Para comenzar, descargue un archivo de entrada de muestra delimitado por comas que contenga mediciones de metabolitos. Haga doble clic en el archivo de muestra descargado para abrirlo y asegúrese de que contiene nombres de muestra en la columna uno y asignaciones de grupo en la columna dos. Las columnas restantes contienen metabolitos y cada fila representa una muestra.
A continuación, descargue la aplicación Java Filigree y haga doble clic en el descargado. jar para iniciar la aplicación. En la pestaña Datos, haga clic en el botón Examinar para cargar el archivo de entrada.
En Especificar columnas o filas, haga clic en la flecha desplegable situada junto al identificador de ejemplo para seleccionar el nombre de columna o fila correspondiente en el archivo de entrada. A continuación, seleccione Muestra. A continuación, haga clic en la flecha desplegable junto a Grupo para seleccionar la columna o fila correspondiente del archivo de entrada y seleccione Grupo.
En Especificar grupos de muestra, haga clic en las flechas desplegables situadas junto a cada grupo para seleccionar la columna de grupo correspondiente del archivo de entrada. En Agrupación de entidades, marque la casilla situada junto al método deseado, calcular grupos de entidades. Haga clic en ver mapas de calor para ver el mapa de calor y determinar el porcentaje de reducción deseado.
A continuación, con el control deslizante de reducción de entidades, seleccione el porcentaje de reducción de entidades deseado y deslice el círculo pequeño hasta que la reducción porcentual muestre una relación entidad-muestra de 1,25. Haga clic en el botón siguiente para ir a la pestaña Análisis. En seleccionar directorio de salida, haga clic en el botón Examinar y seleccione la ubicación del directorio deseado para almacenar los archivos de salida generados.
Haga clic en el botón Ejecutar análisis. Al mostrar el mensaje, el análisis se completó correctamente, haga clic en el botón Aceptar en la ventana emergente. A continuación, en la pestaña Análisis, haga clic en el botón Examinar redes para abrir las subredes de filigrana interactivas en una pestaña del navegador.
En la columna de nombre de la subred, haga clic en el enlace Subred 1. A continuación, explore la subred interactiva haciendo clic en el botón más y acérquese a la parte de la red y haga clic en el botón menos para alejar. Haga clic en un nodo de grupo y arrástrelo para cambiarlo de posición dentro de la subred.
A continuación, haga clic en el botón Expandir entidades para expandir todos los nodos del grupo y revisar los compuestos específicos que componen los nodos del grupo. A continuación, haga clic en el botón Contraer entidades para contraer los nodos de grupo recientemente expandidos. A continuación, haga clic en el botón Por grupo de muestras para cambiar la vista de una sola subred a varias subredes divididas por un grupo.
A continuación, utilizando la vista de las subredes, explore y compare los grupos. Haga clic en el botón Todas las muestras para volver a la vista de subred única y haga clic en el botón Siguiente para ver la siguiente subred. La red diferencial construida utilizando las mediciones de metabolitos plasmáticos de ratones con diabetes tipo 1 y no diabéticos reveló un mayor grado de conectividad de red en el grupo no diabético.
Los resultados del análisis de enriquecimiento mostraron que nueve de los 12 módulos metabólicos identificados eran significativamente diferentes entre los ratones con diabetes tipo 1 y los no diabéticos.
