לנתח את לוח הנוגדנים, לאשר כי cytometer יש מינימום של ארבעה לייזרים, כולל אדום, צהוב, כחול, וסגול. קבע את מטריצת הפיצוי באמצעות חרוזי פיצוי או פקדי תא כתם יחיד. כדי לכייל ולתקן, הפעל חרוזי פלורסנט בענן בתחילת כל ניסוי על ידי התאמת מתח צינור מכפיל האור עד ששיאי החרוזים יתיישרו עם ערכי המטרה מהניסויים הקודמים.
הגדר את מתח צינור מכפיל האור והרווח עבור הניסוי. לאחר מכן השתמש בחרוזי פיצוי שנלכדו בנוגדנים כדי ליצור מטריצת פיצוי. לאחר מכן, התווה את אזור הפיזור הצדדי ביומן לעומת גובה הפיזור קדימה בתרשים ליניארי בתרשים נקודה, שער החוצה פסולת ובחר עבור גודל התא באמצעות שער S1, בחר תאים בודדים בהתוויית נקודה רוחב פיזור קדימה לעומת גובה פיזור קדימה עם שער S2.
להקמת שערים בקומה הרביעית, השתמש ב- FMO הרלוונטי לכל קומה ארבע ערוצים. בעזרת פרמטר יחיד היסטוגרמות קובעות את האות החיובי בכל ערוץ ומבססות את השערים בהתאם. רשום בזהירות את הדגימות באמצעות אסטרטגיית gating הוקמה.
זהה מיקרוגליה באמצעות אות P2 RY 12 plus וקבע ביטוי חלבון בערוץ המתאים למיקרוגליה בלבד. קבע שערי ניתוח בממשק המשתמש של תוכנת ניתוח הציטומטר על ידי שכפול אותה אסטרטגיית gating המשמשת במהלך ההקלטה. השתמש בפונקציה הוסף סטטיסטיקה כדי לבחור את החציון עבור האוכלוסייה המעניינת בגובה הערוץ המפוצה.
יצא את ערכי MFI עבור הערוצים המתאימים לגיליון אלקטרוני באמצעות עורך הטבלאות לניתוח סטטיסטי נוסף. טיפול ליפופוליסכריד גרם לעלייה בהיסטון 3 ליזין 27 אצטילציה. כאשר MFI מנורמל בתוך מין, ניתוח היסטוגרמה של התאים המוכתמים הראה אוכלוסיות מבוזרות בדרך כלל עם שינויים בתאים לפלואורסצנטיות מוגברת.
עלייה דומה בהיסטון 3 ליזין 27 אצטילציה נצפתה בתאים המוכתמים.