כדי לבצע SPR עבור אינטראקציות VHL-MZ1, הפעל תחילה את שבב הסטרפטאבידין בהתאם להוראות היצרן כדי לבצע את הריכוז הגבוה ביותר, הוסף מאגר ללא DMSO ל- MZ1 כדי להבטיח ריכוז DMSO של 2%. עכשיו פיפטה 50 מיקרוליטר של תמיסה בריכוז הגבוה ביותר לתוך באר המכילה 100 מיקרוליטר של חיץ ריצה. מערבבים היטב כדי ליצור את הריכוז השני בגובהו.
לאחר מכן, להעביר 50 מיקרוליטר של הפתרון הבא 100 מיקרוליטר של חיץ ריצה, לערבב היטב כדי להכין את הריכוז השלישי הגבוה ביותר, וכן הלאה. השתמש ברדידי פלסטיק שקופים בהדבקה עצמית התואמים למיקרו-צלחות פוליפרופילן כדי לכסות את הצלחת. הפעל את ה- SPR באמצעות ההתקנה מרובת המחזורים.
הגדר את המצב בביצועים גבוהים, את זמן המגע ב -120 שניות, את זמן הדיסוציאציה ב -300 שניות ואת קצב הזרימה ב -50 מיקרוליטר לדקה. השתמש בתוכנת ההערכה שסופקה על-ידי יצרן המכשיר כדי לבצע את ניתוח הנתונים. כדי לבצע SPR עבור קומפלקס טרנרי VHL-MZ1-BRD4, הפעל תחילה את הסטרפטווידין.
הזריק פתרון VHL כדי לשתק אותו לכ -100 יחידות תהודה. לבקרה שלילית באמצעות BRD4 בלבד, הכינו את הריכוז הגבוה ביותר של 25 מיקרומולר במאגר הריצה בנפח של 200 מיקרוליטר. לארבע הבארות הבאות, הוסף 160 מיקרוליטר כל אחד של שני מיקרומולרים BRD4.
מעבירים 40 מיקרוליטר מבאר A5 ל-A4. לאחר מכן, פיפטה את הבאר לערבב היטב. באופן דומה, להעביר 40 מיקרוליטר מבאר A4 ל A3, להמשיך בתהליך זה עד להגיע A1. עבור היווצרות קומפלקס טרינרי עם MZ1 ו- BRD4, פיפטה החוצה 196 מיקרוליטר של תמיסת BRD4 25.5 מיקרומולרית. לשם כך, הוסף ארבעה מיקרוליטרים של MZ1 20 מיקרומולרי מוכן בתמיסת 100% DMSO.
פיפטה 160 מיקרוליטר של BRD4 בשתי מיקרומול בחיץ הריצה לארבע הבארות הבאות משמאל. הבא להעביר 40 מיקרוליטר מבאר B5 ל B4 פיפטה לערבב היטב. ממשיכים להעביר את התמיסה מכל באר עד B1. כעת הפעל את SPR להגדרת מחזור יחיד עם זמן מגע של 100 שניות, זמן דיסוציאציה של 720 שניות, וקצב זרימה של 50 מיקרוליטר לדקה.
בוצע אפיון של קומפלקס בינארי VHL-MZ1 וקומפלקס טרנרי VHL-MZ1-BRD4. נצפתה קואופרטיביות חיובית. אפיון מערכת cereblon, PROTAC ו-PPM1D בוצע על ידי SPR.
ניסויי PPM1D משתמשים בשבב ניקל NTA, ומשטח השבב מתחדש לאחר כל הזרקת תרכובת. BRD-2512, שנקשר רק לצרבלון, ו-BRD-4761, שנקשר רק ל-PPM1D, מראים תגובת קשירה זניחה. BRD-5110 גורם להיווצרות קומפלקס טרינרי בין PPM1D ומראה אפקט וו בריכוזי תרכובת גבוהים.
