La región promotora eucariota es un segmento de ADN ubicado aguas arriba de un gen. Contiene un sitio de unión a la ARN polimerasa, un sitio de inicio de la transcripción y varias secuencias cis-reguladoras. La región promotora proximal se encuentra en las proximidades del gen y tiene secuencias cis-reguladoras y el promotor central. El promotor central es el sitio de unión para la ARN polimerasa y generalmente se encuentra entre -35 y +35 nucleótidos del sitio de inicio de la transcripción. Las regiones promotoras distales son secuencias cis-reguladoras, a miles de pares de bases de distancia de un gen. La longitud de una región promotora puede variar significativamente de un gen a otro.

El promotor central contiene motivos característicos en los que los factores de transcripción generales pueden unirse y reclutar la ARN polimerasa. La caja TATA es un motivo situado a 25-30 pares de bases aguas arriba del sitio de inicio de la transcripción. Es más flexible y menos estable termodinámicamente que otros motivos promotores debido a su alto contenido en A-T, lo que permite la unión eficiente de la maquinaria de transcripción. Se encuentra en genes que requieren altos niveles de expresión en condiciones específicas, como los genes implicados en la diferenciación celular. La caja TATA suele estar flanqueada por un conjunto de motivos de nucleótidos cortos, conocidos como elementos de reconocimiento B. El factor de transcripción II B, un componente importante implicado en el montaje de la maquinaria de transcripción en la caja TATA, se une a estos elementos B.

El elemento iniciador, compuesto por la secuencia degenerada YYANWYY*, contiene el sitio de inicio de la transcripción. Aguas abajo del elemento iniciador hay otro motivo característico, conocido como elemento promotor descendente (DPE), formado por la secuencia degenerada RGWYVT. La caja TATA y el DPE regulan tipos similares de genes, y un promotor eucariota puede tener una caja TATA o un DPE. El elemento iniciador puede funcionar sinérgicamente con una caja TATA o DPE para regular la transcripción.

Las islas CpG son otro tipo de motivo promotor central que regula la expresión de otros tipos de genes, como los genes de mantenimiento, que requieren una expresión constante en pequeñas cantidades. Se llaman islas CpG porque contienen secuencias con alto contenido de citosina seguidas de guanina. La "p" representa el enlace fosfodiéster que une C con G. También se sabe que las islas CpG se encuentran en regiones promotoras distales.

*Códigos R para A o G; Códigos W para A o T; códigos Y para C o T; códigos V para A o G o C; y códigos N para cualquiera de las cuatro bases.