ברזולוציה גבוהה<em&gt; In vivo</em&gt; פרוטוקול פילוח ידני לאדם בהיפוקמפוס תת תחומים באמצעות הדמיה בתהודה מגנטית 3T

Summary

The goal of this manuscript is to study the hippocampus and hippocampal subfields using MRI. The manuscript describes a protocol for segmenting the hippocampus and five hippocampal substructures: cornu ammonis (CA) 1, CA2/CA3, CA4/dentate gyrus, strata radiatum/lacunosum/moleculare, and subiculum.

Abstract

ההיפוקמפוס האדם נחקר בהרחבה בהקשר של זיכרון ותפקוד התקין של המוח ותפקידה בהפרעות נוירו-פסיכיאטריות שונות נחקר בכבדות. בעוד שמחקרי הדמיה רבים לטפל בהיפוקמפוס כמבנה neuroanatomical אחיד אחת, זה הוא, למעשה, מורכב מכמה תתי תחומים שיש להם גיאומטריה תלת-ממדית מורכבת. ככזה, הוא ידוע כי תת תחומים אלה לבצע פעולות מיוחדות ומושפעים באופן דיפרנציאלי בקורס של מדינות מחלה שונות. הדמיה בתהודה מגנטית (MR) יכולה לשמש ככלי רב עוצמה כדי לחקור את המורפולוגיה של ההיפוקמפוס ותת תחומיה. קבוצות רבות משתמשות בתוכנת הדמיה מתקדמת וחומרה (> 3T) לתמונה תת תחומים; עם זאת סוג זה של טכנולוגיה לא יכול להיות זמין ברוב מרכזי מחקר והדמיה קלינית. כדי לענות על צורך זה, כתב היד הזה מספק פרוטוקול צעד-אחר-צעד מפורט לפילוח האורך הקדמי, אחורי המלאשל ההיפוקמפוס ותת תחומיה: קורנו ammonis (CA) 1, Ca 2 / CA3, CA4 / gyrus המשונן (DG), radiatum / lacunosum / moleculare שכבות (SR / SL / SM), וsubiculum. פרוטוקול זה יושם עד חמישה נושאים (3F, 2M, גיל 29-57, ממוצע 37.). אמינות פרוטוקול נבחנת על ידי resegmenting ימין או שמאל של ההיפוקמפוס כל נושא והמחשוב החפיפה באמצעות מדד Kappa של הקוביות. אומר קאפה של הקוביות (טווח) על פני חמישה הנושאים הם: כל ההיפוקמפוס, 0.91 (0.90-.92); CA1, 0.78 (.77-0.79); Ca 2 / CA3, 0.64 (0.56-.73); CA4 / gyrus המשונן, 0.83 (.81-0.85); radiatum / lacunosum / moleculare שכבות, 0.71 (0.68-.73); וsubiculum 0.75 (.72-.78). פרוטוקול הפילוח מוצג כאן מספק מעבדות אחרות עם שיטה אמינה ללמוד ההיפוקמפוס ותת תחומים בהיפוקמפוס בvivo באמצעות כלים MR זמינים בדרך כלל.

Introduction

ההיפוקמפוס הוא מבנה נחקר באופן נרחב המדיאלי זמני אונה המשויך לזיכרון אפיזודי, ניווט במרחב, ותפקודים קוגניטיביים אחרים ^10,31. תפקידה בהפרעות ניווניות ונוירו-פסיכיאטריות כגון של מחלת אלצהיימר, סכיזופרניה, הפרעה דו קוטבית ומתועד היטב ^{4,5,18,24,30.} המטרה של כתב היד הזה היא לספק פרטים נוספים לפרוטוקול הפילוח הידני שפורסם בעבר ³⁴ לתת תחומים בהיפוקמפוס אדם בתמונות ברזולוציה גבוהה בתהודה מגנטית (MR) רכשו ב3T. בנוסף, רכיב הווידאו הנלווה כתב היד הזה יספק סיוע נוסף לחוקרים המבקשים ליישם את הפרוטוקול על מערכי נתונים שלהם.

ההיפוקמפוס ניתן לחלק את תת תחומים המבוססים על הבדלי cytoarchitectonic נצפו שלאחר המוות בהכין-היסטולוגית דגימות ^12,22. דגימות שלאחר המוות כזה להגדיר grouND אמת לזיהוי ולמחקר של תת תחומים בהיפוקמפוס; עם זאת הכנות מסוג זה דורשים כישורים מיוחדים וציוד לצביעה, ומוגבלות על ידי הזמינות של רקמה קבועה, במיוחד באוכלוסיות חולות. יש הדמיה vivo היתרון של בריכה הרבה יותר גדולה של נושאים, וגם מציגה את ההזדמנות להמשך על לימודים ושינויי התבוננות באוכלוסיות. למרות שהוכח כי עוצמות אות בתמונות MR vivo משוקללות-T2 לשעבר משקף צפיפות סלולרית ^13, זה עדיין קשה לזהות גבולות הבלתי מעורער בין תת תחומים באמצעות אך ורק בעוצמות אות MR. ככזה, מספר גישות שונות לזיהוי פרטים ברמת היסטולוגיה על תמונות MR פותחו.

חלק מהקבוצות עשו מאמצים כדי לשחזר ועברו דיגיטציה מערכי נתונים היסטולוגית ולאחר מכן להשתמש בשחזורים אלה יחד עם טכניקות רישום תמונה למקם neuroanat subfield בהיפוקמפוסomy על in vivo MR ^{1,2,8,9,14,15,17,32.} אמנם זה טכניקה יעילה למיפוי גרסה של אמת הקרקע היסטולוגית ישירות על גבי תמונות MR, שחזורים מסוג זה הם קשים כדי להשלים. פרויקטים כגון אלה מוגבלים בזמינות של דגימות שלמות המדיאלי זמניות אונה, טכניקות היסטולוגית, אובדן נתונים במהלך עיבוד היסטולוגית, וחוסר עקביות מורפולוגיים המהותית בין מוח vivo הקבוע וב. קבוצות אחרות השתמשו סורקים גבוה שדה (7T או 9.4T) במאמץ לרכוש in vivo או vivo לשעבר תמונות עם קטן מספיק גודל voxel (איזוטרופיים .20-0.35 מ"מ) כדי להמחיש מקומיות מרחבית הבדלים בניגוד תמונה המשמשים ל להסיק גבולות בין תת תחומים ^35,37. אפילו ב7T-9.4T ועם גודל voxel קטן כזה, מאפייני cytoarchitectonic של תת תחומים בהיפוקמפוס אינם גלויים. ככזה, פרוטוקולי פילוח ידניים פותחו שpproximate הגבולות היסטולוגית הידועים על תמונות MR. פרוטוקולים אלה לקבוע גבולות תת שדה על ידי פירוש הבדלים לעומת תמונה מקומיים והגדרת כללים גיאומטריים (כגון קווים ישרים וזוויות) ביחס למבנים גלויים. למרות שתמונות שצולמו בעוצמת שדה גבוהה יכולות להציע תובנה מפורטת לתוך תת תחומים בהיפוקמפוס, סורקים גבוה שדה עדיין לא נפוצים במסגרות קליניות או מחקר, כך פרוטוקולי 7T ו9.4T כיום יש תחולה מוגבלות. פרוטוקולים דומים פותחו עבור תמונות שנאספו על סורקי 3T 4T ^{ו11,20,21,23,24,25,28,33.} רבים מפרוטוקולים אלה מבוססים על תמונות עם ממדי voxel voxels תת-1 מ"מ במישור העטרה, אבל יש לי עוביים גדולים פרוסה (.8-3 מ"מ) ^{11,20,21,23,25,28,33} או מרחקים בין-פרוסה גדולות ^20,28, אשר שניהם לגרום להטיה משמעותית במדידה להערכת כמויות של תת תחומים הבודדים. בנוסף, רב של פרוטוקולי 3T הקיימיםלכלול תת תחומים בחלק של הראש או זנב ^20,23,25,33 היפוקמפוס או כל או לא מספקים פילוחים מפורטים של substructures החשוב (כלומר, לשלב DG עם Ca 2 / CA3 או אינו כולל את שכבות radiatum / lacunosum / moleculare של CA) ^{11,20,21,23,24,25,28,33.} יש אפוא צורך בתחום לתיאור מפורט של פרוטוקול שיכול באופן מהימן לזהות תת תחומים רלוונטיים לאורך כל הראש, הגוף והזנב של ההיפוקמפוס, המבוסס על סורק זמין בדרך כלל במסגרות קליניות ומחקר. נעשה מאמצים כיום על ידי הקבוצה בהיפוקמפוס תת תחומים (www.hippocampalsubfields.com) כדי לאזן את תהליך פילוח subfield היפוקמפוס בין מעבדות, דומה למאמץ הקיים הרמוניזציה לפילוח בהיפוקמפוס כל ^6, ונייר ראשוני השוואת 21 פרוטוקולים קיימים היה לאחרונה פרסם ³⁸ . העבודה מקבוצה זו תהיה עוד יותר להבהיר proce פילוח האופטימליdures.

כתב יד זה מספק הוראות וידאו כתובים ומפורטות ליישום באופן מהימן את פרוטוקול פילוח subfield בהיפוקמפוס שתואר קודם לכן על ידי Winterburn ועמיתים ³⁴ ברזולוציה גבוהה תמונות 3T MR. הפרוטוקול מיושם על חמש תמונות של בקרות בריאים לכל ההיפוקמפוס וחמישה תתי תחומים בהיפוקמפוס (CA1, Ca 2 / CA3, CA4 / gyrus המשונן, radiatum / lacunosum / moleculare שכבות, וsubiculum). תמונות מפולחות אלה זמינות לציבור באינטרנט (cobralab.ca/atlases/Hippocampus). הפרוטוקול והתמונות מפולחות יהיו שימושיים עבור קבוצות שרוצים ללמוד הנוירואנטומיה היפוקמפוס מפורטת בתמונות MR.

Protocol

משתתפי מחקר

הפרוטוקול בכתב היד הזה פותח במשך חמש תמונות נציג ברזולוציה גבוהה שנאספו ממתנדבים בריאים (3F, 2M, גיל 29-57, ממוצע 37.) שהיו ללא הפרעות ומקרים של חבלת ראש חמור נוירולוגיות ונוירו-פסיכיאטריות. כל הנושאים גויסו במרכז להתמכרויות ובריאות נפש (CAMH). המחקר אושר על ידי CAMH מחקר האתיקה ונערך בקנה אחד עם הצהרת הלסינקי. כל הנושאים הניתנים בכתב, הסכמה מהדעת לאיסוף נתונים ושיתוף. לפרטים על רצף הרכישה נהג לאסוף את התמונות האלה, עיינו Winterburn et al., 2013 ופרק et al., 2014 ^26,34 תמונות לכל חמשת הנושאים נבדקו לאיכות ועודפים. ההיפוקמפוס והקיפה ממוצע של 118 פרוסות העטרה בתמונות האלה.

1. תוכנה הוגדר למעלה

1. תצוגה פתוחה: ממסוף באמצעות הפקודה הבאה: תצוגת image_name.mnc -label label_name.mnc. התכנית תפתח 3 חלונות: חלון הדמיית 3D, תמונת 3-כיוון הצגת חלון, וחלון ניווט. גם המסוף ישמש כדי להפעיל את התכנית. הגדלת תצוגת העטרה, כפילוחים יבוצעו coronally. קרב על ההיפוקמפוס. בחר F (פילוח) בחלון הניווט. בחר F (XY רדיוס: 0.1). חלון המסוף ינחה למשתמש "הזן את גודל מברשת XY:". הגדר 0.1. זה יהיה להגדיר את גודל המכחול שלך. המשתמש יכול עכשיו להתחיל ציור היפוקמפוס על תמונת MR.

2. פילוח ידני Hippocampus כל הפריטים

1. הגדרה: שימוש תמונה משוקלל T1, גלול לפרוסה הקדמית-רוב העטרה של ההיפוקמפוס. כדי לקדם את הפרוסות בכיוון הקדמי, השתמש במקש "+"; להשתמש ב-- המפתח ללנוע בכיוון האחורי ''.
2. Slice: קדמי, רוב Slice: שימוש בלחיצה הימנית על העכבר, לצייר את הגבול החיצוני-רוב החומר האפור בהיפוקמפוס שבו עומד בחומר לבן באונה הטמפורלית מסביב ולהשתמש בחומר לבן בעוצמה גבוהה של alveus כדי לסייע בגבול העליון, שבו ההיפוקמפוס עומד באמיגדלה ^12,22. השתמש במקש E (מילוי לייבל) בתפריט הפילוח של חלון הניווט כדי למלא את התווית בתוך הגבול. תמשיך לחול גבולות אלה בראש בהיפוקמפוס הקדמי.
3. Slice B: היפוקמפוס ראש 1 (איור 1):
   1. גבולות מעולים, נחות, לרוחב, המדיאלי: המשיכו לצייר את הגבולות כפי שתוארו בשלב 2.2, באמצעות החומר הלבן של האונה הטמפורלית וalveus כמדריך.
   2. גבול Supero-מדיאלי: לשם כך, באמצעות התצוגה הצירית, למתוח קו אופקי מהקצה הקדמי של ההיפוקמפוס רוחב ^29, ולכלול כל דבר מתחת לקו זה כהיפוקמפוס.הערה: גבול supero-המדיאלי הופך להיות יותר מעורפל בפרוסות אלה, שבו החומר האפור של ההיפוקמפוס מתמזג עם החומר האפור של האמיגדלה.
4. Slice C: היפוקמפוס ראש 2 עם Dentations: בהתאם לנושא, dentations של ההיפוקמפוס יכול להיות גלוי במשך 3-4 פרוסות (בדרך כלל, הם נראים יותר על לעומת תמונות משוקללת T1 T2 משוקלל). בפרוסות אלה, להמשיך ולהשתמש בחומר הלבן של alveus ואונה הטמפורלית להנחות ^12,22 פילוח גבול. לפרטים נוספים, בצע את הפעולות 2.5.1-2.5.2.
5. Slice D: ראש היפוקמפוס 3:
   1. גבולות מעולים, נחות, לרוחב, המדיאלי: ציירו את הגבול הנחותים של ההיפוקמפוס בחומר הלבן של האונה הטמפורלית, הגבול לרוחב בקרן הנחותה של החדר לרוחב, בגבול העליון, בעקבות העיקול של dentations, ב חומר לבן של alveus / fimbria, והגבול המדיאלי בRegio hypointensen של בור הסביבה ^12,22.
   2. Supero-המדיאלי וגבולות infero-מדיאלי: ממשיכים להגדיר את גבול supero-המדיאלי כמתואר בשלב 2.3.2. צייר את החלק הנחות של הגבול המדיאלי בי ההיפוקמפוס מדלל מעט ומשתרע לתוך החומר אפור במתינות hyperintense של קליפת entorhinal ^12,22.
6. Slice E: היפוקמפוס 4 ראש עם וו: המשך לצייר גבולות הנחותים, לרוחב, ומעולים שמתוארים בצעדי 2.5.1-2.5.2. כולל הוו (שנמצא מדליה לגוף העיקרי של ההיפוקמפוס והוא מוקף בCSF בעצימות נמוכות) בהיפוקמפוס פילוח ^{12,2 2.}
7. Slice F: היפוקמפוס גוף: המשך לצייר גבולות הנחותים, לרוחב, המדיאלי, ומעולים שמתוארים בצעדי 2.5.1-2.5.2. צייר את גבול infero-מדיאלי בנקודה שבי ההיפוקמפוס מדלל כפי שמעבר לentorhinal הקליפה / gyrus פרא-בהיפוקמפוס ^12,22.אינו כולל את CSF בעצימות נמוכות של מענית בהיפוקמפוס שריד בפילוח.
8. Slice G: זנב היפוקמפוס 1: בגין פילוח פרוסות בהיפוקמפוס זנב סוג כאשר היחידות להחלפה העצמית של fornix היא ראשון גלויה. תכלול gyrus fascicular (מבנה חומר אפור שמשתלב עם ההיפוקמפוס בחלקים של הזנב בהיפוקמפוס) מהפילוח באמצעות אקסטרפולציה צורת gyrus fascicular לזנב בהיפוקמפוס מיותר פרוסות קדמי ^12,22. ניפוח זה אפשרי רק במשך 2-3 פרוסות, לאחר ששני המבנים לא יכולים להיות מדויק מכובדים; בשלב זה, להתייחס לכל חומר האפור הגלוי בתחום זה כהיפוקמפוס.
9. Slice H: זנב היפוקמפוס 2: מגזר החומר אפור בעצימות נמוכות של הזנב בהיפוקמפוס האחורי מהחומר לבן בעוצמה גבוהה שמסביב.
10. Slice אני: אחורי-רוב Slice: מגזר השטח הנותר הקטן של חומר אפור בהיפוקמפוס מהחומר לבן שמסביב של האונה הטמפורלית.

פילוח ידני 3. בהיפוקמפוס subfield

1. הגדרה: שימוש תמונת T2 משוקלל, גלול לפרוסה הקדמית-רוב העטרה של ההיפוקמפוס (כמו בשלב 2.1). כדי לשנות את הצבע של המכחול, D בחר (סט צבע LBL :) בתפריט הפילוח בחלון הניווט. מסוף הפקודה ינחה: "הזן את תווית צבע נוכחית:". הזן מספר בין 1 ו255. כל מספר מתאים לצבע תווית שונה.
2. Slice: הקדמי, רוב Slice: מאז חטיבות תת שדה עדיין לא נראות לעין בקדמית ביותר פרוסות, למתוח קו חלוקת החומר הנראה בהיפוקמפוס האפור לאורך הציר הגלוי הארוך ביותר שלה (שאינו בהכרח במקביל לכל צירי הקרדינל) ל שני חלקים שווים בקירוב ^12,22 האנטומיה האמיתית. תווית מעולה של שני סעיפים אלה כCA1 וסעיף כנחות subiculum ידי choosing תווית בצבע שונה עבור כל תת שדה ^23,35.
3. Slice B: היפוקמפוס ראש 1: תווית האזור בעצימות נמוכות באמצע ההיווצרות בהיפוקמפוס כSR / SL / SM ^13,37. כאשר העיקול לאורך הקצה הנחותים של ההיפוקמפוס מתברר, להשתמש אתר זה כגבול לרוחב הפרדת subiculum מCA1 ^12,22. תמשיך לעקוב אחר הציר הארוך ביותר של ההיפוקמפוס לצייר את גבול CA1-subiculum על קצה supero-המדיאלי ^37.
4. Slice C: ראש היפוקמפוס 2 עם Dentations:
   1. SR / SL / SM, CA4 / DG, וsubiculum: תווית SR / SL / SM, CA4 / DG, וsubiculum כפי שתואר עבור הפרוסה D (הצעד 3.5.1).
   2. Ca 2 / CA3 וCA1: הגדר הגבול בין CA1 וCa 2 / CA3 כקו זווית 45 מעלות הארכה בכיוון supero-רוחב מהקצה ביותר supero-הרוחב של SR / SL / SM ^12,22. להאריך את Ca 2 / CA3 מדיאלית לאורך הקצה העליון לשוקת בין Dentaמשא ^12,22. תווית שאר הקצה מעולה כCA1 ^12,22.
5. Slice D: היפוקמפוס ראש 3
   1. SR / SL / SM, CA4 / DG, וsubiculum: תווית הלהקה / SL / SM SR הכהה ראשונה, אשר בצעה את העקומה של CA1 ^37. תווית כל חומר אפור בעוצמה גבוהה בתוך SR / SL / SM כCA4 / DG ^{12,22,23,35,37.} זה לא יכול להיות אזור רציף, כמו באיור 2C. ממשיך להגדיר את גבול subiculum-CA1 באמצעות העיקול בהיפוקמפוס הנחותים ^12,22.
   2. Ca 2 / CA3 וCA1: ממשיכים להגדיר CA1 וCa 2 גבול / CA3 כמו בשלב 3.4.2. להאריך את Ca 2 / CA3 מדיאלית באמצע הדרך לאורך הקצה העליון של ^12,22 ההיפוקמפוס ולתייג את החצי השני של הקצה העליון כCA1 ^12,22.
   3. ראש היפוקמפוס Supero-מדיאלי: בפרוסה זה, לחלק את הראש בהיפוקמפוס supero-המדיאלי אנכי במחצית. תווית המחצית המדיאלי כSR / SL / ¹² SM. מחלקים את הרוחבמחצית במחצית שוב, הפעם בצורה אופקית. תווית החלק מעולה כCA4 / DG וחלק כנחות Ca ^2/12 CA3.
6. Slice E: היפוקמפוס 4 ראש עם וו
   1. ראש לרוחב בהיפוקמפוס (subiculum): בחלק הלטרלי של פרוסות אלה, להגדיר את גבול subiculum-CA1 כקו אנכי הארכה בכיוון הנחותה מהקצה המדיאלי ביותר של CA4 / DG ^12,22.
   2. ראש לרוחב בהיפוקמפוס (CA1, Ca 2 / CA3, CA4 / DG, SR / SL / SM.): הגדר את גבול CA1-Ca 2 / CA3 באותו אופן כמו בשלב 3.4.2. המשך לתייג SR / SL / SM כאזור בעצימות הנמוך הבאים העקומה של אזורי CA. תווית CA4 / DG כחלל המרכז בתוך SR / SL / SM, כמו בשלב 3.5.1.
   3. ראש היפוקמפוס Uncal (SL / SR / SM): תווית הוו של ההיפוקמפוס לכ -10 פרוסות כמעברי ראש היפוקמפוס לתוך הגוף בהיפוקמפוס. בוו, לתייג את האזור בעצימות הנמוך במרכז כSR / SL / SM (כאשר זה קשה לראות, בקירוב את האנטומיה על ידי פילוח קו רחב 2-3 voxels את מרכז הוו) ^12.
   4. ראש היפוקמפוס Uncal (Ca 2 / CA3, CA4 / DG): צייר קו בקצה העליון של SR / SL / סעיף SM לאורך / ציר supero-המדיאלי infero-רוחב של הוו. לייבל כל החומר האפור מעל קו זה כCa ^2/12 CA3. תווית כל חומר אפור ללא תווית מתחת לקו זה (בכל צד של SR / SL / SM) כCA4 / ¹² DG.
7. Slice F: היפוקמפוס גוף: המשך ליישם את הגבולות מתוארים בשלב 3.6.1-3.6.2.
8. Slice G: זנב היפוקמפוס 1: המשך ליישם את הכללים שמתוארים בשלב 3.6.1-3.6.2. גבול subiculum-CA1 הופך קו זווית 45 מעלות הארכה בכיוון infero-מדיאלי מהקצה המדיאלי של CA4 / DG ^12,22.
9. Slice H: זנב היפוקמפוס 2: ברגע שכבר לא ניתן להבחין gyrus fascicular מformatio בהיפוקמפוסn, לתייג את השכבה החיצונית כולו כCA1, האזור בעצימות נמוכות בתוך / SL SR כמו זה / SM (כמו בפרוסות קודמות), וכל חומר אפור שנותר באמצע כCA4 / DG ^12,22.
10. Slice אני: אחורי-רוב Slice: לאחר SR / SL הכהה / SM הוא כבר לא נראה לעין במרכז ההיווצרות בהיפוקמפוס, לתייג את המבנה כולו כCA1 ^12,22.

4. אמינות פרוטוקול

1. Resegment ימין או ההיפוקמפוס שמאלי של כל נושא לאחר המתנה של כחודש מביצוע הפילוח המקורי. קטע כל תת תחומים לכל האורך הקדמי, אחורי של ההיפוקמפוס, מנסה לעקוב אחר כללי הפרוטוקול באופן עקבי ככל האפשר.
2. לחשב קאפה של הקוביות בין הכרכים המקוריים וresegmented:
   
   כאשר k = קאפה של הקוביות וA ו- B הם כרכי תווית.

תוצאות

. תוצאות מהבדיקה אמינות פרוטוקול מסוכמות בטבלה 2 לכל ההיפוקמפוס דו-צדדי, כלומר חפיפה מרחבית כפי שנמדדו על ידי kappa של הקוביות הוא 0.91 וטווחים 0.90-0.92. ערכי קאפה subfield נעים בין 0.64 (Ca 2 / CA3) ל0.83 (CA4 / gyrus המשונן). כרכים ממוצעים לכל תת תחומים וכל ההיפוקמפוס מדווחים בטבל...

Discussion

פילוח subfield היפוקמפוס בתמונות MR הוא-מיוצג היטב בספרות. עם זאת, פרוטוקולים קיימים לכלול חלקים של ^20,23,33,35 ההיפוקמפוס, חלים רק על תמונות קבועות ^37, או לדרוש סורקי שדה גבוהים במיוחד לרכישת תמונה ^35,37. כתב יד זה מציע פרוטוקול פילוח הכולל חמש יחידות משנה עיקריו...

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
Discovery MR750 3T	GE		Or equivalent 3T scanner
Minc Tool Kit	McConnell Brain Imaging Center, Montreal Neurological Institute		Open source: http://www.bic.mni.mcgill.ca/ServicesSoftware/ServicesSoftwareMincToolKit