Pour commencer l’étalonnage du spectromètre de masse ou de l’étalonnage MS pour LC-TIMS-TOF-MS/MS, ouvrez le logiciel de contrôle TIMS et, sous le sous-onglet d’étalonnage, cliquez sur m/z, sélectionnez Tuning Mix dans la boîte de dépôt, puis cliquez sur Calibrer dans le coin inférieur droit. Continuez à cliquer sur calibrer jusqu’à ce qu’un score de 100 % soit atteint. Sélectionnez maintenant l’onglet mobilité et suivez les mêmes étapes que celles illustrées jusqu’à ce que le score d’étalonnage de 100 % soit atteint.
Pour générer chaque point d’étalonnage dans la courbe d’étalonnage, ajoutez 10 microlitres de mélange d’étalons internes deutérés au mélange d’étalons internes lipidiques. Préparez sept échantillons enrichis pour sept points d’étalonnage dans la plage souhaitée. À l’aide du logiciel d’analyse de données, annotez manuellement les chaînes d’acides gras en fonction des modèles MS/MS passifs.
Pour déterminer l’efficacité du marquage des isotopes stables, ou SIL, calculez le rapport entre l’aire des isotopes contenant du SIL et l’aire des isotopes ne contenant pas de SIL. Calculez le modèle théorique en déterminant la probabilité de trouver un atome marqué sur n’importe quel site. Calculez l’enrichissement SIL en ajustant les profils isotopiques expérimentaux avec le modèle théorique simulé sur un logiciel d’analyse de données.
Pour démarrer la course, activez le four à colonne en cliquant sur le bouton du thermomètre et activez les pompes en cliquant sur le bouton de la vanne. Définissez la méthode MS sur la méthode appropriée enregistrée précédemment. Vérifiez que le volume d’injection est de cinq microlitres, alignez le flacon d’une cible à 20 contre un, puis enregistrez la liste d’échantillons.
Démarrez la séquence et confirmez la réussite de l’injection par le message indiquant injecté, affiché sur le système. Copiez la première ligne et collez-la ci-dessous pour générer une nouvelle ligne deux. Remplissez la ligne deux avec des échantillons en fonction de l’expérience.
Assurez-vous que la position correcte dans l’échantillonneur automatique est utilisée. Si les phases mobiles sont fraîches, effectuez d’abord un test de forme de pic avec les étalons de mélange de lipides du fabricant, afin de le comparer avec les résultats précédents. Le mélange de lipides et les étalons sont affichés à l’écran.
Assurez-vous que les nouvelles lignes ont la bonne méthode de séparation, et non la méthode de préconditionnement utilisée dans la première ligne. Assurez-vous que la méthode MS saisie est correcte. Vérifiez que la méthode de traitement correcte est chargée et que l’exécution du processus automatisé est activée.
Enregistrez la liste d’échantillons pour vous assurer que les échantillons sont analysés une fois l’exécution en cours terminée.
