Agradecemos al Centro de Genética de Caenorhabditis por proporcionar las cepas utilizadas en este estudio. Esta publicación ha contado con el apoyo de JSPS KAKENHI Grant-in-Aid for Scientific Research (B) (subvención número JP21H02532), JSPS KAKENHI Grant-in-Aid on the Innovative Areas "Science of Soft Robot" (subvención número JP18H05474), JSPS KAKENHI Grant-in-Aid for Transformative Research Areas B (subvención número JP23H03845), PRIME de la Agencia Japonesa de Investigación y Desarrollo Médico (subvención número JP22gm6110022h9904), JST-Mirai Program (subvención número JPMJMI22G3), y el Programa JST-FOREST (subvención número JPMJFR214R).

1. Preparación de lombrices
NOTA: Prepare la cepa12 y la cepa ZX899 de Bristol N2 de tipo salvaje (lite-1(ce314); ljIs123[mec-4p::ChR2, unc-122p::RFP])13 para la observación de comportamientos colectivos y experimentos optogenéticos, respectivamente. Mantenga la cepa ZX899 en condiciones de oscuridad.
<ol><li>Depositar cuatro gusanos adultos bien alimentados en una placa de 60 mm que contenga 14 mL de medio de crecimiento de nematodos (NGM) con agar y sembrar con E. coli OP5012.</li>
	<li>Cultive gusanos F1 hasta la inanición en la placa NGM a 23 °C durante 7 días. El rendimiento de los gusanos F1 es de aproximadamente 100 gusanos/placa en este punto. Las etapas de los gusanos comprenden una población mixta de larvas de dauer y L1 hambrientas.</li>
</ol>2. Preparación de placas medianas de agar de comida para perros (DFA)
<ol><li>Esterilizar en autoclave un frasco de vidrio que contiene 2 g de alimento en polvo para perros y 5 ml de medio de agar al 1% y enfriarlo a temperatura ambiente (Figura 1A). NOTA: En este experimento se pueden utilizar otros alimentos para perros de diferentes fabricantes.</li>
</ol>3. Inoculación de lombrices a placas de medio DFA
<ol><li>Transfiera pequeñas cantidades (aproximadamente 0,5 g) de medio DFA al centro de una placa NGM sembrada con E. coli OP50 (Figura 1B). Para experimentos optogenéticos, vierta 40 μL de 50 μM all-trans-retinal, el cofactor del canal rodopsina 2, en el DFA antes de la inoculación de los gusanos.</li>
	<li>Recoja los gusanos hambrientos de cuatro placas NGM usando agua esterilizada en autoclave.</li>
	<li>Coloque un pequeño fragmento de comida para perros (aproximadamente 0,5 g) en el medio DFA, a unos 2 mm de distancia de la tapa del plato.</li>
	<li>Ilumine la placa NGM con luz ultravioleta durante 15 minutos dentro de un banco limpio para evitar la contaminación.</li>
	<li>Inocular los gusanos recolectados (aproximadamente 400 gusanos) en el medio DFA en placas NGM. No selle la placa con parafilm para evitar aumentar la humedad dentro de la placa de Petri y generar gotas de agua que atrapen gusanos en una tapa.</li>
	<li>Propagar los gusanos a 23 °C y dejar que suban hasta la tapa de la placa durante aproximadamente 10-14 días. NOTA: Debido a que el número de gusanos en los párpados apenas aumentó después de 10 a 14 días, se presumió que los gusanos probablemente se habían quedado sin comida.</li>
</ol>4. Observación del comportamiento colectivo
<ol><li>El día del experimento, coloque una nueva placa NGM que no incluyera E. coli y medio de agar alimento para perros en una placa de aluminio en la platina de un microscopio con zoom macro (Figura 2A). Mantenga la parte inferior de esta nueva placa NGM a 23 °C utilizando una unidad controladora de temperatura Peltier durante al menos 5 minutos (Figura 2B). Luego, reemplace la tapa de esta nueva placa NGM con la tapa de la placa a la que treparon los gusanos. Utilice la lente del objetivo (x2, NA = 0,5) como objetivo de bajo aumento (Figura 2A).</li>
	<li>Aumente la temperatura de la parte inferior de la placa de Petri de 23 °C a 26 °C para alterar la humedad dentro de esa placa (Figura 2).</li>
	<li>Adquiera imágenes de la superficie interior de la tapa de la placa con la cámara a 20 fotogramas s−1 (vídeo suplementario S1).</li>
	<li>Guarde las imágenes adquiridas en el formato Archivo de imagen etiquetada.</li>
</ol>5. Experimento optogenético
<ol><li>Utilice una lámpara de mercurio de 100 W para suministrar luz azul, filtrada con un juego de filtros. Controle el tiempo de iluminación con precisión mediante un sistema de obturador electromagnético (Figura 2B).</li>
	<li>Mantenga el ZX899 en DFA en estas condiciones durante 5 minutos antes de la iluminación de luz azul.</li>
	<li>Ilumine los gusanos ZX899 adheridos a la tapa de una placa de Petri en la platina del microscopio mantenida a 23 °C.</li>
	<li>Adquiera imágenes de la superficie interior de la tapa de la placa con una cámara a 20 fotogramas s−1 (vídeo complementario S2).</li>
</ol>

Investigación de comportamientos colectivos en nematodos utilizando medio de agar para alimentos para perros

<ol>
	<li>Vicsek, T., Czir&#243;k, A., Ben-Jacob, E., Cohen, I., Shochet, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+type+of+phase+transition+in+a+system+of+self-driven+particles.">Novel type of phase transition in a system of self-driven particles.</a> Physical Review Letters. 75 (6), 1226-1229 (1995).</li><li>Nishiguchi, D., Nagai, K. H., Chat&#233;, H., Sano, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-range+nematic+order+and+anomalous+fluctuations+in+suspensions+of+swimming+filamentous+bacteria.">Long-range nematic order and anomalous fluctuations in suspensions of swimming filamentous bacteria.</a> Physical Review E. 95 (2), 020601-020606 (2017).</li><li>Saw, T. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Topological+defects+in+epithelia+govern+cell+death+and+extrusion.">Topological defects in epithelia govern cell death and extrusion.</a> Nature. 544 (7649), 212-216 (2017).</li><li>Kawaguchi, K., Kageyama, R., Sano, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Topological+defects+control+collective+dynamics+in+neural+progenitor+cell+cultures.">Topological defects control collective dynamics in neural progenitor cell cultures.</a> Nature. 545 (7654), 327-331 (2017).</li><li>Chen, C., Liu, S., Shi, X., Chat&#233;, H., Wu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Weak+synchronization+and+large-scale+collective+oscillation+in+dense+bacterial+suspensions.">Weak synchronization and large-scale collective oscillation in dense bacterial suspensions.</a> Nature. 542 (7640), 210-214 (2017).</li><li>Bricard, A., Caussin, J. -. B., Desreumaux, N., Dauchot, O., Bartolo, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Emergence+of+macroscopic+directed+motion+in+populations+of+motile+colloids.">Emergence of macroscopic directed motion in populations of motile colloids.</a> Nature. 503 (7474), 95-98 (2013).</li><li>Sumino, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+vortex+lattice+emerging+from+collectively+moving+microtubules.">Large-scale vortex lattice emerging from collectively moving microtubules.</a> Nature. 483 (7390), 448-452 (2012).</li><li>Schaller, V., Weber, C., Semmrich, C., Frey, E., Bausch, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polar+patterns+of+driven+filaments.">Polar patterns of driven filaments.</a> Nature. 467 (7311), 73-77 (2010).</li><li>Lin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+whole-brain+activity+to+understand+behaviour.">Imaging whole-brain activity to understand behaviour.</a> Nature Reviews Physics. 4 (5), 292-305 (2022).</li><li>Sugi, T., Ito, H., Nishimura, M., Nagai, K. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=C.+elegans+collectively+forms+dynamical+networks.">C. elegans collectively forms dynamical networks.</a> Nature Communications. 10 (1), 1-9 (2019).</li><li>Corsi, A. K., Wightman, B., Chalfie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+transparent+window+into+biology:+a+primer+on+Caenorhabditis+elegans.">A transparent window into biology: a primer on Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 200 (2), 387-407 (2015).</li><li>Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetics+of+Caenorhabditis+elegans.">The genetics of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 77 (1), 71-94 (1974).</li><li>Stirman, J. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+multimodal+optical+control+of+neurons+and+muscles+in+freely+behaving+Caenorhabditis+elegans.">Real-time multimodal optical control of neurons and muscles in freely behaving Caenorhabditis elegans.</a> Nature Methods. 8 (2), 153-158 (2011).</li><li>Tanaka, R., Okumura, E., Yoshiga, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+method+to+collect+phoretically+active+dauer+larvae+of+Caenorhabditis+japonica.">A simple method to collect phoretically active dauer larvae of Caenorhabditis japonica.</a> Nematological Research. 40 (1), 7-12 (2010).</li><li>Hara, A. H., Lindegren, J. E., Kaya, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monoxenic+mass+production+of+the+entomogenous+nematode+Neoaplectana+carpocapsae.">Monoxenic mass production of the entomogenous nematode Neoaplectana carpocapsae.</a> Weiser on dog food/agar medium. 16, 1-8 (1981).</li><li>de Bono, M., Bargmann, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Natural+variation+in+a+neuropeptide+Y+receptor+homolog+modifies+social+behavior+and+food+response+in+C.">Natural variation in a neuropeptide Y receptor homolog modifies social behavior and food response in C.</a> elegans. Cell. 94 (5), 679-689 (1998).</li><li>Artyukhin, A. B., Yim, J. J., Cheong, M. C., Avery, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Starvation-induced+collective+behavior+in+C.">Starvation-induced collective behavior in C.</a> elegans. Scientific Reports. 5, 10647 (2015).</li><li>Ding, S. S., Schumacher, L. J., Javer, A. E., Endres, R. G., Brown, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shared+behavioral+mechanisms+underlie+C.+elegans+aggregation+and+swarming.">Shared behavioral mechanisms underlie C. elegans aggregation and swarming.</a> eLife. 8, 1181 (2019).</li><li>Chen, Y., Ferrell, J. E. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=elegans+colony+formation+as+a+condensation+phenomenon.">elegans colony formation as a condensation phenomenon.</a> Nature Communications. 12 (1), 4947 (2021).</li><li>Chiba, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caenorhabditis+elegans+transfers+across+a+gap+under+an+electric+field+as+dispersal+behavior.">Caenorhabditis elegans transfers across a gap under an electric field as dispersal behavior.</a> Current Biology. 33 (13), 2668-2677 (2023).</li><li>Ioannou, C. C., Guttal, V., Couzin, I. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predatory+fish+select+for+coordinated+collective+motion+in+virtual+prey.">Predatory fish select for coordinated collective motion in virtual prey.</a> Science. 337 (6099), 1212-1215 (2012).</li><li>Couzin, I. D., Krause, J., Franks, N. R., Levin, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effective+leadership+and+decision-making+in+animal+groups+on+the+move.">Effective leadership and decision-making in animal groups on the move.</a> Nature. 433 (7025), 513-516 (2005).</li><li>Sumpter, D. J. T., Krause, J., James, R., Couzin, I. D., Ward, A. J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Consensus+decision+making+by+fish.">Consensus decision making by fish.</a> Current Biology: CB. 18 (22), 1773-1777 (2008).</li><li>Sugi, T., Nishida, Y., Mori, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+behavioral+plasticity+by+systemic+temperature+signaling+in+Caenorhabditis+elegans.">Regulation of behavioral plasticity by systemic temperature signaling in Caenorhabditis elegans.</a> Nature Neuroscience. 14 (8), 984-992 (2011).</li><li>Russell, J., Vidal-Gadea, A. G., Makay, A., Lanam, C., Pierce-Shimomura, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Humidity+sensation+requires+both+mechanosensory+and+thermosensory+pathways+in+Caenorhabditis+elegans.">Humidity sensation requires both mechanosensory and thermosensory pathways in Caenorhabditis elegans.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111 (22), 8269-8274 (2014).</li></ol>

Los autores no tienen conflictos de intereses que declarar.

En este estudio, mostramos un protocolo para preparar un sistema para el comportamiento colectivo a gran escala de C. elegans en el laboratorio. El método basado en DFA se estableció originalmente con Caenorhabditis japonica14 y Neoaplectana carpocapsae Weiser15, ambos animales no modelo. Sin embargo, este método no se aplicó para investigar comportamientos colectivos. El C. elegans es un animal modelo genéticamente tratable<sup clas...

Tanto los no científicos como los científicos están fascinados con los comportamientos colectivos de los animales, como en las bandadas de pájaros y los bancos de peces. Los comportamientos colectivos se han analizado en una amplia gama de campos, como la física, la biología, las matemáticas y la robótica. En particular, la física de la materia activa es un campo de investigación en crecimiento que se centra en sistemas compuestos por elementos autopropulsados, es decir, sistemas disipativos, como bandadas de aves, bancos de peces, biopelículas de bacterias móviles, citoesqueletos compuestos por moléculas activas y grupos de coloides autopropulsados. La teoría de la física de la materia activa sostiene que, por muy complejos que sean los comportamientos de los individuos, los movimientos colectivos de un gran número de seres vivos se rigen por un pequeño número de reglas simples. Por ejemplo, el modelo de Vicsek, candidato para una descripción unificada del movimiento colectivo de partículas autopropulsadas, predice que se requiere una interacción de alineación de corto alcance de objetos en movimiento para formar una fase ordenada de largo alcance con fluctuación excéntrica en 2D, como en las manadas de animales1. Los enfoques experimentales de arriba hacia abajo relacionados con la física de la materia activa se están desarrollando rápidamente. Experimentos previos confirmaron la formación de una fase ordenada de largo alcance en Escherichiacoli 2. Otros trabajos recientes emplearon células 3,4, bacterias5, coloides móviles6 o proteínas en movimiento 7,8. Modelos minimalistas simples, como el modelo de Vicsek, describieron con éxito estos fenómenos reales. A diferencia de estos sistemas experimentales unicelulares, los comportamientos colectivos de los animales suelen observarse en la naturaleza, ya que nadie podría esperar realizar experimentos controlados con 10.000 aves o peces reales.
Los biólogos comparten el mismo interés que los físicos: cómo los individuos interactúan entre sí y se comportan funcionalmente como grupo. Uno de los campos de investigación tradicionales para analizar el comportamiento individual es la neurociencia, en la que se han examinado los mecanismos subyacentes al comportamiento a nivel neuronal y molecular. Hasta ahora se han desarrollado muchos enfoques neurocientíficos de abajo hacia arriba. Los enfoques de arriba hacia abajo en física y los enfoques de abajo hacia arriba en biología pueden facilitarse utilizando animales modelo como la mosca de la fruta, el gusano Caenorhabditis elegans y el ratón9. Sin embargo, ha habido pocos hallazgos sobre el comportamiento colectivo a gran escala de estos animales modelo en el laboratorio10; Todavía es difícil preparar animales modelo genéticamente tratables a gran escala en el laboratorio. Por lo tanto, en la investigación actual sobre comportamientos colectivos en biología y física, ha sido difícil para los científicos que suelen investigar en el laboratorio estudiar los comportamientos colectivos de los animales.
En este estudio, establecimos un método para el cultivo a gran escala de nematodos para estudiar sus comportamientos colectivos. Este sistema nos permite cambiar las condiciones ambientales y examinar el efecto de la locomoción a nivel individual en los comportamientos colectivos utilizando mutantes10. En física de la materia activa, los parámetros del modelo matemático se pueden controlar tanto en experimentos como en simulaciones, lo que permite verificar ese modelo para identificar descripciones unificadas. La genética se utiliza para comprender el mecanismo del circuito neuronal que subyace al comportamiento colectivo11.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Escherichia coli and C. elegans strains</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E. coli OP50</td>
			<td>Caenorhabditis Genetics Center</td>
			<td>OP50</td>
			<td>Food for C. elegans. Uracil auxotroph. E. coli B.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>lite-1(ce314); ljIs123[mec-4p::ChR2, unc-122p::RFP]</td>
			<td>author</td>
			<td>ZX899</td>
			<td>lite-1(ce314) mutant carrying the genes expressing ChR2 and RFP under the control of the mec-4 and unc-122 promoter, respectively</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N2 Bristrol</td>
			<td>Caenorhabditis Genetics Center</td>
			<td></td>
			<td>Wild-type C. elegans strain</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>For worm cultivation</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar purified, powder</td>
			<td>Nakarai tesque</td>
			<td>01162-15</td>
			<td>For preparation of NGM plates</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>All-trans retinal</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R2500</td>
			<td>For optogenetics</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacto pepton</td>
			<td>Becton Dickinson</td>
			<td>211677</td>
			<td>For preparation of NGM plates</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium chloride</td>
			<td>Wako</td>
			<td>036-00485</td>
			<td>For preparation of NGM plates</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cholesterol</td>
			<td>Wako</td>
			<td>034-03002</td>
			<td>For preparation of NGM plates</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>di-Photassium hydrogenphosphate</td>
			<td>Nakarai tesque</td>
			<td>28727-95</td>
			<td>For preparation of NGM plates</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dog food</td>
			<td>Nihon Pet Food</td>
			<td>VITA-ONE</td>
			<td>For preparation of dog food agar medium</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB broth, Lennox</td>
			<td>Nakarai tesque</td>
			<td>20066-95</td>
			<td>For culture of E. coli OP50</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium sulfate anhydrous</td>
			<td>TGI</td>
			<td>M1890</td>
			<td>For preparation of NGM plates</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dishes (60 mm)</td>
			<td>Nunc</td>
			<td>150270</td>
			<td>For preparation of NGM plates</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium Dihydrogenphosphate</td>
			<td>Nakarai tesque</td>
			<td>28720-65</td>
			<td>For preparation of NGM plates</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Chloride</td>
			<td>Nakarai tesque</td>
			<td>31320-05</td>
			<td>For preparation of NGM plates</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Observation</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Computer</td>
			<td>CT solution</td>
			<td>CS6229</td>
			<td>Windows10 Pro with Intel Xeon Gold 6238R CPU and 768 GB of RAM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CMOS Camera</td>
			<td>Hamamatsu photonics&#160;</td>
			<td>ORCA-Lightning C14120-20P</td>
			<td>For data acquisition</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CMOS Camera</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>DP74</td>
			<td>For data acquisition</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope with SZX-MGFP set</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>MVX10</td>
			<td>For data acquisition</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>x2 Objective lens</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>MV PLAPO 2XC</td>
			<td>Working distance 20 mm and numerical aperture 0.5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shutter control</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shutter</td>
			<td>OptoSigma</td>
			<td>BSH2-RIX</td>
			<td>For controlling temporal pattern of&#160; light illumination</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shutter controller</td>
			<td>OptoSigma</td>
			<td>SSH-C2B-A</td>
			<td>For controlling temporal pattern of&#160; light illumination</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Temperature control</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Peltier temperature controller unit</td>
			<td>VICS</td>
			<td>WLVPU-30</td>
			<td>For controlling humidity inside a Petri plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UNI-THEMO CONTROLLER</td>
			<td>Ampere</td>
			<td>UTC-100</td>
			<td>For controlling humidity inside a Petri plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Data acquisition software</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HCImage</td>
			<td>Hamamatsu photonics</td>
			<td></td>
			<td>For data acquisition</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

the large-scale cultivation of nematodes to study their collective behaviors

Los animales exhiben comportamientos colectivos dinámicos, como se observa en bandadas de aves, bancos de peces y multitudes de humanos. Los comportamientos colectivos de los animales han sido investigados tanto en los campos de la biología como de la física. En el laboratorio, los investigadores han utilizado varios animales modelo, como la mosca de la fruta y el pez cebra, durante aproximadamente un siglo, pero sigue siendo un gran desafío estudiar el comportamiento colectivo complejo a gran escala orquestado por estos animales modelo genéticamente manejables. En este trabajo se presenta un protocolo para crear un sistema experimental de comportamientos colectivos en Caenorhabditis elegans. Los gusanos propagados trepan por la tapa de la placa de Petri y muestran un comportamiento de enjambre colectivo. El sistema también controla las interacciones y comportamientos de los gusanos cambiando la humedad y la estimulación de la luz. Este sistema nos permite examinar los mecanismos subyacentes a los comportamientos colectivos mediante el cambio de las condiciones ambientales y el examen de los efectos de la locomoción a nivel individual en los comportamientos colectivos utilizando mutantes. Por lo tanto, el sistema es útil para futuras investigaciones tanto en física como en biología.

Both nonscientists and scientists are fascinated with animals&#39; collective behaviors, as in flocks of birds and schools of fish. Collective behaviors have been analyzed in a broad range of fields, including physics, biology, mathematics, and robotics. In particular, active matter physics is a growing research field that focuses on systems composed of self-propelled elements, that is, dissipative systems, such as flocks of birds, schools of fish, biofilms of motile bacteria, cytoskeletons composed of active molecules, and groups of self-propelled colloids. The theory of active matter physics maintains that however complex the behaviors of individuals are, the collective motions of enormous numbers of living things are governed by a small number of simple rules. For example, the Vicsek model, a candidate for a unified description of the collective motion of self-propelled particles, predicts that short-range alignment interaction of moving objects is required to form a long-range ordered phase with eccentric fluctuation in 2D, as in herds of animals1. Top-down experimental approaches pertaining to the physics of active matter are developing rapidly. Previous experiments confirmed the formation of a long-range ordered phase in Escherichia coli2. Other recent works&#160;employed cells3,4, bacteria5, motile colloids6, or moving proteins7,8. Simple minimal models such as the Vicsek model successfully described these real phenomena. In contrast with these unicellular experimental systems, collective behaviors by animals are usually observed in the wild, as no one could hope to perform controlled experiments with 10,000 real birds or fish.
Biologists share the same interest as physicists: how individuals interact with each other and functionally behave as a group. One of the traditional research fields for analyzing individual behavior is neuroscience, in which the mechanisms underlying behavior have been examined at the neuronal and molecular levels. Many neuroscientific bottom-up approaches have been developed thus far. Top-down approaches in physics and bottom-up approaches in biology can be facilitated using model animals such as the fruit fly, the worm Caenorhabditis elegans, and the mouse9. However, there have been few findings on the large-scale collective behavior of these model animals in the laboratory10; it is still difficult to prepare genetically tractable model animals on a large scale in the laboratory. Therefore, in current research on collective behaviors in biology and physics, it has been difficult for scientists who usually do research in the laboratory to study animals&#39; collective behaviors.
In this study, we established a method for the large-scale cultivation of nematodes to study their collective behaviors. This system allows us to change environmental conditions and examine the effect of individual-level locomotion on collective behaviors using mutants10. In active matter physics, the parameters of the mathematical model can be controlled in both experiments and simulations, which enables verification of that model for identifying unified descriptions. Genetics is used to understand the neural circuit mechanism underlying collective behavior11.

Autor destacado: Análisis colectivo del comportamiento del nematodo, Caenorhabditis elegans

El cultivo a gran escala de nematodos para estudiar sus comportamientos colectivos

We are studying the mechanism underlying collective behavior from the perspective of active metaphysics and neuroscience. In the research field of collective behavior, experimental system has been established using non-living things and at the cellular level. However, it remains still challenging to design the animal-level experimental system to study the collective behavior in the laboratory.We successfully reconstructed the collective behavior with traditionally used model animal, nematode C.elegans. This system make it possible to control the parameter with mathematical model proposed for animals'collective behavior, and studies the neuromechanism underlying collective behavior using molecular genetics.

Aquí, se utilizaron gusanos dauer de tipo salvaje para observaciones colectivas del comportamiento. Los gusanos se cultivaron a 23 °C durante aproximadamente 10-14 días y subieron hasta la superficie interna de la tapa de una placa mediana DFA. En el día experimental, solo la tapa se transfirió a una nueva placa NGM sin E. coli y medio DFA. La parte inferior de esta placa de Petri se mantuvo inicialmente a 23 °C utilizando el sistema Peltier, y luego se aumentó su temperatura a 26 °C. Se tomó una pelí...

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Aquí, se reporta un sistema para estudiar los comportamientos colectivos de los nematodos mediante su cultivo a granel utilizando medio agar alimento para perros. Este sistema permite a los investigadores propagar un gran número de gusanos dauer y se puede aplicar a Caenorhabditis elegans y otras especies relacionadas.

Animals exhibit dynamic collective behaviors, as observed in flocks of birds, schools of fish, and crowds of humans. The collective behaviors of animals ...

Estamos estudiando el mecanismo que subyace al comportamiento colectivo desde la perspectiva de la metafísica activa y la neurociencia. En el campo de la investigación del comportamiento colectivo, se ha establecido un sistema experimental utilizando seres no vivos y a nivel celular. Sin embargo, sigue siendo un reto diseñar el sistema experimental a nivel animal para estudiar el comportamiento colectivo en el laboratorio.Reconstruimos con éxito el comportamiento colectivo con el animal modelo utilizado tradicionalmente, el nematodo C.elegans. Este sistema permite controlar el parámetro con modelo matemático propuesto para el comportamiento colectivo de los animales, y estudia el neuromecanismo subyacente al comportamiento colectivo mediante genética molecular.

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Research

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Biology

The Large-Scale Cultivation of Nematodes to Study Their Collective Behaviors

424 vistas.  Hiroshima University. Estamos estudiando el mecanismo que subyace al comportamiento colectivo desde la perspectiva de la metafísica activa y la neurociencia. En el campo de la investigación del comportamiento colectivo, se ha establecido un sistema experimental utilizando seres no vivos y a nivel celular. Sin embargo, sigue siendo un reto diseñar el sistema experimental a nivel animal para estudiar el comportamiento colectivo en el laboratorio.Reconstruimos con éxito el comportamiento colectivo con el a...

Video: Autor destacado: Análisis colectivo del comportamiento del nematodo, Caenorhabditis elegans

Animals exhibit dynamic collective behaviors, as observed in flocks of birds, schools of fish, and crowds of humans. The collective behaviors of animals have been investigated in the fields of both biology and physics. In the laboratory, researchers have used various model animals such as the fruit fly and zebrafish for approximately a century, but it has remained a major challenge to study large-scale complex collective behavior orchestrated by these genetically tractable model animals. This paper presents a protocol to create an experimental system of collective behaviors in Caenorhabditis elegans. The propagated worms climb on the lid of the Petri plate and show collective swarming behavior. The system also controls worm interactions and behaviors by changing the humidity and light stimulation. This system allows us to examine the mechanisms underlying collective behaviors by changing environmental conditions and examining the effects of individual-level locomotion on collective behaviors using mutants. Thus, the system is useful for future research in both physics and biology.

Here, a system is reported for studying the collective behaviors of nematodes by culturing them in bulk using dog food agar medium. This system allows researchers to propagate large numbers of dauer worms and can be applied to Caenorhabditis elegans and other related species.

Investigación

Biología

Nematode Worm Culture in Dog Food Agar Plates for Behavioral Analysis

Begin by placing four adult worms on an nematode growth medium or NGM agar plate seeded with E.coli OP50. Grow the first generation worms to starvation on the NGM plate at a temperature of 23 degrees Celsius for seven days. Next, transfer small amounts of dog food agar or DFA medium to the center of a new NGM plate seeded with E.coli OP50.For optogenetic experiments, pour 40 microliters of all-trans-retinal onto the DFA prior to worm inoculation. Next place, 0.5 milligrams of dog food on the DFA medium, about two millimeters away from the plate lid. Avoid contamination by irradiating the NGM plate with ultraviolet light for 15 minutes.Gather the starved worms from the NGM plates using sterilized water. Then inoculate the gathered worms onto the DFA medium located on the NGM. Propagate the worms at 23 degrees Celsius, enabling them to climb towards the plate lid over 10 to 14 days.Increased humidity exhibited larger compartment sizes of the worm network patterns before ultimately collapsing, leaving dormant worm clusters on the inner surface of the lid.

Cultivo de gusanos nematodos en placas de agar para alimentos para perros para análisis de comportamiento

Observation of the Collective Behavior and Optogenetic Experimentation of Nematode Dauer Worms

Begin by placing a new NGM plate devoid of E.coli and DFA onto an aluminum plate On the stage of a macro zoom microscope. Use a Peltier temperature controller unit to maintain the plate bottom at 23 degrees Celsius temperature for at least five minutes. Next, replace the plate with the lid of a plate that the nematode worms have climbed up onto.Increase the temperature of the plate bottom to 26 degrees Celsius to change the interior humidity. Now, capture images of the inner surface of the plate lid at 20 frames per second using the microscope camera, keep the ZX899 worms on DFA, maintaining this condition for five minutes before illumination. Now illuminate the ZX899 worms attached to a Petri plate lid, maintained at 23 degrees Celsius.Capture the images of the inner plate surface at 20 frames per second. Increased humidity exhibited larger compartment sizes of the worm network patterns before ultimately collapsing, leaving dormant worm clusters on the inner surface of the lid.