Localizzazione di membrana di piccole proteine in Escherichia coli.

&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x306F;&#x3001;50&#x672A;&#x6E80;&#x306E;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x306E;60&#x3088;&#x304F;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x5408;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x9855;&#x8457;&#x306A;&#x7279;&#x5FB4;&#x306F;&#x3001;65&#xFF05;&#x304C;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x3B1;-&#x30D8;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x819C;&#x8CAB;&#x901A;&#xFF08;TM&#xFF09;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x3092;&#x542B;&#x3093;&#x3067;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x3001;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x5C40;&#x5728;&#x3001;&#x30C8;&#x30DD;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x3001;&#x819C;&#x633F;&#x5165;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x3092;&#x6C42;&#x3081;&#x308B;&#x30D7;&#x30ED;&#x30F3;&#x30D7;&#x30C8;&#x304C;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x751F;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x5206;&#x753B;&#x306F;&#x3001;&#x4E88;&#x6E2C;TM&#x3078;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x3068;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x3001;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;&#x5185;&#x5074;&#x306E;&#x819C;&#x753B;&#x5206;&#x306B;&#x6700;&#x3082;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002; N&#xFF08;&#x306B;&#xFF09;-C&#xFF08;OUT&#xFF09;&#x3068;N&#xFF08;&#x30A2;&#x30A6;&#x30C8;&#xFF09;-C&#xFF08;&#x306E;&#xFF09;&#x65B9;&#x5411;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x4F8B;&#x306F;&#x3001;&#x4EE3;&#x8868;&#x7684;&#x306A;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;TM&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3078;&#x306E;&#x30C8;&#x30DD;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC; - &#x30EC;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x878D;&#x5408;&#x306E;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3067;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x306A;&#x304C;&#x3089;&#x3001;&#x8208;&#x5473;&#x6DF1;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3001;9&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x4E09;&#x4EBA;&#x306F;&#x4E8C;&#x91CD;&#x306E;&#x30C8;&#x30DD;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x819C;&#x8CAB;&#x901A;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306B;&#x8FD1;&#x3044;&#x6B63;&#x306E;&#x6B8B;&#x57FA;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x304A;&#x308A;&#x3001;&#x4E00;&#x3064;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3001;Yoh&#x200B;&#x200B;P&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x89E3;&#x6790;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3067;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x6B63;&#x306E;&#x5185;&#x90E8;&#x898F;&#x5247;&#x306F;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x819C;&#x8CAB;&#x901A;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306B;&#x9069;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x6700;&#x5F8C;&#x306B;&#x3001;&#x79D2;&#x307E;&#x305F;&#x306F;YidC&#x819C;&#x633F;&#x5165;&#x67AF;&#x6E07;&#x682A;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x5C40;&#x5728;&#x306E;&#x5206;&#x5225;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x5DEE;&#x306E;&#x8981;&#x4EF6;&#x3092;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3002;&#x4E00;&#x3064;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x3001;SEC&#x307E;&#x305F;&#x306F;YidC&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x306E;&#x67AF;&#x6E07;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x306E;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x3001;SEC&#x3068;YidC&#x306E;&#x67AF;&#x6E07;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x898B;&#x3048;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x4EBA;&#x306F;&#x3001;1&#x3064;&#x4E0A;&#x306E;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x4F9D;&#x5B58;&#x6027;&#x3084;&#x4ED6;&#x306E;&#x633F;&#x5165;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x3044;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x3001;&#x30C8;&#x30DD;&#x30ED;&#x30B8;&#x5185;&#x306E;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3001;&#x751F;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x633F;&#x5165;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x819C;&#x5C40;&#x5728;

&#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; 50 &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0;&#xC758; 60 &#xAC1C; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xC800;&#xC870;&#xD55C; &#xC774;&#xD574; &#xC791;&#xC740; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xD569;&#xC131;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xB450;&#xB4DC;&#xB7EC;&#xC9C4; &#xD2B9;&#xC9D5;&#xC740; 65% &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; &alpha; &#xD5EC;&#xB9AC;&#xCEEC; &#xB9C9; &#xD6A1;&#xB2E8; (TM) &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC791;&#xC740; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xD654; &#xD1A0;&#xD3F4;&#xB85C;&#xC9C0;&#xC640; &#xB9C9; &#xC0BD;&#xC785; &#xAC80;&#xC0AC; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB97C; &#xBB3B;&#xB294; &#xBA54;&#xC2DC;&#xC9C0;&#xAC00;. &#xC0DD; &#xD654; &#xD559;&#xC801; &#xBD84;&#xB958; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900; &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; TM &#xB098;&#xC120;&#xC640; &#xC77C;&#xCE58;, &#xC791;&#xC740; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB0B4;&#xBD80; &#xB9C9; &#xBD84;&#xC218;&#xC5D0; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C;. N(in)-C(out) &#xBC0F; N(out)-C(in) &#xBC29;&#xD5A5; &#xC608;&#xC81C; &#xD1A0;&#xD3F4;&#xB85C;&#xC9C0; &#xAE30;&#xC790; fusions &#xB300;&#xD45C; &#xC791;&#xC740; TM &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB410;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098; &#xD765;&#xBBF8;&#xB86D;&#xAC8C;&#xB3C4;,, 9 &#xAC1C;&#xC758; &#xC2DC;&#xD5D8; &#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; 3 &#xB4C0;&#xC5BC; &#xD1A0;&#xD3F4;&#xB85C;&#xC9C0;&#xB97C; &#xD45C;&#xC2DC;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9C9; &#xD6A1;&#xB2E8; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xAC00;&#xAE4C;&#xC774; &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xC740; &#xD558;&#xB098;&#xC758; &#xC791;&#xC740; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;, YohP, &#xD070; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAD00;&#xCC30; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xADDC;&#xCE59; &#xC548;&#xC5D0; &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xD558;&#xB098;&#xC758; &#xB9C9; &#xD6A1;&#xB2E8; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC801;&#xC6A9;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC8FC;&#xC5C8;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C;, mutational &#xBD84;&#xC11D;. &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9;&#xC73C;&#xB85C;, &#xAE34;&#xC7A5; &#xCD08; &#xB610;&#xB294; YidC &#xB9C9; &#xC0BD;&#xC785; &#xACBD;&#xB85C; &#xBC1C;&#xACAC;&#xB41C; &#xCC28;&#xB3D9; &#xC694;&#xAD6C;&#xC758; &#xACE0;&#xAC08;&#xC5D0; &#xC791;&#xC740; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xD654;&#xC758; &#xBD84;&#xB958; &#xBD84;&#xC11D;. &#xC77C;&#xBD80; &#xC791;&#xC740; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCD08; &#xB610;&#xB294; Yidc&#xC758; &#xACE0;&#xAC08;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xC9C0;&#xB294; &#xBC18;&#xBA74; &#xB2E4;&#xB978; &#xD558;&#xB098; &#xB610;&#xB294; &#xB2E4;&#xB978; &#xC0BD;&#xC785; &#xD1B5;&#xB85C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB354; &#xB9CE;&#xC740; &#xC758;&#xC874; &#xD588;&#xB2E4; Sec&#xC640; YidC &#xBAA8;&#xB450; &#xACE0;&#xAC08;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0A9;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC791;&#xC740; &#xD06C;&#xAE30;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xC791;&#xC740; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD1A0;&#xD3F4;&#xB85C;&#xC9C0;, &#xC0DD; &#xD654; &#xD559;&#xC801; &#xAE30;&#xB2A5; &#xBC0F; &#xC0BD;&#xC785; &#xACBD;&#xB85C;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC744; &#xD45C;&#xC2DC;.

&#xB300;&#xC7A5;&#xADE0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC791;&#xC740; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xB9C9; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xD654;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Escherichia coli sintetizan m&#xE1;s de 60 mal entendidos prote&#xED;nas peque&#xF1;as de menos de 50 amino&#xE1;cidos. Una caracter&#xED;stica notable de estas prote&#xED;nas es que el 65% contienen unas previsiones de &#x3B1;-helicoidal transmembrana (TM) de dominio. Esto nos llev&#xF3; a examinar la localizaci&#xF3;n, la topolog&#xED;a, y la inserci&#xF3;n de la membrana de las prote&#xED;nas peque&#xF1;as. Fraccionamiento de laboratorio que muestran que, de conformidad con la predicci&#xF3;n de la h&#xE9;lice TM, las prote&#xED;nas peque&#xF1;as por lo general son m&#xE1;s abundantes en la fracci&#xF3;n de la membrana interna. Ejemplos de N (en tanto)-C (a) y N (a)-C (en) las orientaciones se han encontrado en los ensayos de fusiones reportero de topolog&#xED;a al representante de las peque&#xF1;as prote&#xED;nas de TM. Curiosamente, sin embargo, tres de nueve prote&#xED;nas probadas mostrar la topolog&#xED;a de doble. Residuos positivos y cercanos a los dominios transmembrana se conservan, y el an&#xE1;lisis mutacional de una peque&#xF1;a prote&#xED;na, YohP, mostr&#xF3; que la regla dentro positivo se aplica para un solo dominio transmembrana de las prote&#xED;nas como se ha observado para prote&#xED;nas m&#xE1;s grandes. Por &#xFA;ltimo, el an&#xE1;lisis de fraccionamiento de localizaci&#xF3;n de la prote&#xED;na peque&#xF1;a en las cepas agotadas de la secci&#xF3;n o la inserci&#xF3;n de membrana YidC v&#xED;as descubiertas las necesidades diferenciales. Algunas peque&#xF1;as prote&#xED;nas parecen ser afectados tanto por la Secci&#xF3;n y el agotamiento de YidC, otros mostraron una mayor dependencia de una u otra v&#xED;a de inserci&#xF3;n, mientras que una prote&#xED;na no era afectado por el agotamiento de cualquiera de las Sec o YidC. Por lo tanto, a pesar de su diminuto tama&#xF1;o, peque&#xF1;as prote&#xED;nas muestran una considerable diversidad en la topolog&#xED;a, las caracter&#xED;sticas bioqu&#xED;micas, y las v&#xED;as de inserci&#xF3;n.

Membrana de localizaci&#xF3;n de las prote&#xED;nas peque&#xF1;as de Escherichia Coli

T4 RNA &#x8FDE;&#x63A5;&#x9176;&#x901A;&#x5E38;&#x7528;&#x4E8E;&#x5C06;&#x9644;&#x52A0;&#x9002;&#x914D;&#x5668;&#x5230; RNAs&#xFF0C;&#x4F46;&#x7ED3;&#x624E;&#x6548;&#x7387;&#x7684;&#x5DE8;&#x5927;&#x5DEE;&#x5F02;&#x4F7F;&#x68C0;&#x6D4B;&#x548C;&#x5B9A;&#x91CF;&#x6709;&#x95EE;&#x9898;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x4F7F;&#x7528;&#x968F;&#x673A; RNAs &#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7ED3;&#x5408;&#x6765;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x7ED3;&#x624E; pre adenylated &#x6548;&#x7387;&#x5DEE;&#x5F02; DNA &#x9002;&#x914D;&#x5668;&#x5230; RNA 3&#39; &#x7AEF;&#x7ED3;&#x624E;&#x9009;&#x62E9;&#x7B56;&#x7565;&#x3002;&#x5206;&#x6790;&#x540E;&#x7684;&#x504F;&#x89C1;&#x5728; RNA &#x5E8F;&#x5217;&#x3001; &#x4E8C;&#x7EA7;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C; RNA &#x9002;&#x914D;&#x5668; cofold &#x7ED3;&#x6784;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F97;&#x51FA;&#x7ED3;&#x8BBA; T4 RNA &#x8FDE;&#x63A5;&#x9176;&#x5728; RNA &#x57FA;&#x8D28;&#x4E2D;&#x4E0D;&#x4F1A;&#x663E;&#x793A;&#x4EFB;&#x4F55;&#x91CD;&#x5927;&#x4E3B;&#x5E8F;&#x504F;&#x597D;&#xFF0C;&#x4F46;&#x5BF9;&#x7ED3;&#x6784;&#x7279;&#x70B9;&#x5185; Rna &#x548C;&#x9002;&#x914D;&#x5668;&#x6709;&#x504F;&#x89C1;&#x3002;&#x5177;&#x4F53;&#x800C;&#x8A00;&#xFF0C;&#x5C11;&#x4E8E;&#x4E09;&#x4E2A;&#x7684;&#x975E;&#x7ED3;&#x6784;&#x5316;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#xFF0C;&#x5728; 3&#39; &#x7AEF;&#x4E0E; Rna &#x548C; RNAs&#xFF0C;&#x9884;&#x8BA1;&#x5C06;&#x4E0E;&#x4E0D;&#x5229;&#x7ED3;&#x6784;&#x4E2D;&#x7684;&#x9002;&#x914D;&#x5668; cofold &#x5F88;&#x53EF;&#x80FD;&#x88AB;&#x5DEE;&#x6253;&#x7ED3;&#x3002;&#x7ED3;&#x624E;&#x5BF9; RNA &#x9002;&#x914D;&#x5668; cofold &#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x88AB;&#x652F;&#x6301;&#x7279;&#x5B9A; Mirna &#x7684;&#x7ED3;&#x624E;&#x6548;&#x7387;&#x66F4;&#x540D;&#x901A;&#x8FC7;&#x9002;&#x914D;&#x5668;&#x4EE5;&#x6539;&#x53D8; cofold &#x7ED3;&#x6784;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8868;&#x660E;&#x4E0E;&#x968F;&#x673A;&#x533A;&#x57DF;&#x4F7F;&#x7528;&#x9002;&#x914D;&#x5668;&#x4F1A;&#x5BFC;&#x81F4;&#x9AD8;&#x7ED3;&#x624E;&#x6548;&#x7387;&#x548C;&#x51CF;&#x5C11;&#x7684;&#x7ED3;&#x624E;&#x504F;&#x89C1;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x4F7F;&#x7528;&#x968F;&#x673A;&#x7684;&#x9002;&#x914D;&#x5668;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x63D0;&#x9AD8; RNA &#x53C2;&#x4E0E;&#x5B9E;&#x9A8C;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x5305;&#x62EC; 3&#39;-&#x9002;&#x914D;&#x5668;&#x7ED3;&#x624E;&#x8FC8;&#x51FA;&#x7684;&#x4E00;&#x6B65;&#x3002;

&#x5728; T4 RNA &#x8FDE;&#x63A5;&#x9176;&#x4ECB;&#x5BFC; 3&#39;-&#x9002;&#x914D;&#x5668;&#x7ED3;&#x624E;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x6027;&#x504F;&#x5DEE;&#x3002;

T4 RNA ligases are commonly used to attach adapters to RNAs, but large differences in ligation efficiency make detection and quantitation problematic. We developed a ligation selection strategy using random RNAs in combination with high-throughput sequencing to gain insight into the differences in efficiency of ligating pre-adenylated DNA adapters to RNA 3'-ends. After analyzing biases in RNA sequence, secondary structure and RNA-adapter cofold structure, we conclude that T4 RNA ligases do not show significant primary sequence preference in RNA substrates, but are biased against structural features within RNAs and adapters. Specifically, RNAs with less than three unstructured nucleotides at the 3'-end and RNAs that are predicted to cofold with an adapter in unfavorable structures are likely to be poorly ligated. The effect of RNA-adapter cofold structures on ligation is supported by experiments where the ligation efficiency of specific miRNAs was changed by designing adapters to alter cofold structure. In addition, we show that using adapters with randomized regions results in higher ligation efficiency and reduced ligation bias. We propose that using randomized adapters may improve RNA representation in experiments that include a 3'-adapter ligation step.

Structural bias in T4 RNA ligase-mediated 3'-adapter ligation.

T4 ligases ARN sont couramment utilis&#xE9;s pour fixer des adaptateurs pour les ARN, mais de grandes diff&#xE9;rences dans l&#x26;#39;efficacit&#xE9; ligature faire de la d&#xE9;tection et la quantification probl&#xE9;matique. Nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; une strat&#xE9;gie de s&#xE9;lection ligature en utilisant des ARN al&#xE9;atoires en combinaison avec s&#xE9;quen&#xE7;age &#xE0; haut d&#xE9;bit afin de mieux comprendre les diff&#xE9;rences dans l&#x26;#39;efficacit&#xE9; de la ligature des adaptateurs d&#x26;#39;ADN pr&#xE9;-adenylated &#xE0; l&#x26;#39;ARN 3&#x26;#39;-ends. Apr&#xE8;s avoir analys&#xE9; les biais dans la s&#xE9;quence d&#x26;#39;ARN, la structure secondaire et de l&#x26;#39;ARN-adaptateur structure de coplis, nous concluons que T4 ligases ARN ne montrent pas de pr&#xE9;f&#xE9;rence significative s&#xE9;quence primaire de l&#x26;#39;ARN substrats, mais sont un parti pris contre les caract&#xE9;ristiques structurelles au sein des ARN et des adaptateurs. Plus pr&#xE9;cis&#xE9;ment, les ARN de moins de trois nucl&#xE9;otides non structur&#xE9;es &#xE0; l&#x26;#39;extr&#xE9;mit&#xE9; 3 &#x26;#39;et les ARN qui sont pr&#xE9;vus pour coplis avec un adaptateur dans les structures d&#xE9;favorables sont susceptibles d&#x26;#39;&#xEA;tre mal ligatur&#xE9;. L&#x26;#39;effet des structures de l&#x26;#39;ARN-coplis adaptateur sur la ligature est appuy&#xE9;e par des exp&#xE9;riences o&#xF9; l&#x26;#39;efficacit&#xE9; de la ligature des miRNAs sp&#xE9;cifiques a &#xE9;t&#xE9; chang&#xE9; par la conception des adaptateurs pour modifier la structure coplis. En outre, nous montrons que l&#x26;#39;utilisation d&#x26;#39;adaptateurs avec des r&#xE9;sultats al&#xE9;atoires des r&#xE9;gions plus grande efficacit&#xE9; de la ligature et la partialit&#xE9; ligature r&#xE9;duite. Nous proposons que l&#x26;#39;utilisation d&#x26;#39;adaptateurs randomis&#xE9;s peut am&#xE9;liorer la repr&#xE9;sentation des ARN dans des exp&#xE9;riences qui incluent une &#xE9;tape de ligature 3&#x26;#39;-adaptateur.

Biais structurel en T4 ARN ligase-m&#xE9;diation 3&#x26;#39;-adaptateur ligature

T4-RNA-Verkn&uuml;pfung werden h&auml;ufig Adapter an RNAs anf&uuml;gen, aber gro&szlig;e Unterschiede in der Effizienz der Verbindung machen Nachweis und quantitative Bestimmung problematisch. Wir entwickelten eine Verbindung-Auswahl-Strategie mit zuf&auml;lligen RNAs in Kombination mit Hochdurchsatz-Sequenzierung, DNA-Adapter zu RNA 3&#39;-enden Einblick in die Unterschiede in der Effizienz der ligating Pre-Adenylated. Nach der Analyse Vorurteile in RNA-Sequenz, die Sekund&auml;rstruktur und die RNA-Adapter Cofold Struktur, schlie&szlig;en wir, dass T4 RNA Verkn&uuml;pfung keine erheblichen prim&auml;ren Sequenz Pr&auml;ferenz in RNA-Substrate zeigen, aber gegen strukturellen Charakteristiken innerhalb RNAs und Adapter voreingenommen sind. Insbesondere d&uuml;rften RNAs mit weniger als drei unstrukturierte Nukleotide am 3&#39;-Ende und RNAs, die vorhergesagt werden, um mit einem Adapter in ung&uuml;nstigen Strukturen cofold schlecht eine Ligatur werden. Die Wirkung von RNA-Adapter Cofold-Strukturen auf Ligaturen wird durch Experimente unterst&uuml;tzt wo die Ligaturen Effizienz der spezifischen MiRNAs ge&auml;ndert wurde, durch die Gestaltung von Adaptern, Cofold Struktur zu ver&auml;ndern. Dar&uuml;ber hinaus zeigen wir, dass die Verwendung von Adaptern mit randomisierten Regionen h&ouml;here Ligaturen Effizienz und reduzierten Ligaturen Bias f&uuml;hrt. Wir schlagen mit randomisierten Adapter RNA-Darstellung in Experimenten verbessern kann, die einen 3&#39;-Adapter Verbindung Schritt enthalten.

Strukturelle Verschiebung in T4 RNA Ligase-vermittelte 3&#39;-Adapter Verbindung.

Ligasi T4 RNA sono comunemente utilizzati per collegare gli adattatori al RNAs, ma grandi differenze in termini di efficienza legatura rendono individuazione e quantificazione problematico. Abbiamo sviluppato una strategia di selezione legatura utilizzando casuale RNAs in combinazione con high-throughput sequencing per guadagnare comprensione delle differenze in termini di efficienza di legatura pre-adenylated schede di DNA, di RNA 3&#39;-estremit&agrave;. Dopo aver analizzato i pregiudizi nella sequenza di RNA, struttura secondaria e RNA-adattatore cofold, concludiamo ligasi T4 RNA non mostrano preferenza significativa sequenza primaria in substrati di RNA, che sono prevenuti nei confronti di caratteristiche strutturali all&#39;interno di RNAs e adattatori. Specificamente, RNAs con meno di tre nucleotidi non strutturati presso il 3&#39;-estremit&agrave; e RNAs che sono previsti a cofold con un adattatore in strutture sfavorevole rischiano di essere scarsamente legato. L&#39;effetto delle strutture cofold RNA-adattatore sulla legatura &egrave; supportato da esperimenti dove l&#39;efficienza di legatura dei miRNAs specifici &egrave; stata cambiata da progettare adattatori per alterare la struttura cofold. Inoltre, mostriamo che utilizzando gli adattatori con regioni randomizzati si traduce in maggiore efficienza di legatura e legatura ridotta bias. Proponiamo che utilizzando gli adattatori randomizzati pu&ograve; migliorare la rappresentazione del RNA in esperimenti che includono un 3&#39;-fase di legatura di adattatore.

Strutturali bias in T4 RNA ligase mediated 3&#39;-legatura adattatore.

T4 RNA&#x30EA;&#x30AC;&#x30FC;&#x30BC;&#x306F;&#x3001;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;RNA&#x306B;&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x63A5;&#x7D9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x52B9;&#x7387;&#x306B;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x5DEE;&#x306F;&#x3001;&#x691C;&#x51FA;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5B9A;&#x91CF;&#x554F;&#x984C;&#x3092;&#x4F5C;&#x6210;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;3 &#x26;#39;&#x672B;&#x7AEF;&#x3092;RNA&#x306B;&#x30D7;&#x30EA;&#x30DD;&#x30EA;&#x30A2;&#x30C7;&#x30CB;&#x30EB;&#x5316;DNA&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x5F97;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x3067;&#x30E9;&#x30F3;&#x30C0;&#x30E0;RNA&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x9078;&#x629E;&#x3059;&#x308B;&#x6226;&#x7565;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x305F;&#x3002; RNA&#x914D;&#x5217;&#x3001;&#x4E8C;&#x6B21;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;RNA&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;cofold&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x504F;&#x308A;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x305F;&#x5F8C;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;T4 RNA&#x30EA;&#x30AC;&#x30FC;&#x30BC;&#x306F;&#x3001;RNA&#x57FA;&#x8CEA;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x4E00;&#x6B21;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x512A;&#x5148;&#x9806;&#x4F4D;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x3068;&#x3044;&#x3046;&#x7D50;&#x8AD6;&#x304C;&#x3001;RNA&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;&#x5185;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x7684;&#x7279;&#x5FB4;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3066;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5177;&#x4F53;&#x7684;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x4E0D;&#x5229;&#x306A;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;&#x3067;cofold&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3055;&#x308C;&#x308B;3&#x26;#39;-&#x672B;&#x7AEF;&#x304A;&#x3088;&#x3073;RNA&#x672A;&#x6E80;&#x3067;3&#x69CB;&#x9020;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x3068;RNA&#x304C;&#x4E0D;&#x5341;&#x5206;&#x306A;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;RNA-&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;cofold&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;miRNA&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x52B9;&#x7387;&#x304C;cofold&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x5909;&#x66F4;&#x3059;&#x308B;&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;&#x3092;&#x8A2D;&#x8A08;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5909;&#x66F4;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5B9F;&#x9A13;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x3088;&#x308A;&#x9AD8;&#x3044;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x52B9;&#x7387;&#x3068;&#x4F4E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x306E;&#x7121;&#x4F5C;&#x70BA;&#x5316;&#x5730;&#x57DF;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3068;&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x7121;&#x4F5C;&#x70BA;&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x3001;3&#x26;#39;-&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x30B9;&#x30C6;&#x30C3;&#x30D7;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x5B9F;&#x9A13;&#x3067;&#x306F;RNA&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x304C;&#x5411;&#x4E0A;&#x3059;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3059;&#x308B;&#x3002;

T4 RNA&#x30EA;&#x30AC;&#x30FC;&#x30BC;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x305F;3&#x26;#39;-&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x7684;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;

T4 RNA ligases&#xB294; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; RNAs, &#xC5B4;&#xB311;&#xD130;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xACB0; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xACB0; &#xCC30; &#xD6A8;&#xC728;&#xC131;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD070; &#xCC28;&#xC774; &#xB9CC;&#xB4E4; &#xAC80;&#xCD9C; &#xBC0F; &#xC815;&#xB7C9; &#xBB38;&#xC81C;&#xAC00;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; DNA RNA 3&#39; &#xC5D4;&#xB4DC; &#xC5B4;&#xB311;&#xD130; ligating &#xC911; adenylated&#xC758; &#xD6A8;&#xC728;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCC28;&#xC774;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xACFC; &#xD568;&#xAED8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC784;&#xC758;&#xC758; Rnas&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xACB0; &#xCC30; &#xC120;&#xD0DD; &#xC804;&#xB7B5;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C;. RNA &#xC21C;&#xC11C;, &#xC774;&#xCC28; &#xAD6C;&#xC870; &#xBC0F; RNA &#xC5B4;&#xB311;&#xD130; cofold &#xAD6C;&#xC870;&#xC5D0; &#xD3B8;&#xACAC;&#xC744; &#xBD84;&#xC11D; &#xD55C; &#xD6C4; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; T4 RNA ligases RNA &#xAE30;&#xD310;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAE30;&#xBCF8; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAE30;&#xBCF8; &#xC124;&#xC815; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC9C0;&#xB9CC; RNAs &#xBC0F; &#xC5B4;&#xB311;&#xD130;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD3B8;&#xACAC;&#xC744; &#xACB0;&#xB860; &#xC9C0;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xD2B9;&#xD788;, 3&#39;-&#xB05D;&#xC5D0; &#xC138; &#xBBF8;&#xB9CC;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xD654; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC;&#xC640; Rnas&#xC640; &#xBD88;&#xB9AC; &#xD55C; &#xAD6C;&#xC870;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5B4;&#xB311;&#xD130;&#xC640; cofold&#xB97C; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xB294; RNAs &#xC800;&#xC870;&#xD55C; &#xCD9C;&#xD608; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xACB0; &#xCC30;&#xC5D0; RNA &#xC5B4;&#xB311;&#xD130; cofold &#xAD6C;&#xC870;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5; &#xD2B9;&#xC815; Mirnas&#xC758; &#xACB0; &#xCC30; &#xD6A8;&#xC728; cofold &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xBCC0;&#xACBD; &#xD558;&#xB294; &#xC5B4;&#xB311;&#xD130;&#xB97C; &#xC124;&#xACC4; &#xD558; &#xC5EC; &#xBCC0;&#xACBD; &#xB41C; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC9C0;&#xC6D0; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB354; &#xB192;&#xC740; &#xACB0; &#xCC30; &#xD6A8;&#xC728; &#xBC0F; &#xAC10;&#xC18C; &#xACB0; &#xCC30; &#xBC14;&#xC774;&#xC5B4;&#xC2A4; &#xACB0;&#xACFC; &#xBB34;&#xC791;&#xC704; &#xC601;&#xC5ED; &#xC5B4;&#xB311;&#xD130;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xBB34;&#xC791;&#xC704;&#xB85C; &#xC5B4;&#xB311;&#xD130;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; 3&#39; &#xC5B4;&#xB311;&#xD130; &#xACB0; &#xCC30; &#xB2E8;&#xACC4;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC5D0;&#xC11C; RNA &#xD45C;&#xD604;&#xC744; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

T4 RNA &#xB9AC;&#xAC00; &#xC911;&#xC7AC; 3&#39; &#xC5B4;&#xB311;&#xD130; &#xACB0; &#xCC30;&#xC5D0; &#xBC14;&#xC774;&#xC5B4;&#xC2A4;&#xB97C; &#xAD6C;&#xC870;.

T4 ligasas de ARN se utilizan com&#xFA;nmente para conectar los adaptadores a los ARN, pero grandes diferencias en la eficiencia de ligaci&#xF3;n hacer la detecci&#xF3;n y cuantificaci&#xF3;n problem&#xE1;tica. Hemos desarrollado una estrategia de selecci&#xF3;n mediante la ligadura de ARN al azar en combinaci&#xF3;n con la secuenciaci&#xF3;n de alto rendimiento para profundizar en las diferencias en la eficacia de la ligadura de pre-adenilado adaptadores de ADN a ARN extremos 3 &#x26;#39;. Tras el an&#xE1;lisis de los sesgos en la secuencia de ARN, la estructura secundaria y el ARN-adaptador de la estructura cofold, llegamos a la conclusi&#xF3;n de que T4 ligasas de ARN no muestran preferencia significativa secuencia primaria en sustratos de ARN, pero est&#xE1;n sesgados en contra de las caracter&#xED;sticas estructurales de ARN y adaptadores. Espec&#xED;ficamente, los ARN con menos de tres nucle&#xF3;tidos no estructurados en el extremo 3&#x26;#39;-ARN y que se predice que cofold con un adaptador en estructuras desfavorables es probable que se lig&#xF3; mal. El efecto de la ARN-adaptador de estructuras cofold en la ligadura con el apoyo de experimentos en los que se cambi&#xF3; la eficiencia de la ligadura de miRNAs espec&#xED;ficos mediante el dise&#xF1;o de los adaptadores para alterar la estructura cofold. Adem&#xE1;s, nos muestran que el uso de adaptadores con los resultados de las regiones con asignaci&#xF3;n al azar en la eficiencia de la ligadura de alto y el sesgo de la ligadura de la reducci&#xF3;n. Proponemos que el uso de adaptadores aleatorios puede mejorar la representaci&#xF3;n de ARN en los experimentos que incluyen una etapa de ligaci&#xF3;n 3&#x26;#39;-adaptador.

Ryan Fuchs

RNA Biology

New England BioLabs

In vitro Transcription and Capping of Gaussia Luciferase mRNA Followed by HeLa Cell Transfection

Ryan Fuchs

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New England BioLabs

In vitro Transcription and Capping of Gaussia Luciferase mRNA Followed by HeLa Cell Transfection

RNA Biology