התחל את ההכנה והטעינה של תא הזרימה שנבדק באיכות על-ידי היפוך מכסה התקן הריצוף לאחור והחלקה של מכסה יציאת ה-priming בכיוון השעון, תוך הדמיה של יציאת ה-priming. כדי להסיר בועות אוויר, הגדר פיפטה P 1000 ל 200 מיקרוליטר והכנס את קצה פיפטה אנכית לתוך היציאה priming. סובבו את הגלגל עד שיראו נפח קטן שנכנס לקצה הפיפטה.
טען 800 מיקרוליטר של תערובת תאי זרימה מוכנה מראש לתוך תא הזרימה דרך יציאת הפריימינג כדי למנוע החדרת בועות. הרם את מכסה יציאת הדגימה וטען 200 מיקרוליטר של תערובת הפריימינג הנותרת לתוך תא הזרימה דרך יציאת הפריימינג. כדי להבטיח ערבוב של חרוזי הטעינה, השהה מחדש את תערובת המאסטר של הספרייה על ידי פיפטציה וטיפות, טען 75 מיקרוליטר לתא הזרימה דרך יציאת הדגימה.
החלף את מכסה יציאת הדגימה בעדינות כדי לוודא שהבאנג נכנס ליציאת הדגימה. סגור את יציאת הפריימינג והחלף את מכסה התקן הריצוף. עבור שיחות בסיס חיות, השתמש ב- Rampart.
השתמש בסביבת RabV הארקטי ועבוד בספרייה שנוצרה עבור פלט Rampart. לאחר מכן הקלד את הפקודה Rampart כדי לנווט לנתיבים הדרושים. ראשית, פרוטוקול התוכנית הספציפית של Rampart, והבסיס הבא שנקרא נתיב, תיקיית הפלט mino fastq pass עבור הריצה.
פתח חלון דפדפן ונווט אל מארח מקומי 3000 בתיבה כתובת URL. המתן לקריאת בסיס מספיק נתונים לפני שהתוצאות יופיעו על המסך. שלושת הלוחות העליונים מציגים עלילות סיכום לכל הריצה.
העלילה הראשונה מציגה את עומק הכיסוי של קריאות ממופות עבור כל ברקוד לכל מיקום נוקלאוטידים בגנום הייחוס של האינדקס. התווייה ב' מציגה קריאות ממופות מכל הברקודים לאורך זמן, והתוויית תרשים שלוש מציגה קריאות ממופות לכל ברקוד. לוחות תחתונים מציגים שורות של תרשימים לכל ברקוד.
משמאל מוצג עומק הכיסוי של קריאות ממופות לכל מיקום נוקלאוטידים בגנום הייחוס האינדקסי. התפלגות האורך של קריאות ממופות היא באמצע. היחס בין מיקומי הנוקלאוטידים בגנום הייחוס האינדקסי המשיג כיסוי של 10x, 100x ו-1000x של קריאות ממופות לאורך זמן נראה בפינה הימנית.
להקצאת שושלת של רצפי קונצנזוס, השתמשו ב-MadDog. משוך את מאגר MadDog מ- GitHub כדי להבטיח עבודה עם הגרסה העדכנית ביותר. צור תיקייה בתוך מאגר MadDog המקומי שנוצר בעבר.
בתוך התיקייה, הוסף את קובץ fastA המכיל את רצפי הקונצנזוס. כמו כן, הוסף קובץ מטא-נתונים לתיקייה. ודא שקובץ זה הוא קובץ CSV עם ארבע עמודות הנקראות מזהה, מדינה, שנה והקצאה.
משוך את מאגר MadDog מ- GitHub כדי להבטיח עבודה עם הגרסה העדכנית ביותר. בממשק שורת הפקודה, הפעל את סביבת קונדה באמצעות פקודת MADDOG של הפעלת קונדה. בממשק שורת הפקודה, נווט אל תיקיית המאגר MadDog.
ראשית, בצע הקצאת שושלת על רצפים כדי לבדוק חריגות פוטנציאליות ולזהות אם הפעלת שלב ייעוד השושלת הארוך יותר מתאימה על ידי הפעלת הקצאת sh. פקודת ש. כשתתבקשו, הזינו Y כדי לוודא שהמאגר נמשך ועובד עם הגרסה האחרונה של MadDog.
כשתתבקשו, הזינו את שם התיקיה המכילה את קובץ fastA במאגר MadDog. לאחר השלמת הקצאת השושלת, בדוק את קובץ הפלט בתיקייה. אם הפלט הוא כצפוי ורצפים מרובים מוקצים לאותה שושלת, הפעל את ייעוד השושלת.
בעת הפעלת ייעוד שושלת, מחק את קובץ פלט המשימה שזה עתה נוצר. במסוף בתוך תיקיית מאגר MadDog, הפעל את הפקודה sh designation.sh. כשתתבקש, הזן Y כדי לציין שהמאגר נמשך ושהעבודה מתבצעת עם הגרסה העדכנית ביותר של MadDog.
כשתתבקשו, הזינו את שם התיקייה בתיקייה MadDog repository המכילה את קובץ fastA ומטא-נתונים. הדגימה לרצף לתהליך העבודה של וירוס הכלבת RABV שימשה בהצלחה בתנאי מעבדה שונים במדינות אנדמיות כמו טנזניה, קניה, ניגריה והפיליפינים. שיחות הבסיס החיות באמצעות Rampart הראו את הדור בזמן אמת של קריאות ואת אחוזי הכיסוי לכל מדגם.
מערכת סיווג שושלות ומינוח, MadDog, ששימשה לאיסוף ופירוש רצפי RABV שהתקבלו הראתה סיווג ברזולוציה גבוהה יותר של שושלות מקומיות לאחר הקצאת MadDog.
