Para autoensamblar la estructura del origami de ADN en una olla comience preparando una mezcla de 2.5 nanomolares de la hebra circular del andamio M13mp18 y 100 nanomolares de las 201 grapas cortas de oligonucleótidos en tampón TAE suplementado con cloruro de magnesio 15 milimolares. Luego ajuste el volumen total de la solución a 100 microlitros con agua ultrapura. Analice la solución en un termociclador utilizando un gradiente de temperatura.
Comience calentando rápidamente a 80 grados centígrados y siga paso a paso el programa de gradiente de temperatura mostrado. Para purificar la mezcla del exceso de grapas, agregue 100 microlitros de la solución de origami de ADN a un filtro de amicon de corte de peso molecular de 100 kilodalton. Seguido de la adición de 400 microlitros de agua ultrapura.
Luego centrifugar a 6, 000G durante ocho minutos a temperatura ambiente. Después de centrifugar, retire el filtro y voltee el tubo para desechar el filtrado. Agregue 400 microlitros de agua ultrapura al filtro y centrífuga como se demostró anteriormente.
Para recoger la solución de nanoestructura purificada. Voltee el filtro boca abajo en un tubo nuevo y centrifugar a 1, 000G durante dos minutos a temperatura ambiente siguiendo las instrucciones del fabricante. El ensamblaje adecuado de la horquilla de origami de ADN se aseguró utilizando microscopía de fuerza atómica o imágenes AFM.
Como era de esperar, la mayoría de las horquillas eran sólidas sin brazos rotos. Sin embargo, el puente entre los brazos era difícil de visualizar debido a su pequeño diámetro y alta flexibilidad.
