Análisis de imágenes en el software Gen5 para analizar la respuesta a fármacos en organoides derivados de pacientes mediante imágenes multiplexadas de células vivas

Para empezar, tome imágenes de las PDO marcadas con fluorescencia utilizando el sistema de adquisición de imágenes de células vivas Cytation 5. A continuación, inicie el software Gen5. Vaya a Experimentos y haga clic en Abrir en el Administrador de tareas.

Abra el experimento deseado y seleccione Placa, seguido de Ver en la barra de herramientas. A continuación, cambia el menú desplegable de datos a Proyección Z. Haga doble clic en un pozo elegido.

Seleccione Analizar. Haga clic en Quiero configurar un nuevo paso de reducción de datos de análisis de imágenes y haga clic en OK.In Configuración de análisis, establezca el tipo en Análisis celular y el canal de detección en Proyección Z transformado TSF Brightfield. Haga clic en Opciones para abrir la página principal de máscara y recuento.

Marque Auto en el cuadro de umbral y haga clic en Aceptar para cerrar la ventana emergente. En Selección de objetos, defina los tamaños mínimo y máximo de los objetos para filtrar los desechos celulares o las celdas individuales, y seleccione otras entidades según lo desee. A continuación, haga clic en Aplicar y se resaltarán los objetos enmascarados.

Para configurar un análisis de subpoblación en la barra de herramientas de análisis celular, haga clic en Métricas calculadas. A continuación, haga clic en Seleccionar o crear métricas de nivel de objeto de interés en la esquina inferior derecha. De las métricas de objetos disponibles, elija las métricas deseadas, como Circularidad, y haga clic en Insertar.

Haga clic en Aceptar para confirmar. A continuación, seleccione Análisis de subpoblación en la barra de herramientas de análisis celular y haga clic en Agregar para crear una nueva subpoblación. Introduzca un nombre para la subpoblación.

En las métricas del objeto, haga clic en Agregar condición para agregar la métrica elegida. Introduzca los parámetros deseados en la ventana Editar condición y haga clic en Aceptar. Seleccione los resultados deseados en la tabla de la parte inferior de la ventana y haga clic en Aceptar, seguido de Aplicar. En Detalles del objeto, seleccione la subpoblación designada para ver el enmascaramiento.

Si está satisfecho, haga clic en Aceptar en la ventana Análisis celular y haga clic en Agregar paso para aplicar el análisis a todos los pozos.