איזוטופים של כלור קיימים כ־^35Cl ו־^37Cl ביחס של 1:3, בעוד שאיזוטופים של ברום קיימים כ־^79Br ו־^81Br ביחס של 1:1. הספקטרום של מסות האלקיל הלידים מציג בדרך כלל שני פיקי יון מולקולרי: שיא היון המולקולרי, [M], ושיא ה־[M + 2]. גובהם היחסי של שני הפיקים הללו תואם את יחס השפע האיזוטופי של ההליד. לדוגמה, 2-כלורופרופן ו-1-ברומופרופן מציגים שני פיקים בגבהים יחסיים ביחס של 1:3 ו־1:1, בהתאמה.

באלקיל הלידים, אובדן של אלקטרון בלתי קושר מההלוגן יוצר יונים מולקולריים. הפיק הבסיסי נובע מפיצול הטרוליטי של הקשר פחמן–הלוגן, שבו האלקטרונים נקשרים לאטום האלקטרושלילי ביותר, ויוצרים קטיון ואטום הלוגן. באופן מעניין, פיצול ⍺-cleavage נצפה רק באלקיל כלורידים ולא באלקיל ברומידים. באלקיל כלורידים, הקשרים C–Cl ו־C–C בעלי עוצמות דומות, בעוד שבאלקיל ברומידים הקשר C–Br חלש יותר מהקשר C–C. כתוצאה מכך, באלקיל כלורידים נוצר קטיון יציב, שבו המטען החיובי מתחלק בין שני האטומים.

בעוד שפחות דנים בכך, פלואורו-אלקנים ויודו-אלקנים מפגינים התנהגות פיצול ייחודית. פלואורו-אלקנים, בשל עוצמת הקשר C–F והימצאותו של איזוטופ אחד בלבד (^19F), מציגים פיצול מוגבל וחוסר בפיקי איזוטופים. יודו-אלקנים, עם הקשר החלש C–I ואיזוטופ בודד (^127I), מתפצלים בעיקר באמצעות אובדן היוד, מה שמוביל לספקטרום פשוט יותר עם פחות פיצול איזוטופי.