Identifique las dimensiones de una placa PA14 que contenga los gusanos de etapa L4 ejecutando el script de Python extract_frame.py. Luego abra el archivo JPEG en ImageJ. En el menú, selecciona "Analizar" y, a continuación, "Definir medidas".
Asegúrese de que la casilla de etiqueta de visualización esté marcada y cierre la ventana. Con la herramienta de línea recta, mida el diámetro de una placa dibujando una línea a través de ella. A continuación, seleccione Analizar y, a continuación, Medir en el menú.
Si el video está en 1080 píxeles, cada placa tendrá aproximadamente 480 píxeles de ancho. Introduzca esta información en el bloc de notas para utilizarla más tarde y cierre la ventana de resultados. Usando la herramienta multipunto, marque puntos en el lado superior izquierdo de cada placa que se convertirá en la esquina superior izquierda de los videos recortados.
Márquelo en orden de cuando se iniciaron las placas. Después de crear un punto para todas las placas, elija Analizar y, a continuación, Medir en el menú. Las mediciones que incluyen las coordenadas X e Y de los puntos aparecerán en la ventana de resultados.
Para procesar varios vídeos, repita el proceso en ImageJ con otros archivos JPEG. Todas las coordenadas X e Y se enumerarán en la misma ventana de resultados. Guarde la ventana de resultados en un archivo CSV.
El archivo debe guardarse en el mismo directorio que los archivos de película. Para encontrar la hora de inicio de cada placa, reproduzca la película en la computadora o en el teléfono y tome nota de las horas de inicio de cada conjunto de placas colocadas debajo de la cámara. Abra los resultados.
CSV con las coordenadas y agregue una columna de inicio. Para cada fila correspondiente a placas individuales, introduzca la hora de inicio adecuada en segundos debajo de la columna de inicio. Guarde el archivo.
Para recortar y recortar los vídeos, ejecute el crop_n_trim. Guión py. Elige los resultados.
CSV. Introduzca las dimensiones de la placa y el valor de píxeles indicado anteriormente. El script ahora leerá cada fila de los resultados.
CSV para encontrar el archivo de película correcto después de que el script termine de ejecutarse. Aparecerá una carpeta con el mismo nombre que la película, seguida de la hora de inicio en la que se guardarán los videos correspondientes al ensayo. Para el conteo manual, abra cada archivo AVI en ImageJ.
Cuente los gusanos que son visibles fuera del césped y luego calcule la tasa de ocupación para cada punto de tiempo. Los gusanos salvajes tipo N2 abandonaron progresivamente el césped bacteriano y permanecieron afuera como se observa en la tasa de ocupación a lo largo del tiempo. Los recuentos realizados directamente de las placas se compararon con los recuentos de gusanos con imágenes.
Los recuentos hechos de gusanos con imágenes resultaron ser altamente precisos. Cuando se promediaron tres ensayos para cada cepa juntos, las cepas N2 y NPR1 produjeron una precisión del 99,5% y 96,2%, respectivamente.
