Commencez par mélanger et aliquoter 90 à 120 microlitres d’échantillons de formaldéhyde réticulés C. Elegans dans un tube de sonication en polystyrène. Ajoutez un volume égal de tampon de remise en suspension contenant 2 fois plus de détergents. Sonicer dans un sonicateur au bain-marie pendant sept minutes.
Mélangez délicatement l’échantillon par pipetage et répétez la sonication pendant sept minutes supplémentaires. Une fois cela fait, transférez le lysat sonique dans un tube de 1,5 millilitre. Ajouter un demi-volume de tampon de remise en suspension sans détergents.
Après centrifugation à 13 000 G pendant 15 minutes à quatre degrés Celsius, divisez le surnageant de lysat en quatre parties. Stockez la partie lysat d’entrée à moins 20 degrés Celsius dans un tube de 1,5 millilitre. Ajouter 0,5 microgramme de triméthylation anti-H3K9, d’anti-histone H3 ou d’IgG à l’échantillon d’immunoprécipitation ou d’IP approprié.
Incuber la réaction à quatre degrés Celsius pendant la nuit avec rotation. Le lendemain, aliquote les neuf microlitres de billes magnétiques enrobées de protéines G par échantillon IP dans un tube de 1,5 millilitre. Après deux lavages avec un millilitre de FA-150, remettez les billes magnétiques en suspension dans le tampon FA-150.
Une fois cela fait, ajoutez 7,5 microlitres de la suspension de billes magnétiques à chaque mélange d’anticorps IP avant d’incuber les tubes à quatre degrés Celsius pendant deux heures avec rotation. Ensuite, lavez les billes magnétiques sept fois en utilisant au moins 200 microlitres de chaque solution tampon. Incubez chaque lavage à quatre degrés Celsius pendant cinq minutes avec rotation avant de recueillir les billes sur un support magnétique pour aspirer le lavage.
Après avoir aspiré le dernier lavage du tampon, remettez en suspension les billes magnétiques dans 50 microlitres de tampon d’élution IP de chromatine et transférez-les dans un tube de 1,5 millilitre. Après avoir élué l’échantillon dans un ThermoMixer, collectez les billes sur un support magnétique et transférez le surnageant dans un nouveau tube. Répétez l’élution avec 50 microlitres supplémentaires de tampon d’élution d’immunoprécipitation de la chromatine.
Une fois cela fait, prélevez un total de 100 microlitres de surnageant avant de procéder à la réticulation inverse et à l’élution de l’ADN.
