Pour accéder aux plugins open source pour les analyses d’autofluorescence quantitative ou QAF, dans le logiciel Fiji. Cliquez sur Gérer les sites de mise à jour pour ajouter le site de mise à jour des calculs créatifs affiché aux sites de mise à jour préexistants. Pour installer le plug-in de pipeline Spectralis, téléchargez-le et redémarrez Fiji.
Les différents plugins Spectralis seront situés dans le menu déroulant des plugins dans Spectralis ou Spectralis batch. Les fichiers d’exportation XML Spectralis QAF stockés au format rouge, vert, bleu ou RVB sont limités à une échelle de valeurs AF mesurées de zéro à 255 et incluent des régions d’étalonnage standard et noires. Pour produire une image QAF, ouvrez le menu déroulant des plugins.
Cliquez sur Spectralis, sélectionnez Lecteur XML QAF et supprimez l’écran d’ouverture. Une nouvelle fenêtre affichant l’invite, choisissez un répertoire contenant une exportation spectrale XML QAF apparaîtra. Sélectionnez le répertoire et cliquez sur Sélectionner.
Dans la fenêtre, les paramètres QAF entrent le facteur d’étalonnage de référence ou RCF inclus dans les informations de l’image, ainsi que l’âge du patient au moment où l’image a été prise. Après avoir cliqué sur OK, lorsqu’une fenêtre contextuelle intitulée Mapper sur huit bits s’affiche, entrez la valeur QAF minimale ou minimale QAF, ainsi que la valeur maximale QAF ou QAF max pour une image QAF codée par couleur. Pour ajouter une image à la fois sous plug-ins, sélectionnez Spectralis, puis Ajouter à la retina_OCT standard, puis fermez l’écran d’ouverture.
Lorsqu’une fenêtre s’affiche, choisissez un répertoire contenant une exportation XML Spectralis OCT. Sélectionnez le dossier et cliquez sur Sélectionner pour ouvrir le BScan. Une fois le volume OCT chargé et l’invite, choisissez un répertoire contenant les images de visage enregistrées qui s’affichent.
Sélectionnez le dossier approprié et cliquez sur Sélectionner. À ce stade, trois fenêtres apparaîtront. L’une d’entre elles s’intitule Pile de visages, affichant les images empilées du dossier sélectionné.
La deuxième pile BScan étiquetée, affichant l’analyse OCTB, et la deuxième ou la troisième intitulée choisir la modalité. Sélectionnez une modalité dans la pile en Face. Lorsqu’une nouvelle fenêtre avec l’invite, choisissez un répertoire contenant la rétine standard s’affiche, sélectionnez ou créez le répertoire contenant la rétine standard.
Examinez la nouvelle rétine standard, faites défiler et déplacez le curseur pour afficher la moyenne et l’écart-type pour cet emplacement spécifique. Cliquez sur le bouton Accepter, soit pour ajouter la dernière photo à la rétine standard, soit pour la jeter. Pour ajouter plusieurs images à la fois à l’aide de Batch_QAF_ rétine standard, préparez d’abord un manifeste.
txt dans le même dossier que les ID de cas. Le chemin relatif entre l’emplacement du fichier dot txt et l’OCT et la pile enFace doit être répertorié et séparé par un espace de tabulation sans espace blanc supplémentaire avant et après les noms. Pour faire défiler la pile BScan, faites glisser la barre en bas vers la gauche ou la droite, ou sélectionnez le cadre BScan et utilisez les touches fléchées gauche et droite du clavier.
Une vue d’ensemble de la zone actuelle de la pile BScan est fournie par la ligne rouge sur la fenêtre de la pile enFace, et en haut à gauche de la fenêtre BScan où le numéro BScan est affiché. Pour marquer une région, sélectionnez marquer dans le segment de ligne de dessin dans la fenêtre BScan, et commencez par cliquer avec le bouton droit de la souris et faites glisser le curseur de la souris jusqu’à l’extrémité de la lésion. Appuyez sur la touche plus pour effectuer un zoom avant et sur la touche moins pour effectuer un zoom arrière.
Enfin, cliquez sur OK pour marquer la région qui vous intéresse. L’image QAF d’un œil d’un patient de 84 ans atteint de dégénérescence maculaire liée à l’âge intermédiaire, a montré un drusen mou singulier marqué. Un gros plan de la zone montrait un centre brun représentant les drusen marqués, et des bandes colorées représentant les trous ISO environnants.
Le fichier de sortie contenait l’ID du cas, la latéralité du fichier et la modalité d’imagerie choisie. Chaque ligne faisait référence à un trou ISO, dont les distances par rapport au bord extérieur de la lésion étaient spécifiées dans les colonnes inférieure et supérieure de la feuille de calcul. Les mesures QAF contenaient la médiane minimale et les valeurs maximales d’un pixel dans un trou ISO, le nombre de pixels, la valeur moyenne des pixels et l’écart-type de la moyenne.
L’image QAF d’un œil d’un patient de 80 ans atteint de dégénérescence maculaire liée à l’âge précoce a montré des dépôts drusénoïdes sous-rétiniens. Autour de chaque lésion marquée, les trous ISO étaient représentés avec un code couleur.
