כדי להתחיל בהכנת הדגימה, נתחו את העלה האמיתי מהדגימה המהונדסת Arabidopsis thaliana שטופלה בפרמקולוגית באמצעות סכין גילוח חדה. הניחו את העלה האמיתי על מגלשת זכוכית בטיפת מים כשהצד האבקסיאלי כלפי מעלה. מכסים באיטיות את העלה האמיתי בהחלקת כיסוי ללא בועות אוויר.
להדמיה, הגדר את נתיב הקרן על ידי בחירת לייזר 514 ננומטר עבור חלבון פלואורסצנטי צהוב, או עירור YFP. השג איכות תמונה גבוהה באמצעות עוצמת לייזר גבוהה. הפעל PMT או HYD והגדר את ספי פס הפליטה העליון והתחתון בהתבסס על הספקטרום של פלואורופור YFP.
הגדר חלון זיהוי של 530 עד 570 ננומטר כדי לאסוף את אות YFP. לתמונה הרציפה של הצבע השני, לחץ על כפתור החיפוש והוסף ערוץ חדש. בחיפוש שני, בחר לייזר של 555 ננומטר עבור חלבון פלואורסצנטי אדום, או עירור RFP, והגדר חלון זיהוי של 570 עד 630 ננומטר כדי לאסוף את אות RFP.
בחר עדשת ליבה של 63X, 1.2W במערכת להדמיית פעילות התנועה של הממברנה התת-תאית בתוך תאים מקדימים סטומאטליים. התחל את הפורמט עם גודל תמונה של 1024 על 1024 פיקסלים, ולאחר מכן מטב אותו בהתבסס על גורם הזום והגדרות המטרה לקבלת רזולוציה טובה. לאחר מכן, הגדר את מהירות ראש הסריקה, החל ממהירות של 400 הרץ, ומטב זאת בהתבסס על המצב הספציפי של הדגימות.
כדי להגדיל אזור עניין מבלי לשנות את העדשה האובייקטיבית, הזן מקדם זום של אחד ומטב אותו בהתאם לצרכים הספציפיים של הניסוי. ממוצע הקו מתייחס למספר הפעמים שכל קו X ייסרק כדי לקבל תוצאה ממוצעת. התחל עם ממוצע קו פי 2 להדמיית אירועי הסחר בממברנה ובצע אופטימיזציה לפי הצורך.
בחר במצב סריקה XYT במצב רכישה כדי להפעיל את כלי השירות Time Series. לאחר מכן, בחר את תקופת ההמתנה בין נקודות הזמן תחת מרווח זמן. הגדר את מספר המסגרות שייאספו באמצעות בחירת מסגרות.
השתמש במצב סריקה Z-stack עם הקרנת העוצמה המרבית כדי לאסוף את המידע התלת-ממדי בנוגע לאירוע הסחר בממברנה בתוך התא כולו. לאחר מכן בחר את מצב סריקת XYZ במצב רכישה ולאחר מכן כלי השירות Z-stack יהפוך נגיש. בחר באפשרות Z wide.
במצב סריקה, הגדירו את התמונות העליונות והתחתונות של ערימת Z באמצעות לחצני ההתחלה והסיום. לאחר מכן, הגדר את עובי שלב Z על ידי לחיצה על גודל צעד Z. כדי לעבד את התמונה, לחץ על כרטיסיית התהליך הראשי בתוכנת Confocal.
תחת הכרטיסייה פרויקטים פתוחים בצד שמאל קיצוני, בחר את קובץ Z-stack המעוניין. לאחר מכן, בכרטיסיה האמצעית בשם Process Tools, בחר את פונקציית ההקרנה. בחר מקסימום בחלונית הנפתחת של השיטה ולחץ על כפתור החל.
תמונת הקרנה של מחסנית Z תיווצר תחת הכרטיסיה פרוייקטים פתוחים. כדי להפיק את הווידאו מתמונות סדרת הזמן, לחץ על הכרטיסייה קובץ בתוכנת פיג'י ופתח פונקציה כדי לפתוח את כל התמונות מסדרות הזמן בזו אחר זו בסדר הנכון. לחלופין, גרור את התמונות לתמונה J כדי לפתוח את הנתונים בסדר הנכון.
לאחר מכן מצאו את פונקציית האוסף בכרטיסייה 'תמונה' ובחרו תמונות לערימה כדי ליצור סרטון. לאחר שתסיים, שמור את הקובץ בפורמט avi עם קצב המסגרות הרצוי. בעלה האמיתי של צמחים טרנסגניים בני שבעה ימים הנושאים מקדם ERL1 ERL1 YFP, תאים מפוזרים הודגשו על ידי אות YFP שבו ERL1 YFP תייג את קרום הפלזמה.
נצפו גם אותות ניקוב מרובים, מה שמרמז על כך ש-ERL1 היה גם מקומי לאנדוזומים. RFP Ara7 הדגיש אותות ניקוב מרובים כמעט בכל התאים, המציין את הגופים הרב-שלפוחיתיים, או MVBs, בתאים אלה. כאשר RFP Ara7 התמזג עם אות ERL1 YFP, רוב הנקבים היו חופפים, מה שמרמז על כך שחלק ממולקולות ERL1 YFP הועברו ל-MVBs.
סדרת זמן של עלים אמיתיים הנושאים ERL1 YFP וחלבון סמן MVB RFP Ara7 הראתה כי אנדוזומים המסומנים בתווית YFP נעו יחד עם RFP Ara7 בתוך תאי השושלת הסטומאטלית. הוא אישר כי ERL1 YFP היה מקומי לגופים multivesicular.
