9.8 : RNA Polymerase II Accessory Proteins
Las proteínas que regulan la transcripción pueden hacerlo a través del contacto directo con la ARN polimerasa o a través de interacciones indirectas facilitadas por adaptadores, mediadores, proteínas modificadoras de histonas y remodeladores de nucleosomas. Las interacciones directas para activar la transcripción se observan en bacterias, así como en algunos genes eucariotas. En estos casos, las secuencias de activación aguas arriba son adyacentes a los promotores, y las proteínas activadoras interactúan directamente con la maquinaria transcripcional. Por ejemplo, en los procariotas, la proteína activadora de catabolito o CAP interactúa directamente con el dominio C-terminal de la subunidad alfa de la ARN polimerasa para regular la expresión génica. Una fuerte evidencia de la interacción directa es la pérdida de mutaciones de función en los dominios de activación de las proteínas que conducen a la supresión de la actividad transcripcional.
Sin embargo, en algunos genes eucariotas, la regulación puede ocurrir a través de la activación distal. Por lo tanto, es posible que los elementos reguladores no se encuentren muy cerca del promotor o que no interactúen directamente con la maquinaria transcripcional. Tales interacciones pueden detectarse (a) observando la tasa de transcripción en presencia o ausencia de la proteína reguladora, (b) mutaciones en el sitio de unión de la proteína reguladora que pueden interrumpir la expresión génica, (c) midiendo la afinidad de unión entre la proteína reguladora y el promotor.
Además, la maquinaria de transcripción también necesita remodeladores de nucleosomas para acceder al ADN dentro de la cromatina. Por lo tanto, estos remodeladores de nucleosomas también están involucrados en la regulación de la expresión génica.
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