כדי להתחיל, הורד קובץ קלט לדוגמה המופרד באמצעות פסיקים המכיל מדידות מטבוליטים. לחץ פעמיים על הקובץ לדוגמה שהורדת כדי לפתוח אותו ולוודא שהוא מכיל שמות לדוגמה בעמודה אחת והקצאות קבוצתיות בעמודה השנייה. שאר העמודות מכילות מטבוליטים וכל שורה מייצגת דגימה.
לאחר מכן, הורד את יישום Filigree Java ולחץ פעמיים על הורדת. קובץ Jar להפעלת היישום. בכרטיסיה נתונים, לחץ על לחצן עיון כדי להעלות את קובץ הקלט.
תחת ציין עמודות או שורות, לחץ על החץ הנפתח לצד מזהה לדוגמה כדי לבחור את שם העמודה או השורה המתאים מקובץ הקלט. לאחר מכן בחר דוגמה. לאחר מכן, לחץ על החץ הנפתח לצד קבוצה כדי לבחור את העמודה או השורה המתאימה מקובץ הקלט ובחר קבוצה.
תחת ציין קבוצות לדוגמה, לחץ על החצים הנפתחים לצד כל קבוצה כדי לבחור את עמודת הקבוצה המתאימה מקובץ הקלט. תחת קיבוץ תכונות, סמן את התיבה לצד השיטה הרצויה, חשב קבוצות תכונות. לחץ על הצג מפות חום כדי להציג את מפת החום ולקבוע הפחתה באחוזים רצויים.
לאחר מכן, באמצעות מחוון הפחתת התכונות, בחר את אחוז הפחתת התכונות הרצוי והחלק את העיגול הקטן עד שהפחתת האחוזים תציג יחס תכונה למדגם של 1.25. לחץ על הלחצן הבא כדי לעבור לכרטיסיה ניתוח. תחת בחר ספריית פלט, לחץ על לחצן עיון ובחר את מיקום הספרייה הרצוי לאחסון קבצי הפלט שנוצרו.
לחץ על הלחצן הפעל ניתוח. עם הצגת ההודעה, הניתוח הושלם בהצלחה, לחץ על בסדר כפתור בחלון הקופץ. לאחר מכן, בכרטיסיה ניתוח, לחץ על לחצן עיון ברשתות כדי לפתוח את רשתות המשנה האינטראקטיביות של פיליגרן בכרטיסיית דפדפן.
תחת העמודה שם רשת משנה, לחץ על הקישור רשת משנה 1. לאחר מכן חקור את רשת המשנה האינטראקטיבית על ידי לחיצה על לחצן הפלוס והתקרב לחלק של הרשת ולחץ על לחצן המינוס כדי להקטין את התצוגה. לחץ על צומת קבוצה וגרור אותו כדי למקם אותו מחדש בתוך רשת המשנה.
לאחר מכן לחץ על לחצן הרחב תכונות כדי להרחיב את כל צמתי הקבוצה ולסקור את התרכובות הספציפיות המרכיבות את צמתי הקבוצה. לאחר מכן לחץ על לחצן כווץ תכונות כדי לכווץ את צמתי הקבוצה שהורחבו לאחרונה. לאחר מכן, לחץ על לחצן לפי קבוצה לדוגמה כדי לשנות את התצוגה מרשת משנה יחידה לרשתות משנה מרובות המפוצלות על-ידי קבוצה.
לאחר מכן באמצעות התצוגה של רשתות המשנה, לחקור ולהשוות את הקבוצות. לחץ על הלחצן All Samples כדי לחזור לתצוגת רשת המשנה היחידה ולחץ על הלחצן Next כדי להציג את רשת המשנה הבאה. הרשת הדיפרנציאלית שנבנתה באמצעות מדידות מטבוליטים של פלזמה מסוכרת מסוג 1 ועכברים שאינם סוכרתיים חשפה רמה גבוהה יותר של קישוריות רשת בקבוצה שאינה סוכרתית.
תוצאות ניתוח העשרה הראו כי תשעה מתוך 12 המודולים המטבוליים שזוהו היו שונים באופן משמעותי בין סוכרת מסוג 1 לעכברים שאינם סוכרתיים.
