1 Para empezar, 2 abre la base de datos de farmacología de los sistemas de medicina tradicional china 3. 4 Usando el cuadro de búsqueda de nombres químicos, 5 busque los nombres de los ingredientes seleccionados 6 para descargar los archivos de estructura 3D correspondientes 7 en formato Mol2. 8 Para descargar las estructuras cristalinas de los objetivos clave, 9 abra la base de datos de proteínas RCSB.
10 En el cuadro de búsqueda, 11 busque los nombres de los objetivos 12 y descargue los 13 archivos de estructura cristalina correspondientes en formato PDB. 14 Importar ingredientes y archivos de estructura objetivo 15 en el software de análisis. 16 Haga clic en Editar y, a continuación, en Eliminar agua para eliminar las moléculas de agua.
17 Para agregar hidrógenos, haga clic en Editar, Hidrógenos y Agregar. 18 Establezca los ingredientes como el ligando. 19 Seleccione objetivos enteros como el receptor 20 y realice un acoplamiento ciego.
21 Para determinar el rango de acoplamiento molecular, 22 seleccione el receptor y el ligando en secuencia. 23 Haga clic en Cuadrícula, luego en Cuadro de cuadrícula para ajustar el cuadro de cuadrícula 24 para incluir todo el modelo. 25 Haga clic en Archivo y Cerrar para guardar el estado actual del cuadro de cuadrícula 26 y guardar los archivos en formato GPF.
27 Ahora haga clic en Ejecutar y Ejecutar cuadrícula automática cuatro, 28 haga clic en Nombre del archivo de parámetros y Examinar, 29 para seleccionar el archivo GFP. 30 A continuación, haga clic en el botón Iniciar. 31 Para el acoplamiento molecular, 32 abra el documento automático cuatro y haga clic en acoplamiento, Macromolécula, 33 y establezca el nombre del archivo rígido para seleccionar el receptor.
34 A continuación, haga clic en Acoplamiento, ligando y abra, 35 o elija seleccionar el ligando. 36 Ahora haga clic en Acoplamiento 37 y Parámetros de búsqueda para establecer los algoritmos de operación. 38 A continuación, haga clic en Acoplamiento y Parámetros de acoplamiento 39 para establecer los parámetros de acoplamiento.
40 Seleccione el archivo DPF y haga clic en el botón de inicio. 41 Guarde los archivos en formato DPF. 42 Haga clic en Analizar, Acoplamiento, 43 y abra para seleccionar el archivo DLG.
44 A continuación, haga clic en Analizar y Macromolécula 45 para abrir el receptor. 46 Ahora haga clic en Analizar, Confirmaciones y Jugar, 47 clasificados por energía para analizar los resultados. 48 Finalmente, haga clic en Establecer reproducción, 49 y escriba complejo para guardar los resultados en formato PDBQT.
50 Importe los archivos de acoplamiento en PyMOLE, 51 luego seleccione el ligando y haga clic en Acción, Buscar, 52 Contratos Polares y a otros átomos y objeto 53 para mostrar los enlaces de hidrógeno entre los ligandos 54 y el entorno externo. 55 Haga clic en una sola letra C para cambiar de color. 56 Haga clic en Acción y extraer objeto.
57 Haga clic en Mostrar, luego en Palos, 58 para mostrar la estructura del palo del receptor, 59 identifique los residuos conectados a los ligandos 60 y muestre la estructura del palo. 61 Luego haga clic en Asistente y Medición 62 y haga clic en dos átomos en secuencia. 63 Haga clic en Etiqueta y, a continuación, en Residuo para mostrar la etiqueta de los residuos.
64 Si es necesario, ajuste el color de fondo y la transparencia. 65 Finalmente, haga clic en Archivo, luego en Exportar imagen como 66 para guardar la imagen. 67 En el grupo de dermatitis atópica, el análisis de la base de datos 68 GEO reveló que la regulación al alza 69 de P-P-A-R-G, E-G-F-R, T-N-F 70 y P-T-P-R-C MMP Nine, MAPK 14, 71 y CASP Three estaban reguladas a la baja.
72 El análisis de acoplamiento confirmó la interacción 73 entre los componentes activos de SDG 74 y las posibles proteínas diana 75, lo que indica su importante papel en el tratamiento del eccema anal. 76 El índigo y la berberrubina demostraron una fuerte actividad de unión 77 con menos cinco kilocalorías de energía por mol, 78 enfatizando su potencial terapéutico.
