Para comenzar, abra la página web de Visual Dynamics o VD y haga clic en iniciar sesión para acceder a la pantalla de inicio de sesión del sistema. Después de iniciar sesión, se puede acceder al área de envío de simulaciones, tutoriales y estadísticas de uso. Para el envío de simulación de enzimas APO, haga clic en nueva simulación en la barra lateral y haga clic en el botón APO.
Sube la proteína gratuita 4mgv. pdb y seleccione el campo Fuerza AMBER94. Seleccione el modelo de agua TIP3P, seguido de la caja Cúbica.
Seleccione una distancia de 0,5 nanómetros entre la proteína y el borde de la caja. Marque la opción ejecutar en nuestros servidores para ejecutar la simulación. Usando UCSF Chimera, abra el complejo de ligando de proteínas 4 mgv.
pdv, haga clic en residuo y establezca el código en D5I. Luego, en archivo, haga clic en guardar PDB, seleccione guardar solo átomos seleccionados, establezca el nombre del archivo en ligando. PDB y haga clic en Guardar.
Vaya al servidor ACPYPE de Bio2Byte y envíe el ligando generado. pdb de los archivos de salida. Haga clic en nueva simulación, seguido de ligando de proteína.
Sube la proteína gratuita 4mgv. pdb y seleccione los archivos de ligandos preparados en ACPYPE seguidos de MBER94 Force Field. Seleccione el modelo de agua TIP3P seguido de la caja cúbica y seleccione la distancia de 0,5 nanómetros entre la proteína y el borde de la caja.
Marque la opción ejecutar en nuestros servidores para ejecutar la simulación. Haga clic en mis simulaciones en la barra lateral y luego en descargar archivos MDP para descargar los archivos de configuración de simulación utilizados. Haga clic en comandos para descargar la lista de comandos ejecutados por la plataforma y haga clic en GROMACS Log para descargar el archivo LOG que contiene las salidas de comandos GMX.
Haga clic en resultados para descargar los archivos generados por los comandos GMX y, por último, haga clic en gráficos de figuras para descargar gráficos para analizar cada paso de simulación en formato de imagen y XVG en el ordenador. La columna vertebral de la proteína exhibió una desviación cuadrática media de menos de 2,5 angstroms, y el radio de duración mostró que la proteína mantuvo su compacidad en las coordenadas X, Y y Z durante la simulación de cinco nanosegundos. La distancia de fluctuación promedio de cada aminoácido en la estructura de la proteína, como se muestra por la fluctuación cuadrática media, se mantuvo constante a lo largo de la simulación de cinco nanosegundos.
El sistema se estabilizó con una fuerza máxima de menos de 1000 kilojulios por mol por nanómetro durante el proceso de minimización de energía.
