La conformación nativa de una proteína se forma por interacciones entre las cadenas laterales de sus aminoácidos constituyentes. Cuando los aminoácidos no pueden formar estas interacciones, la proteína no puede plegarse por sí misma y necesita chaperonas. En particular, las chaperonas no transmiten ninguna información adicional necesaria para el plegamiento de polipéptidos; La conformación nativa de una proteína está determinada únicamente por su secuencia de aminoácidos. Las chaperonas catalizan el plegamiento de proteínas sin ser parte de la proteína plegada.
Los polipéptidos desplegados o parcialmente plegados, que a menudo son intermediarios en la vía de plegamiento, son estabilizados por chaperonas, lo que lleva al estado final correctamente plegado. Sin chaperonas, los polipéptidos desplegados o parcialmente plegados pueden plegarse mal o formar agregados insolubles. Esto se observa particularmente en proteínas en las que se requiere el carboxilo o C-terminal para el correcto plegamiento del extremo amino o N-terminal. En tales casos, una chaperona puede unirse y estabilizar la parte N-terminal del polipéptido en una conformación desplegada hasta que el resto de la cadena peptídica se sintetiza y toda la proteína puede plegarse correctamente.
Las chaperonas también pueden estabilizar las cadenas polipeptídicas desplegadas a medida que se transportan a los orgánulos subcelulares. Por ejemplo, durante la transferencia de proteínas a las mitocondrias desde el citosol, es más fácil que las conformaciones parcialmente desplegadas se transporten a través de la membrana mitocondrial. Durante el transporte, los polipéptidos parcialmente desplegados son estabilizados por chaperonas.
Además, las chaperonas juegan un papel importante en el ensamblaje de proteínas que tienen una estructura compleja, como las proteínas de múltiples subunidades. Estas proteínas comprenden múltiples cadenas polipeptídicas, cada una de las cuales debe plegarse correctamente y luego ensamblarse de una manera específica. En los procesos involucrados, las chaperonas ayudan en el plegamiento de proteínas y la estabilización de componentes no asociados, mientras que otras partes de la proteína están en proceso de ensamblaje.
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